Действительные члены делились на внутренних, то есть профессоров академии, и внешних – представителей образованного духовенства округа, "известных со стороны просвещения, трудолюбия и готовности исполнять поручения, на них возлагаемые". Непременно в состав Конференции включался ректор местной духовной семинарии, а часто и инспектор, настоятели городских монастырей и протоиереи некоторых городских церквей, если они имели академическое образование, профессор богословия городского университета. С конца 1820‑х гг. в состав Конференции СПбДА стали включаться викарные епископы, несколько позднее это же произошло и в Конференции МДА: во-первых, эти архиереи чаще всего сами были недавними ректорами академий; во-вторых, митрополиты часто поручали викариям ревизии академий, и присутствие на испытаниях, наблюдения преосвященных были важны для Конференций. Члены-корреспонденты выбирались самой Конференцией из духовенства и светских лиц и должны были доставлять ей "полезные сведения обо всех открытиях, относящихся к духовной учености". Ректор и все ординарные профессоры академии входили в со став Конференции по должности, для экстраординарных профессоров такое право испрашивалось и предоставлялось особо, при возведении их в это звание. Конференции духовных академий по замыслу Устава 1814 г. были ближе по структуре к Академии наук, нежели, например, к Конференции Московского университета до 1804 г. Главным отличием было включение в Конференции духовных академий внешних членов, которые в большинстве своем были выпускниками этих же академий и в реальности довольно активно привлекались к делам Конференций.
Однако жизнь внесла коррективы в начальные замыслы. С одной стороны, академии очень скоро почувствовали специфику высшей школы: научные проблемы так тесно соединялись в ней с учебными, что решать первые без вторых было просто невозможно. Решение же учебных проблем подразумевало обсуждение широким преподавательским кругом. С другой стороны, в первые годы после преобразования в академиях не всегда в наличии было шесть ординарных профессоров, а даже если и было, "преподавательского представительства" в Конференциях было явно мало. Так как младшие члены корпораций – бакалавры – были самостоятельными преподавателями, в виде исключения и каждый раз с особого разрешения КДУ (до 1839 г.) или Святейшего Синода (после 1839 г.) некоторых из них также стали включать в состав Конференции. Так, например, Конференция СПбДА почувствовала необходимость такого расширения состава своей Конференции уже при выпуске I курса, в 1814 г. В том же году в ее состав были включены магистры этого первого выпуска, оставленные бакалаврами в академии: иеромонахи Григорий (Постников), Моисей (Богданов-Платонов) и Кирилл (Богословский-Платонов), Г. П. Павский, И. Я. Ветринский, B. И. Себржинский. В год выпуска II курса (1817) в состав Конференции вошел магистр этого курса бакалавр иеромонах Нафанаил (Павловский); в 1820‑е гг. членами Конференции СПбДА стали бакалавры игумен Игнатий (Семенов), иеромонахи Иоанн (Доброзраков), Гавриил (Городков), Иннокентий (Борисов), Исидор (Никольский) и др. В Конференцию МДА при ее открытии в год выпуска I курса (1818) были включены наряду с ректором, инспектором и профессорами В. И. Кутневичем и А. И. Тяжеловым три бакалавра: архимандрит Никанор (Клементьевский), Г. А. Левицкий и П. И. Розанов. Та же ситуация возникла и в третьей преобразованной академии – КДА: при выпуске ее I курса в декабре 1823 г. состоялось первое полное собрание Конференции, на котором в ее состав были введены в качестве действительных членов не только ректор архимандрит Моисей (Антипов-Платонов) и инспектор иеромонах Смарагд (Крыжановский), но и бакалавр церковной истории иеромонах Евгений (Соловьев), бакалавр философии протоиерей Иоанн Скворцов и бакалавр греческого языка А. И. Пушнов. Но даже введение должности экстраординарного профессора не сняло необходимости включения в состав Конференций некоторых бакалавров: так, например, в 1848 г. в состав Конференции СПбДА был введен бакалавр канонического права иеромонах Иоанн (Соколов).
Регулярными делами Конференции, в которых должны были участвовать все действительные члены, были мероприятия, связанные с аттестацией успехов выпускников академий. Представители Конференции участвовали в предварительных испытаниях (по два-три), итоговые же – "решительные" – экзамены проводились в общем собрании Кон ференции. Представители Конференции, делегированные на предварительные испытания, должны быть сведущи в тех науках, в которых испытываются студенты. Во время испытания они должны иметь списки студентов со всеми оценками по данному предмету, "поверять" эти отметки, делая собственные замечания о каждом студенте на основании его ответов как на вопросы профессора, так и на вопросы самих представителей Конференции. На этом этапе испытаний составлялся первый вариант разрядных списков, который вносился в Конференцию. Для решительных испытаний Устав отводил три общих собрания Конференции, причем расширенных, с приглашением "знатнейших как из духовного, так и из светского звания особ". Программа распределения предметов по этим заседаниям должна была составляться ректором академии и утверждаться председателем Конференции – епархиальным архиереем. На основании этих испытаний, а также нравственных успехов студентов на протяжении всех четырех лет обучения в академии составлялись разрядные списки, дававшие основание для получения ученой степени магистра богословия (1‑й разряд) или кандидата богословия (2‑й разряд). Не попавшие в разряды получали звание действительного студента.
Если звание действительного студента мог получить только выпускник академии (или выпускник семинарии 1‑го разряда), то ученые степени кандидата и магистра могли получить и сторонние лица, то есть не прошедшие академического курса. При этом Устав 1814 г. давал такое право не только выпускникам семинарий, но и лицам, "другими путями приобретшим сведения в предметах академического института". Устав не очень определенно говорит, должны ли это быть непременно лица "из монашества или белого духовенства", либо подобное дерзновение дозволяется также и светским лицам. Но в любом случае: ищущие степеней могут требовать себе "искуса" не только во время выпускных экзаменов, а во всякое время года, и Конференция должна подвергнуть их таковому. Критерии, предъявляемые к внешним искателям степеней, те же, что и к студентам академий, претендующим на таковые степени – и на предварительных, и на решительных испытаниях. Единственное послабление, которое давалось в этом случае: внешние освобождались от испытаний по предметам "свободного выбора", а экзаменовались только в общеобязательных науках.
Устав 1814 г. очень неопределенно говорил о диссертационных сочинениях выпускников. С одной стороны, в Уставе есть упоминание о "диссертациях", которые составляются выпускниками академии во время предварительных испытаний в виде ответов на две-три здесь же предлагаемые задачи, "из наук всем общих, на латинском и российском языках", а затем передаются в Конференцию. Упоминались и "диссертации своего сочинения", которые студенты "говорят с кафедры" во время решительных испытаний. С другой стороны, говорилось о важности основательных "письменных ответов" на задачи, предложенные неакадемическим лицам, ищущим магистерской степени – эти письменные работы могут компенсировать недостатки устных ответов "в подробностях наук", понятные для лиц, не слушавших академических лекций. Но акцент в Уставе ставился именно на искусе, испытании, проводимом Конференцией.
Диссертации даже не упоминаются в параграфах, говорящих собственно о присуждении ученых степеней кандидата и магистра: "производство" в обе степени должно было проводиться путем голосования членов Конференции, общим согласием или большинством голосов.
Интересно, что члены Конференции, не имевшие степеней духовных академий, то есть выпускники иностранных или российских светских школ, не имели права решающего голоса при избрании кандидатов или магистров – только совещательный, причем "по предметам испытания, им известным".
Еще одним органом духовной академии, который участвовал в производстве в ученые степени, было Внутреннее правление академии, состоящее из ректора, инспектора и эконома академии. Это участие было исполнительным: 1) Правление вело списки об учебных успехах и нравственном поведении студентов и перед испытаниями передавало их членам Конференции; 2) выдавало студентам "аттестаты по разрядным спискам, составляемым в Конференции", причем за подписями членов Правления. При этом обо всех выданных аттестатах Внутреннее правление доносило напрямую КДУ, без посредства академической Конференции.
Возведение в звание действительного студента и степень кандидата богословия было внутренним делом каждой академии. Их присуждение было окончательным, после чего Внутреннему академическому правлению предлагалось выдать аттестат на это звание.
Степень магистра, присуждаемая Конференцией, должна была утверждаться высшими – общецерковными – органами. До 1839 г. право утверждения магистерских степеней принадлежало центральному духовно-учебному органу при Святейшем Синоде – КДУ. 1 марта 1839 г. КДУ была упразднена, а "высшее заведование духовно-учебной частью" было сосредоточено в Святейшем Синоде как едином главном духовном правительстве Российской империи. Обоснованием этого изменения была "необходимость тесной связи между управлением Православной Церкви и воспитанием юношества, приготовляемого на священное служение оной". Надзор за исполнением законов, определяющих все стороны деятельности духовно-учебной системы, был вверен обер-прокурору Святейшего Синода. С этого момента возрастает значимость и власть обер-прокурора в духовно-учебных делах, а следовательно, отчасти и в системе подготовки и аттестации научно-богословских кадров. "Исполнительная ответственность" и делопроизводство духовно-учебной системы возлагались на новый центральный духовно-учебный орган при Синоде – Духовно-учебное управление (далее: ДУУ). Но это была канцелярия, состоящая из чиновников, важные же дела, к которым относилось и утверждение в ученых степенях, Синод взял на себя. Поэтому с этого момента утверждал в степени магистра богословия непосредственно Святейший Синод. По утверждении высшим органом магистерских степеней Внешнему правлению академии предлагалось связываться с Духовными консисториями тех епархий, куда были распределены магистры, и передавать через них аттестаты на звание магистра.
Показателен текст магистерского диплома. Он гласил: "Sub auspicatissimo regimine Augustissimi ac Potentissimi Imperatoris… Totius Russiae Autocratioris, …Ecclesiasticae Academiae Conventus pro potestate sibi concessa Dominum …ob luculenta progressuum in solidioribus et humanioribus, praesertim vero sacris, scientiis specimina, tam privato, quam publico examine non semel edita, Magistrum sanctiorum humaniorumque ei ac privillegia concessa, decrevisse ac contulisse publice testatur". То есть: "В благополучнейшее царствование Августейшего и Могущественнейшего Императора… Самодержца Всероссийского, Конференция …[такой-то] духовной академии, по власти, ей предоставленной, сим торжественным дипломом признает …[такого-то], за отличные успехи его в науках философских, словесных и преимущественно богословских, неоднократно как на частных, так и на публичных экзаменах дознанные, магистром богословских и словесных (гуманитарных) наук, торжественно свидетельствуя сим о даровании и присвоении ему сего достоинства и прав, с ним сопряженных". В дипломе обязательно ставилась точная дата утверждения в степени магистра – то есть соответствующего указа до 1839 г. КДУ, а после 1839 г. – Святейшего Синода. Следует обратить внимание на то, что центральный орган – КДУ, Синод – в дипломе не упоминался, а органом, констатирующим уровень успехов в науках, является Конференция.
Степень доктора богословия, согласно Уставу 1814 г., также присуждалась Конференцией. Для докторской степени как раз главным являлась диссертация – сочинение на латинском или российском языке, которое вносилось в Конференцию самим автором или представляющим его доктором богословия. Устав 1814 г. оговаривал право Конференции назначать особые темы для докторских сочинений по вопросам, требующим богословского изучения. Докторская степень присуждалась, как и две младшие степени, общим согласием или большинством голосов членов Конференции. Однако в этом случае Устав давал право решающего голоса тем членам Конференции, которые сами обладали докторскими степенями: все остальные члены могли и должны были участвовать в рассмотрении сочинения, но с совещательными голосами. Если Конференция не имела в своем составе достаточного числа членов – докторов богословия, она должна была посылать текст сочинения, представленного на докторскую степень, докторам богословия в другие города и требовать их мнения. Устав предлагал некоторые критерии, которые Конференция должна была предъявлять к оцениваемому сочинению, но самые общие: вся ответственность ложилась на саму Конференцию.
Утверждал в степени доктора, как и в степени магистра, высший орган: до 1839 г. – КДУ, с 1839 г. – Святейший Синод. После того как присуждение докторской степени утверждалось, сочинитель удостаивался звания доктора богословия в общем собрании Конференции с вручением диплома за подписями епархиального архиерея и трех из присутствующих в собрании членов Конференции. Докторам богословия давался диплом, подобный диплому магистра, только с изменением звания ученой степени.