Члены экипажа танка снабжались индивидуальными противорадиационными жилетами, на башне устанавливался антинейтронный подбой.
Противоминная защита механика-водителя была повышена за счет дополнительного бронирования днища путем приварки к нему снаружи каркаса и броневых листов толщиной 20 мм (в районе расположения механика-водителя), от нижнего носового наклонного листа до второй пары торсионов. Защиту аварийного люка усилили броневой крышкой, перекрывавшей его контуры и крепившейся изнутри к штатной крышке.
Танк Т-62 в учебной атаке. 1980-е годы. На нижнем лобовом листе корпуса отчетливо видны элементы крепления колейных минных тралов.
Следует отметить, что в ходе боевых действий в Афганистане танки несли сравнительно низкие боевые потери, которые имели существенный рост в 1980–1984 годах и заметно начали снижаться в 1986–1989 год. Всего же за девять с небольшим лет пребывания советских войск в Афганистане от боевых повреждений вышли из строя 1340 танков Т-62. При этом следует понимать, что эти цифры — относительные. То есть речь идет о числе случаев выхода из строя от боевых повреждений, так как отдельные танки могли получать такие повреждения несколько раз. А вот безвозвратные потери — это уже абсолютные цифры. По годам эксплуатации они округленно составляли: 1980 год — 60; 1981 год — 100; 1982 год — 40; 1983 год — 30; 1984 год — 35; 1985 год — 30; 1986 год — 40; 1987 год — 20; 1988 год — 25; 1989 год — 5 танков Т-62. Таким образом, общие безвозвратные боевые потери танков Т-62 в Афганистане составили 385 машин.
Основная доля потерь гусеничной бронетанковой техники приходилась на подрывы на минах и фугасах, обстрелы из гранатометов, а также съезды и опрокидывания в ущелья из-за нарушения правил вождения в горных условиях. При этом более 50 % поврежденных машин требовали капитального ремонта или вообще не подлежали восстановлению.
Причинами выхода из строя становились и нарушения правил эксплуатации, а порой и конструктивные, производственные и технологические дефекты. Подчас техника ломалась раньше срока из-за того, что отвечала требованиям эксплуатации для Восточно-Европейского ТВД, но не соответствовала условиям климата и труднопроходимой горной и песчано-пустынной местности Афганистана. Боевые машины работали в этой ситуации на износ и зачастую не вписывались в те нормативы, которые были установлены заводами-изготовителями. В 1986 году, например, из-за отказов по причине нарушений правил эксплуатации и несоблюдения временных нормативов по обслуживанию систем, узлов и агрегатов вооружения вышли из строя 4038 танков Т-62. Из них потребовал проведения текущего ремонта 3581 танк, среднего ремонта 248 танков, капитального ремонта 198 танков и списания 12 танков.