Времени оставалось мало, и начался лихорадочный сбор войск. Особенно важно – и в дипломатическом, и в военном отношении – для Ивана III было заручиться помощью псковичей. К ним был направлен дьяк Яков Шабальцев со строгим приказом великого князя своему наместнику Федору Юрьевичу Шуйскому немедленно "сложить целование" Новгороду и "положити розметнии грамоты… за великого князя обиду". Самому же во главе псковских полков идти разорять порубежные новгородские пределы. Вятское ополчение с Борисом Матвеевичем Слепцом Тютчевым и устюжское с Василием Федоровичем Образцом по слову государя двинулись на принадлежавшие тогда Новгороду земли по Северной Двине. Послы прибыли в Тверь, "помочи прося на новгородцев", и князь Михаил Борисович также решил выступить на стороне Москвы в войне с Новгородом. На границе собралось тверское войско, командиры которого, воеводы князь Юрий Андреевич Дорогобужский и Иван Никитич Жито, были готовы присоединиться к армии Ивана III в Торжке.
Из Москвы так же, рать за ратью, к новгородским границам шли войска. Первыми двигались выступившие 6 июня 1471 года на войну полки Данилы Дмитриевича Холмского и Федора Давыдовича Хромого. Они двигались к Руссе (Старой Руссе) и дальше, к Демону (Демьянску). За ними 13 июня столицу покинули отряды Ивана Васильевича Стриги Оболенского и служилые татары касимовского "царевича" Даньяра. Им предстояло обойти Новгород с востока, отрезав от северных "пригородов". Затем уже 20 июня – главные силы, с которыми ехал и сам Иван III. Это был стратегический резерв, готовый вступить в дело в чрезвычайном случае. Его не случилось, и все труды и слава достались Холмскому и Хромому.
Основным театром военных действий стали земли по южному берегу озера Ильмень. Видимо зная о разделении великокняжеского войска, новгородские воеводы также рассредоточить свои силы. В этой связи на тот момент основной задачей для них становилась защита южных "пригородов" – Русы и. Вспомогательной – разгром 10-тысячно псковской рати Василия Федоровича Шуйского и посадника Тимофея Власьевича, продвигающейся к Новгороду с юго-запада. Впоследствии приоритеты сместились – слишком быстро двигались псковичи – и именно навстречу им выступило главное новгородское войско Дмитрия Борецкого и Василия Казимира. Выступило, но не дошло, перехваченное московскими воеводами у реки Шелони.
24 июня 1471 года, всего на 8 день после объявления войны, 5-тысячный Передовой полк князя Холмского и Хромого захватил и сжег Русу. Оттуда немедля воеводы двинулись дальше, по приказу великого князя торопясь навстречу приближавшейся с запада псковской рати. Однако марш был прерван боевой тревогой. Подошедшая со стороны озера Ильмень на судах большая новгородская рать высадилась на берег и 7 июля вступила в бой с москвичами у погоста Коростынь. Нападение было внезапным, и поначалу атакующим удалось потеснить воинов великого князя, но затем лучшая выучка профессиональных бойцов дала о себе знать, и ход битвы изменился. В жестоком бою новгородцы потерпели поражение – в их "пешей рати паде много, а инии разбегошася, а иных москвичи поимаша". Но едва было покончено с первым неприятельским войском, как пришла весть, что вторая судовая рать идет к сожженной Русе. Полк Холмского в тот же день атаковал и это новгородское войско, которое также было разбито.
С сообщением об этих победах из Русы к Ивану III был отправлен гонец, который 9 июля обрадовал новостями великого князя, найдя его в ставке у озера Коломно близ Вышнего Волочка. Сами же воеводы пошли к Демону, стоявшему на реке Ловать. По пути к этому "пригороду" их нагнал гонец, доставивший новый приказ великого князя. Холмскому и Хромому следовало развернуть свою рать и идти вдоль западного берега Ильменя, на северо-запад, к реке Шелонь, где они должны были соединиться с союзным псковским войском, которое могло оказаться под ударом главной новгородской рати. Взятие Демона Иван поручил полку удельного князя Михаила Андреевича Верейского.
К тому времени в Новгороде, несмотря на сильнейшие внутренние распри, было собрано огромное ополченское войско – по явно преувеличенным сообщениям летописцев, оно насчитывало до 40 тысяч человек, что, учитывая отправление двух судовых ратей, готовых атаковать полки Данилы Холмского и отряда Василия Гребенки Шуйского в Заволочье, нереально. Командовали им степенные посадники Василий Казимир и Дмитрий Борецкий. Составленный в Новгороде план войны предусматривал нанесение их войском удара по союзным Москве псковичам, активно разорявшим Шелонскую пятину. Высланное против "всей силы псковской" войско должно было гарантированно разгромить противника, закаленного частыми стычками на немецком рубеже. С большой долей вероятности можно предположить, что войско Василия Казимира и Борецкого насчитывало 15–20 тысяч воинов, в основном ополченцев. Состояло оно из мобилизованных "плотницев и гончаров". Это заставляет усомниться в предположениях, что рать была полностью "коневой". Вряд ли мастеровому люду дали бы боевых коней, да еще в таком количестве. Конные и пешие новгородцы продвигались вдоль Ильменя навстречу псковичам, союзникам Москвы. И когда вечером 13 июля на противоположном (правом) берегу Шелони новгородцы увидели московские отряды, это было для них большой неожиданностью. Предстояло сражение, причем не с ополченцами-псковичами, а с победоносными московскими войсками, только что наголову разгромившими две новгородских судовые рати. В этих условиях принципиально важным стал отказ от боевых действий командования лучшего в войске Владычного (архиепископского) полка, объяснившего свое решение тем, что они шли воевать не с москвичами, а с отступниками-псковичами. Возможно, это угнетающе подействовало на воинов остальных полков, потерявших уверенность в исходе предстоявшей битвы.
Она началась 14 июля. За ночь воеводы сумели подготовить свое небольшое войско к битве. Рать Холмского и Хромого насчитывала на тот день около 4 тысяч воинов – сказались потери в сражении на Коростыни, а также то, что часть воинов была в "загонах". Тем не менее, войско готовилось к форсированию Шелони. Рано утром Данила Холмский выстроил своих людей и обратился к ним с полагающимся словом: "Господине и братиа наша! Лутче нам есть зде главы своя покласти… нежели с срамом возвратитися".
Воодушевленные своим воеводой, ратники готовились к решающей битве. Когда прозвучала команда, передовой московский отряд начал переправу через Шелонь. Многие историки утверждают, что он пересек реку по разведанным ночью бродам. Но, по свидетельству московского летописца, бродов не было. Можно было бы предположить, что воины Холмского перебрались через реку вплавь вместе со своими конями, используя надутые кожаные бурдюки, но, зная дальнейший ход битвы, во время которой новгородцы, преследуя заманивших их в ловушку москвичей, также преодолели Шелонь, следует признать, что какие-то броды, причем достаточно широкие, на этой реке были.
Продолжим реконструкцию хода битвы. Когда часть великокняжеского войска переправилась через Шелонь, то на левом берегу их атаковали новгородцы, которые отбросили противника обратно за реку и небольшую речку Дрянь. Затем уже они, в горячке боя нарушив строй, в свою очередь перебрались через Шелонь. Видимо в этом и состоял план Холмского, получившего возможность атаковать уже не войско, но огромное скопище вооруженных людей, сражающихся без команды и строя. В полной готовности на правом берегу Шелони новгородцев поджидали главные силы московской западной (засадной) рати. По переправившимся врагам ударил смертельный ливень стрел, выкашивающий передовых бойцов и их коней. Раненые кони "возмутишася… и начаша с себя бити (сбрасывать – В. В.) их". Эти губительные залпы дали основание новгородским летописцам заявлять о наличии в составе московского войска татарских лучников, что не подтверждается московскими летописцами. Служившие великому князю татары "царевича" Даньяра находились в составе другой рати – Ивана Стриги Оболенского.
Меткие стрелы остановили новгородскую атаку, погибли находившиеся в первых рядах лучшие бойцы, затем на смешавшиеся ряды врагов ударили главные силы Данилы Холмского, прорвавшиеся в центр неприятельского построения и пленившие главных командиров врага.
Именно тогда в рядах новгородцев и началась паника. Остатки разбитого войска обратились в бегство, ища и не находя путь к спасению. "Полци же великого князя погнаша по них, колюще и секуще их, а они сами бежаще, друг друга бьюще и топчаще, кои с кого мога". Впрочем, как предположил Н. С. Борисов, это могла быть не реальная подробность события, а привычная для авторов средневековых хроник библейская аллюзия.
Из новгородского источника известно, что конный полк новгородского архиепископа вообще не принял участия в сражении, так как получил приказ от нареченного владыки Феофила действовать только против псковичей, но не поднимать оружия на великокняжеское войско.
Победа воевод Ивана III была полной. По завышенным сведениям летописцев, погибло около 12 тысяч новгородцев. Но потери действительно должны были очень велики, так как преследование бегущих продолжалось на расстоянии 12 верст. Оторваться от московской погони могли лишь конные воины. Пешцы либо погибли, либо попали в плен. Видимо, без потерь ушел Владычный полк. Из остальных полков, участвовавших в злосчастной битве, в родной город вернулись только жалкие остатки. В плен, помимо немногих оставшихся в живых "плотницев и гончаров" (в данном случае летописные сведения о 2000 пленных близки к истине), попали все главные новгородские командиры: посадники Василий Казимир, Дмитрий Борецкий, Кузьма Григорьев, Яков Федоров, Матвей Селезнев, Павел Телятев, Кузьма Грузов, многие житьи люди. Был захвачен обоз новгородского войска, в котором победители обнаружили список договора Новгорода с Казимиром IV. Его текст, немедленно отосланный Ивану III, разгневал великого князя и по его приказу "за измену и за отступление" были казнены Дмитрий Исаакович Борецкий, Василий Губа Селезнев, Еремей Сухощок и Киприан Арзубьев. Их подписи были обнаружены на договоре с Казимиром IV. Теперь же одного за другим изменников подводили к месту казни, где "секирою отсекоша им главы, к колоде прикладая". Других посадников и бояр – Василия Казимира, Кузьму Григорьева, Якова Федорова, Матвея Селезнева, Кузьму Грузова и Федота Базина и других 50 "лучших новгородцев – в оковах отправили в Коломну, в заточение. "Мелких" же людей великий князь демонстративно отпустил в Новгород. Явная демонстрация его отношения к действительно виновным боярам и невинным жертвам их козней и интриг.
После одержанной победы московские полки, уже не торопясь, левым берегом Ильменя двинулись к Новгороду. Там поначалу стали готовиться к осаде, но единства в обществе не было. По словам современника, "бысть в Новегороди молва велика, и мятежь мног, и многа лжа неприазнена". Уныния добавляли новые вести – московские воеводы взяли Демон, псковские – Вышегород. Разделение общества на две противные партии, ослабление группировки стоявшей "за короля" мешали организации обороны. Хотя кое-какие шаги в этом направлении новгородские власти сделать успели. Крепостные укрепления Новгорода включали тогда каменный Детинец (Кремль) и собственно "город", представлявшие достаточно мощный пояс укреплений. Все укрепления срочно отремонтировали. Была усилена стража на крепостных стенах и башнях (она и поймала доброхотствующего Москве переветника пушкаря Упадыша, заклепавшего 5 пушек). Были выжжены не имевшие укреплений посады, хоромы и постройки на Городище – старинной резиденции великих князей. Уничтожили даже несколько пригородных монастырей – Зверинский, Онтонов, Юрьев, Рождественский – оборонять которые было затруднительно и опасно. Вместе с тем доводить дело до начала осады новгородские власти явно опасались, так как могли потерять положение, имущество, свободу, жизнь. Иван III недвусмысленно продемонстрировал свои намерения, казнив своих недругов – бояр, схваченных после битвы на Шелони. Ряды сторонников Москвы росли с каждым днем, в основном, за счет недовольных политикой правительства, доведшей до военной катастрофы.
В этих условиях господа не могли не сделать попытку договориться с Иваном III. Многие бояре были готовы откупиться от него, как не раз уже откупались новгородские власти от прежних великих князей. Архиепископ Феофил отправился навстречу московскому государю, узнать условия, на которых тот согласился бы остановить катастрофическую для Новгорода войну. С ним ехали пять посадников и пять житьих люди от всех концов города. Владыка и кончанские представители нашли Ивана III в 20 верстах от изготовившегося к осаде города, в лагере, устроенном между погостами Коростынь и Буреги. 14 дней шли переговоры, и в воскресенье 11 августа 1571 года был заключен Коростынский договор. Условия оказались мягче ожидаемых – новгородцам предстояло присягнуть на верность Ивану III и в течение года выплатить ему контрибуцию – 16 тысяч серебряных новгородских рублей (поначалу великий князь потребовал выкуп в 17 тысяч рублей, но потом, уступая владыке, снизил его на 1000 рублей). Сохранялся вечевой порядок управления Новгородом. Но два новгородских "пригорода", Волок Ламский и Вологда, окончательно переходили к Москве. Послы от лица всего Господина Великого Новгорода поклялись не искать политической, военной или церковной связи с Литвой. Но захваченных в плен знатных новгородцев Иван Васильевич отпустил на свободу только через четыре месяца, по прошению владыки Феофила, приехавшего на поставление в Москву и умолившего великого князя простить отправленных в Москву и Коломну Василия Казимира и других бояр и житьих людей.
Отдельным, но важным эпизодом этой войны стало Двинское сражение в Заволочье (так тогда называлась Двинская земля), произошедшее 27 июля 1471 года в устье Шиленги, притока Северной Двины. Новгородским (двинским) войском в Заволочье руководили опытные командиры – князь Василий Васильевич Гребенка Шуйский и двинский воевода Василий Микифорович. Они имели под рукой, кроме военных слуг, еще и воинов-ополченцев из новгородцев, двинян, заволочан и печерян – всего, по летописным сведениям, до 12 тысяч воинов. Это войско вступило в сражение с 4-тысячным отрядом устюжан и вятчан, командовали которым Василий Федорович Образец и Борис Матвеевич Слепец Тютчев.
Двинское сражение – встречный бой, в котором столкнулись шедшие по реке судовые рати. Обнаружив противника, оба войска высадились на берег и начали бой. О его накале свидетельствует упоминание о том, что сеча на Шиленге началась "на четвертом часу дня" и шла до вечера. В сражении погибли двинский воевода Игнат Кашин и три двинских знаменосца, пытавшиеся отстоять свой стяг. После их гибели знамя все же было захвачено воинами Образца. Василий Гребенка был ранен в бою стрелой и с остатком своих людей ушел в Холмогоры. Оттуда уже кружным путем "в мале дружине" он вернулся в уже замирившийся в Иваном III на его условиях Новгород.
После этой победы ратники великого князя взяли ряд ближайших городков. В результате боевых действий в Заволочье к Ивану III отошли земли, располагавшиеся по реке Пинеге (правый приток Северной Двины) и по реке Мезени.