Военно-морской флот имел задание с помощью 11 групп военных кораблей и восьми транспортных эшелонов перевозить части и вооружение по точному календарному плану в Данию и Норвегию. Для этого использовались почти все имеющиеся в распоряжении военные корабли и транспортные суда. Транспортировка больших общевойсковых соединений на военных кораблях была до сих пор единственным в своем роде случаем в военной истории. Английское морское господство на Северном море могло быть свергнуто только благодаря моменту неожиданности. Большое значение поэтому придавалось маскировке и обману. Должны были найти применение не только нейтральные и английские корабельные имена и опознавательные знаки, но и был отдан до сих пор неповторимый в немецкой военной истории приказ повесить английский военный флаг на немецких кораблях, если этого потребует ситуация. Так, в приказе командующего разведывательными вооруженными силами для групп IIIa и IIIb (группа крейсеров, направлявшихся в Берген) говорилось в том числе о поведении при входе в норвежские воды: «Маскировка под английские транспортные средства должна осуществляться до последней возможности. На все запросы радиотелеграфом норвежских кораблей отвечать на английском языке… На вызов нужно отвечать именами английских военных кораблей… Проявлять предусмотрительность, освещать английский военный флаг». Для общения с проходящими норвежскими сторожевыми кораблями фразы морзянкой были подготовлены на английском языке. Распоряжения считались логичными для линкоров, эсминцев и остальных групп военных кораблей. Предусмотренные для Осло-фьорда два корабля — разрушителя заграждений имели указание отвечать «на вызовы сигналами с побережья и сторожевых кораблей, используя для обмана имена английских пароходов. За день до «дня Везер» (8 апреля) с наступлением темноты нужно повесить английский торговый флаг. Самое позднее с наступлением «времени Везер» или при начале боевых действий нужно повесить немецкий военный флаг». Соответственно командующий подводным флотом в операционном приказе («Хартмут») ставил в известность свои лодки о том, что немецкие военно-морские силы «при вхождении [в норвежские гавани] вплоть до высадки войск, вероятно, кроме Нарвика будут нести английский военный флаг».
У военно-морского руководства все же появились опасения из-за возможной путаницы ввиду получившей известность английской операции по постановке мин; разрешение на вывеску английского флага было отменено во второй половине дня 8 апреля, то есть в последний момент. В отношении ожидавшегося после высадки на берег контрудара союзников необходимо быть по возможности более сильными в пунктах высадки. Поэтому от военно-морского флота требовалось также сконцентрироваться на немногих пунктах на побережье. Если при высадке оказывалось сопротивление, то задача военных кораблей была в том, чтобы сломить его. Тем не менее корабли не могли оказать постоянную огневую защиту армейским частям. Из-за этого возникло значительное расхождение во мнениях между армией и военно-морским флотом, которое длилось весь март, однако в конце концов было разрешено в пользу военно-морского флота. После обсуждения, состоявшегося между тремя главнокомандующими 5 марта у Гитлера, фюрер постановил: в соответствии с требованиями Геринга об эффективной противовоздушной обороне, по крайней мере, в Тронхейме оставить тяжелые части военно-морского флота. 28 марта Гитлер даже потребовал, чтобы в Нарвике, Тронхейме и Осло военные корабли остались также после высадки на берег, так как их немедленный отход оказал бы негативное впечатление на оставшиеся на суше воинские части. Это означало бы, что самая большая часть немецкого флота осталась бы в Норвегии, кроме того, в гаванях, которые не могли ни в коем случае пока еще считаться базами.
На следующий день главнокомандующий военно-морским флотом обещал проверить, мог ли Тронхейм сразу после захвата быть оборудован как база. От пребывания военных кораблей в Нарвике тем не менее отказались. 2 апреля Гитлер отклонил повторную атаку главнокомандующего люфтваффе с замечанием, что он порицает также немедленный обратный выход военных кораблей, но не хотел бы, однако, «вмешиваться слишком откровенно в дела чисто морской войны». Тем самым руководители ВМС осуществили свои принципы, которые немедленно, а также с полным правом, вошли как принцип руководства в общий приказ на проведение операции: «Сохранение собственных сил важно для последующего использования достигнутой цели этой операции». Поэтому необходимо было по возможности избегать боевых действий на пути туда и обратно. Особой проблемой должно было быть постоянное снабжение по морю, которое полностью могло наступать только тогда, когда войска высаживались и, следовательно, момент внезапности отпадал. Нужно было предвидеть, что противник предпримет все усилия, чтобы препятствовать движению последующих транспортов, для этого у него вполне имелись силы.
Обеспечение посредством незначительных по численности надводных вооруженных сил могло происходить только в скромных рамках. Большее значение должно было играть оружие подводных лодок, которое после прежних успехов внушало надежду на эффективные действия против больших сосредоточений вражеских кораблей. Поэтому 4 марта Верховное командование ВМФ приказало временно не посылать подводные лодки в Атлантику. Обеспечение десанта на морских просторах и перед гаванями, а также борьба с вражескими контрвысадками выпали на долю подводных лодок. Кроме того, они должны были быть эффективны против военно-морских сил, которые использовались бы для разружения морских коммуникаций. Чтобы оказаться своевременно в районах действия, лодки должны были занять свои позиции — внутри фьордов или в положении ожидания на предполагаемых вражеских путях, прежде чем начнется отход своих групп военных кораблей.
Надводные корабли и подводные лодки впервые во Второй мировой войне совместно оперировали в одном и том же морском районе. Взаимная угроза не была исключена. К тому же для развертывания подводных лодок необходимо было по возможности дольше сохранять неожиданность. Все необходимые мероприятия были учтены в отданном для проведения операции в Норвегии операционном приказе командующего подводным флотом. Он был выдан командирам при выходе в запечатанном виде и мог быть открыт только по особому распоряжению. Операция подводных лодок носила наименование «Хартмут». Подводные лодки, предназначенные для Нарвика и Тронхейма, уже 11 марта получали приказ занять свои позиции. 14 марта были замечены минимум 14 английских подводных лодок в Северном море, против которых сразу были задействованы восемь маленьких лодок, разумеется безуспешно. На сообщение немецкого морского атташе в Осло, что якобы 60 английских военных кораблей стоят перед Эгерсунном, туда маршем были направлены четыре лодки, к которым после Пентленд-Ферт приблизились находившиеся в пути U-21 и U-22. Это ошибочное сообщение имело серьезные последствия: U-21 в далеком марше вследствие небезопасной навигации села на грунт около острова Оддкнуппен (к юго-востоку от Мандала) 27 марта в пределах норвежских территориальных вод и была интернирована в Кристиансанн. Предназначенные для операции «Хартмут» лодки между 31 марта и 6 апреля вышли из немецких гаваней. В последний день командиры получили указание открыть запечатанные конверты и поступать согласно оперативному приказу. Через два дня развертывание подводных лодок, по существу, было закончено.
Люфтваффе выпало задание перевозить парашютистов и армейские части в Осло, Берген, Ставангер, Кристиансанн и Ольборг, защищать эшелоны морских транспортов и высадку на берег от вражеских ВВС и поддерживать наземные войска в боях с вражеским сопротивлением. Другими первоочередными задачами были разведка и эксплуатационная готовность аэродромов, организация зенитной обороны, защита воздушного пространства, контроль морских областей в поисках вражеских подводных лодок. Против английских воздушных соединений на ютландские и норвежские аэродромы должны были быть переведены и находиться там в состоянии готовности подразделения истребительной и штурмовой авиации. Требовались боевые соединения для разгрома скоплений вражеских надводных вооруженных сил в районе проведения операции. Необходимо было предоставить в распоряжение воздушное пространство для транспортировки больших армейских соединений с вооружением. Таким образом, для военной авиации был поставлен ряд совершенно новых задач. До сих пор было обдумано только теоретически использование в большем объеме парашютистов и воздушно-десантных войск, сотрудничество с армией и военно-морским флотом. Спорный вопрос, находилась ли на верном пути организация германского вермахта с обоснованием независимой военной авиации, мог бы получить
За подготовительные работы и проведение операции по захвату Дании и Норвегии отвечал командир X авиационного корпуса генерал-лейтенант Гейсслер. Его мероприятия должны были происходить в согласовании с оперативными штабами военно-морского флота и армии. X авиационному корпусу были выделены следующие соединения: боевые эскадры 4, 26, 30-я, 100-я группа боевой эскадры, три отделения зенитных пушек, один батальон парашютистов, семь авиатранспортных групп, по одной транспортной эскадре — соответственно наземной и морской. Если эти соединения еще не стояли в своих немецких гаванях, то они прибыли туда 8 апреля. Для налаживания системы аэродромного обслуживания были предусмотрены воздушный штаб округа для особого применения 300 — для Дании и воздушный штаб округа для особого применения 200 — для Норвегии, три моторизованные роты из полка генерала Геринга подчинялись в решении наземных задач X авиационному корпусу. Летный бензин, бомбы и тяжелые зенитные пушки должны были быть доставлены в так называемом «экспортном эшелоне» по морскому пути в Нарвик, Тронхейм и Ставангер, а для остальных гаваней — последующими морскими транспортными эшелонами. Группы авиатранспорта нужно было формировать 6 апреля и готовить днем, позже в гаванях, транспортные группы парашютистов — только 8 апреля. Старт авиатранспортных соединений должен был происходить 9 апреля в 1 час. Разведка над морем была проведена по распоряжению командования морской группы «Запад» руководителем морских военно-воздушных сил «Запад» и X авиационным корпусом. При группе XXI и XXXI высшем командовании особого назначения находились штабы связи с летчиками, так что сотрудничество с другими родами войск, кажется, было гарантировано.
Круг офицеров, участвовавших в подготовительных работах, был настолько узким для сохранения тайны, что командующий военной авиацией узнал о запланированной операции только после подписания директивы «Учение Везер». Геринг, который очень давно знал от Розенберга, что подготовка в этом направлении шла полным ходом, был глубоко уязвлен и пожаловался 2 марта Гитлеру на начальника Верховного командования вермахта, предположив, что тот исключил его по личным причинам. Прежде всего, Геринг высказался против любого подчинения соединений военной авиации группе XXI. 4 марта Йодль в разговоре с начальником Генерального штаба военной авиации генералом Ешоннеком добился согласия по организационной форме, что все участвующие в операции «Учение Везер» силы военной авиации подчиняются X авиационному корпусу и — соответственно требованиям группы XXI — должны получать приказы от главнокомандующего военной авиацией. Распоряжение от 14 марта принципиально урегулировало приказные отношения и разграничения трех родов войск.
Приказ об общей операции — в соответствии с характером совместной операции армии, военно-морского флота и военной авиации — впервые оставило за собой Верховное командование вермахта. С оперативной точки зрения главный штаб вермахта руководил всеми боевыми частями. По своему персональному составу он был, однако, больше координирующим, чем планирующим органом. Руководство приказами на воде имели командующий морским флотом группы «Восток» (адмирал Карльс, до 7 апреля как командующий морским флотом группы «Север» он оперативно подготовил операцию) для Балтийского моря вплоть до заграждения в Скагерраке и командующий морским флотом группы «Запад» (генерал-адмирал Заальвэхтер) для Северного моря, включая норвежские воды. Оба оперативно подчинялись военно-морскому руководству. Военная авиация командовала авиатранспортами вплоть до проведенной высадки. Все воздушные операции в районе Дания — Норвегия были проведены соединениями X авиационного корпуса в Гамбурге (генерал-лейтенант Гейсслер). Операции армии после высадки проводила группа XXI (генерал фон Фалькенхорст), под его руководством XXXI высшее командование (генерал авиации Каупиш) в Дании. Операция по захвату Дании и Норвегии должна была разделиться в самом начале вследствие пространственного разделения боевых групп на многочисленные одиночные действия. Это зависело в каждой из высадившихся групп от строгого руководства, которое должно было одновременно обозревать общее развитие событий и действовать соответствующим образом. Сосредоточение боевых групп и их отдельные операции были делом назначенных для этого оперативных штабов трех родов войск вермахта, согласование их интересов вменялось в обязанность Верховному командованию вермахта. Для такого тесного сотрудничества, какого требовала операция в Норвегии, отсутствовал какой-либо опыт.
Предпринятая перед войной в академии вермахта попытка обучать особо квалифицированных офицеров Генерального штаба в расчете на общие операции еще не отразилась на классификации руководящего состава вермахта в начале войны. Германия не имела Генерального штаба в 1939 году, имелись лишь главные штабы родов войск. Тем не менее организация руководства оказалась в общем и целом пригодной и представляла уже внушительное сотрудничество трех штабов, особенно если проводить сравнение с немногими счастливыми начинаниями противников в первые годы войны. Конечно, во взаимоотношениях этих штабов имелись трудности и определенные трения в решениях руководства, что имело давнюю «традицию». Штабы также недостаточно использовали в общении между собой современные средства связи. Но все же руководство вермахта всегда стремилось победить сепаратистские частные интересы и в то же время достаточно хорошо понимало интересы различных родов войск. Представления у солдат на фронте были зачастую другими, чем у высшего руководства, что особенно ярко, проявилось при удаленных операциях в Норвегии, вероятно, больше, чем на других театрах военных действий, но это не могло, однако, уменьшить волю к объективному сотрудничеству. Проведение «Учения Везер» требовало маневренного, подвижного руководства, которое при всем том согласно положению вещей должно было предоставить большую ответственность младшим командирам. В обоих случаях высокие требования были выполнены полностью.
По мере приближения срока начала операции возникало все больше сомнений, удастся ли этот смелый план. 26 марта главнокомандующий военно-морским флотом объявил состояние готовности после оперативного совещания с Гитлером. Гросс-адмирал Редер не разделял взгляда ряда высших морских офицеров, что с окончанием финско-русской войны в Скандинавии наступила разрядка. Беспокойство немецких торговых судов английскими военно-морскими и военно-воздушными силами в норвежских водах еще, однако, не подтолкнуло военно-морское руководство сделать вывод о непосредственной угрозе Норвегии. Немецкие перевозки руды поддерживались в полном объеме, тем более что потерь пока не было.
Начальник оперативного отдела военно-морского руководства капитан С. Фрике все еще придерживался точки зрения, что можно подождать до тех пор, пока англичане не сделают первый шаг в Норвегию, тогда все равно не поздно было бы защитить рудный бассейн через Швецию и оттуда действовать против английских плацдармов в Норвегии — мысль, от которой нельзя было отмахнуться. Это сэкономило бы по меньшей мере силы и позволило избежать огромного риска использования флотов. Но об этом главнокомандующий военно-морским флотом не мог даже подумать. Поэтому оперативные начинания Фрике не были выполнены, хотя морской ответственный исполнитель в штабе Фалькенхорста капитан С. Кранке также видел в этой операции больше недостатков, чем преимуществ. 12 марта все подготовительные мероприятия были выполнены настолько, что захват датских и норвежских пунктов на побережье мог бы произойти по морскому пути к 20 марта. Лишь ледовая ситуация в Балтийском море после очень суровой зимы потребовала перенести сроки еще на несколько дней. Тем не менее финско-русское заключение мира в середине марта лишило теперь западные державы возможности вмешаться в скандинавские дела. А значит, стало неустойчивым и обоснование ответных действий Германии. Поэтому Гитлер все еще не мог решиться отдать приказ на проведение операции «Учение Везер», так как он полагал, что она недостаточно мотивирована с точки зрения внешних условий. Прежние настораживающие сообщения о предстоящей высадке союзников в Норвегии теперь, кажется, не имели под собой никаких оснований.
При всем том главнокомандующий военно-морским флотом 26 марта на оперативном совещании у Гитлера высказался, что основной целью союзников по-прежнему остается отрезать Германию от ее рудной базы и что раньше или позже эту базу придется защищать. Однако операцию «Учение Везер» требовалось провести во время полярных ночей, и самый последний срок для этого — 7 апреля. На основании этого доклада о ситуации Гитлер окончательно решил в тот же самый день, что операция «Учение Везер» с временным незначительным превосходством должна проводиться перед нападением на запад, тем более что имелась опасность, что после нарушения голландского нейтралитета Германией в качестве английской контрмеры был возможен захват Нарвика. На случай, если бы Англия раскрыла немецкие намерения, в директиве «Учение Везер» не имелось никакого соответствующего приказа. Еще 6 апреля Верховное командование вермахта, в отличие от военно-морского руководства, было убеждено в том, что английской высадки не последует. И все же даже в штабе Фалькенхорста возникли сомнения в том, стоит ли делать шаг на датскую и норвежскую землю в форме нападения без предупреждения. Прежде всего военно-морские круги не разделяли — в противоположность точке зрения немецкого морского атташе в Осло — убеждения, что мирный захват удался бы, если бы вступление произошло еще перед вручением немецкой ноты, как было запланировано. Вызывает сомнение, могли ли скандинавские правительства приказать тогда (еще своевременно) прекратить огонь. 21 марта Фалькенхорст посоветовал предварительно установить дипломатический контакт, чтобы прозондировать предполагаемое поведение скандинавских правительств. Гитлер, однако, строго запретил любые переговоры, так как у северных государств могли бы возникнуть подозрения и они обратились бы за помощью к Англии и Америке. Генерал-майор Йодль также занял эту точку зрения и был мало обрадован такому предложению группы XXI. По его мнению, политические намерения вообще не касались штаба руководства Фалькенхорста.