Лишь к концу XIX в. началось массовое возникновение церковных учреждений в виде обществ, епархиальных комитетов и древлехранилищ и повышение их научного потенциала. В это время инициатива их создания начала переходить от мирян и академической профессуры к епископату. Успех или неуспех церковно-археологических начинаний в епархии стал зависеть от внимания или равнодушия архиерея к этому начинанию. В 1880-е гг. возникают 8 церковно-археологических учреждений, в 1890-е – 9, с 1900 г. по 1911 г. – 16, а с 1911 г. по 1914 г. – 23 . Одним из первых возник Подольский епархиальный историко-статистический комитет в 1863 г. и Нижегородская церковно-археологическая комиссия в 1887 г. Основной целью этих учреждений было собирание местных исторических памятников и развитие в среде духовенства археологического интереса и знаний. В таких сокровищницах православной культуры, как Псков и Новгород, церковно-археологические учреждения были созданы архиепископом Арсением (Стадницким) в 1908 и 1912/1913 гг., соответственно . В 1912 г. в Москве состоялся Предварительный съезд по устройству I Всероссийского съезда деятелей музеев, на котором был учрежден особый церковно-археологический отдел. Тогда главной проблемой церковно-археологического дела в России было объявлено даже не отсутствие средств, а отсутствие правового статуса этого начинания, зависящего от благосклонности епархиальных преосвященных и держащегося исключительно на энтузиазме рядовых членов движения.
Роль этих учреждений в изучении и сохранении памятников церковной старины возрастала. Однако росли и присущие их деятельности противоречия. К тому же не только на губернском, но даже и на столичном уровне отнюдь не везде существовало понимание их необходимости. Характерный случай произошел на I Областном археологическом съезде в Ярославле в 1901 г., где с докладом "О мерах к сохранению церковных памятников" выступил протоиерей Сильвестр Соколов. Основной мыслью выступления была необходимость создания епархиальных церковно-археологических комитетов как гарантов сохранности памятников и документов, находящихся в ведении монастырей и духовных консисторий. Однако доклад вызвал критику присутствующих на заседании членов Архивных комиссий. В ней указывалось на приходскую занятость малообразованного духовенства, а также на то, что охрана памятников губернской старины возложена "Положением Комитета Министров о губернских исторических архивах и губернских ученых архивных комиссиях" от 13 апреля 1884 г. на эти самые комиссии.
Точку в дискуссии поставил авторитет профессора Санкт-Петербургской Духовной академии и директора Археологического института Николая Покровского (1848–1917), "отца церковной археологии" в России. Указав на "нежизнеспособность" епархиальных обществ, он посчитал, что параллельное существование комиссий и комитетов в губерниях не обеспечено достаточным количеством образованных сотрудников. Существование епархиальных учреждений, по его мнению, оправдано лишь там, где еще нет Архивных комиссий.
Однако позже Н. Покровский принципиально изменил свою позицию. В середине 1900-х гг. он видел "наиболее целесообразный путь к охране церковной старины" в учреждении центрального церковно-археологического органа при Синоде и епархиальных комитетов на местах. Привлечение к этой деятельности Архивных комиссий возможно, если при них будет создан специальный отдел церковных древностей. Подобный переворот во взглядах был вызван знакомством Н. Покровского с конкретной работой епархиальных учреждений на местах, в частности Тверского епархиального историко-археологического комитета, устав которого был утвержден Синодом 5 июня 1902 г. Здесь велась активная работа по каталогизации памятников церковной старины, и дважды, 29 мая-8 июня 1904 г. и 28 мая-8 июня 1912 г. проходили церковно-археологические курсы при участии крупнейших российских историков и археологов. Тверской комитет, насчитывавший в своих рядах до 200 членов, был одним из самых многочисленных в России. Во второй половине 1900-х гг. активность комитета несколько снизилась: из 53 заседаний Совета в 1902–1910 гг. половина пришлась на период 1902–1904 гг. Это было связано с переводом на Казанскую кафедру в 1905 г. основателя комитета архиепископа Дмитрия (Самбикина).
"Мелочи архиерейской жизни" создавали сложности и в деятельности других церковно-археологических обществ и древлехранилищ. Так, основатель епархиального древлехранилища в Туле (1884) Николай Троицкий (1851–1920) в 1894–1896 гг. был отстранен от работы, а музей практически прекратил свое существование по воле местного епископа Иринея (Орды). Однако наиболее вопиющий случай связан со Смоленским древлехранилищем и церковно-археологическим комитетом. Музей был основан епископом Никанором (Каменским) в 1896 г. в Тимофеевских покоях архиерейского дома. Однако его преемник Петр (Другов) в ноябре 1904 г. неожиданно ходатайствовал о закрытии музея. 8 декабря 1904 г. Синод запретил эту прихоть, однако в том же году музейные помещения были освобождены под жилье близких к епископу монахов. Экспонаты были частично отданы в семинарию и розданы по церквам, а в 1907 г. комитет исключается из списка епархиальных учреждений. В обществе появились слухи о продаже христианских древностей разным лицам, в том числе княгине Марии Тенишевой.
Считается, что именно эти слухи и письмо графини Уваровой императору стали причиной отправки в Смоленск синодальной комиссии в сентябре 1907 г. Однако письмо было написано 8 апреля 1908 г., когда комиссия уже завершила свою работу, а преосвященный Петр был отправлен на покой. Очевидно, у Синода были свои резоны в этом расследовании. Комиссию, вместе с обер-секретарем Синода П. Мудровым, возглавил епископ Могилевский Стефан (Архангельский), сменивший в свое время Петра на кафедре епископов Сумских, викариев Харьковской епархии. Ему были хорошо известны "художества" своего предшественника. Самым драматическим моментом работы комиссии стал пожар в древлехранилище в ночь со 2 на 3 октября 1907 г., уничтоживший 150 экспонатов. Уже 15 февраля 1908 г. Петр был отправлен на покой и до своей кончины в 1918 г. так и не назначался на кафедру. Описывая состояние Смоленского древлехранилища, К. Здравомыслов прямо указывает: музей "сгорел и расхищен", а обер-прокурор П. Извольский на заседании Совета Министров 24 июля 1908 г., защищая действенность синодальных мер по охране церковной старины, признал, что епископ Петр похитил и продал несколько предметов, за что был "немедленно уволен". Указом Синода 7 июля 1908 г. остатки музейных экспонатов были переданы на хранение в ризницу Успенского собора. Новый период в жизни музея и комитета начинается лишь в 1911 г. при епископе Феодосии (Феодосиеве) по инициативе А. Соболевского. Но и этого архиерея мало волновала церковная старина. Затеянный им ремонт помещения, предназначенного для музея, так и не был закончен, и экспонаты не покинули ризницы.
Однако особая роль в охране памятников православной старины в России принадлежит Императорской Археологической комиссии (ИАК), созданной 15 февраля 1859 г. Ее первым председателем был граф Сергей Строганов (1794–1882). Время председательства директора Эрмитажа Александра Васильчикова (1832–1890) в 1882–1886 гг. было переходным периодом. Однако этот человек во многом подготовил последующую славу этого государственного учреждения как органа охраны памятников. Как минимум трижды, 20 октября 1882 г., 22 декабря 1882 г. и 26 ноября 1883 г., он обращался к министру Двора с проектом реорганизации Комиссии в настоящий надзорный орган. Характерен разительный аргумент в пользу организации в России службы охраны памятников: "Даже в Турции есть нечто подобное".
Новая жизнь Комиссии начинается в 1886 г. с приходом на должность председателя графа Алексея Бобринского (1852–1927). "Высочайшим повелением" 11 марта 1889 г. ИАК была дарована функция согласования проектов реставрации памятников ("реставрация монументальных памятников древности производится по предварительному соглашению с ИАК и по сношению ее с Императорской Академией художеств"). Положение об ИАК было внесено в Свод законов Российской Империи (Т. 1, ч. 2, ст. 914, разд. XII), а повеление 11 марта было доложено Правительствующему сенату министром юстиции и включено в Собрание узаконений и распоряжений Правительства за № 359.
Для графа Алексея Бобринского охрана памятников церковной старины и взаимоотношения с "ведомством православного исповедания" с самого начала стали приоритетом в его деятельности по спасению российской культуры. Впоследствии один из его сыновей вспоминал: "Часто отец ездил в другие места России, где были старинные храмы и монастыри. Приходилось иметь дело с духовенством, разные епископы и архиереи иногда не допускали археологов в ризницы своих церквей и противились реставрации икон и самих зданий, в каком бы плохом виде ни находились эти здания. Мой отец нашел выход из затруднений этого порядка, испрашивая благословения епископа на создание при его епархии "Архивных комиссий" причем сам епископ становился покровителем и почетным председателем. Таких "ученых архивных комиссий" мой отец создавал много в разных городах. Ученой архивной комиссии было трудно отказать в просмотре старинных Евангелий и других древностей, находившихся в ведении данного епископа…" Воспоминания, написанные не ранее конца 1950-х гг., явно смешивают архивные комиссии и церковно-археологические общества. Однако строки воспоминаний хорошо описывают непростую ситуацию взаимоотношений Церкви и культуры в конце XIX в., которая мало чем отличается от ситуации начала XXI в.
31 октября 1890 г. Министерством Двора были учреждены особые правила рассмотрения Археологической комиссией и Академией художеств поступающих от различных ведомств ходатайств о восстановлении или ремонте монументальных памятников. Ходатайства должны были сопровождаться тщательным проектом реставрации с чертежами и обоснованием, которые впоследствии оставались в архиве комиссии. Реставрационные заседания ИАК должны были проходить в присутствии представителей Академии, заинтересованного ведомства и других компетентных лиц. Так, в начале XX в. постоянными представителями от Синода в ИАК были А. Померанцев, Г. Котов и М. Преображенский. Явным недостатком правил было то, что надзор за работами осуществляло само ведомство, а не Археологическая комиссия, которая лишь "принимала" выполненные работы, хотя и могла отправлять своих представителей для проведения инспекций.
Отношения Археологической комиссии, епархиальных архиереев и Святейшего Синода складывались непросто. Существует два подхода к описанию истории охраны памятников культуры. Можно многозначительно перечислять принятые меры и сделанные распоряжения, подчеркивая этим заботу ведомства о сбережении культурного наследия. Можно посмотреть, как эти меры и распоряжения выполнялись на местах. Историческая правда находит свое выражение не только в реальном состоянии охраняемых предметов, но и в регулярности принимаемых мер и в периодичности настойчивых требований исполнить изданные ранее распоряжения. Регулярность, с которой Святейший Синод издавал распоряжения о необходимости сотрудничества епархий с Археологической комиссией и охраны церковной старины, свидетельствует не об их эффективности, а о печальном положении дел в этой области.
Определение Синода 10 октября-16 ноября 1890 г. подтверждало Указ 1879 г. о необходимости санкции Синода и согласия одного из археологических обществ на реставрацию памятников старины. Этим же Определением от духовенства требовалось ведение описей богослужебного имущества и стимулировалось развитие епархиальных древлехранилищ, куда не используемые за богослужением вещи могли передаваться с согласия духовенства, братии и прихожан. Интересно, что прошло более года со времени Указа 11 марта 1889 г., но он ни словом не упоминается в настоящем Определении. 4 ноября 1893 г. граф А. Бобринской был вынужден писать в Синод, дабы тот издал распоряжение по духовному ведомству об исполнении этого Указа и об обязательном обращении в ИАК. Синод оправдывал свою медлительность тем, что ему, в отличие от Сената, это повеление так и не было доложено. Начиная с 1894 г. в Археологической комиссии на специальных заседаниях все же началось "рассмотрение ходатайств о восстановлении, ремонте, сохранении и упразднении древних церквей". В этом году сюда поступило 12 проектов . Первым, кто в 1889 г. обратился в ИАК с просьбой согласовать реставрацию храма, был причт Преображенского собора в Переславле, а также епископ Черниговский Вениамин (Быковский), задумавший ремонт своей домовой церкви .
В 1895 г. таких проектов было подано в ИАК уже 15, в 1896 г. – 17 , в 1897 г. было 24 ходатайства . С этого времени их число стабилизировалось, но в 1903 г. резко подскочило до 39 . В 1905 г. ИАК рассматривала уже 48 проектов . В 1914 г. к рассмотрению в ИАК было принято 217 дел, связанных с ремонтом и реставрацией древних зданий. В 1915 г. в Комиссию поступило 122 дела, в 1916 г. – 81, в 1917 г. – 25; всего за 1907–1917 гг. – 1498 дел (причем больше всего их пришлось на период 1912–1914 гг. – каждый год в Комиссию поступало более двухсот дел). Если в 1898 г. дела ИАК, связанные с вопросами церковной старины, занимали чуть более 4 %, то в 1916 г. это количество поднялось до 30 %. Основные категории дел, приходящих в ИАК, касались создания нового иконостаса, разборки ветхого храма, присылки архитекторов для составления сметы и проекта на ремонт церкви. Корреспонденция приходила в основном на бланках духовных консисторий, в редких случаях в Комиссию обращался церковный причт, еще реже – при необходимости ускорить дело – сам епархиальный архиерей. Кроме проблем церковной реставрации, Комиссия давала оценку уставам церковно-археологических учреждений, которые окончательно утверждались Синодом. В 1900 г. в ИАК были присланы уставы Воронежского церковного историко-археологического комитета и Калужского общества, в 1902 г. – Бессарабского общества и т. д.
В 1897 г. Синод должен был вновь напомнить духовному ведомству распоряжение обер-прокурора о представлении в ИАК проектов реставрации храмов, что надлежало делать до конца января наступавшего года. Но уже 20 января 1898 г. А. Бобринской пишет в Министерство двора рапорт о постоянном нарушении императорского указа от 11 марта 1889 г. духовным ведомством, особенно в Москве. При этом граф упоминает имевшее место изъятие из ведения Императорской комиссии проектов по реставрации Мирожского монастыря во Пскове и Софийского собора в Новгороде самим обер-прокурором К. Победоносцевым в 1895 г.