Софья попыталась спасти ситуацию, которая оборачивалась для нее полной катастрофой, и отправила к Петру патриарха Иоакима в надежде, что тот помирит их. Царевна-правительница и не вспомнила, наверное, что накануне бунта именно Иоаким провозглашал Петра царем, а до того резко выступил против планов короновать саму Софью. Прибыв в Троицу, Иоаким тут же объявил, что он на стороне законного Государя и дальше будет держаться того же. Его слова стоили едва ли не дороже всех войск, имевшихся у Петра.
Ощутив за собой силу, 1 сентября Петр потребовал от Софьи выдать Шакловитого и прочих зачинщиков. Софья попыталась приехать в Троицу, но Петр ей не верил и видеть ее не хотел. Царевну перехватили на пути и заточили в Новодевичий монастырь.
Ее любимцу повезло меньше. Шакловитый был схвачен и после пыток обезглавлен. Василия Голицына вместе с семьей выслали далеко на север, в Пинегу, что в Архангельском крае. Вернуться оттуда ему так и не позволили.
Иван V, как официально титуловался «старший царь», отдал власть, что называется, без драки и, наверное, с немалым облегчением. Петр умел быть благодарным. Иван умер 29 января 1696 года, так и не перевалив через тридцатилетний рубеж. До самой смерти он считался соправителем меньшого брата.
Польский король Станислав Лещинский, ставленник шведов (худ. Ж. Жирарде, XVIII в.),
Всего через год с небольшим после разгрома под Нарвой русские войска вернулись к балтийским берегам. Прежние ошибки были учтены. В декабре 1701 года при Эрестфере в Лифляндии корпус Шереметева нанес поражение шведам под командованием Шлиппенбаха. В июле 1702 года они снова столкнулись при Гуммельсгофе в Ливонии, и шведы опять были биты. В октябре пала крепость Нотебург. Спустя несколько месяцев русские войска взяли Ниеншанц в устье Невы. (Ныне это район Большой Охты.) В мае 1703 года Петр Алексеевич повелел заложить город вблизи Ниеншанца и назвал его Санкт-Петербургом. Карл ХII лишь отмахивался от своих генералов, сообщавших ему об успехах русских. Однако через четыре года войска Петра снова пришли к Нарве, и на этот раз крепость пала. Россия закрепилась на Балтийском побережье.
Примерно в это же время произошла перемена в личной жизни русского царя. Он встретил женщину, которой суждено было стать его спутницей на всю оставшуюся жизнь. Хотя сам Петр этого никак не предполагал.
В стране, несмотря на войну, продолжались перемены. Государь без устали сеял семена просвещения. В Москве открылись математическая и навигацкая школы. Еще в феврале 1700 года Петр Алексеевич выдал привилегию голландцу Иоганну Тессингу на основание русской типографии в Амстердаме.