Новая эра геномики наступила на исходе лета 1995 года. Тогда лаборатория Дж. Крейга Вентера опубликовала результаты секвенирования генома условно-патогенной бактерии гемофильного гриппа Haemophilus influenzae (Fleischmann et al., 1995). В процессе расшифровки геномной последовательности H. influenzae Вентер, Гамильтон Смит и их коллеги усовершенствовали так называемый «метод дробовика». Этот подход грубого деления генома на короткие произвольные участки с расшифровкой их по частям и последующим восстановлением полной геномной последовательности быстро превратил секвенирование длинных нуклеотидных цепочек в рутинное дело. В течение года были расшифрованы геномы некоторых других бактерий, первый геном археи (Methanocaldococcus jannaschii) и первый геном эукариота (пекарские дрожжи Saccharomyces cerevisiae) (Koonin et al., 1996). К 1999 году установился стабильный экспоненциальный рост коллекции секвенированных геномов (см. рис. 3–1).
В диапазоне от вирусов до животных геномы различаются по размеру на шесть порядков – от нескольких тысяч до нескольких миллиардов нуклеотидов; для клеточных организмов, исключая вирусы, ширина диапазона составляет четыре порядка (см. рис. 3–2). По количеству генов диапазон значительно уже и составляет всего около четырех порядков, от двух-трех генов у простейших вирусов до приблизительно 40 тысяч генов у некоторых животных. Если же исключить вирусы и паразитические (симбиотические) бактерии, диапазон по числу генов становится довольно узким, немногим более одного порядка (см. рис. 3–2; Koonin, 2009a; Lynch, 2007c). Кажется весьма удивительным, что млекопитающие или цветковые растения имеют всего примерно в десять раз больше (легко идентифицируемых) генов, чем какая-нибудь средняя свободно живущая бактерия, и лишь примерно в два раза больше, чем бактерия из разряда наиболее сложных (см. рис. 3–2). Далее в книге рассматриваются всевозможные объяснения этих явных ограничений по числу генов в геномах всех форм жизни (см. гл. 5, 7 и 10).
Контраст между эволюционной пластичностью генома и стабильностью индивидуальных генов
Мы видели, что большинство генов в каждом геноме весьма консервативно: гомологи этих генов – чаще всего легко определяемые ортологи – обнаружены у организмов, эволюционно далеких друг от друга. Тем не менее эта поразительная эволюционная устойчивость генов – лишь одна сторона медали сравнительной геномики. Другая же, оборотная сторона – это «текучесть» генного набора и архитектуры геномов всех форм жизни. Геномы прокариот особенно подвержены изменчивости. Наглядным примером этого является сравнение различных штаммов классической модели бактерий, лабораторного штамма К12 и нескольких патогенных штаммов кишечной палочки Escherichia coli (Perna et al., 2001). Последовательности ортологичных генов у этих бактерий почти одинаковы, однако некоторые патогенные штаммы имеют на 30 процентов больше генов, чем штамм К12, и генные наборы патогенных штаммов радикально различаются. Неизбежно возникает заключение, что «лишние» гены, формирующие так называемые островки патогенности, одними штаммами были приобретены, а другими утеряны (в гл. 5 мы еще вернемся к этой теме).