Ему кое-что стало известно о положении в Мехико после ухода оттуда испанцев от взятого в плен одного из крупных ацтекских сановников. В частности, о том, что вместо Монтесумы там начал править его племянник Куитлауак, который провел большие работы по восстановлению, укреплению и вооружению города. Путем отмена налогов и сборов, а также рядом других мер, новому правителю удалось привлечь на свою сторону немало ранее враждебных племен, которые объединились для общей борьбы против испанцев. Этот вождь, однако, умер от оспы, дошедшей даже до столицы, и его сменил другой племянник Монтесумы - Куаутемок.
К Рождеству 1520 года все приготовления к походу были завершены, и 28 декабря отряд Кортеса в сопровождении нескольких десятков тысяч индейских союзников направился в Текскоко - один из важнейших городов на берегу озера на подступах к мексиканской столице. Он был сдан без боя, хотя и не без внутренних интриг и перехода его вождя на сторону Мехико. Несколько дней спустя к Кортесу явились с повинной за прошлые ошибки и клятвой верности послы еще ряда близлежащих городов. Через неделю испанцы проделали пять лиг вдоль берега в направлении столицы и без особых усилий взяли город Иксгапалапа, где был размещен отступивший гарнизон ацтеков. Вскоре тласкальцы перенесли туда бригантины, где они были собраны и спущены на воду, а из Веракруса пришло радостное сообщение о прибытии туда целого отряда испанцев с вооружениями и запасами.
Силы Кортеса росли и шаг за шагом захватывали города и поселения, некоторые из которых оказывали большое сопротивление, но другие оказывались оставленными их жителями. Пленные говорили, что мексиканцы никогда не согласятся на подчинение испанцам и будут воевать до последнего, что стало очевидно при ожесточенной схватке в Ксочимилко совсем рядом со столицей. Теперь Кортес принял решение начать осаду Мехико всеми силами, которыми располагал он сам и его союзники. Все войска были распределены им между Педро де Альварадо, Гонсало Сандовалем и Кристобалем де Олидом, которые были размещены с разных сторон на суше, а сам Кортес возглавил отряд, размещенный на бригантинах.
13 мая 1521 года по приказу Кортеса Сандоваль, преодолевая ожесточенное сопротивление мексиканцев, прорвался в Чапултепек и, разрушив все трубы у водных источников, отрезал столицу от получения питьевой воды. Альварадо тем временем, несмотря на нападения противника, провел восстановительные работы на дамбах и мостах, чтобы обеспечить проход конницы к городу. Со своей стороны жители Мехико убирали мосты, возводили баррикады, укрепляли оборону, вооружили около 5000 каноэ и собрали в город все возможное население для его защиты. В это же время Кортес вышел на бригантинах к крупной скале, где располагался укрепленный пункт, и всего силами 150 воинов быстро им овладел. По сигналу с вершины скалы мексиканцы успели объявить тревогу, по которому в их сторону двинулось такое количество каноэ с воинами, что они покрыли всю поверхность этой части большого озера. Крупные бригантины испанцев неожиданно получили серьезную подмогу от вдруг поднявшегося сильного попутного ветра, который стал немалой помехой для лодок мексиканцев. Бригантины своей тяжелой массой давили и топили слабо сопротивлявшихся ацтеков, которых убивали копьями и мечами испанцы. В создавшейся панике горожане были загнаны бригантинами в каналы города и заперты в них. Испанцы взяли в плен много пленных, в том числе ряд знатных сановников. Увидев разгром ацтеков на озере, которым теперь полностью владели бригантины Кортеса, Альварадо и Олида, сметая в воду и уничтожая сопротивляющихся индейцев, продвинулись по дамбам к городу на целую лигу, а их генерал-капитан сумел отбить мост с оборонительной башней, где его впервые встречал Монтесума. Эта операция принесла испанцам чрезвычайно важную победу.
Теперь Кортес окружил город со всех четырех сторон, лишив его снабжения водой, продовольствием и всеми необходимыми запасами. Через некоторое время испанцы начали первые успешные скоординированные атаки на улицы города, заполняя прорывы в дамбах и мостах для облегчения продвижения конницы и пехоты. Перед лицом растущею сопротивления осажденных Кортес приказал разрушать и поджигать дома, а также храмы. Такие действия предпринимались и с бригантин, теперь получивших возможность двигаться по каналам города. Пожары приобрели громадные масштабы, поскольку у жителей не было возможности их гасить. Гонимые возросшей ненавистью к противнику, они с бешеным натиском предпринимали на него атаки, но довольно безуспешно. Мосты и участки дамб порой переходили из рук в руки, число убитых и раненых росло с обеих сторон. Но силы были слишком неравны: со стороны испанцев в штурме и осаде города участвовало около 200 ООО человек, которых прекрасно снабжали десятки тысяч жителей близлежащих поселений, конница, пушки и огнестрельное оружие, против которых у горожан не было почти никакой защиты. Осажденные довольно скоро стали испытывать недостаток питьевой воды и питания, их численность таяла с каждым днем, а защищаемый ими город постепенно превращался в разрушенное пепелище.
Испанцы понесли большие потери… Пленных мексиканцы приносили в жертву своим богам. Но тогда их относительная победа была редким событием.
Прошло 50 дней кровавой осады столицы Мексики, но город не сдавался и не хотел идти на перемирие, хотя его население вымирало от растущего голода и распространявшихся болезней. Кортес принимает решение разрушить город, начиная с тех домов, которые его войска будут занимать в ходе боев, не оставляя жителям никакой защиты на сметенных с лица земли улицах. В течение шести дней после принятия этого решения многочисленные войска Кортеса занимались именно страшным уничтожением одного из самых красивых городов мира. Мексиканцы пришли в оцепенение от того, что делали испанцы вместе со своими союзниками, и переживали такое отчаяние, которое начинало подрывать их решимость продолжать неравную борьбу.
Видя страдания горожан, Кортес неоднократно предлагал им прекратить сопротивление, но Куаутемок был непоколебим. Тогда он предпринял еще несколько разрушительных рейдов на центральную площадь города, в то время как Альварадо сжимал тиски вокруг центра столицы продвижением со своей стороны. На следующий день они атаковали еще один район города, около тысячи домов которого оставались нетронутыми, и несмотря на отчаянное сопротивление жителей - почти 12 ООО тысяч из них погибли, - захватили его. Индейские союзники испанцев во всех случаях проявляли особую жестокость по отношению к ацтекам.
Все обороняющиеся жители к этому времени сосредоточились в последнем укрепленном квартале Мехико. Чтобы сломить его защитников, Кортес приказал Сандовалю атаковать его на бригантинах с одной стороны, а сам обрушился на него по суше. Остававшиеся там жители оказывали наступавшим слабое сопротивление, поскольку у них почти не оставалось ни стрел, ни камней. Число убитых и взятых в плен в тот день ацтеков составило около 40 ООО человек. Страшные, душераздирающие плач, вопли и крики женщин и детей были невыносимы, а запах от гниющих тел был настолько нестерпимым, что испанцы вынуждены были покинуть эти места. К концу того дня оставались не захваченными лишь несколько каналов с запертыми в них каноэ. На следующее утро Кортес приказал своим людям более тщательно заблокировать выходы каналов в озеро, завалить некоторые из них полностью мусором, а другие перекрыть в ряде стратегических мест, чтобы не позволить руководству ацтеков во главе с Куаутемоком выбраться из города.
Несмотря на организованную испанцами блокаду, десятки каноэ смогли прорваться через нее, оставив позади сотни жителей, которые не смогли на них попасть и пытались отправиться вплавь, что привело к их массовой гибели. Одна из бригантин смогла догнать большое каноэ, в котором было около 20 человек, среди которых был вождь ацтеков. Куаутемок приготовился обороняться, но сдался, когда увидел несколько нацеленных на него аркебуз. Его сразу же доставили Кортесу, который пытался его успокоить обещаниями сохранить жизнь и некоторую власть. Затем он предложил ему обратиться к своим еще оборонявшимся воинам, которых оставалось около 70 ООО, и приказать им прекратить сопротивление и сдать оружие. Куаутемок выполнил эту просьбу, а увидев и услышав его, эти последние защитники города и империи повиновались его призыву. Это произошло 13 августа 1521 года.
Осада столицы ацтеков продолжалась три месяца. Кортес вел ее, имея 200 ООО индейцев-союзников, почти 900 испанцев, 80 лошадей, 16 пушек, 13 бригантин и 6000 каноэ. Он потерял 50 испанцев и несколько сот индейцев убитыми. Потери мексиканцев одними только убитыми превышали 100 000 человек, не считая тех, кто погиб от голода и болезней. Великолепная столица империи была почти полностью разрушена и совершенно разграблена. Многие ее жители были превращены в рабов с нанесением на них королевского клейма, а остальные отпущены на свободу. По случаю этой страшной победы Кортес приказал жечь на улицах уничтоженного города костры, чтобы одновременно уменьшить невыносимый запах разлагающихся тел погибших в этой чудовищной бойне. Через четыре дня генерал-капитан встретился с руководителями своих союзников, сердечно поблагодарил их за оказанную помощь, дал обещание вознаградить их за верную службу и разрешил им отправиться в свои дома. Обогащенные военной добычей и довольные победой над ненавистными правителями, индейцы разошлись по своим землям.
Испанцы, ставшие теперь хозяевами одной из самых богатых империй мира, нигде не могли обнаружить ни оставленных или потерянных ими в Мехико золота и драгоценностей, ни сказочных богатств в запасниках Монтесумы. Все это исчезло бесследно, но никто из мексиканцев не мог сообщить, где находились эти несметные богатства. Испытывая страшное разочарование таким поворотом дела, они решили выяснить места их хранения у Куаутемока и одного из его сановников путем пыток. Сановник умер под пытками, не сказав ни одного слова, а Куаутемок сказал Кортесу, что за 10 дней до его пленения он приказал все имевшиеся в городе драгоценности и золото выбросить в озера. Однако и то количество золота и ценных вещей, которые все-таки оказались в руках испанцев, было довольно большим, и оно было поделено между всеми участниками экспедиции по достигнутой договоренности, за вычетом пятой доли короля.
Разгром могущественной столицы ацтеков вызвали потрясение и ужас среди многочисленных племен их обширной империи.
Уже вскоре после этой победы он принял решение приобрести земли и порты на западном берегу Новой Испании, как стала называться завоеванная империя, чтобы вести поиски пролива из Атлантики в Южное море, а также островов и земель, в которых, по словам Монтесумы, было много золота и драгоценностей. Он даже рассчитывал организовать более выгодную доставку пряностей с Молуккских островов в Новую Испанию. С этой целью уже в 1522 и 1523 годах он направляет отряд во главе с Альварадо для завоевания прибрежного края Тутупека, где тот основывает город и готовит строительство каравелл и бригантин. В другой прибрежный район в порт Сакатула он посылает бригаду судостроителей и поручает Олиду руководить строительством каравелл, а затем провести на них исследования тех далеких земель.
Расширение территории Новой Испании Кортесом происходило на фоне то и дело поднимавшихся против владычества испанцев восстаний, которые ему приходилось подавлять силой в течение еще очень долгого времени. Не один раз завоевателю ацтеков приходилось принимать меры и для того, чтобы противостоять попыткам целого ряда соотечественников воспользоваться богатыми плодами его победы путем захвата некоторых из его земель или смещением его с поста правителя в Мехико. Но Кортес умел постоять за себя и свои интересы.
После падения Мехико вожди разных племен, населявших даже такие отдаленные от столицы области, как Гватемала, Утлатлан, Чиапас и другие, присылали Кортесу своих послов с богатыми подарками и изъявлениями готовности принять его правление Там часто происходили войны и конфликты, что побудило Кортеса направить отряд испанцев во главе с Альварадо в сопровождении индейцев. Эта экспедиция вышла из Мехико 6 декабря 1523 года и направилась на юг, держась западного побережья. После очень длительного перехода Альварадо достиг южных районов Чиапас и северо-западных земель Гватемалы, где ему пришлось потратить немало сил на подавление ряда мятежных городов, в том числе Кетцальтенанго и Утлатлана, последний из которых доставил ему очень много хлопот и неприятностей В этом богатом гористом крае испанцы обнаружили много полезных ископаемых, продуктов сельского хозяйства, замечательные лесные массивы и немало городов. Войну в Утлатлане Альварадо смог завершить лишь 1 апреля 1524 года.
Оттуда он двинулся к большому и удивительно живописному озеру Атитлан, на берегу которого располагался большой город того же названия, но он оказался покинутым. После некоторых попыток Альварадо смог найти его вождей, а затем и убедить их принять его покровительство. Но в Нанситлане местное население оказало ему серьезное сопротивление, нанеся целый ряд потерь и даже ранение самому командиру. Не добившись в этом месте успеха и понеся новые потери, включая 11 лошадей, он вернулся в Гватемалу.
Эта длительная кампания Альварадо охватывала огромное расстояние в 400 лиг и была связана с голодом, лишениями, тропической жарой и трудными переходами через реки и болота. Она не дала ему какой-либо существенной добычи, кроме рабов, но привела к умиротворению большинства провинций. Эти покрытые обширными лесами и живописными горами земли - на языке местных индейцев слово "Гватемала" означает "лесистая земля" - настолько понравились Альварадо, что он решил не только основать здесь колонию по инструкциям Кортеса, но и остаться ее руководителем Он основал там город Сантьяго-де-Гватемала, заложил собор, создал городской совет, начал раздавать земли и индейцев колонистам, а затем написал Кортесу свой отчет обо всей экспедиции и о своих планах. Кортес одобрил планы своего подчиненного, направил к нему еще отряд испанцев и поддержал его ходатайство о назначении губернатором покоренной им страны. В результате проведенной по приказу Кортеса этой многомесячной экспедиции Педро де Альварадо стал первооткрывателем и конкистадором новых земель в центральной части Американского континента.
К этим открытиям и завоеваниям вскоре прибавились и другие, совершенные тоже по инициативе Кортеса еще одним его военачальником, Кристобалем Олидом, в том же южном направлении от Мексики. Кортес, слышавший немало сообщений о богатых золотом и плодородными землями краях несколько южнее Гватемалы, хотел направиться туда сам, тем более что к этому времени он получил приказ короля Испании от 6 июня 1523 года провести обследование восточного и западного берегов континента с целью нахождения пролива между Атлантикой и Южным морем, который был так нужен кастильцам для выхода к островам Пряностей. Но в этот период Кортес был очень занят противодействием новым проискам Франсиско Гарая в районе реки Пануко в Мексиканском заливе, и поэтому решил поручить данную миссию Олиду. Параллельно с этим он послал в поисках пролива две каравеллы вдоль Мексиканского залива на северо-восток в сторону будущего Техаса и приступил к подготовке такой же экспедиции на западном побережье в направлении Панамы.
По инструкциям Кортеса Олид сначала отправился в Гавану с целью набора дополнительных людей и закупки необходимых запасов для своей длительной экспедиции. Но во время пребывания на Кубе он вошел в заговор с Диего Веласкесом, который не мог забыть о потере Мексики, поднять восстание против Кортеса в землях Гондураса, где ему было поручено также основать колонию и обследовать новую территорию. Прибыв в Гондурас, Олид вначале проявлял внешнюю лояльность по отношению к Кортесу, опасаясь противодействия ряда его родственников и помощников, участвовавших в экспедиции. Но после первых организационных дел он стал раздавать важные должности и земли с индейцами своим доверенным людям и сторонникам Веласкеса. Несколько позже Олид объявит себя губернатором Гондураса и начнет самочинную кампанию по расширению своей территории, даже за счет Никарагуа, что приведет ею в столкновение с уже осваивавшими ее Эрнан де Сото и Педрариасом.
Кортес, который считал Олида своим другом и которому тот был обязан всей своей блестящей карьерой в завоевании Мексики, послал на ликвидацию его мятежа Франсиско де лас Касас. Однако его отряд попал в шторм около лагеря Олида, его каравеллы были разбиты, а сам он был взят в плен. Находясь в плену, Лас Касас вместе с другим заключенным, Хилем де Авила, оказавшись наедине с Олидом во время обеда, нанесли ему несколько ранений кухонными ножами, но их жертве удалось скрыться среди индейцев соседнего племени. После его побега власть в Гондурасе перешла в руки сторонников Кортеса, а Олид был вскоре казнен.
Однако, не получая длительное время новостей от Лас Касаса, Кортес решает исправить положение собственным появлением на мятежной территории. Его план такого далекого похода вызвал возражения со стороны совета королевских офицеров, опасавшихся восстания индейцев в городе и других местах во время его отсутствия. Но Кортес считал, что если не наказать Олида, то многие другие капитаны в разных частях его обширной территории могут последовать его примеру и растащить завоеванную им империю на куски. Назначив вместо себя двух заместителей, которых он считал достаточно компетентными, генерал-капитан вышел со своим отрядом к Веракрусу, взяв с собой для избежания восстания индейцев их последнего императора Куаутемока и его самых важных пленных сановников. Доплыв до Юкатана, он отправил каравеллы к берегам Гондураса, а сам начал экспедицию по суше, чтобы лучше изучить новые земли и погасить пожары восстаний и мятежей.
Поход расстоянием около 500 лиг через труднопроходимые леса, болота и горы в тяжелых климатических условиях при нехватке продуктов и питьевой воды, не говоря уже о неоднократных вооруженных столкновениях с индейцами и потерях, занял несколько месяцев. Порой отряд оказывался в очень трудном положении среди диких джунглей и перед лицом опасности. В одной из таких ситуаций Куаутемок и его сановники, всегда находившиеся под охраной, сочли возможным убить Кортеса и скрыться в зарослях, с тем чтобы затем вернуться в Мехико и изгнать испанцев из страны. Им уже удалось отправить соответствующие указания своим людям в столицу, которые ждали от них условленного сигнала для начала восстания. Но один из мексиканцев, узнавший об этом заговоре, сообщил о нем Кортесу, который, получив от зачинщиков признания в подтверждение полученных сведений, приказал их казнить. Последний император ацтеков Куаутемок был казнен в дни Великого поста 1525 года в джунглях Гватемалы.