Нарастающий вал требований религиозных общин породил первые робкие сомнения в правильности тех "большевистских методов", которыми восстанавливались попранные большевиками права Церкви. 28 марта 1990 г. в "Литературной газете" появляется открытое письмо деятелей науки и культуры "О будущем наших храмов", одним из инициаторов которого стал реставратор памятников древнерусского искусства Савва Ямщиков. В нем говорилось о необходимости "оказать государственное содействие в повсеместном возвращении Церкви всех выдающихся памятников религиозной культуры и придать им на законодательной основе статус церковных музеев". Требование безусловного отказа от революционных возвратов, разрушающих сложившиеся музейные и реставрационные структуры, о перспективном подходе, сочетающем интересы Церкви, общества и культуры, оказалось не услышанным. Тогда же отреагировали на вышеупомянутое обращение ведущие российские искусствоведы Алексий Комеч, Геннадий Попов и Энгелина Смирнова. В их письме были впервые сформулированы основные причины обеспокоенности интеллигенции процессом безответственной передачи памятников церковной старины религиозным организациям. Формулировки становятся впоследствии хрестоматийными и начинают "кочевать" из одного протеста в другой. Вне музейного опыта и особых условий будет сложно сохранить памятник, а при ежедневной богослужебной эксплуатации станет невозможно достойно его представить. Передача храмов и святынь в непосредственное пользование верующим возможна лишь при гарантиях нормальных условий хранения. В качестве первоочередной меры авторы письма предполагали передачу тех храмов, которые не используются в культурных целях. Иконостасы этих храмов могли формироваться за счет некоторых категорий икон из музейных запасников, а также за счет создания копий. Создание церковно-археологических музеев, которые должны, по мысли их инициаторов, создаваться на основе уже существующих коллекций, рассматривалось как шаг назад. В письме был приведен и список первых утрат и угроз: Успенский собор во Владимире, Успенский собор на Городке в Звенигороде, врата Троицкого собора Александровской слободы и некоторые другие памятники. Чуть позже в Ферапонтовом монастыре при попытке захвата церковных помещений пострадали фрески Дионисия (XV в.).
Процесс возвращения храмов, в котором основную роль играли требования "с мест", грозил стать неконтролируемым, а паства – неуправляемой. Инициативу снизу нужно было заменить регулируемым епископатом процессом, предполагающим проявление "волеизъявления прихожан" в нужном месте и в нужное время. Именно на это время и пришлось избрание на московскую кафедру ленинградского митрополита Алексия (Ридигера), с именем которого будет связана последующая культурная политика патриархии вплоть до его кончины 5 декабря 2008 г. Инициатива в это вопросе в начале 1990-х гг. окончательно перешла от мирян к архиереям.
30 августа 1990 г. патриарх – народный депутат СССР направляет письмо председателю Совета Министров РСФСР Ивану Силаеву . Письмо за исходящим номером 1721 было посвящено централизации вопроса передачи церковной недвижимости. К нему прилагался список храмов, монастырей и предметов культа, о возвращении которых, как явствовало из заголовка, "ходатайствуют епархиальные преосвященные". Список содержал 544 позиции на всей территории России, из которых значительное число принадлежало 54 музеям. При знакомстве с ним удивляет произвольность в его формировании. Если в Ижевской епархии упоминалось 72 храма, на возвращение которых претендовала епархия, то по всей Москве – только 32. По Кировской епархии таких церквей числилось 51, тогда как православному Новгороду нужно было всего 4 объекта. При этом список в большинстве случаев не содержал указания на то, кем эти храмы и монастыри используются в настоящее время. Часто в общем перечне списка присутствовали "церковная утварь, иконы, царские врата, богослужебные книги и богословская литература, хранящаяся в областном художественном и краеведческом музеях". Епархия в Вологде претендовала на Софийский собор и Кремль, а также Спасо-Прилуцкий монастырь. В Ипатьевском монастыре в Костроме архиерею были нужны лишь Троицкий собор, колокольня и церковь свв. Хрисанфа и Дарьи. В Петербурге это были Александро-Невская лавра, Исаакиевский собор, Казанский собор, храм Спаса на крови, а так же безадресные "церковные дома и здания социального назначения, ранее национализированные". В ряде случаев в списке содержались заведомо недостоверные сведения. Так, сообщалось, что в Хутынском монастыре под Новгородом располагалась "валютная гостиница", хотя всем было известно, что обитель находится в руинированном состоянии.
В любом случае, список не был по всем позициям согласован с епархиальными архиереями и тут же оказался пополнен их амбициями. Один из первых конфликтов на этой почве разразился в Петербурге уже в сентябре 1990 г. Новый митрополит Иоанн (Снычев) потребовал вернуть церкви Рождественский собор Смольного монастыря, который не входил в патриарший список и в котором до сих пор располагается концертный зал. Обращение вызвало полемику в прессе и недовольство патриарха. Его интерес к церковному Петербургу в ущерб местному епископу, традиционно назначаемому из числа "благодарных провинциалов" с кругозором сельского священника, был очевиден. В январе 1991 г. патриарх практически согласился с предложением мэра города Анатолия Собчака организовать ставропигию Казанского и Исаакиевского соборов и храма Спаса на крови в виде "особого патриаршего попечения" над ними. Интересно, что тогда патриарх еще считал возможным сосуществование в Казанском соборе действующего храма и Музея русской воинской славы 1812 г., а храм Спаса на крови предложил приписать к Казанскому собору и сделать его музеем русской мозаики.
Текст сопроводительного письма патриарха от 30 августа премьеру представляет самостоятельный интерес. Мы присутствуем при продолжении неоконченного диалога. Текст начинается словами "в качестве первого этапа – препровождаю Вам список храмов, которые необходимо вернуть в собственность церкви". При этом предлагалось "долевое участие государства и общественных организаций и фондов" в финансировании восстановительных работ, а также выделение "на все передаваемые объекты через систему материально-технического снабжения РСФСР достаточного количества строительных материалов". В официальных биографиях И. Силаева, с июня 1990 г. по сентябрь 1991 г. занимавшего пост председателя Совета Министров РСФСР, постоянно говорится: "Одним из первых шагов правительства Силаева была инициатива передачи 500 церквей и храмов Русской Православной церкви, которая была поддержана его святейшеством Патриархом Московским и всея Руси Алексием II". Так кому же принадлежала инициатива – председателю или патриарху? Очевидно, у каждой из сторон здесь были свои интересы. Возрождение церковной жизни в сознании большинства россиян связывалось исключительно с открытием храмов. Правительство "шло навстречу пожеланиям народа", одновременно рассчитывая передать "на баланс" церкви многочисленные храмовые здания. К тому же предстояло противостояние российской и союзной бюрократии, и поддержка со стороны "патриарха всего СССР" была важна для исхода этой борьбы. 18 сентября И. Силаев накладывает на письмо резолюцию, обращенную к совминам автономных республик, край– и облисполкомам, Московскому и Ленинградскому горисполкомам: "Прошу рассмотреть и сообщить, в какие сроки можно освободить". После этого премьер задумался и о культуре: "т. Соломину Ю. М. Прошу переговорить". Характерна реакция местных властей на поручение премьера, выразившаяся в практически повсеместном отказе исполнить "московскую волю". Однако в стране назревали более важные для церковной жизни события, чем келейные договоренности между государственной и церковной властью о разделе собственности. Закон СССР "О свободе совести и о религиозных организациях" № 1689-1 был принят 1 октября 1990 г., а 25 октября 1990 г. Верховный Совет России принимает Закон "О свободе вероисповеданий". Они предусматривали возвращение религиозным организациям не только прав юридического лица, но и имущества религиозного назначения на основе договора с государством.
Чуть позже, 25 декабря 1990 г., Верховный Совет принял постановление № 447-1 "О неотложных мерах по сохранению культурного и природного наследия народов РСФСР", подписанное Борисом Ельциным. Местным советам предлагалось (пункт 5) предусмотреть приоритетное право использования культовых зданий по их первоначальному назначению с одновременным отводом земель и строений, необходимых для выполнения религиозными организациями их функций. Порядок передачи государством зданий и культовых предметов религиозным объединениям определяется законодательством РСФСР. Естественным развитием этого постановления становилось совершенствование законодательства, посвященного передаче памятников культуры религиозным организациям и усилению ответственности за порчу и разрушение этих памятников. Однако Россия так и не приняла подобного акта в отличие от СССР. Закон № 2284-I (Д) "Об уголовной и административной ответственности за нарушение законодательства об охране и использовании памятников истории и культуры", подписанный Михаилом Горбачевым 2 июля 1991 г., фактически сразу же утратил силу и не обрел правоприменительной практики на территории России.
Одновременно патриарх обращается в Моссовет с предложением вернуть патриархии 175 церквей и 8 часовен, в которых размещаются 68 культурно-просветительских учреждений, в том числе 28 музеев. Если комиссия Моссовета изначально настаивала на дифференцированном подходе к памятникам, то более радикальный Ленсовет намеревался пойти по пути всеобщей передачи . К июлю 1991 г. из 4578 памятников культового зодчества в РСФСР 900 было передано патриархии, 635 были заняты музеями и учреждениями культуры, 1236 вообще не использовались, а в остальных располагаются мастерские, склады, организации, жилые дома.
Восстановление справедливости по отношению к одним сопровождалось попранием ее по отношению к другим. 4 декабря 1990 г. подписывается постановление Мосгорисполкома "О передаче Московской патриархии памятника архитектуры XV в. "Новоспасский монастырь"", при этом ВНИИ реставрации предписывалось "освободить занимаемые площади после предоставления помещений". К концу 1991 г. ситуация здесь приобрела резко конфликтные черты. Патриархия увеличила арендную плату с 2 до 248 рублей за квадратный метр, а город выделил несравненно малую площадь для переезда – всего 900 кв. м. Со стороны монашеской общины поступали угрозы привлечь ОМОН для разрешения конфликта и сбить институтские замки. Глава общины архимандрит Алексий (Фролов), нынешний епископ Орехово-Зуевский, заявил тогда: "Я искать выход не буду, пусть его ищет институт". При этом прозвучало и обвинение в адрес реставраторов в доведении Преображенского собора до аварийного состояния. Вселение в Сретенскую церковь в Москве "интеллигентной" общины священника Георгия Кочеткова также не обошлось без конфликта с отделом скульптуры Всероссийского реставрационного центра .
В 1991 г. общественность страны попыталась противопоставить келейным церковно-государственным договоренностям собственную открытую концепцию возвращения памятников церковной старины религиозным общинам. В начале года в Советском Фонде культуры состоялось совещание по вопросу передачи Русской Православной церкви храмов и монастырей, в нем приняли участие представители всех заинтересованных сторон . Итогом работы стало общее письмо-обращение к патриарху Алексию (Ридигеру) и Президенту Борису Ельцину. Авторы письма настаивали на дифференцированном подходе к процессу возвращения Церкви памятников культуры. Все памятники подразделяются здесь на четыре категории. Храмы первой группы, не имеющие выдающегося историко-художественного значения, могут быть переданы патриархии безо всяких условий. Вторая, немногочисленная группа объединяет обладающие художественной ценностью и имеющие музейное значение памятники, которые, однако, возможно передать Церкви. При совершении в них богослужений необходимо соблюдать температурно-влажностный режим, а также гарантировать возможность их экскурсионного посещения, всестороннего изучения и соблюдения научно обоснованных норм при ремонтно-реставрационных работах. Такие храмы могут быть церковными музеями, в которых возможно проведение праздничных и воскресных служб. К этой группе относятся уже переданные Церкви Успенский собор во Владимире и Успенский собор в Звенигороде с фресками прп. Андрея Рублева. В ряде случаев предполагалось ограничить богослужебное использование таких храмов по отношению к status quo, сложившемуся к тому моменту.
Третью группу составляют храмы, которые остаются музеями, но при этом в них могут совершать праздничные богослужения с ограниченным количеством присутствующих. В письме перечисляются 16 храмов – собор Андроникова монастыря в Москве, Успенский собор Московского Кремля, Смоленский собор Новодевичьего монастыря, церковь Святой Троицы в Останкино, храмы Пафнутьево-Боровского монастыря (Калужская область) и Марфо-Мариинской обители (Москва), собор Саввино-Сторожевского монастыря в Звенигороде, Казанский собор в Санкт-Петербурге, Успенский собор в Рязани, церкви апостолов Петра и Павла и архангела Михаила в Смоленске, церковь Святого Духа во Фленово, Успенский собор в Ростове и Крестовоздвиженский собор в Тутаеве (Ярославская область).
В четвертую группу входят единственные в своем роде памятники, которые в силу их художественной ценности и хрупкости не могут использоваться для богослужений и должны продолжать сохранять музейный статус. К таким шедеврам отнесены: церковь Покрова Богородицы в Филях (Москва), Рождественский собор в Суздале, Софийский собор в Вологде, Преображенская церковь в селе Большие Вяземы Одинцовского района Московской области, Троицкий собор Ипатьевского монастыря в Костроме, собор Мирожского монастыря во Пскове, церковь Ильи-пророка в Ярославле и София Новгородская. Дополнительно подчеркивалось, что вывод музея из культового здания возможен лишь при условии предоставления помещения, соответствующего требованиям хранения и экспонирования музейных фондов. При этом авторы письма ссылаются на пункт 7 постановления Совета Министров СССР от 2 июня 1965 г. "О музейном фонде СССР", где говорилось: "Перевод музеев в здания (помещения), не отвечающие условиям хранения музейных экспонатов… запрещается". В письме предлагалось также создание строгого и единообразного порядка передачи памятников Русской Православной Церкви, подчиненного задаче сохранения культурных ценностей. Одним из действенных шагов в этом направлении могла стать деятельность региональных экспертных комитетов, специальное заключение которых являлось бы основанием для передачи. В рамках этого заключения должны быть выработаны рекомендации обязательного характера, касающиеся не только использования памятника, но и способов и методов его реставрации. В экспертные советы, деятельность которых должна носить согласительный и публичный характер, помимо специалистов должны входить представители Церкви.
В рамках дискуссии был высказан ряд интересных предложений: активнее подключать Русскую Православную Церковь к реставрации культовых памятников, находящихся в собственности государства, восстановить "де-юре" право собственности Церкви на музейные предметы, что позволит защитить святыни от опошления и сохранить целостность церковной культуры. В качестве первого шага предполагалась передача религиозным организациям алтарных частей музейных храмов, восстановление их первозданного вида, освобождение от экспонатов, не соответствующих духу храмового пространства. С самого начала возникла идея церковно-музейной конференции с обсуждением возникших проблем, которая сменилась впоследствии разговорами о соглашении между патриархией и Минкультом. Одновременно происходило и обсуждение проекта Закона Российской Федерации о собственности религиозных объединений, пункт 5 которого гласил: "Решение по вопросу об уникальности указанных памятников и передаче их в пользу религиозных объединений принимается Президиумом ВС РСФСР после заключения соответствующих комитетов ВС РСФСР.
Порядок пользования указанным имуществом определяется Советом Министров РСФСР с участием заинтересованных сторон"
Естественным развитием и своеобразным итогом такого подхода стало "инструктивное письмо" министра культуры СССР Николая Губенко от 25 июня 1991 г. за № 1238-04-4/10-47 . В прилагаемой декларации говорилось о необходимости возвращения церковных зданий Церкви, причем подчеркивалось, что 95 % могут быть возвращены немедленно. Процесс реабилитации духовных и художественных ценностей признавался необходимым и содержательным, но требующим обеспечения их сохранности. Основой декларации, с одной стороны, был отказ от противопоставления религии и культуры, с другой – нормальная жизнь Церкви в существующей социальной и правовой среде, а не жесткое подчинение этой среды церковному началу. И обществу и Церкви стоило признать свершившуюся секуляризацию культуры и изменившееся отношение к культовому и культурному наследию. Музеефикация и реставрация рассматривались как общественная потребность в восприятии исторических предметов как произведений искусства и религиозных святынь, и Церковь должна была считаться с этой позицией. Однако патриархия абсолютизирует молитвенную предназначенность церковных памятников как единственный источник духовной жизни общества.