Еще желая употребить последнее миролюбивое средство, Великий Князь отправил в Новгород благоразумного чиновника, Ивана Федоровича Товаркова, с таким увещанием: "Люди Новогородские! Рюрик, Св. Владимир и великий Всеволод Юрьевич, мои предки, повелевали вами; я наследовал сие право: жалую вас, храню, но могу и казнить за дерзкое ослушание. Когда вы бывали подданными Литвы? Ныне же раболепствуете иноверным, преступая священные обеты. Я ничем не отяготил вас и требовал единственно древней законной дани. Вы изменили мне: казнь Божия над вами! Но еще медлю, не любя кровопролития, и готов миловать, если с раскаянием возвратитесь под сень отечества". В то же время Митрополит Филипп писал к ним: "Слышу о мятеже и расколе вашем. Бедственно и единому человеку уклониться от пути правого: еще ужаснее целому народу. Трепещите, да страшный серп Божий, виденный пророком Захариею не снидет на главу сынов ослушных. Вспомните реченное в Писании: беги греха яко ратника; беги от прелести, яко от лица змиина. Сия прелесть есть Латинская: она уловляет вас. Разве пример Константинополя не доказал ее гибельного действия? Греки царствовали, Греки славились во благочестии: соединились с Римом и служат ныне Туркам. Доселе вы были целы под крепкою рукою Иоанна: не уклоняйтеся от Святой великой старины и не забывайте слов апостола: Бога бойтеся, а Князя чтите. - Смиритеся, и Бог мира да будет с вами!" - Сии увещания остались бесполезны: Марфа с друзьями своими делала что хотела в Новегороде. Устрашаемые их дерзостию, люди благоразумные тужили в домах и безмолвствовали на Вече, где клевреты или наемники Борецких вопили: "Новгород Государь нам, а Король покровитель!" Одним словом, Летописцы сравнивают тогдашнее состояние сей народной державы с древним Иерусалимом, когда Бог готовится предать его в руки Титовы. Страсти господствовали над умом, и Совет Правителей казался сонмом заговорщиков.
Посол Московский возвратился к Государю с уверением, что не слова и не письма, но один меч может смирить Новогородцев. Великий Князь изъявил горесть: еще размышлял, советовался с матерью, с Митрополитом и призвал в столицу братьев, всех Епископов, Князей, Бояр и Воевод. В назначенный день и час они собралися во дворце. Иоанн вышел к ним с лицом печальным: открыл Государственную Думу и предложил ей на суд измену Новогородцев. Не только Бояре и Воеводы, но и святители ответствовали единогласно: "Государь! возьми оружие в руки!" Тогда Иоанн произнес решительное слово: "Да будет война!" - и еще хотел слышать мнение Совета о времени, благоприятнейшем для ее начала, сказав: "Весна уже наступила: Новгород окружен водою, реками, озерами и болотами непроходимыми. Великие Кязья, мои предки, страшились ходить туда с войском в летнее время, и когда ходили, то теряли множество людей". С другой стороны поспешность обещала выгоды: Новогородцы не изготовились к войне, и Казимир не мог скоро дать им помощи. Решились не медлить, в надежде на милость Божию, на счастие и мудрость Иоаннову. Уже сей Государь пользовался общею доверенностию: Москвитяне гордились им, хвалили его правосудие, твердость, прозорливость; называли любимцем Неба, Властителем Богоизбранным; и какое-то новое чувство государственного величия вселилось в их душу.
Иоанн послал складную грамоту к Новогородцам, объявляя им войну [23 мая 1471 г.] с исчислением всех их дерзостей, и в несколько дней устроил ополчение: убедил Михаила Тверского действовать с ним заодно и велел Псковитянам идти к Новугороду с Московским Воеводою, Князем Феодором Юрьевичем Шуйским; Устюжанам и Вятчанам в Двинскую землю под начальством двух Воевод, Василья Федоровича Образца и Бориса Слепого-Тютчева; Князю Даниилу Холмскому с детьми Боярскими из Москвы к Русе, а Князю Василыо Ивановичу Оболенскому-Стриге с Татарскою конницею к берегам Мсты.
Сии отряды были только передовыми. Иоанн, следуя обыкновению, раздавал милостыню и молился над гробами Святых Угодников и предков своих; наконец, приняв благословение от Митрополита и Епископов, сел на коня и повел главное войско из столицы. С ним находились все Князья, Бояре, дворяне Московские и Татарский Царевич Данияр, сын Касимов. Сын и брат Великого Князя, Андрей Меньший, остались в Москве: другие братья, Князья Юрий, Андрей, Борис Васильевичи и Михаил Верейский, предводительствуя своими дружинами, шли разными путями к Новогородским границам; а Воеводы Тверские, Князь Юрий Андреевич Дорогобужский и Иван Жито, соединились с Иоанном в Торжке. Началося страшное опустошение. С одной стороны Воевода Холмский и рать Великокняжеская, с другой Псковитяне, вступив в землю Новогородскую, истребляли все огнем и мечем. Дым, пламя, кровавые реки, стон и вопль от востока и запада неслися к берегам Ильменя. Москвитяне изъявляли остервенение неописанное: Новогородцы-изменники казались им хуже Татар. Не было пощады ни бедным земледельцам, ни женщинам. Летописцы замечают, что Небо, благоприятствуя Иоанну, иссушило тогда все болота; что от Маия до Сентября месяца ни одной капли дождя не упало на землю: зыби отвердели; войско с обозами везде имело путь свободный и гнало скот по лесам, дотоле непроходимым.
Псковитяне взяли Вышегород. Холмский обратил в пепел Русу. Не ожидав войны летом и нападения столь дружного, сильного, Новогородцы послали сказать Великому Князю, что они желают вступить с ним в переговоры и требуют от него опасной грамоты для своих чиновников, которые готовы ехать к нему в стан. Но в то же время Марфа и единомышленники ее старались уверить сограждан, что одна счастливая битва может спасти их свободу. Спешили вооружить всех людей, волею и неволею; ремесленников, гончаров, плотников одели в доспехи и посадили на коней: других на суда. Пехоте велели плыть озером Ильменем к Русе, а коннице, гораздо многочисленнейшей, идти туда берегом. Холмский стоял между Ильменем и Русою, на Коростыне: пехота Новогородская приближилась тайно к его стану, вышла из судов и, не дожидаясь конного войска, стремительно ударила на ополошных Москвитян. Но Холмский и товарищ его, Боярин Феодор Давидович, храбростию загладили свою неосторожность: положили на месте 500 неприятелей, рассеяли остальных и с жестокосердием, свойственным тогдашнему веку, приказав отрезать пленникам носы, губы, послали их искаженных в Новгород. Москвитяне бросили в воду все латы, шлемы, щиты неприятельские, взятые в добычу ими, говоря, что войско Великого Князя богато собственными доспехами и не имеет нужды в изменнических.
Новогородцы приписали сие несчастие тому, что конное их войско не соединилось с пехотным и что особенный полк Архиепископский отрекся от битвы, сказав: "Владыка Феофил запретил нам поднимать руку на Великого Князя, а велел сражаться только с неверными Псковитянами". Желая обмануть Иоанна, Новогородские чиновники отправили к нему второго Посла, с уверением, что они готовы на мир и что войско их еще не действовало против Московского. Но Великий Князь уже имел известие о победе Холмского и, став на берегу озера Коломны, приказал сему Воеводе идти за Шелонь навстречу к Псковитянам и вместе с ними к Новугороду: Михаилу же Верейскому осадить городок Демон. В самое то время, когда Холмский думал переправляться на другую сторону реки, он увидел неприятеля столь многочисленного, что Москвитяне изумились. Их было 5000, а Новогородцев от 30000 до 40000: ибо друзья Борецких еще успели набрать и выслать несколько Полков, чтобы усилить свою конную рать. Но Воеводы Иоанновы, сказав дружине: "Настало время послужить Государю; не убоимся-ни трехсот тысяч мятежников; за нас правда и Господь Вседержитель", бросились на конях в Шелонь, с крутого берега и в глубоком месте; однако ж никто из Москвитян не усомнился следовать их примеру; никто не утонул; и все, благополучно переехав на другую сторону, устремились [14 июля] в бой с восклицанием: Москва! Новогородский Летописец говорит, что соотечественники его бились мужественно и принудили Москвитян отступить, но что конница Татарская, быв в засаде, нечаянным нападением расстроила первых и решила дело. Но по другим известиям Новогородцы не стояли ни часу: лошади их, язвимые стрелами, начали сбивать с себя всадников; ужас объял Воевод малодушных и войско неопытное; обратили тыл; скакали без памяти и топтали друг друга, гонимые, истребляемые победителем; утомив коней, бросались в воду, в тину болотную; не находили пути в лесах своих, тонули или умирали от ран; иные же проскакали мимо Новагорода, думая, что он уже взят Иоанном. В безумии страха им везде казался неприятель, везде слышался крик: Москва! Москва! На пространстве двенадцати верст полки Великокняжеские гнали их, убили 12000 человек, взяли 1700 пленников, и в том числе двух знатнейших Посадников, Василия-Казимира с Димитрием Исаковым Борецким; наконец, утомленные, возвратились на место битвы. Холмский и Боярин Феодор Давидович, трубным звуком возвестив победу, сошли с коней, приложились к образам под знаменами и прославили милость Неба. Боярский сын, Иван Замятня, спешил известить Государя, бывшего тогда в Яжелбицах, что один передовой отряд его войска решил судьбу Новагорода; что неприятель истреблен, а рать Московская цела. Сей вестник вручил Иоанну договорную грамоту Новогородцев с Казимиром, найденную в их обозе между другими бумагами, и даже представил ему человека, который писал оную. С какой радостию Великий Князь слушал весть о победе, с таким негодованием читал сию законопреступную хартию, памятник Новогородской измены.
Холмский уже нигде не видал неприятельской рати и мог свободно опустошать села до самой Наровы или Немецких пределов. Городок Демон сдался Михаилу Верейскому. Тогда Великий Князь послал опасную грамоту к Новогородцам с Боярином их, Лукою, соглашаясь вступить с ними в договоры; прибыл в Русу и явил пример строгости: велел отрубить головы знатнейшим пленникам, Боярам Дмитрию Исакову, Марфину сыну, Василью Селезеневу-Губе, Киприяну Арбузееву и Иеремию Сухощоку, Архиепископскому Чашнику, ревностным благоприятелям Литвы; Василия-Казимера, Матвея Селезенева и других послал в Коломну, окованных цепями; некоторых в темницы Московские; а прочих без всякого наказания отпустил в Новгород, соединяя милосердие с грозою мести, отличая главных деятельных врагов Москвы от людей слабых, которые служили им только орудием. Решив таким образом участь пленников, он расположился станом на устье Шелони [27 июля].
В сей самый день новая победа увенчала оружие великокняжеское в отдаленных пределах Заволочья. Московские Воеводы, Образец и Борис Слепой, предводительствуя Устюжанами и Вятчанами, на берегах Двины сразились с Князем Василием Шуйским, верным слугою Новогородской свободы. Рать его состояла из двенадцати тысяч Двинских и Печерских жителей: Иоаннова только из четырех. Битва продолжалась целый день с великим остервенением. Убив трех Двинских знаменоносцев, Москвитяне взяли хоругвь Новогородскую и к вечеру одолели врага. Князь Шуйский раненый едва мог спастися в лодке, бежал в Колмогоры, оттуда в Новгород; а Воеводы Иоанновы, овладев всею Двинскою землею, привели жителей в подданство Москвы.
Миновало около двух недель после Шелонской битвы, которая произвела в Новогородцах неописанный ужас. Они надеялись на Казимира и с нетерпением ждали вестей от своего Посла, отправленного к нему через Ливонию, с усильным требованием, чтобы Король спешил защитить их; но сей Посол возвратился и с горестию объявил, что Магистр Ордена не пустил его в Литву. Уже не было времени иметь помощи, ни сил противиться Иоанну. Открылась еще внутренняя измена. Некто, именем Упадыш, тайно доброхотствуя Великому Князю, с единомышленниками своими в одну ночь заколотил железом 55 пушек в Новегороде: правители казнили сего человека; несмотря на все несчастия, хотели обороняться: выжгли посады, не жалея ни церквей, ни монастырей; учредили бессменную стражу: день и ночь вооруженные люди ходили по городу, чтобы обуздывать народ; другие стояли на стенах и башнях, готовые к бою с Москвитянами. Однако ж миролюбивые начали изъявлять более смелости, доказывая, что упорство бесполезно; явно обвиняли друзей Марфы в приверженности к Литве и говорили: "Иоанн перед нами; а где ваш Казимир?" Город, стесненный Великокняжескими отрядами и наполненный множеством пришельцев, которые искали там убежища от Москвитян, терпел недостаток в съестных припасах: дороговизна возрастала; ржи совсем не было на торгу: богатые питались пшеницею; а бедные вопили, что Правители их безумно раздражили Иоанна и начали войну, не подумав о следствиях. Весть о казни Димитрия Борецкого и товарищей его сделала глубокое впечатление как в народе, так и в чиновниках: доселе никто из Великих Князей не дерзал торжественно казнить первостепенных гордых Бояр Новогородских. Народ рассуждал, что времена переменились; что Небо покровительствует Иоанна и дает ему смелость вместе со счастием: что сей Государь правосуден: карает и милует; что лучше спастися смирением, нежели погибнуть от упрямства. Знатные сановники видели меч над своею головою: в таком случае редкие жертвуют личною безопасностию правилу или образу мыслей. Самые усердные из друзей Марфиных, те, которые ненавидели Москву по ревностной любви к вольности отечества, молчанием или языком умеренности хотели заслужить прощение Иоанново. Еще Марфа силилась действовать на умы и сердца, возбуждая их против Великого Князя: народ видел в ней главную виновницу сей бедственной войны; он требовал хлеба и мира.
Холмский, Псковитяне и сам Иоанн готовились с разных сторон обступить Новгород, чтобы совершить последний удар: не много времени оставалось для размышления. Сановники, граждане единодушно предложили нареченному Архиепископу Феофилу быть ходатаем мира. Сей разумный Инок со многими Посадниками, Тысячскими и людьми Житыми всех пяти Концов отправился на судах озером Ильменем к устью Шелони, в стан Московский. Не смея вдруг явиться Государю, они пошли к его Вельможам и просили их заступления: Вельможи просили Иоанновых братьев, а братья самого Иоанна. Чрез несколько дней он дозволил Послам стать пред лицом своим. Феофил вместе со многими духовными особами и знатнейшие чиновники Новогородские, вступив в шатер Великокняжеский, пали ниц, безмолвствовали, проливали слезы. Иоанн, окруженный сонмом Бояр, имел вид грозный и суровый. "Господин, Князь Великий! - сказал Феофил: - утоли гнев свой, утиши ярость; пощади нас, преступников, не для моления нашего, но для своего милосердия! Угаси огнь, палящий страну Новогородскую; удержи меч, лиющий кровь ее жителей!" Иоанн взял с собою из Москвы одного ученого в летописях Дьяка, именем Стефана Бородатого, коему надлежало исчислить перед Новогородскими Послами все древние их измены; но Послы не хотели оправдываться и требовали единственно милосердия. Тут братья и Воеводы Иоанновы ударили челом за народ виновный; молили долго, неотступно [11 августа]. Наконец Государь изрек слово великодушного прощения, следуя, как уверяют Летописцы, внушениям Христианского человеколюбия и совету Митрополита Филиппа помиловать Новогородцев, если они раскаются; но мы видим здесь действие личного характера, осторожной политики, умеренности сего Властителя, коего правилом было: не отвергать хорошего для лучшего, не совсем верного.
Новогородцы за вину свою обещали внести в казну Великокняжескую 15500 рублей или около осьмидесяти пуд серебра, в разные сроки, от 8 сентября до Пасхи: возвратили Иоанну прилежащие к Вологде земли, берега Пинеги, Мезены, Немьюги, Выи, Поганой Суры, Пильи горы, места, уступленные Василию Темному, но после отнятые ими; обязались в назначенные времена платить Государям Московским черную, или народную, дань, также и Митрополиту судную пошлину; клялися ставить своих Архиепископов только в Москве, у гроба Св. Петра Чудотворца, в Дому Богоматери; не иметь никакого сношения с Королем Польским, ни с Литвою; не принимать к себе тамошних Князей и врагов Иоанновых; Князя Можайского, сыновей Шемяки и Василия Ярославпча Боровского; отменили так называемые Вечевые грамоты; признали верховную судебную власть Государя Московского, в случае несогласия его Наместников с Новогородскими сановниками; обещались не издавать впредь судных грамот без утверждения и печати Великого Князя, и проч. Возвращая им Торжок и новые свои завоевания в Двинской земле, Иоанн по обычаю целовал крест, в уверение, что будет править Новымгородом согласно с древними уставами оного, без всякого насилия. Сии взаимные условия или обязательства изображены в шести тогда написанных грамотах, от 9 и 11 Августа, в коих юный сын Иоаннов именуется также, подобно отцу, Великим Князем всей России. Помирив еще Новгород с Псковитянами, Иоанн уведомил своих Полководцев, что война прекратилась; ласково угостил Феофила и всех Послов; отпустил их с милостию и вслед за ними велел ехать Боярину Феодору Давидовичу, взять присягу с Новогородцев на Вече. Дав слово забыть прошедшее, Великий Князь оставил в покое и самую Марфу Борецкую и не хотел упомянуть об ней в договоре, как бы из презрения к слабой жене. Исполнив свое намерение, наказав мятежников, свергнув тень Казимирову с древнего престола Рюрикова, он с честию, славою и богатою добычей [1 Сентября] возвратился в Москву. Сын, брат, Вельможи, воины и купцы встретили его за 20 верст от столицы, народ за семь, Митрополит с духовенством перед Кремлем на площади. Все приветствовали Государя как победителя, изъявляя радость.
Еще Новгород остался державою народною; но свобода его была уже единственно милостию Иоанна и долженствовала исчезнуть по мановению самодержца. Нет свободы, когда нет силы защитить ее. Все области Новогородские, кроме столицы, являли от пределов восточных до моря зрелище опустошения, произведенного не только ратию Великокняжескою, но и шайками вольницы: граждане и жители сельские в течение двух месяцев ходили туда вооруженными толпами из Московских владений грабить и наживаться. Погибло множество людей. К довершению бедствия, 9000 человек, призванных в Новгород из уездов для защиты оного, возвращаясь осенью в свои домы на 180 судах, утонули в бурном Ильмене. Зимою Священноинок Феофил с духовными и мирскими сановниками приехал в Москву и был поставлен в Архиепископы. Когда сей торжественный обряд совершился, Феофил на амвоне смиренно преклонил выю пред Иоанном и молил его умилосердиться над знатными Новогородскими пленниками, Василием Казимиром и другими, которые еще сидели в Московских темницах: Великий Князь даровал им свободу, и Новгород принял их с дружелюбием, а Владыку своего с благодарностию, легкомысленно надеясь, что время, торговля, мудрость Веча и правила благоразумнейшей политики исцелят глубокие язвы отечества.