Петр Покрышкин, представлявший Императорскую Археологическую комиссию, ссылаясь на нормы музейной реставрации, призывал пощадить и не записывать сохранившиеся подлинные фрагменты. Он, в частности, говорил о том, что нужно избегать реставрации там, где в этом нет крайней необходимости. Однако он встретил сопротивление с самой неожиданной стороны. С. Милорадович, академик живописи и представитель МАО, настаивал на том, что надписание есть совершенно необходимый элемент иконы, раскрывающий ее догматическую сущность. Эта традиция должна быть священна, и "археологический взгляд" должен быть принесен ей в жертву. Его поддержал архитектор Московского Дворцового управления А. Иванов, жестко заявивший, что нельзя превращать церковь в музей. Свое "особое мнение" о реставрации письменно изложил протоиерей И. Извеков. Согласно письму, в задачи реставрации входит восстановление чистоты картины на время ее написания, снятие наростов последнего времени и "обнажение примитива", который вышел из под руки первоначального художника. С точки зрения протоиерея, "музейная реставрация" может закрыть или ослабить содержащийся в иконе источник святого воодушевления, благочестивые мысли и святые чувства верующих: "Какое впечатление могут произвести на богомольцев иконы, на которых реставраторы, в угоду археологии, будут оставлять без исправления повреждения и разные пятна?" Все это вызвало удивление П. Покрышкина: религиозное чувство ничуть не оскорбляется при виде фрагментов подлинных надписей на иконах. К тому же прецедент уже существовал, когда без подавления были оставлены надписи на фресках Троицкого собора Ипатьевского монастыря.
Подобные споры возникали и позднее в отношении реставрации стенописи Успенского собора в Кремле в 1910–1918 гг. Несмотря на то, что в целом победила точка зрения сторонников "благолепия", во время дискуссии высказывались мнения о допустимости разных подходов к восполнению утрат фресок, расположенных в разных частях храма. Участники реставрации полагали, что если росписи наоса должны быть "приспособлены" к особенностям восприятия "богомольцев-простецов", то иконопись алтарных пространств вполне может быть оставлена без тонировок, поскольку созерцается лишь людьми богословски образованными, с развитым религиозно-эстетическим чувством.
Похожий конфликт вышел у П. Покрышкина с профессором Киевской Духовной академии и заведующим ее Церковно-археологическим музеем Николаем Петровым (1840–1921). В своих воспоминаниях Н. Петров выделяет в области охраны памятников церковной старины две тенденции, сложившиеся в начале ХХ в.: централистическую, идущую от ИАК и стремящуюся сохранить в неприкосновенности всякий остаток церковной древности, "поставив его под стеклянный колпак", и местную, связанную с епархиальными архиереями, приходскими и монастырскими настоятелями . Девизом первого направления было изречение "percat mundus, fiat archeologia". По смыслу закона археологической охране подлежали только памятники досинодальной эпохи, "но гг. Покрышкины стараются охранять и более поздние памятники". Он вспоминает эпизод, связанный с попыткой строительства в Михайловском Златоверхом монастыре в Киеве новой трапезной церкви, вместо обветшавшей прежней, созданной в 1760-е гг. В этот поздний храм оказался встроен портал боковой двери, оставшийся от древнего храма. Несмотря на заверения монастырской комиссии, что дверь может быть сохранена и при строительстве, П. Покрышкин, произнеся свой вердикт о нежелательности каких-либо перестроек, абсолютно утратил интерес к работе комиссии. На недоуменные вопросы собственников, что же им делать после запрещения вести переделки древних церковных зданий, П. Покрышкин, по свидетельству Н. Петрова, якобы отвечал: "Это не мое дело, я имею в виду только археологические интересы". Второе течение в области охраны памятников пыталось, хотя и не во всем успешно, сочетать задачу охраны церковной старины с повседневными литургическими и хозяйственными нуждами. Впрочем, Н. Петров сам признает, что зачастую эти "нужды" диктовались вкусами или пристрастиями архиерея или настоятеля. В обиход вошло создание "домашних" экспертных комиссий, принимавших выгодные преосвященному заказчику решения или же просто констатировавших факт перестроек.
Еще одна история, связанная с позицией ИАК и оппозицией ведомства православного исповедания произошла в 1910 г. и касалась Никольского храма в Московском Новоспасском монастыре (1652) . Для целей "церковно-просветительской деятельности" монастыря было решено приспособить Никольский храм, который требовал капитального ремонта. Московская синодальная контора решила, что храм не имеет археологического интереса, и ремонт превратился в расширение церкви. Все это вызвало вполне предсказуемую реакцию МАО в письмах от 12 и 17 июня 1910 г. в синодальную контору, где требовалось "принять меры против варварского своеволия монахов".
В ответ настоятель ставропигиального монастыря архимандрит Макарий (Гневушев), только что назначенный на эту должность в 1909 г., сформулировал особую идеологию отношения к древности. Несвоевременное удовлетворение нужд приходов ведет к гибельным последствиям. Между тем среди археологов – "решительных специалистов", не имеющих никаких других занятий, ревность к "археологическим подробностям" нередко доходит до идолопоклонства перед каждым древним кирпичом. У церкви нет денег и места, чтобы строить новые храмы. Остается лишь одно – оставить храм разрушаться и пренебречь современными пастырскими обязанностями. Такие случаи ясно говорят, что вопрос о взаимных отношениях между археологией и насущными нуждами современности должен подвергнуться всестороннему обсуждению и должны быть положены пределы "запрещениям", исходящим от археологии в деле первостепенной важности для Церкви. Границы допустимого должны быть обусловлены не одним только мертвым служением старине, но и высшими побуждениями религиозно-нравственной жизни, постоянно развивающейся. Церковная власть должна понять, что любовь к старине у "варваров монахов" более целесообразна и глубока, чем у археологов. На заседании ИАК 23 февраля 1911 г. эта теория вызвала законное недоумение. Сохранение древних храмов в чистоте их исторических форм есть одна из важных форм православного служения, как и хранение канонов и традиций вообще. Для дела веры лучше отнюдь не то, что удобнее, просторнее, практичнее и блестит новизною. Религиозное настроение не достигается золотом. Собравшиеся отметили, что впервые столкнулись со столь решительной отповедью со стороны духовенства в адрес охраны памятников старины. В результате к Никольскому храму был пристроен обширный зал.
Двусмысленность и неординарность ситуации, связанной с конфликтом в Новоспасском монастыре, проистекает из личности его настоятеля, в миру Михаила Васильевича Гневушева (1858–1918). Начиная с 1906 г. он был активным членом монархического движения, в 1915 г. стал членом Совета монархических съездов, а некоторые из его выступлений были оценены современниками как антисемитские. Его настоятельская деятельность в монастыре неоднократно становилась предметом жалоб в Синод в связи с растратами монастырских денег и финансовыми махинациям, однако инициировать серьезное разбирательство так и не удалось. В 1914 г. архимандрит Макарий был рукоположен во архиерея, в январе 1917 г. стал епископом Орловским и Севским, однако уже 26 мая был отправлен на покой – по причине ангажированной политической позиции и в силу неоднозначности репутации в обществе и Церкви. В дальнейшем он проживал в монастырях Смоленска и Вязьмы, однако 22 августа 1918 г. был арестован и 4 сентября расстрелян. Суть предъявленных ему обвинений достаточно смутна, очевидно, они были как то связаны с его прошлой монархической деятельностью.
Несмотря на неоднозначную оценку его личности, епископ Макарий был канонизирован Архиерейским собором 2000 г. в чине ново-мучеников. Интересно, что целый ряд конфликтов начала ХХ в., порожденных охраной церковной старины, так или иначе связан с выдающимися церковными деятелями, впоследствии канонизированными. Очевидно, что факт признания святости современной Церковью не гарантирует высокой личной культуры и христианского отношения к древности со стороны самих новомучеников: "несть человек, иже жив будет и не согрешит".
Оценивая приведенные выше "церковно-археологические examplae", следует помнить, что элементарные нормы христианской антропологии подсказывают: христианин не может безусловно доверяться собственным чувствам и представлениям. Для описания плененности человеческой личности собственными чувствами в православной аскетике существует емкий термин – "прелесть". Если вид древности "оскорбляет" чьи-то "религиозные чувства", то человеку стоит задуматься, насколько развито его религиозное чувство. Археология и вера не могут находиться в противоречии, потому что вера не есть процесс "удовлетворения религиозных потребностей". Если ради создания "благолепия" древность уничтожается, значит, это благолепие антицерковно. Скорее, как явствует из манифеста архимандрита Макария (Гневушева), в оппозиции находятся археология и монастырские деньги. Парадокс заключается в том, что Петр Покрышкин и Археологическая комиссия оказались в своих требованиях более церковны, чем их церковные оппоненты, результаты деятельности которых, разрушающие образ старины, оказываются близки к плодам византийского иконоборчества и советского богоборчества. К тому же осуществление двойных стандартов в церковной культуре – для "грамотеев" и "простецов" нельзя признать соответствующим христианской порядочности.
Каким бы странным это ни показалось, но в истории церковной археологии в России, по нашему мнению, настоящим показателем меняющегося отношения православного клира и мира к древности стал все возрастающий интерес приходского духовенства к археологическим раскопкам. Твердо усвоив максиму апостола Павла о том, что благочестие не служит для прибытка, епископат и высшее духовенство с пренебрежением относились ко всему, что прибытку не служит. Конечно, нельзя исключить и страсть духовенства к кладоискательству, замаскированную в форму получения официального разрешения на раскопки. Археологическая комиссия, с 1859 г. имевшая обязанность производить раскопки древностей, относящихся к отечественной истории, в 1889 г. получает вместе с реставрационным надзором исключительное право выдачи Открытых листов на раскопки на землях казенных и общественных. Однако повсеместность явления опровергает это предположение. Естественно, методологические основы подобных предприятий были невысоки, а научный результат невелик. Но "раскопочный бум" начала XX в. среди священства и церковной общественности, вряд ли способствовавший обогащению, должен быть расценен как важный ментальный прорыв. При этом духовенство интересовалось преимущественно памятниками первобытной древности, а отнюдь не церковной археологией.
Так, священник Н. Предтеченский раскопал курганы древнерусского времени в Корчевском уезде в 1900 г. . В 1897 г. разрешение на раскопки запрашивает у ИАК священник В. Герасимов, исследовавший Липецкое городище в Березовском округе, в 1898 г. – священник Л. Павский с. Ульяны Гродненской губернии, а также представители приходского училища в Костроме, задумавшие раскопать Белый город близ Юрьевца . В 1900 г. их примеру следуют священник Александр Инфантьев с. Редутина Оренбургской губернии и священник Николай Полянский с. Михайловское Кубанской области . С 1900 г. в святом Эчмиадзине постоянные раскопки ведет "верховный архимандрит" Хачик (Дедян). В 1901 г. в области Войска Донского проводит раскопки священник станицы Кущевская Е. Авилов, в Семипалатинской области – священник с. Глубокое Борис Герасимов , в 1903 г. раскопки начинает диакон с. Васильевка Нижегородской губернии Н. Царевский . Открытый лист на раскопки был выдан Орловскому церковно-археологическому обществу в 1906 г. – на работы в Трубчевском уезде у д. Святое, в 1907 г. – на исследование городищ по р. Оке. В 1907 г. Минский церковно-археологический кабинет запрашивает лист на раскопки в Турове, в результате которых был найден знаменитый Туровский саркофаг. В 1908 г. к археологическим исследованиям скифских курганов приступает священник Острогожского уезда Воронежской губернии Стефан Зверев .
11 мая 1915 г. один из первых священномучеников епископ Пермский Андроник (Никольский) присылает в Археологическую комиссию телеграмму: "Пермский комитет церковно-археологического общества и архивная комиссия просят моего ходатайства выдаче им листа производить работы поскорее Соликамского уезда места бывшего монастыря, где открыт подземный ход. Работы будут производить члены археологического института Павел Степанович Богословский и архивной комиссии Иван Яковлевич Кривощеков. Посем прошу комиссию возможно незамедлительно ходатайство названных учреждений удовлетворить. Проект работ следует почтой". Открытый лист на работы в Пыскорском монастыре был выдан уже 20 мая .
Вообще взаимоотношения археологии и ведомства православного исповедания хорошо видны из истории исследования Херсонеса. Его археологическое изучение как церковными, так и светскими силами складывалось практически одновременно. В начале 1850-х гг., когда уже лейтенант Шемякин только начал "раскопку" базилики (1851–1853), впоследствии получившей название "Уваровская", председатель Одесского общества истории и древностей Николай Мурзакевич убедил архиепископа Иннокентия (Борисова) в неизбежности археологических раскопок. В 1852 г. на территории Херсонеса возникает киновия, в 1862 г. – монастырь, с 1861 г. начинается подготовка к строительству Свято-Владимирского храма на месте предполагаемого крещения св. князя Владимира. Еще в июле 1852 г. иеромонах Василий (Юдин) вскрыл фундаменты крестообразной церкви на месте будущего строительства. Впоследствии, будучи уже игуменом, по благословению архиепископа Иннокентия, он копал городище параллельно с графом Алексеем Уваровым и Одесским обществом. Христианские древности хранились в монастыре, а языческие, по "неудобности" их содержания в православной обители, отправлялись в Одессу.
В 1861 г. Херсонесский монастырь св. Владимира был возведен в первоклассный. 23 августа император Александр II и члены августейшей фамилии приняли участие в торжественной закладке фундамента херсонесского собора. В этом же году новый настоятель монастыря игумен Евгений (Отмарштейн) производил дополнительные раскопки на месте строительства собора, где среди прочих сооружений были открыта базилика и несколько храмов, о чем он сообщил в ИАК, надеясь на поддержу своих начинаний, однако сотрудничество монастыря и комиссии так не состоялось .
В 1875 г. бывший министр народного просвещения обер-прокурор Святейшего Синода граф Д. А. Толстой посетил Херсонесский монастырь и, заметив на строительной площадке храма св. князя Владимира многочисленные обломки древних архитектурных деталей, предложил Одесскому Обществу возглавить охрану и исследование древностей Херсонеса. В 1876 г. раскопки возобновились под надзором игумена Анфима (Казимирова) и инженера К. Геммельмана во взаимодействии с одесским музеем, 10 октября 1878 г. настоятель был назначен "начальником экспедиции". При этом вплоть до 1881 г. Синод выплачивал по 1000 рублей в год на эту "прихоть". Впоследствии, когда выявились случаи хищения древностей, суммы были урезаны, двоевластие ликвидировано, и с 1884 г. исследования были подчинены монастырю.
Надо сказать, что такое единоначалие не сказалось положительно на судьбе памятников. 21 апреля 1887 г. председатель Московского архитектурного общества Н. В. Никитин, со ссылкой на действительного члена Общества М. Ф. Беттихера, написал в МАО о бедственном положении древностей на территории Херсонесского Свято-Владимирского монастыря. В частности, со ссылкой на одного из братии, сообщалось, что колонны вдоль дороги предполагается распилить и использовать для пола в новых храмах. Сами же колонны из мест их обнаружения стаскивались к дороге, из чего следовало, что раскопки и сама охрана древних памятников находятся в руках людей, не понимающих их значения . Это послужило поводом к письму Прасковьи Уваровой государю от 2 июня 1887 г. за № 3562 . Суть его сводилась к следующему: Херсонес – святыня, она должна быть известна и охраняема.