Многоначалие, вызываемое самым строем новой монастырской жизни, в виде соборного управления представительными старцами монастыря (проэстосами), которые погодно и по очереди передают свою власть из рук в руки, как в наше время, так и в прошлом столетии не способствовало процветанию монастырей, а вело всегда и ведет ныне к упадку материального благосостояния, строгой монашеской дисциплины, к водворению в них внутренних беспорядков и неустройств, мешавших правильному и мирному развитию обителей. Русская Пантелеимоновская обитель не явила собою счастливого исключения, а пошла обычною дорогою, которая привела ее к обнищанию и полнейшему разорению. В 1803 году афонский Протат, принимая во внимание крайне бедственное состояние русского монастыря, которому на Кареене было доверия даже на 20 пиастров (около 1 р. 50 к. сер.), порешил уже было исключить этот монастырь из списка святогорских монастырей, земли, ему принадлежащие, продать для уплаты тяжелых долгов, лежавших на этом монастыре, а оставшийся денежный избыток употребить на общественные нужды прочих афонских монастырей. Но этому тяжелому приговору карейского Протата не суждено было осуществиться. Русский Пантелеимоновский монастырь неожиданно нашел себе заступника и покровителя в лице Вселенского Патриарха Калинника, всегда не сочувствовавшего идиоритмам. Он стал на сторону св. Пантелеимоновского монастыря и старался доказать киноту Святой Горы, что нетактично и неполитично уничтожать русскую обитель в то время, когда Россия своими последними войнами с Турциею приобрела решающее значение на судьбу восточных христиан. Устройство и приведение в надлежащий порядок расстроенных монастырских дел в Руссике было возложено Святейшим Патриархом на благочестивого, уже преклонных лет, но энергичного и опытного старца, иеромонаха Ксенофской обители Савву, который, желая оправдать оказанное ему доверие со стороны Вселенского Патриарха, ревностно принялся было за порученное ему дело и много даже сделал добра обители но, за смертью, не успел довести до конца всех своих благих намерений. Наступившие вслед за тем волнения на Святой Горе, по случаю греческого восстания за свою независимость в 1820–1821 годах, понудили многих мирных святогорцев покинуть свои монастыри и искать приюта за чертою Святой Горы. После заключения мира в 1830 году собравшаяся малочисленная и бедная братия русского Пантелеимоновского монастыря во главе с своим игуменом Герасимом, преемником Саввы, по совету мудрого старца иеродиакона Венедикта, решилась пригласить в монастырь русских иноков, чтобы с их помощью устроить обитель.
На этот призыв греков охотно откликнулся известный в ту пору иеромонах Аникита (в миру князь С. А. Шихматов-Ширинский), 9 июня 1835 года прибывший на Святую Афонскую Гору и временно поселившийся в малороссийском Ильинском скиту. Набожный и сердобольный о. Аникита, собрав около себя до 15 "желающих" переселиться в Руссик, по словам о. Парфения, "не знавши, – кто какого свойства и разума", 2 июля того же года отправился с ними пешком в Пантелеимоновский монастырь, неся на руках икону святителя Митрофания Воронежского. В Руссике он был встречен греческою братиею весьма радушно. Русским дали церковь св. Иоанна Предтечи. Сам о. Аникита, согласно данному им обещанию, 4 июля отправился в Солунь, чтобы оттуда ехать в Иерусалим, а русскую братию Пантелеимоновского монастыря поручил ведению духовника Прокопия, человека "хотя и доброго сердцем, как его характеризует о. Серафим Святогорец, но неопытного и слабого на то, чтобы удержать свое общество в границах безусловного послушания и подчиненности строгим правилам киновии или общежития". Старцам обители о. Аникита вручил 3 000 левов на довершение готовой вчерне церкви во имя св. Митрофания.
"Русские греков уважать и слушаться не стали, – описывает начавшиеся с отъездом о. Аникиты в Пантелеимоновском монастыре беспорядки инок Парфений, – но всегда стали противоречить, еще к тому же и стращать, что монастырь – наш, русский, а начальник у нас князь; мы вас выгоним. Отчего греки, вся братия смутились… и стали говорить игумену Герасиму и старцу Венедикту, что мы с русскими жить не можем и богатства их не хотим; лучше сухари с водою будем есть, да одни; русские расстроили всю нашу жизнь". То правда, что русские вели себя в монастыре нетактично, но не без вины по отношению к русским были и греки. "Если я не ошибаюсь в моих замечаниях, – пишет об этом времени наш русский путешественник по Афону В. Давыдов, – то русские монахи терпят в своем монастыре много притеснений, не только в хозяйственном отношении, но и в управлении монастырским имением и даже в церковной службе, которую не дозволяется им отправлять на славянском языке". Тот же о. Парфений, отнесшийся с суровою критикою к ильинским выходцам, не скрывает, однако, и того, что доля вины за эти беспорядки падает на греков вообще. "Греков русского монастыря, – говорит он, – более побудили на изгнание князя греки прочих монастырей, потому что они предусматривали, что ежели русские вселятся в русский монастырь, то у всех монастырей свою землю отберут, а наипаче, ежели будет жить князь". Как бы там ни было, но факт налицо, когда о. Аникита 9 мая 1836 г. воротился из Иерусалима на Афон и прибыл в русский Пантелеимоновский монастырь, то сразу же попал в самый разгар расходившихся человеческих страстей: "Русские стали жаловаться на греков, а греки на русских". "Попущением Божиим свыше, – замечает по этому поводу о. Аникита в своем дневнике, – сатана возбранил делу благому, возмутив старцев монастырских страшиться там, иде же не бе страх, так что, не смотря на обещание свое и на увещание мое, отреклись они совершенно от своих слов и отказались вовсе от устроения в монастыре своем престола во имя великого святителя Митрофана", церковь которого "оставалась без окончания до его возвращения". Кроткому и миролюбивому о. Аниките ничего не оставалось делать, как покинуть негостеприимный монастырь и искать себе и своей братии приюта опять в малороссийском скиту св. пророка Илии. 8 числа июня месяца, после литургии и молебна угоднику Митрофанию, русские иноки икону его "понесли из монастыря в русский Ильинский скит". На пути, "проезжая мимо, – читаем мы в дневнике о. Аникиты, – древний наш русский монастырь, в котором братия наша, до 30 человек от греческих своих собратий, в том же монастыре иночествовавших, побиени быша, остановился в развалинах сей опустевшей обители и с сопутниками своими, поставив икону св. Митрофана в параклисе Божией Матери, довольно еще уцелевшем, отслужил по усопшим панихиду и потом продолжал путь в скит св. Илии, куда вскоре и прибыл благополучно, и принят был любезно старцами и братией". Так окончилась полною неудачею первая попытка русских иноков поселиться в своем древнем достоянии в русском Пантелеимоновском монастыре. О. Аникита, получивший назначение, еще в бытность свою в Иерусалиме, состоять иеромонахом при нашем посольстве в Афинах, в скором времени покинул Афон и отправился к месту своего служения, где и скончался 7 июня 1837 года.
В 1839 году была сделана новая попытка привлечь в русский Пантелеимоновский монастырь русских монахов. По приглашению монастырских властей в обители поселился иеросхимонах духовник Павел с несколькими русскими монахами, которые вышли из состава братии Ильинского малороссийского скита, по случаю происходивших в нем беспорядков. Но о. Павел прожил в монастыре всего только восемь месяцев и скончался, оставив монастырю весьма почтенную сумму денег в 70 000 (около 7 тысяч рубл.) пиастров, которая дала возможность хотя несколько поправить расстроенные финансы монастыря. Оставшаяся братия из русских после кончины своего духовника, с благословенья о. игумена Герасима, обратилась к о. Арсению, знаменитому в ту пору подвижнику и опытнейшему духовнику всех русских, рассеянных еще по многочисленным калибам и келлиям Святой Горы, с просьбою, чтобы он перешел с своими учениками на постоянное житье в русский Пантелеимоновский монастырь и собрал бы около себя братию из русских. Старец Арсений отказался принять на себя непосильный уже для его преклонного возраста труд и предложил старцам обители, не без их желания, выбор свой остановить на его ученике о. Иоанникии, проживавшем тогда на келлии св. пророка Илии, близ Ставроникитского монастыря, с двумя своими учениками. О. Иоанникий сначала решительно отказывался, так как поселение его в Руссике было связано с необходимостью принять рукоположение в иеромонаха, чего он всегда страшился, но, убежденный своим старцем Арсением, перед авторитетом которого он благоговел, он, наконец, согласился, продал свою келлию, раздал свое имущество сиромахам русским и 20 октября 1840 года переселился со своими учениками в Пантелеимоновский монастырь. 18 числа ноября месяца о. Иоанникий (в схиме Иероним) был рукоположен Григорием, митрополитом Адрианопольским, в иеродиакона, а 21 того же месяца в иеромонаха и благословлен быть духовником для русской братии.
Какова же личность этого организатора русского Пантелеимоновского монастыря, дух и направление которого еще живы в монастыре и до наших дней, и этого могучего борца за русское дело на Святой Горе? Мы лично не были знакомы с о. Иеронимом, скончавшимся в 1885 году 14 ноября, а поэтому принуждены обрисовать его высоконравственный образ словами лиц, хорошо его знавших. Вот какой отзыв дает о нем ученик о. Иоанникия и даже сожитель его по Ильинской келье инок Парфений, служивший при нем некоторое время за повара и за пекаря, и за чтеца и за канонарха.