К 80-м годам напряжение вокруг фигуры знаменитой узницы достигло апогея. Особенно очевидно это стало после раскрытия очередного заговора католиков во главе с Энтони Бабингтоном в 1585 году. Елизавета долго колебалась, не зная, как поступить. Она устроила суд, который приговорил Марию к казни, но не сразу решилась утвердить приговор. Вряд ли это было притворство – она действительно просчитывала, что будет лучше для Англии. При этом Елизавета приняла очень важное решение – объявить своим наследником сына Марии, не знавшего низложенной узницы-матери, но имевшего статус шотландского короля с 1567 года. В годовалом возрасте он стал королем Яковом VI. Судьба матери его, теперь двадцатилетнего мужчину, видимо, не волновала.
В феврале 1587 года Мария Стюарт была казнена: ей отрубили голову. Это выглядело чудовищным злодеянием даже на фоне суровых нравов XVI века. Всякая казнь ужасна, но казнь женщины – это вопиющее нарушение законов не столько политических, сколько человеческих.