Матушка Агафья Семёновна начала просить о. Серафима не оставлять её обители, как Царица Небесная Сама тогда наставить его на то изволит.
Старцы простились, уехали, а дивная старица Агафья Семёновна скончалась 13-го июня, в день св. мученицы Акилины. О. Пахомий с братией на обратном пути как раз поспел к погребению матушки Александры. Отслужив литургию и отпевание соборно, великие старцы похоронили первоначальницу Дивеевской общины против алтаря Казанской церкви. Весь день 13-го июня шёл такой проливной дождь, что ни на ком не осталось сухой нитки, но о. Серафим, по своему целомудрию, не остался даже обедать в женской обители и тотчас после погребения ушёл пешком в Саров.
Однажды в Великий Четверток, строитель о. Пахомий, не служивший никогда без о. Серафима, начал Божественную Литургию в 2 часа пополудни вечернею, и после малого выхода и паремий возгласил иеродиакон Серафим: "Господи, спаси благочестивыя и услыши ны!", но, едва обратясь к народу, навёл на предстоящих орарём, возглашая: "и во веки веков" - как вдруг так изменился видом, что не мог ни сойти с места, ни проговорить слова. Все это заметили и поняли, что с ним Божие посещение. Два иеродиакона взяли его под руки, ввели в алтарь и оставили в стороне, где простоял он часа три, меняясь беспрерывно видом, и после, уже придя в себя, наедине поведал строителю и казначею своё видение: "Только что провозгласил я, убогий: Господи, спаси благочестивыя и услыши ны! и, наведя орарём на народ, окончил: и во веки веков! - вдруг меня озарил луч, как бы солнечного света; взглянув на это сияние, увидел я Господа и Бога нашего Иисуса Христа, во образе Сына Человеческого, во славе и неизречённым светом сияющего, окружённого небесными силами, Ангелами, Архангелами, Херувимами и Серафимами, как бы роем пчелиным, и от западных церковных врат грядущего на воздухе; приблизясь в таком виде до амвона и воздвигнув пречистые Свои руки, Господь благословил служащих и предстоящих; по сём, вступив во св. местный образ Свой, что по правую сторону царских врат, преобразился, окружаемый Ангельскими ликами, сиявшими неизречённым светом на всю церковь. Я же, земля и пепел, сретая тогда Господа Иисуса на воздухе, удостоился особенного от Него благословения; сердце моё возрадовалось чисто, просвещённо, в сладости любви ко Господу!"
В 1793 году о. Серафиму исполнилось 34 года, и начальство, видя, что он по своим подвигам стал выше других братий и заслуживает преимущество пред многими, ходатайствовало о возведении его в сан иеромонаха. Так как в этом же году Саровская обитель, по новому расписанию, перешла из Владимирской епархии в Тамбовскую, то о. Серафима вызвали в Тамбов, и 2-го сентября епископ Феофил рукоположил его во иеромонаха. С получением высшей благодати священства о. Серафим стал подвизаться в духовной жизни с вящею ревностью и удвоенною любовью. В течении долгого времени он продолжал непрерывное служение, ежедневно приобщаясь с горячею любовью, верою и благоговением.
Сделавшись иеромонахом, о. Серафим возымел намерение совсем поселиться в пустыне, так как пустынническая жизнь была его призванием и назначением свыше. К тому же, от непрестанного келейного бдения, от постоянного стояния в церкви на ногах с небольшим отдыхом во время ночи, о. Серафим впал в недуг: у него распухли ноги, и на них открылись раны, так что некоторое время он лишился возможности священнодействовать. Болезнь эта была не малым побуждением к избранию пустыннической жизни, хотя для отдыха следовало ему просить у настоятеля о. Пахомия благословения удалиться в больничные келии, а не в пустыню, т.е. от меньших трудов - к большим и тягчайшим. Великий старец Пахомий благословил его. Это было последнее благословение, полученное о. Серафимом от мудрого, добродетельного и почтенного старца, в виду болезни его и приближения смерти. О. Серафим, хорошо помня, как во время его болезни ходил за ним о. Пахомий, теперь сам служил ему с самоотвержением. Раз о. Серафим заметил, что к болезни о. Пахомия присоединилась ещё какая-то душевная забота и печаль.
- О чём, отче святый, так печалишься ты? - спросил его о. Серафим.
- Я скорблю о сёстрах Дивеевской общины, - ответил старец Пахомий, - кто их будет назирать после меня?
О. Серафим, желая успокоить старца в предсмертные минуты, обещался сам назирать их и поддерживать всё так же после смерти его, как было при нём. Это обещание успокоило и обрадовало отходящего ко Господу о. Пахомия. Он поцеловал о. Серафима и затем вскоре опочил мирным сном праведника. О. Серафим горько оплакал потерю старца Пахомия и, с благословения нового настоятеля о. Исаии, также горячо любимого, удалился в пустынную келию (20-го ноября 1794-го года, в день прихода в Саровскую пустынь).
Несмотря на удаление о. Серафима в пустынку, народ стал беспокоить его там. Приходили и женщины.
Великий подвижник, начиная строгую пустынническую жизнь, считал для себя неудобным посещение женского пола, так как это могло соблазнить и монашествующих, и мирян, склонных к осуждению. Но, с другой стороны, лишить женщин назидания, ради которого они приходили к пустыннику, могло быть делом, неугодным Богу. Он стал просить Господа и Пресвятую Богородицу об исполнении его желания, и чтобы Всевышний, если это не противно Его воле, дал ему знамение на то преклонением ветвей вблизи стоявших дерев. В преданиях, записанных в своё время, есть сказание, что Господь Бог действительно дал ему знамение Своего изволения. Наступил праздник Рождества Христова; о. Серафим пришёл в монастырь к поздней обедне в храм Живоносного Источника и причастился Св. Христовых Таин. После обеда в своей монастырской келии он вернулся на ночь в пустыню. На следующий день, 26-го декабря, празднуемый по положению (Собор Пресвятой Богородицы), о. Серафим вернулся ночью в обитель. Проходя свой холм, где он опускается вниз долу, отчего гора и названа была о. Серафимом Афонскою, он увидел, что с обеих сторон тропинки огромные сучья вековых сосен склонились и завалили дорожку; вечером ничего этого не было. О. Серафим упал на колени и поблагодарил Бога за данное, по молитве его, знамение. Теперь он знал, что Господу Богу угодно, дабы жёны не входили на его гору.
В продолжение всего подвижничества о. Серафим носил постоянно одну и ту же убогую одежду: белый полотняной балахон, кожаные рукавицы, кожаные бахилы - вроде чулок, поверх которых надевали лапти, и поношенную камилавку. На балахоне висел крест, тот самый, которым благословила его родная мать, отпуская из дома; а за плечами висела сумка, в которой он носил при себе св. Евангелие. Ношение креста и Евангелия имело, конечно, глубокий смысл. По подражанию древним святым, о. Серафим носил вериги на обоих плечах, и к ним были привешены кресты: одни спереди в 20 ф., другие сзади в 8 ф. каждый, и ещё железный пояс. И эту тяжесть старец носил во всё время своего пустынножительства. В морозы он накладывал на грудь чулок или тряпку, а в баню никогда не ходил. Видимые его подвиги состояли из молитвословий, чтения книг, телесных трудов, соблюдения правил великого Пахомия и т.д. В холодную пору он топил келию, колол и рубил дрова, но иногда добровольно переносил холод и мороз. Летом он возделывал гряды на своём огороде и удабривал землю, собирал мох с болот. Во время подобной работы он ходил иногда без одежды, перепоясав лишь чресла свои, и насекомые жестоко уязвляли тело его, отчего оно опухало, синело по местам и запекалось кровью. Старец добровольно терпел эти язвы Господа ради, руководствуясь примерами подвижников древнего времени. На грядах, удобрённых мхом, о. Серафим сажал семенами лук и другие овощи, которыми он питался летом. Телесный труд порождал в нём благодушное состояние, и о. Серафим работал с пением молитв, тропарей и канонов.
Провождая жизнь в уединении, трудах, чтении и молитве, о. Серафим соединял с этим пост и строжайшее воздержание. По началу своего поселения в пустыне он питался хлебом, более всего чёрствым и сухим; хлеб, обыкновенно, он брал с собою по воскресеньям на целую неделю. Есть сказание, что из этой недельной порции хлеба часть уделял он пустынным животным и птицам, которые были приласканы старцем, очень любили его и посещали место его молитвословия. Также он употреблял овощи, добываемые трудами рук его в пустынном огороде. С тем и устроен был огород сей, чтобы ему не обременить "ничим же" обители и, по примеру великого подвижника Ап. Павла, питаться, "делающе своими руками" (1 Кор. 4, 12). Впоследствии времени он приучил своё тело к такому воздержанию, что не стал вкушать хлеба насущного, а, по благословению настоятеля Исаии, питался одними овощами своего огорода. Это были картофель, свёкла, лук и трава, называемая снить. В течение же первой недели Великого поста он вовсе не принимал пищи до причащения Святых Таин в субботу. Ещё через несколько времени воздержание и постничество о. Серафима дошли до неимоверной степени. Совсем переставши брать хлеб из обители, он жил без всякого содержания от неё в течение более двух лет с половиною. Братия, удивляясь, недоумевала, чем мог питаться старец во всё это время, не только летом, но и зимою. Он же тщательно укрывал свои подвиги от воззрения людей.
По будням, спасаясь в пустыне, о. Серафим накануне праздников и дней воскресных являлся в обитель, слушал вечерню, всенощное бдение и за раннею литургиею в больничной церкви святых Зосимы и Савватия причащался Святых Христовых Таин. Затем, до вечерни, он принимал в монастырской келии приходивших кнему, по нуждам духовным, из монастырской братии. Во время вечерни, когда братия оставляла его, он, взяв с собою хлеба на неделю, удалялся в свою пустыню. Всю первую неделю Великого поста он проводил в обители. В эти дни он говел, исповедывался и причащался Св. Таин. Духовником его с давнего времени был строитель - старец Исаия.
Так проводил старец дни свои в пустыне. Другие пустынножители имели при себе по одному ученику, которые и служили им. О. Серафим жил в совершенном одиночестве. Некоторые из Саровской братии пытались сожительствовать с о. Серафимом и были приняты им; но ни один из них не мог вынести трудностей пустыннического жития: ни в ком не нашлось столько нравственной крепости, чтобы явиться в качестве ученика подражателем подвигов о. Серафима. Благочестивые попытки их, принося пользу душе, не увенчались успехом; и те, которые поселялись было с о. Серафимом, возвращались опять в обитель. Посему, хотя после кончины о. Серафима нашлись некоторые люди, дерзновенно объявлявшие себя его учениками, но при его жизни они, в строгом смысле, учениками не были, и название "Серафимов ученик" в то время не существовало. "В пребывание его в пустыне, - говорили тогдашние Саровские старцы, - вся братия была его учениками".
Также многие из Саровской братии временно приходили к нему в пустыню. Одни просто посещали его, а другие являлись по нужде в советах и наставлениях. Старец хорошо различал людей. От некоторых он удалялся, желая сохранить молчание, а имеющим нужды до него не отказывал в духовной пище, с любовью руководствуя их к истине, добродетели и благоустроению жизни. Из постоянных посетителей о. Серафима известны: схимонах Марк и иеродиакон Александр, также спасавшиеся в пустыне. Первый бывал у него два раза в месяц, а последний - однажды. О. Серафим охотно беседовал с ними о разных душеспасительных предметах.
Видя столь искреннее, усердное и, поистине, высокое подвижничество старца о. Серафима, диавол, исконный враг всякого добра, вооружился против него разными искушениями. По своей хитрости, начиная с легчайших, он сперва наводил на подвижника разные "страхования". Так, по сказанию одного почтенного летами иеромонаха Саровской пустыни, однажды во время молитвы он услышал вдруг за стенами келии вой зверя; потом, точно скопище народа, начали ломать дверь келии, выбили у двери косяки и бросили к ногам молящегося старца претолстый кряж (отрубок) дерева, который восемью человеками с трудом был вынесен из келии. В другие разы и днём, особенно же ночью, во время стояния на молитве, ему видимо вдруг представлялось, что келия его разваливается на четыре стороны и что к нему со всех сторон рвутся страшные звери с диким и яростным рёвом и криком. Иногда вдруг являлся пред ним открытый гроб, из которого вставал мертвец.
Так как старец не поддавался страхованиям, диавол воздвигал на него жесточайшие нападения. Так, он, по Божию попущению, поднимал тело его на воздух и оттуда с такою силою ударял об пол, что, если бы не Ангел-Хранитель, самые кости от таких ударов могли бы сокрушиться. Но и этим не одолел старца. Вероятно, при искушениях, он духовным оком своим, проникавшим в горний мир, видел самих злых духов. Может быть, духи злобы и сами видимо в телесных образах являлись ему, как и другим подвижникам.
Духовное начальство знало о. Серафима и понимало, как полезно было бы для многих сделать такого старца аввою, настоятелем где-нибудь в обители. Открылось место архимандрита в городе Алатыре. О. Серафима предназначили было туда настоятелем монастыря с возведением в сан архимандрита. В прошлом и в текущем столетиях Саровская пустынь не раз давала из своей братии хороших настоятелей в другие обители. Но старец Серафим убедительнейше просил тогдашнего Саровского настоятеля Исаию отклонить от него это назначение. Строителю Исаии и братии Саровской жаль было отпустить от себя старца Серафима, усердного молитвенника и мудрого наставника. Желания обеих сторон сошлись вместе: все стали просить другого иеромонаха из Сарова же, старца Авраамия, принять на себя звание архимандрита в Алатырский монастырь, и брат, единственно из повиновения, принял на себя это звание.
Во всех искушениях и нападениях на о. Серафима диавол имел целью удалить его из пустыни. Однако же все усилия врага остались безуспешны: он был побеждён, отступил со стыдом от своего победителя, но в покое его не оставил. Изыскивая новые меры к удалению старца из пустыни, злой дух начал воевать против него через злых людей. 12-го сентября 1804 года подошли к старцу три неизвестных ему человека, одетые по-крестьянски. Отец Серафим в это время рубил дрова в лесу. Крестьяне, нагло приступив к нему, требовали денег, говоря, что "к тебе ходят мирские люди и деньги носят". Старец сказал: "Я ни от кого ничего не беру". Но они не поверили. Тогда один из пришедших кинулся на него сзади, хотел свалить его на землю, но вместо того сам упал. От этой неловкости злодеи несколько оробели, однако же не хотели отступить от своего намерения. О. Серафим имел большую физическую силу и, вооружённый топором, мог бы не без надежды обороняться. Эта мысль и мелькнула было мгновенно в его уме. Но он вспомнил при сём слова спасителя: "Вси бо приемши нож ножем погибнут" (Мф. 26, 52), не захотел сопротивляться, спокойно опустил на землю топор и сказал, кротко сложивши крестообразно руки на груди: "Делайте, что вам надобно". Он решился претерпеть всё безвинно, Господа ради.
Тогда один из крестьян, поднявши с земли топор, обухом так крепко ударил о. Серафима в голову, что у него изо рта и ушей хлынула кровь. Старец упал на землю и пришёл в беспамятство. Злодеи тащили его к сеням келии, по дороге яростно продолжая бить, как звероловную добычу, кто обухом, кто деревом, кто своими руками и ногами, даже поговаривали о том, не бросить ли старца в реку?.. А как увидели, что он уже был точно мёртвый, то верёвками связали ему руки и ноги и, положив в сенях, сами бросились в келию, воображая найти в ней несметные богатства. В убогом жилище они очень скоро всё перебрали, пересмотрели, разломали печь, пол разобрали, искали-искали и ничего для себя не нашли; видели только у него св. икону, да попалось несколько картофеля. Тогда совесть сильно заговорила у злодеев, в сердце их пробудилось раскаяние, что напрасно, без всякой пользы даже для себя, избили благочестивого человека; какой-то страх напал на них, и они в ужасе убежали.
Между тем, о. Серафим от жестоких смертных ударов едва мог прийти в чувство, кое-как развязал себя, поблагодарил Господа, что сподобился ради Его понести раны безвинно, помолился, чтобы Бог простил убийц и, проведши ночь в келии в страданиях, на другой день с большим трудом, однако же сам, пришёл в обитель во время самой литургии. Вид его был ужасен! Волосы на бороде и голове были смочены кровью, смяты, спутаны, покрыты пылью и сором; лице и руки избиты; вышиблено несколько зубов; уши и уста запеклись кровью; одежда измятая, окровавленная, засохла и по местам пристала к ранам. Братия, увидев его в таком положении, ужаснулась и спрашивала: что с ним такое случилось? Ни слова не отвечая, о. Серафим просил пригласить к себе настоятеля о. Исаию и монастырского духовника, которым в подробности и рассказал всё случившееся. И настоятель, и братия глубоко опечалены были страданиями старца. Таким несчастием о. Серафим вынужден был остаться в монастыре для поправления здоровья. Диавол, воздвигший злодеев, по-видимому, торжествовал теперь победу над старцем, воображая, что навсегда изгнал его из пустыни.
Первые восемь суток были для больного очень тяжки: не принимая ни пищи, ни воды, он не имел и сна от нестерпимой боли. В монастыре не надеялись, чтобы он пережил свои страдания. Настоятель, старец Исаия, на седьмой день болезни, не видя перелома к лучшему, послал в Арзамас за врачами. Освидетельствовавши старца, врачи нашли болезнь его в следующем состоянии: голова у него была проломлена, рёбра перебиты, грудь оттоптана, всё тело по разным местам покрыто смертельными ранами. Удивлялись они, как это старец мог остаться в живых после таких побоев. По старинной методе лечения врачи считали необходимым открыть кровь больному. Настоятель, зная, что больной и без того много потерял её от ран, не соглашался на эту меру, но, по настоятельному убеждению консилиума врачей, решился предложить о том о. Серафиму. Консилиум опять собрался в келии о. Серафима. Он состоял из трёх врачей; с ними было три подлекаря. В ожидании настоятеля, они опять осмотрели больного, долго на латинском языке рассуждали между собою и положили: пустить кровь, обмыть больного, к ранам приложить пластырь, а в некоторых местах употребить спирт. Согласились также насчёт того, что помощь необходимо подать как можно скорее. О. Серафим с глубокою признательностью в сердце примечал их внимательность и попечение о себе.
Когда всё это происходило, кто-то вдруг крикнул: "Отец настоятель идёт, идёт отец настоятель!" В эту минуту о. Серафим уснул; сон его был краткий, тонкий и приятный. Во сне увидел он дивное видение: подходит к нему с правой стороны постели Пресвятая Богородица в царской порфире, окружённая славою. За Нею следовали свв. Апостолы Пётр и Иоанн Богослов. Остановясь у одра, Пресвятая Дева перстом правой руки показала на больного и, обратясь Пречистым Ликом Своим в ту сторону, где стояли врачи, произнесла: "Что вы трудитесь?" Потом опять, обратясь лицом к старцу, сказала: "Сей от рода Нашего" - и кончилось видение, которого присутствующие не подозревали.