После государственного переворота 27 марта 1941 г. в Белграде стало ясно, что избежать войны Югославии не удастся. Осознавая реальность угрозы, словенская политическая элита усилила подготовку плацдарма для своего дальнейшего существования. 30 марта из Белграда в Любляну вернулся М. Старе с новостями и указаниями от входивших в кабинет министров югославского правительства словенцев Ф. Куловеца и М. Крека. Они настоятельно рекомендовали Словенской народной партии разработать стратегию на случай оккупации. В этот же день в Любляне состоялось совещание руководства СНП, на котором было решено, что партия не будет сотрудничать с властями противника и с нацистскими или фашистскими организациями. Участники приняли решение отправить заграницу своих представителей Ф. Габровшека и А. Кухара для отстаивания интересов Словении в союзническом лагере. В июне 1941 г. они уехали в Лондон, где оставались до 1943 г. 30 марта было решено направить курьера в Загреб для выработки совместной с хорватами политики в случае нападения на Югославию. Функции управления Дравской бановиной оставались в руках бана М. Натлачена, который, предвидя раздел словенских земель между двумя или тремя государствами, считал необходимым сделать все возможное, чтобы Словения была оккупирована только Германией.
В ночь на 6 апреля 1941 г. без объявления войны германские войска начали наступление на югославских границах, днем фашистская авиация подвергла бомбардировке столицу Королевства Белград. Сопротивление в Дравской бановине длилось не более двух дней. Как только на границах Югославии начались военные действия, по инициативе Натлачена был образован Национальный совет Словении, в который вошли члены Словен ской народной партии, Национальной радикальной партии, Независимой демократической партии и Национальной социалистической партии. Его председателем стал Натлачен. В то время создание Национального совета воспринималось представителями политической элиты как важнейшее событие, доказывавшее, что словенский народ "в решающие моменты может встать на защиту своих национальных интересов".
Вскоре произошло то, чего так боялся Натлачен: Дравская бановина была оккупирована и разделена между тремя государствами: Германией, Италией и Венгрией. Бóльшую часть словенских земель захватила Германия. Верхняя Крайна, Нижняя Штирия и часть Нижней Крайны номинально вошли в состав областей Каринтия и Штирия; Венгрия получила Прекмурье и словенскую часть Междумурья; Италия – Внутреннюю Крайну и бóльшую часть Нижней Крайны с Любляной.
С первых же дней оккупации на захваченных землях произошли существенные изменения. В германской и венгерской зонах политическая жизнь полностью остановилась, поскольку оккупационные власти взяли курс на ассимиляцию словенского населения. С этой целью создавались профашистские организации, которые должны были распространять нацистскую идеологию и воспитывать новое самосознание. На территории Прекмурья также стали развиваться новые для этого региона политические партии и организации, имевшие провенгерский характер. Люблянская провинция осталась единственной частью оккупированной Словении, где словенская политическая жизнь не была полностью уничтожена. В отличие от венгерских и немецких оккупантов итальянские власти пытались с первых же дней заручиться поддержкой местного населения. 17 апреля Национальный совет формально передал власть в руки итальянского гражданского комиссара. Натлачен и другие представители Совета направили Муссолини в Рим благодарность "за корректное поведение итальянской армии в ходе оккупации словенских земель". В этом послании также выражалась надежда, что вся территория Словении в скором времени сможет перейти под юрисдикцию Италии. На это Муссолини ответил, что фашистская Италия уважала и будет уважать культуру словенского народа и что скоро словенцы получат автономию, схожую со словацкой. Но несмотря на провозглашение принципов "либерализма", с первых же дней итальянские оккупанты начали проводить денационализаторскую политику.
Судьба оккупированных территорий была предопределена. Рано или поздно захваченные земли должны были быть аннек сированы. Первой аннексию осуществила Италия. 3 мая 1941 г. Люблянская провинция была провозглашена новой равноправной провинцией Королевства Италия. Главой провинции стал верховный комиссар, ему в помощь создавался совет – марионеточный орган, не обладавший какими-либо функциями, состоявший из 14 человек, выбранных из "передовых" слоев словенского населения. Возглавил его бывший бан Дравской бановины М. Натлачен. Совет просуществовал недолго и вскоре был распущен. Аннексия Прекмурья была осуществлена 16 декабря 1941 г. Согласно принятому закону, те, кто до 26 июля 1921 г. имел венгерское гражданство и потерял его в результате ратификации Трианонского договора, без особых формальностей восстанавливали свое венгерское гражданство. Что касается германской зоны, то, согласно проекту, разработанному нацистами, освобожденные земли Нижней Штирии должны были быть присоединены к государственной области Штирия, а земли Верхней Крайны включены в государственную область Каринтия. Однако для того чтобы осуществить аннексию, планировалось сначала германизировать население, что оказалось нелегкой задачей. Оккупационные власти пришли к заключению, что местное население недостаточно подготовлено к объединению с немецким народом, поэтому официальная аннексия была отложена на неопределенный срок.
Итальянские оккупационные власти уделяли внимание вопросам культуры и просвещения. Они разрешили двуязычие в школе, делопроизводстве, пресса продолжала выходить на словенском языке, преподавательский состав ни в школах, ни в университете не поменялся. Вкладывались деньги в развитие инфраструктуры, в частности, строились детские площадки и детские сады, завершались начатые еще до войны архитектурные проекты. При этом медленно, но верно итальянские власти насаждали свою идеологию и культуру. Для контроля за настроениями населения создавались различные идеологические организации. Одним из крупнейших было объединение "ГИЛЛ" (Люблянская итальянская молодежь), в которое вступали дети от пяти до семнадцати лет. Не осталось неохваченным и студенчество – на базе Люблянского университета была создана так называемая Университетская организация. Для старшего поколения были организованы такие институции, как Союз сельских женщин, фашистская просветительская организация "После работы" и др.
Диаметрально противоположной была политика немецких оккупантов, ориентированная на тотальное искоренение всего, что носило словенский этнический характер. После оккупации словенские школы были закрыты, словенские преподаватели подлежали увольнению, их место заняли учителя из Австрии или местные немцы. Идея двуязычных школ не рассматривалась. Были арестованы все личные, школьные и публичные библиотеки, большинство архивов вывезено в Австрию и Германию. Подобная ситуация складывалась и в венгерской оккупационной зоне. В мае 1943 г. был издан указ об уничтожении всех словенских книг и учебников, словенских национальных архивов и библиотек.
В первые дни оккупации итальянская армия рассматривала Словению как вполне безопасный регион. Ситуация изменилась после 22 июня 1941 г. На следующий день на стенах домов Любляны появились надписи антигерманского и антиитальянского характера. По городу прокатилась волна манифестаций в поддержку Советского Союза. После нападения фашистской Германии на СССР состоялось заседание Центрального Комитета Коммунистической партии Словении, на котором было составлено воззвание к словенскому народу с призывом к объединению в борьбе против захватчиков. На этом же заседании был образован руководящий орган – Главный штаб словенских партизанских отрядов. 29 июня 1941 г. Антиимпериалистический фронт, созданный еще в апреле рядом видных словенских общественных и культурных деятелей Б. Кидричем, А. Беблером, Б. Зихерлом, Й. Видмаром, Ф. Козаком и др., был переименован в Освободительный фронт (ОФ) словенского народа. В это же время появляются первые партизанские отряды. После выступления И. Сталина 3 июля 1941 г., когда он впервые назвал начавшуюся войну отечественной, словенские коммунисты отодвинули на второй план идею империалистической революции. Главным врагом был провозглашен фашизм. Тогда же было принято решение о начале организованной войны. На заседании Центрального комитета КПС было принято решение создать руководящий орган – Верховный штаб словенских партизанских отрядов. Позднее, когда была установлена связь с центральными югославскими органами восстания, он был переименован в Главный штаб словенских партизанских отрядов.
В сентябре 1941 г. был образован Словенский народно-освободительный комитет. На заседании в Стóлицах (Сербия), где присутствовали представители штабов партизанских отрядов Сербии, Боснии и Герцеговины, Хорватии и Словении, было решено начать организацию регулярных воинских частей. Словенские партизанские отряды были включены в состав народно-освободительных отрядов Югославии (НОПОЮ). Теперь они подчинялись Верховному командованию Верховного штаба НОПОЮ.
3 октября 1941 г. в Люблянской провинции было введено военное положение. Спустя три дня началось первое итальянское наступление на партизанские отряды, длившееся 22 дня. Благодаря деятельности Разведывательной службы безопасности (ВОС) командование партизанских отрядов заранее получало информацию о предстоящих операциях.
Партизанское движение постепенно набирало силу. Мелкие нападения сменились более крупными и продуманными операциями. К концу 1941 г. итальянские власти осознали, что избранная ими тактика ошибочна. 11 сентября 19 41 г., согласно указу № 97, в Люблянской провинции был создан чрезвычайный военный суд и введена смертная казнь. Но итальянское руководство не справлялось с поставленными перед ним задачами. Народно-освободительное движение набирало силу. В начале февраля 19 42 г. Любляна была обнесена кольцом колючей проволоки, в апреле издан указ "О правилах ночлега в Любляне". Итальянские власти начали проводить массовые депортации. Общая численность переселенных должна была составить от 20 до 30 тыс. человек.
К апрелю 1942 г. партизанское движение стало организованным. Это привело к тому, что к концу июня 1942 г. партизаны контролировали две трети Люблянской провинции. В марте 1943 г. произошел целый ряд столкновений партизан с частями итальянской армии, в ходе которых за счет трофеев им удалось увеличить свой арсенал. В мае был полностью освобожден район Жумберак, что позволило значительно расширить очищенную от оккупантов нижнекраинскую территорию.
24 июля 1943 г. правительство Муссолини пало. 8 сентября 1943 г. Италия объявила о капитуляции. Вскоре Люблянская провинция была оккупирована германскими войсками и вместе со словенским Приморьем вошла в состав так называемой Оперативной зоны Адриатического побережья. Эта территория имела для немцев важное стратегическое значение, поскольку обеспечивала связь с войсками на Балканах и в Италии. Однако имеющихся в наличии военных сил для поддержания порядка на оккупированных территориях было недостаточно. Исходя из сложившейся ситуации, германский штаб обязали в кратчайшие сроки создать некую организацию по "самообороне населения от большевизма".
Германские власти не запретили словенский язык, разрешив использовать его в делопроизводстве до тех пор, пока чиновники в достаточной мере не овладеют немецким. Чтение лекций в Люблянском университете разрешалось на словенском языке при условии, что часть курса будет прочитана на немецком. В октябре 1943 г. в Любляне открылась Немецкая академия, задача которой, согласно директиве Гитлера, заключалась в содействии населению в изучении немецкой культуры.
С первых же дней оккупации немецкие власти предприняли ряд мер для предотвращения возможных акций саботажа в городах и крупных населенных пунктах. Перед военными ставилась задача полностью ликвидировать партизанское движение. Наиболее опасной областью считалась территория между Любляной, Триестом, Видемом (Удине) и Трбижем.
К октябрю немцы смогли захватить города Ново-Место, Чрномель, Метлику и Кочевье. Кочевски Рог являлся одним из крупнейших центров партизанского движения. Там находился его штаб, девять партизанских больниц, различного рода мастерские и склады. Часть больных удалось спасти, остальные были уничтожены оккупантами. В результате наступления партизанское движение в этих областях потеряло целостность. Были ликвидированы основные каналы связи между отдельными партизанскими частями, хотя полностью уничтожить партизан оккупантам так и не удалось.
Спустя два месяца после германской оккупации была введена обязательная воинская повинность для мужчин 1914–1919 гг. рождения. Помимо Вермахта, ее можно было исполнить в добровольных вооруженных отрядах словенского домобранства, представлявшего собой военную организацию, задача которой заключалась в поддержании "мира и порядка на оккупированных землях".
В словенской печати о домобранской лиге впервые было объявлено 24 сентября 1943 г. Первый марш домобранцев по Любляне состоялся 3 октября 1943 г. Вскоре у домобранцев появляются свои печатные издания: "Словенско домобранство", "Словенски вояк", "Словенец", "Словенски дом", "Домолюб", "Словенски народ", "Гореньск и домобранец". Немалую роль в создании Словенской домобранской лиги сыграл католиче ский клир, ставший впоследствии одной из ее опор. В частности, большую заинтересованность в ее создании проявлял епископ Любляны Г. Рожман. На съезде духовенства, состоявшемся 12 июня 1944 г. в Любляне, он заявил, что домобранство – легальная власть, которая после падения Югославии "сделала своей главной опорой оккупантов… коммунизм для народа означает смерть, победа над ним – жизнь". Использование оккупантами католической церкви в качестве идеологического инструмента воздействия являлось одной из особенностей оккупационной системы в Оперативной зоне Адриатического побережья. 20 апреля 1944 г. части Словенской домобранской лиги присягнули на верность "вождю Великой Германии". Епископ Рожман отслужил мессу перед присягой.
Весна 1944 г. стала началом нового этапа борьбы с оккупантами. Бои шли с переменным успехом, однако партизанской армии удалось отстоять большую часть освобожденной территории. В 1944 г. активизировалось партизанское движение в центральной и западной Штирии. Основная деятельность партизанских отрядов в этом районе сводилась к проведению акций саботажа.
В октябре 1944 г. германская армия начала массированное наступление на освобожденную территорию, которое длилось до конца 1944 г. Операция была спланирована так, чтобы разрушить единство словенских партизан и заставить действовать их в нескольких направлениях. В конце 1944 г. немецкая армия держала под своим контролем территорию Ново-Место – Гросупле, тем самым получив возможность для дальнейшего продвижения к реке Крка и в район Суха Крайна для объединения с частями, действовавшими в районе Рибницы и Кочевья. Однако к 4 мая 1945 г. Кочевье было освобождено. Отступая, противник попытался создать оборонительную линию в районе Рибницы, но уже 6 мая сдал эту позицию. Наступление частей партизанской армии на Любляну началось 7 мая 1945 г. После продолжительных боев с использованием бронетехники и артиллерии 9 мая части НОАЮ вошли в город.