Хулагу умер в 1265 г., Берке – в 1266 г. Конфликт между иль-ханом (наследником Хулагу) и кипчакским ханом продолжался с неослабевающей силой, но, несмотря на это, как Хулагиды, так и Джучиды признали Хубилая в качестве сюзерена. Оба посылали ему войска для завершения завоевания империи Сун. Итак, Хубилай мог сохранить монгольских воинов в новой кампании в Южном Китае, которая началась в 1267 г. Большинство его армии состояло из солдат, рекрутированных в Персии и Руси. Китайский полководец (из Северного Китая) Ше Танг-це был назначен главнокомандующим. В целом отношение Хубилая к Китаю очень отличалось от его предшественников. В 1264 г. он сделал Хан-Былик – Пекин – своей столицей; в 1271 г., следуя китайскому стандарту, он дал своей династии новое имя – Юань. Он рассматривал Китай как наиболее ценную часть своих владений и постепенно оказался под влиянием китайской культуры, приняв буддизм как собственное вероисповедание.
Новая политика Хубилая также находила отражение и в его военных операциях. Он использовал все возможности для спасения китайцев от ужасов войны и обещал почетный мир каждому китайскому городу, который сдавался добровольно. Эта политика приносила плоды, и в 1276 г. монгольский полководец Байян захватил Ханижоу в Шеньяне, где искала убежища вдовствующая императрица и ее сын. Байян отослал их в Пекин, где мальчик-император по совету своей матери формально передал свои императорские права Хубилаю. Последний, со своей стороны, великодушно обеспечил содержание последних Сун. Даже после этого один из сунских принцев продолжал сопротивление в Кантоне. И только в 1279 г. весь Китай подчинился монгольскому императору.
Хотя властное первенство Хубилая было признано в Китае, в монгольском мире оно встретило противоборство со стороны внука Угэдэя Кайду. Во время прихода Мункэ к власти Кайду был среди младших князей соперничающей фракции, которые не рассматривались в качестве опасных и подлежащих казни. Ему было даже дано небольшое владение в районе Или. Хотя Кайду вряд ли нравилось преобладание князей дома Толуя в монгольских делах, он понимал, что пока его ресурсы были недостаточны для противостояния им. Итак, он сделал своей главной целью объединение улуса Угэдэя. К 1269 г. он был господином Трансоксании и Кашгара, и его лидерство признавалось большинством родичей, равно как и некоторыми князьями дома Чагатая. Более того, какое-то время он старался не находиться в оппозиции к императорской власти Хубилая открыто. И лишь в 1274 г. Кайду почувствовал себя достаточно сильным, чтобы заявить о независимости.
Первым шагом Кайду стала попытка изгнать наместников Хубилая из Кашгара, Ярканда и Хотана. В 1276 г. он вторгся в центр Уйгурии – район Куча-Турфан – с тем чтобы потребовать вассальной зависимости идикута уйгуров. Хубилай быстро среагировал, послав в Центральную Азию экспедиционный корпус под командованием одного из своих сыновей – Номогона. Вскоре императорская власть была восстановлена в Кашгаре и Хотане. Но энергичный Кайду не считал себя побежденным. В союзе с сыном Мункэ и с другим племянником Хубилая Кайду поспешил в Монголию и захватил старую столицу Каракорум в 1277 г. Это событие произвело глубокое впечатление на монгольских вождей. Все те, кто считался принадлежащим к старомонгольской партии и выступал против прокитайской политики Хубилая, теперь смотрели на Кайду как на своего лидера.
Понимая серьезность ситуации, Хубилай послал своего лучшего полководца Байяна в Монголию. Кайду и его союзники были разгромлены, и Каракорум вернулся под власть Хубилая в 1278 г. Однако Кайду все еще контролировал Западную Монголию и большую часть Туркестана, отрезав линию коммуникации между Китаем и западными ханствами (Персия и Кипчакия). Было ясно, что Хубилай должен оставить все иные предприятия и сконцентрировать свои силы на подавление восстания Кайду. К этому Хубилай не был готов: он имел ресурсы, способные лишь парализовать периодически повторяющиеся попытки Кайду организовать рейды в Центральную и Восточную Монголию (1287-88 и 1293).
Вслед за завоеванием Южного Китая Хубилай обратил свое основное внимание на периферийные государства, отдельные из которых находились под реальным или номинальным сюзеренитетом либо династии Чин, либо династии Сун. Дорога к Тибету была открыта для монголов после разгрома царства Тангут Чингисханом в 1227 г. В ходе последующих войн с Китаем монголы пересекли восточную часть Тибета и захватили некоторые из его провинций. После своего обращения в буддизм Хубилай рассматривал себя как естественного защитника тибетских монахов и в 1261 г. назначил ламу Пагба Ханом Закона, дав ему духовную и светскую власть в Тибете. В ответ лама благословил династию Юань. Именно Пагба разработал новый монгольский алфавит, так называемую "квадратную письменность", которая использовалась монголами в период Юань.
В то время как отношения между монголами и Тибетом были дружественные, Хубилай должен был послать войска в Бирму и Индокитай, чтобы подчинить их властителей. В своих экспедициях в Аннам, Чампу, Камбоджу и Бирму в 1280 г. монголы одержали несколько первоначальных побед, но в большинстве случаев их войска пострадали от дизентерии и иных тропических болезней; в целом, солдаты монгольской армий – монголы, тюрки и др. – не могли приспособиться к влажному климату нового театра военных действий. Это в конце концов привело к поражению и отступлению монголов. И все же правители индокитайских государств находились под сильным впечатлением от монгольской мощи, и к 1288 г. многие из них признали сюзеренитет Хубилая. Лишь монгольская морская экспедиция на Яву в 1293 г. получила явный отпор, а власти великого хана был брошен твердый вызов со стороны раджи Маджапахита.
То, что монголы не имели своей силы на море, также выявилось в провале двух их попыток завоевать Японию в 1274 и 1281 гг. Для второй из них Хубилай собрал в северокитайских и корейских портах огромную флотилию, чтобы перевезти экспедиционный корпус в Хакату на остров Кюсю. Высадка армии произошла по плану, но вскоре после этого монгольские корабли были уничтожены или разбросаны по морю тайфуном. Отрезанная от своих баз, армия была окружена и разбита японцами. После этого несчастья Хубилай оставил идею подчинения Японии.
Отношение Хубилая к Западу отличалось от взглядов его предшественников столь же радикально, сколь не походила на предыдущую его политика по отношению к Китаю. Поскольку он был поглощен созданием собственной Китайской империи и поддержанием контроля над монгольскими князьями, он оставил идею покорения Европы. Он был наиболее могущественным властителем в мире; большая часть Азии, равно как и восточная часть Европы, признали его высшую власть. У него не было побудительного мотива расширять свою империю далее на Запад; если бы это и дало какие-либо преимущества, то они в большей степени касались бы интересов местных ханов, а не империи. Кроме того, Хубилай был достаточным реалистом, чтобы признать, что если европейские правители и согласились бы сотрудничать с монголами на Переднем Востоке, то сделали бы это только как союзники, а не как его подданные. Несмотря на свое обращение в буддизм, он также питал искреннее уважение к христианству. Несторианская церковь имела полную свободу в его империи, и он был готов допустить в свои владения и римскую католическую церковь.
С политической точки зрения, соглашение с христианами было в особенности важно для монгольского ханства в Персии, поскольку его правители в качестве иль-ханов были готовы продолжать свою борьбу с Египтом. Уже в 1267 г. преемник Хулагу Абага послал свои поздравления папе по поводу его победы над последним Гогенштауфеном, Манфредом Сицилийским. Несториане на Ближнем Востоке со своей стороны пытались поддержать взаимопонимание между монголами и Западом. При содействии Абаги два несторианских клирика присутствовали на XIV Вселенском соборе в Лионе в 1274 г.
Хорошо известно, какую важную посредническую роль в контактах монголов и Запада играли в течение правления Хубилая три венецианских купца – Маффио и Никколо Поло и сын последнего Марко, известный как Иль Мильоне. Маффио и Никколо прибыли в Китай первый раз в 1262 г. В 1266 г. Хубилай отправил их назад в Европу со специальной миссией к папе, с просьбой о посылке в Китай сотни христианских ученых и техников, чтобы дать представление его подданным о западном образе жизни и религии. Когда братья Поло достигли Рима в 1269 г., папский престол пустовал. Как только новый папа Григорий X был избран в 1271 г., братья Поло были посланы назад в Монголию с его благословением и обещаниями о сотрудничестве. На этот раз молодой Марко сопровождал своего отца и дядю. Дела Марко в Китае, равно как и его впечатления о империи Хубилая живо описаны в его бессмертной книге и общеизвестны. Он говорит о внешности великого хана следующим образом: "Онхорошего телосложения, не высок и не низок, среднего роста. Он не имеет избытка плоти, его части тела стройны. Цвет его глаз сочетает белый и красный оттенки, глаза черны и красивы, нос красивой формы и хорошо посажен". Марко Поло провел семнадцать лет при дворе Хубилая (1275-92), ему была доверена важная дипломатическая миссия на Дальнем Востоке, он выполнил и различные административные задачи. Его успех в Китае стал важным фактором благосклонности Хубилая к Западу.
Позитивное отношение собора в Лионе к идее монголо-христианского сотрудничества на Переднем Востоке было понято иль-ханами как подтверждение союза между ними и папой. Фактически же Запад, вследствие собственных внутренних противоречий, не был склонен предлагать им какую-либо военную помощь. Иль-ханы, однако, не оставляли надежды достичь взаимопонимания с Западом и в этом плане. В период между 1285 и 1290 гг. иль-хан Аргун послал множество дипломатических миссий к западным правителям – к папе Николаю IV, Филиппу IV Французскому и Эдуарду I Английскому – побуждая их всех присоединиться к планируемому походу на Египет. Но эти миссии не привели к какому-либо военному сотрудничеству, и в 1291 г. войска египетского султана Килавуна штурмовали Акру, последнее укрепление крестоносцев в Палестине.
С другой стороны, переговоры между монголами и Западом подготовили почву для распространения католических миссий на Ближнем и Дальнем Востоке. В 1289 г. папа Николай IV послал францисканца Иоанна из Монтекорвино с письмами иль-хану Аргуну и великому хану Хубилаю. Задачей Иоанна было установление католической иерархии на Востоке. Он достиг Тебриза в 1290 г. и в следующем году направился в Индию, чтобы предложить руководство несторианским общинам на ее территории. Ко времени, когда он наконец достиг Пекина, Хубилай умер.
Внутренние реформы Хубилая были не менее значимы, нежели его военная и дипломатическая деятельность. В соответствии с лучшими китайскими традициями он поддерживал развитие искусств и знаний. В Китае совет ученых с античности рассматривался как существенная часть хорошего правительства. Подобный совет, нечто наподобие ученой академии, оформился при Хубилае и существовал при его наследниках. Он также имел своей задачей координацию действий монгольских и китайских институтов. В первый период после монгольского завоевания Китай подчинялся военному закону. Монгольские военные начальники управляли также гражданской администрацией. Сами монголы признавали лишь их собственный закон – Ясу. Она, однако, мало подходила китайцам, оседлой нации с древней цивилизацией. После того как первая разрушительная стадия завоевания была завершена, монгольские правители должны были молчаливо признать существование национальных законов и регулирования поведения в Китае. После завоевания Северного Китая монгольские императоры оставили в силе кодекс Цзинь для китайского населения, поскольку он не противоречил Ясе. Однако Хубилай, почувствовав, что его власть в Северном Китае твердо установлена, решил изменить существующую систему закона и управления. Он отменил кодекс Цзинь в 1271 г. и издал несколько новых законов. Они оказались чужды духу китайского законодательства, и китайские советники Хубилая смиренно, но постоянно указывали на необходимость подготовки нового всеохватывающего кодекса законов. Хубилай в итоге сдался, в 1291 г. проект будущего кодекса был одобрен.
Административно Хубилай разделил Китай на двенадцать провинций (шен). В Пекине было создано три учреждения центральной администрации: правительственное управление (шун-шу-шен) внутренних дел; секретный государственный совет (шу-ми-юань) иностранных дел и военной администрации; контрольное управление (йю-ших-тьяй) по надзору за работой общественных служащих. По мнению Ф.Е. Краузе, административная система, основанная Хубилаем, была лучшей среди когда-либо существовавших в Китае.
Образовательные и финансовые институты следовали старому китайскому типу. Когда монголы завоевали Китай, они познакомились с бумажными деньгами; Хубилай сделал их официальной валютой империи. В 1282 г. был выпущен важный закон относительно печатания бумажных купюр, их отношению к золоту и серебру и изъятию из обращения испорченных купюр. Пятью годами позже появились новые инструкции, регламентирующие обменный курс бумажных денег на золото и серебро. Подобно своим предшественникам, Хубилай уделял большое внимание безопасности и улучшению дорог. В Китае это также предполагало заботу о водных путях. Именно в правление Хубилая было завершено строительство Большого канала, соединяющего устье Янцзы с устьем Пейху. Это, среди прочего, обеспечило щедрые поставки риса быстро растущему населению Пекина.
Хубилай дожил до почтенного возраста – примерно до семидесяти лет, прожив необычно долгую жизнь для человека его положения. Он умер в 1294 г.