В связи с участившимися обстрелами и диверсиями с весны 1985 года Су-25 стали привлекаться для патрулирования над Кабульским аэропортом и штабом 40-й армии, располагавшимся в бывшем дворце Амина. По ночам дежурство несли вертолеты, а когда сторожевые посты сообщали о подозрительной активности в близлежащих горах, из Баграма поднимались Су-25. На дежурстве в Баграме постоянно держали и пару штурмовиков, задачей которых был немедленный удар по району, где появлялся Ахмад Шах Масуд - враг номер один в этих местах и безраздельный хозяин Чарикара и Панджшера. Умелый и энергичный противник, назначенный верхушкой оппозиции "главнокомандующим фронтами центральных провинций", Масуд вызывал особую неприязнь Кабула своими дерзкими операциями под самой столицей и, особенно, непререкаемым авторитетом у населения. Среди летчиков говорили, что за уничтожение Ахмад Шаха заранее обещано звание Героя Советского Союза; Туран Исмаила, командира рангом пониже, соответственно оценивали орденом Красного Знамени.
За Масудом охотились штурмовики и спецназ, на него устраивались засады, проводились войсковые операции, не менее 10 раз сообщалось о его гибели (сам Б.В. Громов считал, что "с 85-го года Ахмад Шаха уже нет в живых - это только знамя у оппозиции"), однако неуловимый "амирсаиб" снова и снова уходил от преследований, через своих людей в Кабуле заранее узнавая о готовящихся ударах - среди осведомителей Масуда были приторговывавшие секретами высшие офицеры афганской армии и сам начальник разведуправления генштаба генерал-майор Халиль (предательство Халиля и офицеров его окружения было раскрыто весной 1985 года). Ведение разведки занимало среди задач штурмовиков сравнительно скромное место (мешали недостаточная дальность полета и отсутствие специального оборудования) и ограничивалось визуальной разведкой в интересах собственной части. Готовясь к налету, командир или штурман эскадрильи облетал район будущего удара, знакомясь с местностью и ориентирами, а непосредственно перед атакой летчики эскадрильи проводили доразведку. По предложению А.В. Руцкого, принявшего осенью 1985 года 378-й ОШАП, для регистрации результатов ударов один Су-25 был оборудован фотоконтейнером, но эта доработка так и осталась единичной.
Универсальность, а во многих случаях и незаменимость Су-25 делала их использование чрезвычайно интенсивным. В 1985 году летчики-штурмовики набирали вдвое больше вылетов, чем их коллеги на Су-17, и имели средний налет 270-300 часов ("Союзный" норматив составлял 100 часов), а многие оставляли далеко позади и эти показатели. А.В. Руцкой совершил 453 боевых вылета (из них 169 ночью), старший лейтенант В.Ф. Гончаренко из 378-го полка имел их 415, а полковник Г.П. Хаустов (на всех типах самолетов) - более 700 за два года работы в ДРА (маршал авиации А.H. Ефимов - прославленный летчик-штурмовик, дважды Герой Советского Союза, за всю Отечественную войну выполнил 222 боевых вылета). На самолет за год приходилось около 300 вылетов, но встречались и заслуженные Су-25, успевшие слетать на задание до 950 раз. Средний налет на штурмовик в 1985 году составлял 224 часа (против 84 для Миг-23 - такая разница объясняется не простоем истребителей, а неравномерной боевой нагрузкой в частях ИА, где значительная доля машин не привлекалась к ударам, находясь в готовности на боевом дежурстве).
Особенностью работы 378-го ОШАП было использование машин до полной выработки ресурса (если только самолет до него дотягивал), в то время как истребители и истребители-бомбардировщики по замене уходили домой вместе со своими самолетами. Нагрузка на штурмовики и их износ превышали все нормы, из-за чего большинство работ, включая и восстановление подбитых самолетов, выполнялись на месте развернутых в Афганистане рембазах, и лишь наиболее трудоемкие и требовавшие специальной оснастки выполняли на заводе в Чирчике или Вазиани, куда отгоняли израненные самолеты (в одном из таких случаев разбитый Су-25 в октябре 1984 года вывезли в Ан-12, отстыковав все лишнее, но хвост штурмовика все равно при перелете остался торчать снаружи). Обычно же выработавшие ресурс машины уходили в Союз, а им на смену с завода или с очередной группой прибывали новенькие штурмовики. Среди пилотов Су-25 профессиональными заболеваниями были постоянные боли в желудке, ломота в суставах и кровотечения из носа, вызванные полетами на высоте в негерметичной кабине. Эти проблемы усугубляло скудное и однообразное питание, добавлявшее обещанных присягой "тягот и лишений". Нормальное "пищевое довольствие" оказалось неразрешимой проблемой для снабженцев, и авиаторов изо дня в день ожидали опостылевшие каши, консервы и концентраты, остававшиеся основой рациона среди окружавшего изобилия зелени и фруктов. Наладить снабжение за счет местных ресурсов даже не пытались, опасаясь отравлений, и службы тыла сбывали в Афганистан залежавшиеся на складах запасы, с которыми в летные столовые попадали консервированный хлеб, тушенка и сухари выделки 1943 года (говорят, ими на спор забивали в стену любой гвоздь).
С усилением ПВО моджахедов Су-25 все чаще стали привозить из боя серьезные повреждения. Хотя надежная защита во многих случаях выручала летчика, зенитный огонь повреждал двигатели, баки, управление, выводил из строя оборудование самолета. Су-25, пилотируемый В.В. Бондаренко, в октябре 1984 года возвратился на аэродром, волоча за собой шлейф керосина из изодранных очередью крыльев и остановился на полосе без единой капли топлива. Штурмовик майора А. Порублева под огнем лишился подвесного бака с крыльевого держателя, тут же нанизанного пикирующим самолетом на пилон. Самолет с вертикально торчащим баком управлялся с трудом, но, сколько ни старался летчик, стряхнуть бак не удалось, и с этой необычной подвеской Су-25 пришел на базу. В другой раз по самолету старшего лейтенанта Коваленко одновременно били 30 зениток, по словам очевидцев, "напоминая салют на Красной площади". За первый год работы 378-го ОШАП летчикам 12 раз приходилось возвращаться на аэродром с одним "выбитым" двигателем. И все же штурмовики несли потери: имел место случай, когда Су-25 в июле 1987 года разбился из-за попадания всего одной пули, перебившей кислородный шланг; летчик потерял сознание, и неуправляемая машина упала на землю. 10 декабря 1984 года над Панджшером был сбит Су-25 старшего лейтенанта В.И. Заздравнова, атаковавший цель пушечным огнем. На выходе из пикирования ответная очередь повредила управление, и самолет врезался в скалы.
Возвращать поврежденные самолеты в строй помогала хорошая ремонтопригодность и взаимозаменяемость узлов, предусмотрительно заложенные в конструкцию Су-25. На месте заменялись продырявленные баки, закрылки, рули, сломанные стойки шасси, встречались штурмовики с полностью новыми мотогондолами, носовыми и хвостовыми частями фюзеляжа. Необходимость "штопки" многочисленных пулевых и осколочных пробоин заставила вспомнить порядком забытое в строевых частях слесарное и клепальное дело, а промышленность наладила поставки комплектов наиболее повреждаемых панелей и капотов, стопками завозившихся на аэродромы. Из-за обилия дыр (своего рода рекордом было 165 пробоин на одном Су-25) многие из них латались топорно, "на коленке". Порой не хватало даже дюраля для ремонта, и в одной из эскадрилий штурмовики несли заплаты из расплющенных гильз. Другой проблемой стала нехватка запасных частей, и время от времени один из не подлежавших ремонту самолетов превращался в их источник и шел "на прокорм" своим продолжавшим работать собратьям.
Во время 4-й панджшерской операции, начатой в мае 1985 года (ее целью был "полный и окончательный разгром бандформирований в центральных провинциях"), долину прикрывали 200 ДШК и ЗГУ, в дополнение к которым отряды Ахмад Шаха получили еще три десятка 20-мм зениток "Эрликон" швейцарского производства с досягаемостью по высоте до 2000 м. Они легко разбирались для перевозки и позволяли оборудовать позиции в самых неожиданных местах. Зарубежные инструкторы помогли хорошо освоить оружие, сами моджахеды научились строить систему ПВО вокруг лагерей, используя особенности рельефа для укрытия огневых точек. Насыщенность районов боевых действий зенитными средствами стала представлять серьезную угрозу, и пренебрежение ею могло не остаться безнаказанным. 22 июля 1985 года Су-25 С.В. Шумихина находился над целью почти полчаса и был сбит на 11-м боевом заходе, попав под огонь замаскированной зенитки. Работая парой, штурмовики стали распределять обязанности следующим образом: ведущий атаковал цель, а ведомый следил за местностью, с ходу нанося удар по обнаруженным вспышкам "сварки". Для защиты от огня сверху, под который самолеты попадали в ущельях и на виражах, летчики стали получать титановые бронешлемы, однако тяжелые "котелки" не прижились у пилотов, предпочитавших хороший обзор и свободу действий. На помощь штурмовикам пришли новые типы боеприпасов, сочетавшие высокую поражающую способность с большой прицельной дальностью, позволявшей работать по цели, не входя в зону ПВО. На Су-25 стали применять крупнокалиберные 122-мм ракетные блоки Б-13Л с дальностью пуска до 4000 м. Они снаряжались осколочно-фугасными НАР С-13-ОФ, по мощности и убойной силе на порядок превосходившими С-8, и С-13 с проникающей БЧ, прошибавшей трехметровый слой земли и камней над укрытиями. Тяжелым НАР С-25-ОФ и ОФМ с двухсоткилограммовой БЧ "по зубам" были и прочные, хорошо защищенные сооружения - крепости, огневые точки в скалах и укрепления.
Надежные и неприхотливые С-25 при снаряжении самолета были не сложнее обычных авиабомб. Фанерные пусковые трубы с ракетами штабелями лежали на аэродромах, и для их подготовки достаточно было сорвать оберточную бумагу и ввернуть взрыватель. Применялись и подвесные установки СППУ-22-01 с подвижными пушками ГШ-23. Во время высадки десанта на базу Джавара в апреле 1986 года четверка Су-25, поливая огнем СППУ по склонам ущелья, расчищала дорогу подходившим вертолетам. "Гребешок" был плотным, и ни один Ми-8 с десантом не был потерян. Иногда СППУ подвешивали стволами назад, ведя огонь в хвост при выходе из атаки. Стрельба велась без прицеливания, но завеса снарядов защищала от возможного обстрела вдогон.
В апреле того же года Су-25 Руцкого и комэска Высоцкого, атакуя вырубленные в скалах под Хостом склады, впервые применили управляемые ракеты, которые могли запускаться с безопасных удалений и высот. При использовании радиокомандных Х-23 летчику было сложно самому отыскивать цель и управлять ракетой, следя за ее полетом. Поэтому наиболее практичными оказались Х-25 и Х-29Л с лазерным самонаведением, подсветку цели для которых с помощью бортового дальномера-целеуказателя "Клен-ПС" мог вести и другой штурмовик, но такая методика использовалась нечасто по той же причине - летчикам не всегда удавалось с высоты различать и фиксировать лучом малозаметные объекты. Так, при первом применении из четырех пущенных Х-29Л в цели, затянутые дымом, попали только две. Лучшие результаты давала помощь наземного наводчика, хорошо знающего местность. Первое время наземные лазерные целеуказатели пробовали монтировать на БТР и БМП импровизированно, затем их сменили штатные боевые машины авиационного наведения (БОМАН) на базе БТР-70, на которых система была укрыта под броней и выдвигалась наружу при работе.
Противник быстро оценил значение необычно выглядевших машин и старался расстрелять их в первую очередь. После нескольких особенно удачных пусков, когда ракеты накрыли штабы и исламские комитеты, охота на БОМАН началась на дорогах и стоянках, заставляя прятать машины за колючей проволокой и минными заграждениями хорошо охраняемых аэродромов. Ракеты стали надежным оружием поражения пещерных укрытий, практически неуязвимых для других боеприпасов. Моджахеды использовали их под склады и тайники, оборудовали мастерские по ремонту оружия (в пещерном городе на базе Джавара находился целый патронный завод). Изрытые норами горы превращались в естественные крепости - затащив наверх безоткатные орудия ДШК и минометы, душманы устраивали огневые позиции, закрытые от обстрела снизу, и выбить их оттуда артиллерия и танки не могли. Огонь с высившихся скал был губительно точен, а подобраться к ним не давали крутые откосы и завалы. При использовании авиации противник прятался в глубине под толстыми сводами, а бомбы и НАР впустую крошили камни вокруг. Переждав налет, стрелки выбирались наружу и продолжали вести огонь. Точность попадания "лазерок" была поразительной - ракеты удавалось укладывать точно во входы пещер и амбразуры, а их солидной БЧ с избытком хватало для уничтожения цели. Особой эффективностью отличалась тяжелая Х-29Л с БЧ массой 317 кг, заключенной в прочный корпус. Пробивая камень, она уходила вглубь и взламывала изнутри самые неприступные объекты. Если же в пещере скрывался склад боеприпасов, успех был поистине оглушительным. Использовались и более простые управляемые снаряды С-25Л - вариант обычных НАР, на которые устанавливали головной блок с системой управления и лазерной ГСН того же типа что и на Х-25 и Х-29Л.
Ракетную атаку Су-25 ярко описал командир десантной роты, прижатой к земле огнем из нависшего над Багланским ущельем дота: "Головы было не поднять, как вдруг над нами проскочила пара самолетов, и тут же что-то светлое влетело в амбразуру между камней и разнесло дот в щебенку". Чаще достаточно дорогие ракеты применяли по штучным целям, используя данные разведки и тщательно готовя каждый удар. Пуски выполняли с дальности 4-5 км с пологого пикирования под углом 25-30Ь, отклонение ракет от точки прицеливания при этом не превышало 1.5-2 м. По данным ОКБ Сухого всего в ДРА было произведено 139 пусков управляемых ракет.
С появлением у моджахедов ПЗРК статистистика потерь штурмовиков стала меняться к худшему. Первой их жертвой стал, видимо, комэск подполковник П.В. Рубан, сбитый 16 января 1984 года над местечком Ургун. На его Су-25 осколками были повреждены двигатели и управление, штурмовик стал падать, и, когда летчик попытался покинуть машину, высоты уже не хватило. Однажды Су-25 даже привез из полета неразорвавшуюся ракету, угодившую точно в двигатель и торчавшую наружу. В это время использовались поступавшие из арабских стран ракетные комплексы "Стрела-2М" и шедшие через Пакистан "Ред Ай" американского производства. Появлялись и английские "Блоупайп" с радиокомандным наведением и большей высотностью (до 3000 м), не нашедшие, однако, широкого применения из-за сложности управления и большого веса (21 кг в снаряженном состоянии против 15 кг у "Стрелы" и 13 кг у "Ред Ай"). Вероятнее всего, ПЗРК 6 апреля 1986 года под Хостом сбили А.В. Руцкого: самолет уже был прошит очередью ЗГУ, когда ракета попала в воздухозаборник левого двигателя и "выключила" его, вызвала помпаж соседнего и повредила осколками систему управления. Едва державшийся в воздухе штурмовик добила следующая зенитка, и летчик успел покинуть валившуюся на бок машину уже над самой землей.
Для защиты от тепловых ГСН Су-25 был оборудован четырьмя кассетами АСО-2В с инфракрасными пиропатронами ППИ-26 (ЛО-56), но летчики пользовались ими редко. Щиток управления АСО находился сбоку от пилота, и для работы с ним нужно было отвлечься в самый горячий момент атаки. К тому же, запаса ловушек хватало едва на одну минуту работы АСО, и штурмовики берегли их на крайний случай, но когда они замечали пуск, сыпать пиропатроны становилось уже поздно - ГСН захватывала цель, и ракета шла к самолету. Ввиду срочности проблему решили просто - установили на мотогондолах дополнительные балки АСО-2В, вдвое увеличив число ловушек. Теперь отстрел начинался автоматически с нажатием на боевую кнопку в начале атаки и продолжался в течение 30 секунд до окончания боевого захода. Су-25 стал нести 256 пиропатронов, каждый из которых стоил тогда около 7 рублей, и устроивший хороший "фейерверк" летчик выпускал таким образом в воздух 5-6 своих зарплат. Но расходы стоили того - в действенности ловушек пилоты убеждались, слыша позади разрывы уходивших в стороны обманутых ракет. Ситуацию изменило появление в конце 1986 года "Стингеров" с высокочувствительной селективной ГСН, отличавшей двигатель с характерным диапазоном температур от горящей ловушки. "Стингер" имел большую досягаемость по высоте, мог применяться на встречных курсах, а его БЧ была втрое мощнее, чем у "Ред Ай". В сочетании с неконтактным взрывателем, срабатывавшим даже при пролете рядом с самолетом, это давало возможность причинять тяжелые повреждения и без прямого попадания. Надежность защиты с помощью ЛО снизилась, и отчеты стали отмечать "тенденцию к серьезному росту потерь от ПЗРК". За первые две недели применения "Стингеров" в начале 1987 года ими были сбиты три Су-25, погибли два летчика. К концу 1987 года потери составили почти целую эскадрилью - 8 самолетов (столько же было потеряно и в предыдущем году - как от огня противника, так и по небоевым причинам, преимущественно при грубых посадках).
Намерение установить на Су-25 станцию активных помех "Сухогруз", глушившую ГСН ракет и неплохо показавшую себя на вертолетах, реализовать не удалось из-за ее слишком большого энергопотребления, и живучесть штурмовика стали повышать более традиционными способами дополнительной защитой наиболее уязвимых агрегатов и систем. Ракурсы подхода ракет и разлета осколков, наиболее страдающие узлы, характер разрушений и их фатальность определили, изучая статистику повреждений, недостатка в которой не было - "грачи" нередко возвращались домой "на честном слове". Майор А. Рыбаков 28 мая 1987 года (накануне он уже получил снаряд зенитки в закрылок) дотянул до аэродрома на самолете с одним захлебнувшимся двигателем, залитым керосином из пробитых баков, иссеченным осколками фонарем, полностью отказавшей гидросистемой и невыпускающимся шасси. В кабине не работал ни один прибор, и летчик с залитым кровью лицом вел самолет вслепую, по командам напарника. Сев на брюхо, пилот бросился в сторону от самолета и, лишь убедившись, что взрыв машине не грозит, вернулся выключить поднимавший тучи пыли двигатель. 28 июля 1987 года на базу пришел штурмовик с дырой в борту, у которого ракетой разнесло правый двигатель, хлеставшим из мотоотсека пламенем прожгло противопожарную перегородку, полностью выгорела электроарматура и энергоузлы, на 95% перегорели тяги управления рулем высоты. Пожар продолжался до самой посадки, причем от короткого замыкания сами вышли стойки шасси, но из-за отказа сигнализации летчик не знал об этом и пытался сажать самолет на брюхо рядом с полосой. Шасси попало в канаву и было вырвано с корнем.