Производство А5М было прекращено в 1941 г. после выпуска около 1000 экземпляров, но машины еще долго оставались в строю на легких авианосцах и береговых базах, в том числе на вновь оккупированных территориях, из-за нехватки более современных машин. К концу 1942 – началу 1943 г. машины были выведены из состава боевых частей и использовались в качестве учебных, а на последнем этапе войны – в подразделениях камикадзе.