«Альфа» уже захватила первый этаж больницы и вот-вот должна была расправиться с террористами. [Это утверждение опровергается многими другими источниками. – Сомн.] Но премьер-министр правительства России В. С. Черномырдин, взявший на себя роль посредника, справедливо рассудил, что чеченцев «кинули» не «по понятиям», пообещал немедленно начать мирные переговоры, настоял на прекращении операции и гарантировал беспрепятственный отход басаевцев вместе с заложниками назад в Чечню. Возможность отбить заложников и уничтожить басаевцев на обратном пути была. Стоявшее наготове спецподразделение внутренних войск «Витязь» только ждало приказа. Но приказа не последовало. Черномырдин дал Басаеву определенные гарантии и не сдержать слова не мог.
3 июля 1995 года президентом Ельциным был подписан оплаченный Дудаевым указ № 663 «О дислокации органов военного управления соединений, воинских частей, учреждений и организаций вооруженных сил Российской Федерации на территории Чеченской Республики». 7 июля Ельцин подписал второй указ – о порядке реализации указа № 663.
После Буденновска у кремлевских чиновников в списке нежелательных свидетелей, кроме Дудаева, появился еще один человек – Шамиль Басаев. Его решили убрать силами специально созданной для этого оперативно-боевой группы под руководством начальника 3-го (разведывательного) отдела Управления военной контрразведки ФСБ РФ генерал-майора Юрия Ивановича Яровенко.
Тогда же была создана оперативно-боевая группа под командованием Хохолькова (в Чечне он работал под псевдонимом Денисов) для устранения Дудаева. В нее входили капитан 1-го ранга Александр Камышников (будущий заместитель начальника УРПО) и ряд других офицеров. Дислоцировалась группа на военной базе в Ханкале. В команду были введены сотрудники чеченской национальности, например Умар Паша. После ликвидации Дудаева он был переведен с повышением в Москву.
В операции использовалась авиация ГРУ, располагавшая двумя самолетами для наведения ракет по маяку в радиотелефоне; и Дудаеву сумели поменять обычный телефон на телефон с маяком.
22 апреля 1996 года Дудаев с женой Аллой и несколькими сопровождающими выехал из селения Гехи-Чу Урус-Мартанского района на западе Чечни, где они провели ночь, в лес. Для разговоров по телефону он выезжал из селений, так как вдали от населенных пунктов его труднее было запеленговать. Сплошного леса в том районе не было – кустарник и отдельные деревья. Алла Дудаева стала готовить еду. Мужчины стояли в стороне. Дудаев запрещал подходить к нему во время разговоров по телефону, так как ранее был случай, когда во время телефонной связи по нему был нанесен авиаудар. Ракета в цель не попала.