Примерно в то же время Шри Ауробиндо, принявший решение возглавить бенгальскую газету "Нава Шакти", переехал из дома на Скоттс-лейн вместе с женой и сестрой в квартиру в том же доме, где располагалась газета и где, не успев приступить к своей новой работе, ранним утром был разбужен ворвавшимися в комнаты вооруженными полицейскими и арестован. Его отвезли в полицейский участок, а оттуда в тюрьму в Алипоре , где он провел год, в течение которого шло сначала следствие, а затем судебное разбирательство в алипорском суде. Поначалу его содержали в одиночке, затем перевели в общую камеру, где он находился вместе с другими арестованными, проходившими по тому же делу, однако там они находились недолго, так как вскоре в тюрьме был убит представитель тюремной администрации, всех заключенных перевели в одиночные камеры, и они встречались только в суде или на ежедневной прогулке, где им запрещалось вступать в разговоры друг с другом. С большинством своих товарищей, проходивших по тому же делу, Шри Ауробиндо познакомился примерно через полгода. В тюрьме он почти все время читал "Гиту" и "Упанишады", активно медитировал и занимался йогой, даже в общей камере, где не имел возможности уединиться и научился медитировать среди болтовни, смеха и шума; но в одиночной камере у него были все условия, и он воспользовался ими в полной мере. В ходе процесса в суде обвиняемых держали в одной большой клетке, а он продолжал медитировать, почти не обращая внимания на обвинителя и почти не слушая свидетельские показания. Его защитником был Ч. Р. Дас, известный адвокат, сочувствовавший идеям Националистической партии и взявшийся вести это дело, хотя ради него ему пришлось на несколько месяцев оставить всю свою обширную практику. Шри Ауробиндо доверял ему полностью и ни о чем не беспокоился, так как внутренне уже знал, что будет оправдан. За время своего заключения он радикально изменил свою позицию; раньше он занимался йогой исключительно для того, чтобы использовать духовную силу, энергию и божественное руководство для свершения мирских дел. Однако в тюрьме внутренняя духовная энергия, поток которой всё нарастал, и процесс духовной реализации захватили его целиком, а его прежняя работа стала частью и результатом этого процесса, обозначив для него дело освобождения его страны как составную часть той цели, какая ранее если и открывалась ему, то лишь мимолетно, и была много шире, поскольку имела всемирное значение и касалась будущего всего человечества.
Выйдя из тюрьмы, Шри Ауробиндо обнаружил, что расстановка политических сил в стране серьезно изменилась: большая часть лидеров радикальной партии находились либо в тюрьме, либо в добровольном изгнании, кругом царили всеобщее разочарование и подавленность, но тем не менее дух свободомыслия не был искоренен. Шри Ауробиндо решил продолжать борьбу; он созывал еженедельные митинги в Калькутте, но если до тюрьмы на них собирались тысячи людей, то теперь приходили хорошо если сотни, в них и вполовину не чувствовалось того подъема, какой был раньше. Шри Ауробиндо также ездил с агитационными выступлениями в отдаленные места провинции и однажды в Уттарпаре произнес речь, где впервые публично рассказал о своей йоге и духовном опыте. Примерно в то же время он начал выпускать два еженедельника, "Карма-йогин" и "Дхарма", один на английском, другой на бенгали, которые получили довольно широкое хождение и, в отличие от "Банде Матарам", неплохо окупались. В 1909 г. Шри Ауробиндо выступал на конференции провинциальных партий в Барисале, поскольку в Бенгалии благодаря договоренностям, достигнутым в Хугли, две партии не разошлись окончательно и вместе участвовали в конференции, хотя представитель радикалов не мог принять участие в сессии Центрального комитета умеренных, занявших место в Конгрессе. Сурендранат Банерджи тогда частным порядком устроил встречу, куда кроме Шри Ауробиндо приехали еще несколько лидеров радикалов, чтобы обсудить проект объединения двух партий на сессии в Бенаресе и дать совместный отпор преобладавшему тогда в Конгрессе правому крылу умеренных. Шри Ауробиндо принял участие в той встрече, поскольку намеревался возглавить единую партию Бенгалии, объединившейся под началом сильной радикальной партии, крепкой, как правая рука, но для этого нужно было бы сначала добиться того, чтобы радикалы попали в число делегатов Конгресса, которые, по условиям, навязанным в Сурате, назначались умеренными. Шри Ауробиндо отказался пойти на такой компромисс и потребовал изменения в пунктах, касавшихся отбора депутатов, так чтобы вновь сформированные фракции имели бы право самостоятельно выбирать своих депутатов и в этом случае радикалы также получали бы возможность послать своих независимых представителей на всеиндийскую сессию Конгресса. Переговоры по этому пункту потерпели неудачу. Шри Ауробиндо пытался найти способ возродить национальное движение в сложившихся обстоятельствах. Он рассматривал даже такой вариант, как возможное возрождение движения за гомруль , к которому тогда власти не смогли бы предъявить претензий (позднее эта идея была реализована Анни Безант ), хотя этот путь означал бы отступление и отход от идеалов независимости. Также он продумывал метод организации широкого движения бойкота и мирного сопротивления, впоследствии подхваченный Ганди. Однако Шри Ауробиндо понимал, что сам не может стать лидером такого движения.
Он никогда не желал иметь ничего общего с бутафорскими реформами, которые в то время только и могли предложить британские власти. Шри Ауробиндо всегда стоял на одних позициях, отраженных в лозунге: "Никаких компромиссов", или, как сформулировал он в своем "Открытом письме к моим соотечественникам", напечатанном в "Карма-йогине": "Никакого сотрудничества без контроля народа". С его точки зрения предложения, которые тогда внесло на рассмотрение Британское правительство в Индии, можно было рассматривать только при условии реального политического, административного и финансового контроля со стороны выбранных народом министров. Однако об этом нечего было и мечтать вплоть до внесенного в Парламент предложения Монтегю , где впервые зашла речь о чем-то подобном. Шри Ауробиндо понимал, что рано или поздно Британскому правительству придется пойти на уступки национально-освободительному движению, однако ускорить этот момент не мог. Реформы Монтегю начали проводиться в жизнь через девять лет после отъезда Шри Ауробиндо в Пондичери, который к тому времени отказался от политической деятельности, посвятив себя духовному труду, оказывая только духовное влияние на движение в Индии до тех пор, пока с приездом Криппса не сбылись предсказанные им переговоры между Британским правительством и лидерами Конгресса и не произошли последовавшие за ними события.
Между тем власти решили избавиться от Шри Ауробиндо как от главного возмутителя спокойствия, который мешал создавать видимость полного успеха репрессивной политики. Поскольку не было явных причин сослать его на Андаманские острова , то было принято решение о его высылке. Информация об этом попала к сестре Ниведите, и та предупредила Шри Ауробиндо, посоветовав покинуть на время Британскую Индию и действовать из-за рубежа, чтобы его работа не оказалась прервана или уничтожена. Шри Ауробиндо опубликовал статью в "Карма-йогине" под своим именем, где сообщил читателям о планах властей и сформулировал программу, которую назвал своим последним словом и политическим завещанием, для того чтобы свести идею высылки его из страны на нет (и так оно и вышло на самом деле). Далее, власти, отказавшись от идеи насильственно выслать Шри Ауробиндо из страны, принялись искать повод для обвинения Шри Ауробиндо в подрывной деятельности, и он вскоре возник, когда Шри Ауробиндо опубликовал в той же газете еще одну статью, подписанную своим именем, с анализом политической ситуации. Тон статьи был вполне умеренный, так что суд отказался считать ее подрывной и оправдал издателя. Но тем не менее вскоре, вечером Шри Ауробиндо сообщили о том, что полиция собирается нагрянуть в редакцию "Карма-йогина" с обыском и арестовать Шри Ауробиндо. Он сидел и думал, как поступить, и вдруг к нему пришло веление свыше отправиться в Чандернагор на французскую территорию Индии. Он встал и собрался, так как с тех пор, как принял решение следовать божественному руководству, он подчинялся ему не раздумывая и потому и на этот раз не стал ни ждать, ни советоваться, а через десять минут уже был на пристани на берегу Ганга, где сел в лодку, спустя еще несколько часов прибыл в Чандернагор и вскоре уже был на конспиративной квартире. Из Чандернагора он написал письмо к сестре Ниведите, где, в частности, просил ее на время его отсутствия взять на себя руководство "Карма-йогином". Таков был конец его издательской деятельности. В Чандернагоре Шри Ауробиндо углубился в занятия медитацией. Через некоторое время ему было веление отправиться в Пондичери. Пароход, где среди матросов оказалось несколько молодых революционеров из Уттарпары, доставил его в Калькутту, а там он взошел на борт "Дюплекса" и 4 апреля 1910 года прибыл в Пондичери.
В Пондичери Шри Ауробиндо постепенно отошел от дел и занимался только йогой. Он перестал принимать участие в политической деятельности, отказывался – хотя к нему не раз обращались с просьбой – председательствовать на собраниях возрожденной партии Индийский Национальный Конгресс, воздерживался от публичных заявлений, не связанных с его духовной работой, а также от написания политических статей, и если что-то и писал позднее, то лишь для журнала "Арья". В течение нескольких лет он еще поддерживал через двух человек личные отношения с членами своей революционной группы, которую раньше возглавлял, но позднее прервал и эти контакты, окончательно отстранившись от политической жизни. Он, получивший ясное видение будущего, тогда уже знал, что Индия вскоре сумеет добиться свободы благодаря деятельности тех сил, о которых он имел полное представление, знал, что Британия будет вынуждена признать ее независимость под нажимом индийского освободительного движения изнутри в новой международной ситуации и что Индия уже вступила на этот путь, несмотря на видимые препятствия. Знал, что в вооруженном восстании не будет нужды и потому можно прекратить подготовку к нему так, что дело партии национального освобождения не пострадает, хотя считал, что революционный дух следует поддерживать, и был уверен, что его последователи будут его поддерживать не хуже, чем в начале движения. Таким образом, в его личном участии в политической борьбе не было необходимости. Кроме того, с течением времени Шри Ауробиндо всё яснее осознавал важность задач в своей духовной работе и понимал, что должен на ней сосредоточить все свои силы. По этой причине, когда появился ашрам, Шри Ауробиндо сделал всё, чтобы ашрам оказался в стороне от любых политических событий, и даже в тех случаях, когда потом дважды вмешивался в политику, он представлял это как свое сугубо личное решение, не имевшее отношения к ашраму. Ни британские власти, ни многие из тех, кто его знал или просто слышал о нем, с трудом могли поверить в отказ Шри Ауробиндо от политической борьбы, считая, что он продолжает вести нелегальную работу и даже, возможно, создал подпольную организацию во Французской Индии. Но всё это были исключительно слухи и фантазии, ничего подобного на самом деле он не делал. Его уход из политики в 1910 году был таким же окончательным и бесповоротным, как и уход от мирской жизни.
Однако это не означало, как полагали многие, что, устремившись к высотам духовного роста, он потерял интерес к миру или к судьбе Индии. Такого не могло быть, поскольку самый принцип его йоги состоит в том, чтобы не только реализовать Божественное и обрести полное духовное сознание, но и охватить им, новым сознанием, всё живое, включить в сферу своей духовной деятельности весь мир, внести в жизнь Дух и придать ей духовный смысл. Живя в полном уединении, Шри Ауробиндо внимательно следил за тем, что происходит в мире и в Индии, и, когда в том была необходимость, активно вмешивался в события, но только исключительно с помощью духовной силы и безмолвной работы духа; так как частью духовного опыта тех, кто достиг достаточно высокого уровня развития в йоге, является знание, которое говорит о том, что, помимо обычных движущих сил, относящихся к сфере нашей жизни, как умственных, так и физических, существуют еще другие силы и энергии, которые могут действовать и на самом деле действуют свыше и изнутри тайно и для нас незаметно; существуют иные, духовные движущие силы, которыми способны обладать только те, кто продвинулся в духовном знании, хотя именно они как раз и не заботятся о том, чтобы овладеть этими силами или же, владея, – чтобы ими пользоваться; силы более мощные, чем все те, что нам известны, и значительно более действенные. Именно такой силой владел Шри Ауробиндо и пользовался ею сначала для решения собственных задач, а впоследствии и для того, чтобы повлиять на ход мировых событий. У него не было причин для разочарования в результатах, и он не чувствовал необходимости прибегать к какому-то иному способу действия. Тем не менее, дважды он счел целесообразным использовать в дополнение к этому другой способ действия, имеющий публичный характер. Первый раз – когда дело касалось Второй мировой войны. В начале Шри Ауробиндо активно не занимался вопросами войны, но через некоторое время понял, что если Гитлеру удастся сломить сопротивление, то миром будет править нацизм, и тогда вмешался. Он публично принял сторону союзников и в ответ на призыв правительства создавать фонды военной помощи сам сделал денежный взнос, а также одобрял тех, кто обращался к нему за советом, вступать ли в армию или принимать какое-либо другое участие в военных действиях. Шри Ауробиндо употребил свою внутреннюю духовную силу для поддержки союзных войск в момент Дюнкерской операции, когда со дня на день ожидали поражения Англии и полной победы Гитлера, и с радостью наблюдал, как стремительное движение немцев прекратилось, будто наткнувшись на препятствие, и весь ход войны развернулся в противоположном направлении. Шри Ауробиндо вмешался в ход событий, так как видел, что за Гитлером и нацизмом стоят темные силы Зла, и победа нацистов означала бы установление тирании асуров и шаг назад в человеческой эволюции, в особенности в духовной эволюции; победа Гитлера в Европе могла бы привести к порабощению не только Европы, но и Азии, в том числе Индии, и это новое рабство – намного более страшное, чем то, что пережила Индия в прошлом веке, – свело бы на нет всю ту работу, которая была сделана для ее освобождения. Те же соображения побудили его публично поддержать предложения Криппса и убеждать лидеров Конгресса их принять. По разным причинам он не вмешивался в ход событий во время японской кампании, пока не стало очевидным намерение Японии вторгнуться в Индию. Он разрешил опубликовать часть своих писем, где писал о демонической природе и неизбежных социальных последствиях гитлеризма. Он поддержал предложения Криппса, поскольку принятие их означало совместное противостояние Индии и Британии нашествию асуров, а следовательно, и еще один шаг к независимости. После провала переговоров Шри Ауробиндо вновь обратился к духовной практике, употребив свою силу против агрессора и с удовлетворением наблюдая, как захлебнулось победоносное продвижение японской армии, прежде сметавшей всё на своем пути, вдруг сменившись на быстрое отступление, которое, в конечном итоге, привело к полному, сокрушительному поражению Японии. Через некоторое время после войны Шри Ауробиндо также с радостью наблюдал, как сбывались его пророчества относительно будущего Индии, которая стала независимой, несмотря на все внутренние проблемы.