Строгий монах-подвижник, о. Исайя поощрял братию к иноческим подвигам и тем приобрел доверенность и расположение к себе братства. Слава о его добродетелях скоро достигла отдаленнейших мест и привлекла к нему немалое число иноков и мирских людей, ищущих своего спасения. Отец Исайя заботился также о приведении пустыни в большее благоустройство и сохранении порядка, утвержденного покойным настоятелем о. Пахомием. Саровская обитель за соблюдение строгих правил монашеских была уважаема и иерархами, которые славились в свое время особенным даром учительства и добродетельной жизнью. Так, Никифор, архиепископ Астраханский, имел переписку с о. Исайей. Последний был также сострадателен к нищим и убогим и строго наблюдал, чтобы на них были, по древнему обыкновению, употребляемы избытки монастырских доходов. Издревле была заведена в Сарове раздача 1 октября, в праздник Покрова Пресвятой Богородицы, одежды, платья, полушубков, кафтанов, сапог и рукавиц. Оттого к этому дню приходило множество бедных. По окончании литургии их собирали в ограду на гостиный двор и наделяли платьем, смотря по нуждам.
Старец о. Исайя очень почитал и любил о. Серафима, а также дорожил его беседами, поэтому он, когда был свеж, бодр и наслаждался здоровьем, нередко сам ходил в пустынь к о. Серафиму. В 1806 г. Исайя, по старости лет и от трудов, понесенных для спасения себя и братии, сделался особенно слаб здоровьем и, по собственному прошению, уволился от обязанности и звания настоятеля. Жребий занять его место в обители по общему желанию братии пал на о. Серафима. Вот уже третий раз старец избирается на начальственные должности по монастырям, но и на этот раз, по своему смирению и из крайней любви к пустыни, он отказался от предлагаемой почести. Тогда голосом всей братии настоятелем избран был старец Нифонт, исполнявший до того времени послушание казначея. Поступивши в число братии, бывший настоятель о. Исайя еще год прожил и все время болел. Не будучи в силах ходить в пустынь к о. Серафиму, он никак не хотел, однако же, лишиться утешения беседовать с ним, а потому братия, по усердию, возили в тележке бывшего своего настоятеля, больного старца, в пустынь, и о. Серафим успокаивал своею беседою духовного отца и услаждал последние минуты его жизни. 4 декабря 1807 года, на 67-м году от рождения, опочил доблестный старец, оставив по себе во всех добрую память. Потеря такого собеседника, духовного отца и начальника поразила глубокой скорбью любвеобильное к нежное сердце о. Серафима. Мысли о тленности настоящей жизни, о неизбежности и нечаянности смертного часа, о страшном суде Божием еще живее представились сердцу о. Серафима в образе почившего старца и духовного друга. Теперь уже не было в живых самых близких и лучших друзей и руководителей старца. Кости Иосифа, который учил его отеческому пути, давно почивали в могиле. Праведная душа старца Пахомия, которого о. Серафим считал не только благодетелем, но и духовным другом своим, тоже витала в загробном мире. Умер и старец Исайя, любивший о. Серафима как свое духовное чадо и почитавший в нем высокого подвижника и мудрого собеседника. Всякий раз, проходя мимо кладбища, он считал обязанностью зайти на могилы их, преклонить колена у священного праха и вознести молитву о них Господу. Однажды в беседе с начальницей Ардатовской общины матерью Евдокией он дал ей следующее наставление: "Когда идешь ко мне, зайди на могилки, положи три поклона, прося у Бога, чтобы Он упокоил души рабов Своих: Исайи, Пахомия, Иосифа, Марка и проч., и потом припади ко гробу, говоря про себя: простите, отцы святии, и помолитесь обо мне". Так он внушал вообще молиться о Саровских подвижниках, называя их, по высоте и горячности молитв, огненными столпами от земли до небес. В смерти строителя Исайи о. Серафим утешался мыслью, что его место занял старец Нифонт, человек редких свойств, ценивший и любивший его. Тем не менее со смертью Исайи последующая жизнь о. Серафима приняла новое, в аскетическом смысле высшее духовное направление. Девятый настоятель Саровской пустыни игумен Нифонт был из мещан города Темникова. Еще в отроческом возрасте он горел желанием посвятить себя на жительство в Саровской пустыни, куда убедительно и просился, но не был принят за несовершеннолетием, по правилам обители, возбраняющим принимать в монастырь отроков. По достижении же 25-летнего возраста он оставил мир и пришел в Саровскую пустынь в 1787 году, при строителе Пахомии. С первого шага он выказал твердое решение отказаться от своей воли и все свое достояние положил к ногам о. Пахомия, отдавая усердно с тем вместе и себя в послушание ему. Это удивило старца строителя и поэтому он внимательно следил за ним. Василий, как его звали в миру, надев монастырское одеяние, исполнял с усердием и смирением клиросное и келарное послушание и через 5лет, в 1792 году (14июня), был пострижен в монашество с переименованием в Нифонта. Добродетели и иноческие подвиги его заставили о. Пахомия просить о посвящении Нифонта в 1793 году в иеродиакона, а в 1796 году его посвятили в иеромонаха и определили общим духовником братии. В 1805 г. он был сделан казначеем.
Управляя обителью, игумен Нифонт особенно заботился о поддержании монашеских правил, преподанных первоначальником, и ни одна служба без него не отправлялась. Усердие его к богослужению служило примером для всех в обители, так как он превозмогал усталость, несмотря на свою старость и слабость телесных сил. Он следил, чтобы не начали часы перед литургией, пока не прочтутся все тетрадки поминальные. С другой стороны, в его управление обителью приобретено много украшений и возведено несколько строений. Истинные сыны обители всегда находили в нем отца и благодетеля. Отец Нифонт любил монашеский тесный и прискорбный путь, предпочитал нищету и был образчиком трудолюбия, смирения и особенно нестяжательности и целомудрия. Он изнурял свою плоть тяжкими подвигами, и слабое здоровье его, расстроенное беспрерывными трудами и борьбой с обстоятельствами, постепенно угасало. Простота, соединенная с духовной мудростью, радушие и приветливость вселяли к нему невольное уважение. Из посетителей обители он никого не отпускал без того, чтобы не поселить в сердце его памяти о добром ее настоятеле. Как любитель безмолвной, пустынной жизни, для большего успеха в подвигах духовных он наблюдал строгий пост и непрестанно молился. Особенно любил и уважал о. Нифонта знаменитый настоятель новгородского Юрьева монастыря архимандрит Фотий, который и был с ним в переписке. Любя Саровскую обитель, Тамбовские преосвященные почитали утешением для себя посещать ее.
По смерти первоначальницы Дивеевской общинки матери Александры остались три послушницы, а именно: две девицы Евдокия Мартыновна и Анастасия Кирилловна и третья - вдовица Фекла Кондратьевна, из села Дивеева. Выбирая между собой старшую, они поставили на место первоначальницы Анастасию Кирилловну, которая в продолжение семи лет собрала в общинку до 52 сестер. Управление ее ничем особенным не отличалось, но прошло прекрасно, тихо, с соблюдением установлений матери Александры. Ничего так не боялась Анастасия Кирилловна, как малейшего нарушения Саровского устава, и поэтому она относилась, согласно свидетельству Евдокии Мартыновны, невозможно строго к исполнению молитвенных правил и Саровского устава. Во всем она благословлялась у духовника общинки, настоятеля пустыни о. Пахомия, который до последнего дня своей жизни продолжал отечески заботиться о послушницах Дивеевской общинки. Пища привозилась по-прежнему раз в день с Саровской трапезы, а сестры работали шитьем и вязаньем для братии обители. С кончиной о. Пахомия общинка потеряла своего заботливого отца. Игумен Исайя сделался духовным отцом Дивеевских сестер, но уже не занимался ими, как о. Пахомий.
В числе вновь поступивших послушниц была из г. Тулы вдова оружейного мастера Ксения Михайловна Милованова, по мужу Кочеулова, с малолетней дочерью Ириной Прокопьевной. До чего матушка Анастасия Кирилловна была исполнительна и строга, можно судить по ничтожному эпизоду, переданному сестрами. Однажды она увидала вдову Ксению Михайловну, собирающую сухие корки каши от трапезы для своей малолетней дочери Ирины; Ксения хотела их размочить водою и дать лишний раз голодавшей девочке, но матушка Анастасия Кирилловна сурово выговорила ей и даже определила наказание, запретив наистрожайше раз навсегда, даже ради детей, нарушать заведенный устав их: однажды только в день вкушать пищу и в назначенный, без исключения, для всех равно, час общей трапезы.
В 1796 году скончалась Анастасия Кирилловна, и ее похоронили на кладбище Казанской церкви, вблизи первоначальницы матери Александры.
Начальницей общинки, по выбору сестер, была поставлена Ксения Михайловна Кочеулова. Маленькая, сухая, крайне подвижная и деятельная, но плохенькая на вид, она проводила ясизнь настолько сурово, неся подвиги, посильные только монахам, что о ее правлении сохранилось воспоминание, как о времени невыносимо трудном, подвижническом, но которое выработало великих стариц для будущего Дивеевского монастыря и наставниц истинной духовной жизни. Не допуская никакого исключения, снисхождения и малодушия, она даже казалась некоторым жестокой. Совершенно равная ко всем сестрам, она не жалела и своей слабой и хилой дочери Ирины Прокопьевны. Так, например, однажды кто-то подарил Ирине Прокопьевне чайник и чашечку, зная, что она под названием чая любит пить вообще горячее, как-то целебную травку или сухую малину. Узнала это матушка Ксения Михайловна и страшно огорчилась; запретила наистрожайше употреблять этот чайник и чашку. Ирина Прокопьевна обещалась не дотрагиваться до них, но Ксения Михайловна не успокаивалась и с истинным сердечным огорчением и крайним сокрушением сказала: "Что ты, что ты! Из них хотя пить-то не будешь, Оря, все же я непокойна, соблазн-то какой! Утешь ты меня старуху, Орюшка, разбей ты их, матушка, да от соблазну-то и черепки их в землю зарой! Можно ведь пить и из деревянной или чугунной посудки, а то глядико-с грех-то какой! Какое малодушие!" Только тогда она успокоилась, когда дочь ее, уже старица также, за святое послушание начальницы-матери, разбила чайник и чашку и зарыла глубоко в землю все черепки.
Чрезмерно суровая строгость Ксении Михайловны настолько не понравилась сестрам, собранным покойной Анастасией Кирилловной, что из 52 выбыло в первый год ее управления 40; тогда всего в общинке осталось 12 сестер, но затем стали прибывать новые, так что к 1825 году, когда батюшка о. Серафим, окончив все свои внутренние, духовные благоустроения, достиг совершенства и мог, по заповеди матушки Александры, обратить все свое внимание на устройство Дивеевской обители, обетованной Божией Матерью, в названной общинке снова собралось до 50 сестер. Стало не хватать земли для общины, и соседка-помещица графиня Толстая поэтому пожертвовала на огород 32 десятины.
Матушка Ксения Михайловна при своей строго подвижнической жизни отличалась особо сильной любовью и жалостью ко всякой вообще Божией твари. Так, однажды на единственную имевшуюся в то время в общине лошадку сестры наложили слишком много дров, и она поэтому встала. Увидев это, Ксения Михайловна разогорчилась и закричала послушницам: "Ах, ах, какие вы безжалостные! Ну, что лошадь-то как мучаете! Разве не знаете, что блажен тот, аще и скоты милует, сказал Господь!" Тут же Ксения Михайловна приказала сестрам поклониться лошадке в ноги и просить у нее прощения.
Рассказывают еще такой случай. В деревне Дивееве рядом с общинкой сделался пожар. Сестры начали выносить свое имущество и убирать, а больше всех хлопотала сама Ксения Михайловна. Наконец старица вручила послушницам тщательно закрытый и завернутый короб, вроде лукошка, и строго сказала: "Смотрите, как можно дальше унесите от пожара этот короб, да оберегите, пока горит-то, тут все нужное!" Сестры понесли, но вдруг что-то зашевелилось в коробе, и с испуга они поставили короб на землю. Открыть не смеют, боятся, но и ничего не могут понять... Смотрят, а из него начали выпрыгивать разные кошки... Расхохотались сестры, но вновь испугались, так как устрашились строгой матушки: как ей сказать, а не сказать тоже нельзя. Наконец пошли и признались. "Глупые вы, глупые! - ответила Ксения Михайловна. - Ведь сказала я вам, что блажен, аще и скоты милует! Что скот-то - ничто, и весь токмо от единаго человека зависит! Ведь если бы не я, бедные сгорели бы! Кто ж станет на скота глядеть, заботиться, спасать да тварь оберегать, а она хоть тварь, но все то ж творение Божие! Вот и дала я вам, не сказав, что даю, зная вашу безжалостность!"
Монахиня Ермиония, старица, определенная в обитель самим о. Серафимом, рассказывала, что когда она пришла к о. Серафиму, то, посылая ее жить в Дивеево к родной тетке, послушнице Евдокии Ефремовне (впоследствии монахине Евпраксии, удостоенной в день Благовещения видения Божией Матери в Серафимовой келье), батюшка сказал последней, державшей ее за руку и приведшей на благословение: "Отведи ее к матушке Ксении Михайловне. Во, матушка! - сказал старец, обращаясь к отроковице. - Ксения-то Михайловна жизни высокой, бич духовный, матушка!" "И действительно, - рассказывает монахиня Ермиония, - и вправду она была строга; станет выговаривать, думаешь, вот-вот убьет, сейчас тут умрешь, а кончит - сделается прещедрая; скажет бывало: "Ну-ка, ну-ка, Оря (так звали ее дочь), прочти-ка вот ей такое-то житие!" Она сама была неграмотная. И прочтет Ирина Прокофьевна, что велит матушка". "Вот видишь ли, Евдокиюшка, - скажет Ксения Михайловна, - как трудно идти-то в Царствие Небесное, ведь оттого так-то я и выговариваю. Ну, матушка, иди! Погляди-ка, Оря, нет ли тут у нас чего, не принес ли кто чего-нибудь, дай ей!" "И мне же, бывало, чего сунув, отпустит", - говорила Евдокия Ефремовна. Последняя жила одно время у Ксении Михайловны келейной, и у нее были две красненькие тесемочки; раз подпоясалась она ими. Увидала это матушка. "Что это, - говорит, - вражью-то силу ты на себя надела!" Взяла Ксения Михайловна, сняла тесемочки с нее и сожгла их в печке. Не терпела она, чтобы носили хорошую одежду.
"Было это с Евдокией, - повествует монахиня Ермиония. - Раз как сшили ей первую ряску, матушка ее не видала. Пришла она в церковь, стоит, а она, наша голубушка, своею клюшкою-то и достает. "Кто это? Кто это? - спрашивает Ксения Михайловна. - Ах! Это всечестная Евдокия! Что это ты делаешь, матушка: на что это ты восемь-то бесов себе посадила! (т. е. восемь клиньев). Выпори, выпори, - говорит матушка, - четыре-то беса!" В другой раз идет тетка Евдокия двором, надев сарафан из посконного холста, только что выкрашенный, новый. Увидала матушка, кричит: "Стой! Стой!" Подошла она. "Аи, аи, матушка, - говорит она. - Бога ты не боишься, Евдокиюшка всечестная! Что надела плисовый-то сарафан! Подбери, подбери все кругом, матушка, подрежь, чтобы рубашка была бы видна, чтоб не до полу было!" Так была строга матушка Ксения Михайловна".
Все начальницы и сестры Дивеевской общины ходили в трудные часы испытаний, горей и борьбы духовной подкрепляться молитвой на могилку незабвенной и великой стари-цы Матери Александры. По свидетельству сестер первой общинки, переданному протоиерею о. Василию Садовскому, и также согласно показаниям священника обители о. Александра Филиксова, все жившие при Казанской церкви священнослужители и многие другие видели по ночам на могиле матери Александры огонь и горящие свечи, по временам слышали необычайный звон, а некоторые ощущали необыкновенное благоухание, исходящее из могилы ее. Затем в могиле слышалось какое-то журчание, и поэтому сложилось поверье в народе, что источник, открывавшийся под горою, исходит из могилы матери Александры. Так называемый дальний источник матери Александры великая старица сама вырыла, когда для созидаемой ею Казанской церкви ломали камень для извести. Она приходила носить камни и для утоления жажды рабочих и прохлаждения от трудов и жары вырыла этот колодезь. Народ считает этот источник целебным и приносит купать в нем больных детей.
Как было уже сказано, старец о. Серафим после смерти строителя Исайи не изменил прежнего рода жизни и остался жить в пустынке. Он только принял на себя еще больший труд, а именно молчалъничество. "Паче всего должно украшать себя молчанием, - говорил он, - ибо св. Амвросий Медиоланский говорит, что молчанием многих видел я спасающихся, многоглаголанием же ни единого. И паки некто из старцев говорит: молчание есть таинство будущего века, словеса же - орудия суть мира сего". Отец Серафим стал руководиться деяниями двух древних подвижников - Арсения Великого и Иоанна молчальника и пустынника. К посетителям он более не выходил. Если ему самому случалось неожиданно встретить кого в лесу, старец падал ниц лицом и до тех пор не поднимал глаз, пока встретившийся не проходил мимо. Таким образом он безмолвствовал в продолжение трех лет и некоторое время перестал посещать обитель по воскресным и праздничным дням. Один из послушников носил ему и пищу в пустынь, особенно в зимнее время, когда у о. Серафима не было своих овощей. Пища приносилась однажды в неделю, в день воскресный. Трудно было назначенному иноку совершать это послушание в зимнее время, так как в пустынку о. Серафима дороги не было. Бывало, бредет он во время вьюги по снегу, утопая в нем по колена, с недельным запасом в руках для старца-молчальника. Вошедши в сени, он произносит молитву, а старец, сказавши про себя: аминь, отворял дверь из кельи в сени. Сложив руки на груди крестообразно, он становился у дверей, потупив лицо долу на землю: сам ни благословит брата, ни даже взглянет на него. А пришедший брат, помолившись, по обычаю, и поклонившись старцу в ноги, полагал пищу на лоточек, лежавший на столе в сенях.