Ценными экспонатами музея являются три иконы «Деисуса», происходящие из знаменитого деревянного дворца XVII века в Коломенском.
Центральная икона комплекса — «Спас Эммануил» — представляет Отрока-Христа, восседающего на престоле, к ногам которого припадают святые Артамон и Евдокия. Это патрональные святые заказчиков иконы — Артамона Сергеевича Матвеева и его супруги. Боярин А. С. Матвеев (1625–1682) — видный государственный деятель, дипломат, играл значительную роль при дворе царя Алексея Михайловича в последние годы его правления.
В собрании музея хранятся иконы, написанные прославленными царскими изографами во второй половине — конце XVII столетия. Среди них «Троица Ветхозаветная» 1677 года письма Симона Ушакова и Никиты Павловца, «Святитель Николай Чудотворец» 1677 года Фёдора Зубова, «Богоматерь Тихвинская со сказанием» 1697 года Кирилла Уланова.
Особую коллекцию музея-заповедника составляют иконы XVI–XIX веков с изображением древнерусской архитектуры. Это образы русских святых на фоне основанных ими монастырей и храмов, а также городов, в которых они прославились.
Икона «Св. Всеволод-Гавриил, князь псковский» XVI века представляет святого с «моделью» Троицкого собора в Пскове, построенного князем в 1137 году. Образы Алексия митрополита Московского на фоне Московского Кремля, преподобных Нила Столбенского, Иосифа Волоцкого, Пафнутия Боровского, Александра Ошевенского дают богатый материал для воссоздания древнего облика Москвы и Новгорода, Архангельска и Великого Устюга, древнерусских монастырей — Волоколамского, Унженского, Соловецкого, Ниловой пустыни и многих других. Такие изображения являются уникальными источниками по истории русской средневековой архитектуры.
Сектор «Археология» музея — один из наиболее крупных. В нём насчитывается более 60 тысяч предметов, датируемых от каменного века до нового времени.
Первые археологические материалы были получены музеем в 1935 году в результате раскопок К. Я. Виноградова на месте деревянного дворца Алексея Михайловича, на Дьяковом городище и в Тульском кремле. В дальнейшем пополнение коллекции шло по тем же направлениям: в музей поступали материалы раскопок памятников на территории заповедника, проводимые под руководством Л. А. Беляева, М. А. Фролова, Ю. А. Лихтер, Н. А. Кренке, А. Г. Векслера, и материалы с других территорий, переданные сотрудниками музея и Института археологии Российской академии наук. Так, в коллекции музея находятся материалы из раскопок городища Селитренное (Сарай-Бату), курганной группы Берлюки в Московской области, Свято-Данилова монастыря, Тверского бульвара Москвы, Карийского городища, окрестностей Коломенского.
Основу археологического собрания составляют находки на территории сёл Коломенское и Дьяково и близлежащих территорий. Данные археологических исследований указывают на раннее освоение исследуемой местности, начиная с эпохи неолита (Дьяковская неолитическая стоянка, территория селища Дьяково-пойма — конец IV — начало III тыс. до н. э.). Среди находок: кремнёвые наконечники дротика, наконечники стрел, скребки, нуклеусы, ножевидные пластины, проколки, фрагменты керамики.
К раннему железному веку относится ряд памятников археологии (Дьяково городище, Чёртов городок, селище «Выгон», Дьяково-пойма, Голосов овраг, Дьяково-южное). Памятники были оставлены носителями дьяковской археологической культуры, одной из интереснейших культур этого периода на территории нашей страны.
К культурным атрибутам относятся характерные глиняные грузики дьякова типа, ювелирные украшения, костяные и железные наконечники стрел, керамика, культовые предметы. Предметы мелкой глиняной пластики носят ритуально-сакральный характер: геометрические фигуры, антропоморфные изображения и композиции на грузиках дьякова типа, сакральные знаки на глиняных табличках — плакетках, женские глиняные статуэтки.
В археологической коллекции музея широко представлен и материал из раскопок славянских селищ X–XIII веков (селище к востоку от Водовзводной башни, славянское поселение на Дьяковом городище, селище Дьяково-пойма, поселение на территории Свято-Данилова монастыря): круговая керамика, орнаментированная «колёсиком» и гребенчатым штампом, височные кольца, крестопрорезные бронзовые бубенчики, стеклянные женские украшения, шиферные пряслица.
Наименее археологически изучено время существования в XIV — начале XVI века царского двора на месте церкви Вознесения. Найденные в результате работ остатки жилищ и вошедшие в коллекцию средневековая красно-глиняная керамика, монеты, шпора, фрагменты китайской и ордынской керамики проливают свет на великокняжеский период истории Коломенского.
В XIII — начале XVI века на нынешней Вознесенской площади, к востоку от Полковничьих палат XVII века было расположено кладбище села Коломенского. Археологи изучили около 200 погребений. В собрание музея поступили четыре белокаменных надгробия, нательный крест, сосуды для елея, монета «пуло тверское», керамические поливные плитки пола. Изучение некрополя позволило судить о численности населения, проживающего в селе, об особенностях погребального обряда в раннемосковское время, половозрастной и социальной характеристике погребённых.
Верхняя дата существования кладбища соответствует времени окончания постройки наиболее известного памятника Коломенского — церкви Вознесения Господня. Многочисленные археологические изыскания, проведённые в церкви и её окрестностях в течение ряда лет, пополнили музейный фонд образцами белокаменного декора, фигурного и клеймёного кирпича, позволили судить о масштабах, времени сооружения и перестройках этого памятника и его архитектурно-строительных особенностях.
В фонде хранится богатая коллекция фрагментов белокаменного декора церкви Вознесения. В нём доминирует библейская орнаментальная символика — плоды и ветви растений, виноградные лозы. Фрагменты декора являются частью утраченных вскоре после завершения постройки внешних украшений церкви Вознесения.
По фрагментам можно графически реконструировать первоначальный облик церкви.
С возведением церкви Вознесения открывается новый период в развитии Коломенского как царского села. Активная застройка здесь начинается в середине XVII века. Наблюдения и археологические раскопки позволили точно выявить расположение построек. Известны границы фундаментов «восьмого чуда света» — деревянного дворца царя Алексея Михайловича, Кормового и Хлебного дворов, стрелецких караулен. На протяжении многих лет археологическая коллекция пополняется предметами XVII века, позволяющими представить внешний вид дворца, внутреннее убранство дворцовых помещений, известное только по отрывочным и противоречивым письменным источникам, интерьеры хозяйственных построек, быт людей. Это фрагменты слюдяных окон и железного декора, печные изразцы, кирпичи с клеймами, дверные и оконные крепления, засовы и замки, кованые гвозди, пуговицы, нательные кресты, керамика и многое другое.
Эпоха XVIII века в собрании музея представлена большим количеством монет, штофного стекла, западным и российским фарфором, столовой керамикой разнообразной формы, фрагментами оружия и военной амуниции (свинцовые пули, картечь, чугунные ядра, оружейный кремень, пуговицы от мундиров), курительными «турецкими» трубками. Всё это помогает детально представить быт и хозяйство угасающей летней резиденции российских царей.
Большая коллекция глиняных курительных трубок, произведённых в Москве или привезённых из-за рубежа, интересна своим оформлением и клеймами, позволяющими определить мастерскую и время изготовления каждого предмета.
В музее хранится и частью экспонируется коллекция предметов из раскопок в Свято-Даниловом монастыре, переданная доктором исторических наук Л. А. Беляевым. Она включает более двух тысяч предметов, датирующихся X–XIX веками. Это полные формы и фрагменты керамики и изразцов, а также стеклянные и фарфоровые сосуды, ювелирные украшения, нательные кресты, пуговицы, стеклянные бусины и другие предметы.
Особого внимания заслуживает представительное собрание крестов-тельников, выполненных литьём по восковой модели из меди, иногда с последующей инкрустацией перегородчатой эмалью. Отдельная часть крестов изготовлена из низкопробного серебра и золота. Материал исполнения и манера украшения дают представление о социальном положении владельца, а также указывают на характерные черты развития русского ювелирного искусства XVI–IX веков.
По художественному стилю, формам и иконографическим схемам кресты-тельники из некрополя Свято-Данилова монастыря имеют многочисленные аналоги в других музеях России: Эрмитаже, Государственном Историческом музее, Музее истории Москвы.
Сосуды, найденные в погребениях, изготовлены из глины, стекла, фаянса, фарфора. Древнейшими из них являются керамические сосуды для елея (XV–XVI в.). В позднейшее время сосуды, до помещения в погребение, использовались в быту. Стеклянные предметы представлены в основном стаканчиками, штофами, аптекарскими бутылочками; фаянсовые и фарфоровые — чашками и кружками. На основании клейм, форм, росписи по фарфору и фаянсу можно судить о месте изготовления предметов на западноевропейских заводах или в частных мастерских Москвы и Санкт-Петербурга.
Разнообразна коллекция керамики из раскопок в Свято-Даниловом монастыре. Это горшки, кубышки, миски, сковородки, светильники, кувшины, помадные банки.
В музее находится принятая в дар коллекция случайных находок из собрания археолога, доктора исторических наук А. К. Амброза. Часть её составляют фрагменты краснолаковых и чернолаковых сосудов из Северного Причерноморья.
Фонд включает предметы быта и этнографии, происходящие из различных регионов России, и насчитывает более 1000 предметов начала XIX — середины XX века. Основу фонда составляет коллекция, собранная в селениях, окружавших бывшую царскую резиденцию «Коломенское», — селе Коломенском, селе Дьякове и деревне Садовой слободе, и отражающая характер местного быта.
В неё входят сельскохозяйственные и другие орудия, утварь из металла, дерева, керамики, мебель, изразцы керамики. Вещевой материал характеризует основные занятия жителей — огородничество и садоводство, и особенности культуры, сочетавшей городское влияние и сохранение традиции. Среди них — редко встречающиеся в музейных коллекциях колы для посадки рассады капусты и картофеля конца XIX — начала XX века, отличающиеся своими декором и надписями, которые указывают на время изготовления и принадлежность жителям. Эта коллекция из селений, в настоящее время вошедших в состав города Москвы, важна не только для изучения местного краеведения, но и исследования бытовой культуры города Москвы и всего Подмосковья в целом.
В фонд поступили различные ёмкости из дерева, бересты, лозы (короба, пестери, корзины), орудия прядения и ткачества (прялки ручные и ножные, ткацкие станы), весы и весовые принадлежности (весовые коромысла, безмены), керамические сосуды (горшки, миски, кувшины), игрушки и т. д. Целый ряд предметов даёт возможность увидеть многообразие бытовой утвари и инструментария русского крестьянства, обеспечивающих выполнение различных видов деятельности при помощи специальных приспособлений и хранение в специальных ёмкостях (медовик для хранения мёда, картофельница для слива картофеля, «машина» для лущения кедровых орехов и многие другие). Предметы выполнены из различных материалов и украшены разными техническими приёмами: резьбой, росписью, токарной работой, отражающих как местную специфику культуры, так и характер оформления предметов всего русского народного искусства — совершенство формы наряду с декоративностью, радостным, праздничным мироощущением и восприятием окружающего мира.
В состав данной коллекции входит около 2500 предметов, многие из которых поступили в музей с самого начала его существования.
В числе первых экспонатов — рукописные материалы и книги из библиотек Николо-Угрешского и Николо-Перервинского монастырей, а также из целого ряда подмосковных (Зюзино, Капотня, Борисово, Измайлово, Софрино) и некоторых московских церквей, чьё поступление в музей связано с именем выдающегося деятеля русской культуры, первого директора музея-заповедника П. Д. Барановского.
В фонде представлены богато иллюстрированные старообрядческие рукописи, поступившие в том числе и из моленных, находившихся на территории Коломенского. Книжное собрание музея активно пополнялось раритетами XVI–XIX веков, особенно в период 1980–1995 годов.
Среди рукописных памятников XVI–XIX веков особое место занимает Евангелие учительное, предположительно написанное в 1550–1570 годах. Его отличает не только удивительная графичность письма, но и необычайно изысканные полихромные заставки в балканском стиле.
Старопечатные книги составляют ядро коллекции, самые ранние увидели свет в третьей четверти XVI века, во время успешно проводимой Иваном Грозным политики централизации Русского государства. Каждый из сохранившихся до наших дней экземпляров изданий московского первопечатника Ивана Фёдорова уникален, история его создания и бытования неповторимы. Однако до недавнего времени из всех 12 известных в науке изданий первопечатника, дошедших до наших дней в количестве примерно 590 экземпляров, ни один не был представлен в коллекции ГМЗ «Коломенское».
В процессе научного исследования в составе фонда удалось выявить дотоле неизвестные экземпляры московского (1564 г.) и львовского (1574 г.) Апостолов. Названные книги ввиду отсутствия в них листов с выходными данными были неверно атрибутированы ранее как издания XVII и XVIII веков.
Однако музей «Коломенское» осуществляет не только хранение ранних уникальных памятников письменной культуры, но также их всестороннее изучение.
Книжная продукция Нового времени, созданная при непосредственном участии Петра Великого, издавалась как внутри России, так и на зарубежной базе. Среди амстердамских книг начала XVIII века особого внимания заслуживают Символы и Эмблематы, вышедшие из амстердамской типографии Генриха Ветстейна в 1705 году.
Издание включало в себя 840 гравированных на меди эмблем и символов с комментирующими их надписями — девизами на 8 языках. Книга стала необычайно популярна; ещё при жизни Петра I она была переиздана в России гражданским алфавитом.
В состав коллекции редких книг музея «Коломенское» входят также высокохудожественные издания, украшенные иллюстрациями выдающихся русских художников конца XIX — начала XX века.
Фонд составляют различные предметы из ткани, кости, кожи и смешанных материалов XVII — середины XX века. Основная и большая часть коллекции — ткани церковного и светского характера. Церковные ткачи — облачения, пелены, покровцы, достаточно ценные и значимые предметы, начали поступать в музей сразу после его образования и далее до 1940-х годов.
Среди них — небольшая коллекция лицевого шитья, а также ткани российского, западноевропейского и восточного производства XVII — начала XX века.
Коллекция предметов народного и городского быта формировалась во второй половине XX века. Представлены народные костюмы Архангельской, Рязанской, Воронежской и других губерний, включающих как целые комплексы, так и отдельные предметы — рубахи, сарафаны, понёвы, головные уборы, украшения XIX — начала XX века и отражающие характерные региональные особенности одежды.
В числе предметов из кости — редкий образец мебели, шкаф-секретер с портретами царей конца XVIII века Шкаф-секретер выполнен из дерева и кости и украшен в технике сквозной резьбы и цветной гравировки. Всё видимое пространство шкафа заполнено изображениями великих князей, царей и императоров, начиная от Рюрика и заканчивая Екатериной II, Павлом Петровичем и его сыновьями — Александром и Константином Павловичами. Коллекция русского художественного металла музея-заповедника включает около трёх тысяч предметов. Представленная разнообразными памятниками светского и церковного назначения, она отражает разнообразие художественных традиций, самобытность форм и мастерство исполнения.