Уже при упразднении Монастырского приказа в 1677 году царь позаботился, чтобы финансовые его дела попали в специализированную на них Новую четверть. В 1680 году разбросанные по разным приказам финансовые дела были объединены в Большой казне, а поместно-вотчинные сконцентрированы в Поместном приказе.
Седьмого ноября 1680 года Федор Алексеевич объединил управление военными приказами — Разрядным, Рейтарским и Иноземным (он ведал солдатами) в руках известного военачальника боярина князя Ю. А. Долгорукова, а двенадцатого числа издал развернутый именной указ о военно-административной реформе. Отныне все приказы, кроме названных и Стрелецкого (также управлявшегося Долгоруковым), теряли военные функции; лишь в ведении Сибирского и Казанского приказов оставлялись местные войска, но и они входили в округа, образованные по военно-окружной реформе.
Война и мирРеформа армии была связана с войной, под знаком которой шло взросление Федора Алексеевича и которая долго связывала его по рукам и ногам в деле преобразований. Она была объявлена Алексеем Михайловичем Турции и Крымскому ханству в конце 1672 года согласно обязательствам, данным Речи Посполитой в союзном договоре весны того же года. Царь исходил из идеи оборонительного союза славянских и вообще христианских государств против османско-крымской агрессии в Европе — и крупно просчитался.
Напрасно инициатор войны А.С. Матвеев рассылал посольства по всей Европе: Империя в союзе с Испанией, Голландией и Пруссией как раз вступила в сражение с Францией, Англией и Швецией (1672 — 1679). Польша, на помощь которой устремились россияне, после разгрома под Каменец-Подольском заключила с турками позорнейший сепаратный мир и, хотя ее чрезвычайными усилиями удалось заставить разорвать Бучачский договор (по которому султану уступался даже Киев!), была союзником ненадежным и опасным.
С 1673 года кровавые бои шли на огромном фронте от Днестра до Азова. Турецкий султан лично командовал наступлением против русско-украинских войск на Правобережье, где его форпостом был Чигирин с гетманом-изменником П. Д. Дорошенко. Крымский хан всей ордой ломился через укрепленную границу России. В свою очередь, русские полки пробили выход в Азовское море, в которое впервые вышел под командой прославленного Г.И. Косагова построенный на Воронежских верфях (задолго до Петра) военно-морской флот, и совершали вместе с казаками налеты на Крым.
К воцарению Федора Алексеевича Правобережье было пустыней, на которую с ужасом глядели гетманы-соперники П. Дорошенко и И. Самойлович («от Днестра до Днепра духа человеческого нет…"). В России имелись в наличии повышенные налоги и постоянные экстренные поборы (при огромной недоимке), ограниченные мобилизационные ресурсы и распыленные на огромном фронте регулярные войска, из которых далеко не все были надежны.
В октябре 1676 года провал курса Матвеева обнажился с ужасающей ясностью. Польский король Ян Собеский заключил с неприятелем сепаратный Журавинский мир, предательски «уступив» туркам Украину и пообещав Турции и Крыму военную помощь против России. Но Федор Алексеевич («хилый, больной» и т. п.) уже успел принять меры. Четвертого мая 1676 года князь Василий Васильевич Голицын, которого государев отец восемнадцать лет продержал в стольниках, был первым в новом царствовании пожалован боярством и с чрезвычайными полномочиями выехал на Украину.
Семнадцатого октября, когда Ян Собеский готовился подписать позорный договор, перед Федором Алексеевичем и боярами были брошены клейноды Правобережной Украины вместе с турецким бунчуком и магометанскими знаменами, взятыми в Чигирине. Когда летом 1677 года армия Ибрагим-паши подошла к Чигирину, крепость была по последнему слову техники укреплена инженер-полковниками Николаем фон Заленом и Яковом фон Фростеном и оборонялась регулярными частями (помимо казачьих полков).
Генерал— майор Трауэрнихт блестяще справился с обороной города, а военачальники ударной армии под командованием боярина князя Григория Григорьевича Ромодановского в полной мере продемонстрировали превосходство оружия и выучки русских солдат, рейтар, копейщиков и артиллерийских полков. Попытавшись воспрепятствовать переправе русских через Днепр, Ибрагим-паша и крымский хан потеряли убитыми двадцать человек, в том числе своих сыновей, множество офицеров и мурз. Русские потери составили две тысячи четыреста шестьдесят человек убитыми и пять тысяч ранеными.
Отступление Ибрагим-паши от Чигирина превратилось в паническое бегство с бросанием артиллерии, обоза и припасов. В сентябре 1677 года Федор Алексеевич, напряженно следивший за военными событиями, мог, казалось, заняться излюбленным делом: наградить участников похода поместьями, вотчинами и новыми землями, позаботиться о раненых, обеспечить льготы участникам военных действий.
Государь лично следил за усиленным укреплением Киева и Чигирина, который отстраивал не знавший поражений воевода Иван Иванович Ржевский, и удовлетворился, лишь получив подробный план и описание новых укреплений. В то же время он вступил в борьбу за вывод России из войны, борьбу, драматичность которой осталась неоцененной современниками и потомками, ибо Федор Алексеевич, его советники и противники умели хранить тайны.
Прежде всего, еще не получив подробного доклада о Чигиринской кампании 1677 года, царь свернул азовский театр военных действий. Русские войска и флот ушли вверх по Дону, заключив с турецкими властями перемирие и разменяв пленных. Знаток польских дел В.М. Тяпкин был отправлен на Украину для консультаций относительно разрушения Чигирина, ставшего центром конфликта с Турцией, Крымом и Речью Посполитой.
По истечении срока Андрусовского перемирия 1667 года, поляки требовали «вернуть» им Киев и ряд других городов, занятие же русскими Чигирина (уступленного по Журавинскому миру Турции) рассматривали как покушение на свои исконные владения. Уступки Чигирина непременно требовала через крымских послов в Москве и Оттоманская Порта. Даже решительное поражение турок (весьма гипотетичное ввиду их огромных мобилизационных ресурсов) вело лишь к борьбе за Чигирин с Речью Посполитой.
Среди этих неразрешимых проблем брезжил один просвет: склонность части турецкого руководства, под интенсивным давлением Франции, перенести войну в богатые земли Империи, отложив трудную и не слишком выгодную войну с Россией. Лично изучив русско-турецкие отношения с 1613 года, Федор Алексеевич отправил мирное посольство в Стамбул и к апрелю 1678 года убедился, что, только сровняв Чигирин с землей, стороны получат шанс на выход из войны.
О том, насколько трудно далось такое решение, свидетельствует отчет В.М. Тяпкина. Г.Г. Ромодановский, командовавший русской армией на юге уже десятилетия, на предложения царя ответил по-военному четко: «Разорить и не держать Чигирин отнюдь не возможно, и зело безславно, и от неприятеля страшно и убыточно». Гетман И. Самойлович был резок: «Прежде, нежели разрушить Чигиринские укрепления или дозволять неприятелю завладеть ими, пусть объявят всей Украине, что она великому государю… ни на что не потребна!»
Приехавший вслед за Тяпкиным стольник и полковник А.Ф. Карандеев предлагал воеводе и гетману построить вместо Чигирина другую крепость на Днепре, но получил отказ. В свою очередь Ромодановский и Самойлович составили два подробных доклада с доказательством полной невозможности оставить Чигирин по военно-стратегическим и политическим соображениям.
Ромодановский был вызван в Москву и щедро награжден, но не убежден государем, которого к тому же свалила тяжелая болезнь. Только к весне Федор Алексеевич пересилил недуг и 10 мая ослепил польских послов роскошью и величием, которое, «к удивлению присутствующих, превосходило его возраст. Царь поставил вопрос ребром: командующим чуть было не назначили В.В. Голицына, все эти годы стоявшего с чрезвычайными полномочиями за спиной Ромодановского. Это означало бы сдачу Чигирина, но победили сторонники Ромодановского, взявшего защиту крепости на свою ответственность.
Двенадцатого апреля 1678 года Федор Алексеевич, патриарх Иоаким и Боярская дума утвердили наказ Ромодановскому. Тот должен был вступить в переговоры с командующим уже выступившей огромной турецко-крымской армией великим визирем Кара-Мустафой, но не уступать Чигирин. Визирь подошел к крепости лишь 8 июля, а главные русско-украинские силы стояли на Днепре уже 26 июня, однако по царскому указу, дожидались незначительных подкреплений до 28 июля!
Тем временем Федор Алексеевич, не добившись поддержки в Думе, принял все бремя решения на себя. Одиннадцатого июля 1678 года он отдал секретный приказ Ромодановскому и его сыну и помощнику Михаилу в случае отказа Кара-Мустафы от переговоров на более мягких условиях разрушить Чигирин:
«Буде никакими мерами до покоя доступить, кроме Чигирина, визирь не похочет, и вам бы хотя то учинить, чтоб тот Чигирин, для учинення во обеих сторонах вечного мира, свесть, и впредь на том месте… городов не строить».
«Чигиринское сведение" должно быть проведено осмотрительно и остерегательно, чтобы избежать ропота „малороссийских жителей“. „А сее бы нашу грамоту, — писал Федор Алексеевич, — держали у себя тайно, и никто б о сем нашем великаго государя указе, кроме вас, не ведал“.
Задача была труднейшей, в армии даже просочился слух, что командующий получил в десятых числах июля царское предписание вывести Чигиринский гарнизон и взорвать крепость, если нельзя будет удержать ее. В действительности Ромодановский должен был добиться, чтобы турки сами взяли Чигирин, не вызвав у казаков никаких подозрений относительно роли Москвы.
Но Чигирин стоял, несмотря на жесточайший натиск отборных сил Кара-Мустафы. Ромодановский решил приблизиться к городу и открыть гарнизону возможность ретироваться. Первого — третьего августа солдатские дивизии генерал-поручика А.А. Шепелева и генерал-майора М.О. Кровкова при поддержке корпуса думного генерала В. А. Змеева и стрелецких полков взяли штурмом укрепленные Чигиринские высоты и явили свои знамена защитникам крепости.
Однако русско-украинской армии еще до 11 августа пришлось безучастно наблюдать бои за крепость, не оказывая чигиринцам почти никакой помощи. Вместе убитого ядром И.И. Ржевского оборону возглавил неустрашимый генерал-майор Патрик Гордон, который удержал бы замок и после падения нижнего города, если бы его подчиненные не начали отступление, получив странный устный указ командующего.
Гордон вырвался из крепости среди последних, в ночь на 12 августа. Оставшиеся в замке взорвали пороховые погреба, прихватив с собой более четырех тысяч турок. Ромодановский немедленно начал отступление, с обычным искусством отразив попытку Кара-Мустафы преследовать его. За Днепром командующий подал в отставку; отводом войск на зимние квартиры руководил уже В.В. Голицын.
Ромодановские были обесчещены, об их «измене» ходили самые гнусные слухи. Пятнадцатого мая 1682 года Григорий Григорьевич был разорван на части, защищая царский дворец от восставших стрельцов и солдат; сын его Михаил чудом избежал позорной смерти (и позже был обвинен Петром в сговоре со стрельцами!).
Но не только эту кровь принял на свою душу царь Федор. После падения Чигирина часть Правобережья была взята турками и татарами под водительством Юраски Хмельницкого, часть перешла на их сторону добровольно. Войскам гетмана Самойловича пришлось согнать население на левый берег Днепра и выжечь оставшиеся города, местечки, села и деревни Правобережья.
«Твой, великаго государя, город Чигирин турские и крымские люди взяли и твоих Государевых людей побили, — доносили Федору Алексеевичу о настроениях мусульманских подданных России, — а они — де потому и будут воевать, что их одна родня и душа: они — де, турские и крымские, там станут битца, а они, бакирцы и тотара, станут здесь (в Приуралье и Сибири) битца и воевать».
В 1678— 1679 годах волна восстаний и набегов кочевников прокатилась по всему востоку Российского государства, затронув самые дальние и северные народы; восстановление мира было куплено немалой кровью. Однако уже в 1678 году ценой некоторых уступок удалось продлить перемирие с Речью Посполитой, а 13 января 1681 года, после безуспешных приглашений в антитурецкий союз всех европейских государств, в результате интенсивных переговоров с Турцией и Крымом был заключен мир.