Он хотел удалиться: Царь остановил его; сказал, что ему должно ждать суда, а не быть своим судиею: принудил его взять назад утварь Святительскую и еще служить Обедню в день Архангела Михаила (8 Ноября). Когда же Филипп в полном облачении стоял пред алтарем в храме Успения, явился там Боярин Алексей Басманов с толпою вооруженных опричников, держа в руке свиток. Народ изумился. Басманов велел читать бумагу: услышали, что Филипп собором Духовенства лишен сана Пастырского. Воины вступили в алтарь, сорвали с Митрополита одежду Святительскую, облекли его в бедную ризу, выгнали из церкви метлами и повезли на дровнях в обитель Богоявления. Народ бежал за Митрополитом, проливая слезы: Филипп с лицом светлым, с любовию благословлял людей и говорил им: «Молитеся!» На другой день привели его в судную палату, где был сам Иоанн, для выслушания приговора: Филиппу, будто бы уличенному в тяжких винах и в волшебстве, надлежало кончить дни в заключении. Тут он простился с миром, великодушно, умилительно; не укорял судей, но в последний раз молил Иоанна сжалиться над Россиею, не терзать подданных, – вспомнить, как Царствовали его предки, как он сам Царствовал в юности, ко благу людей и собственному. Государь, не ответствуя ни слова, движением руки предал Филиппа воинам. Дней восемь сидел он в темнице, в узах; был перевезен в обитель Св. Николая Старого, на берегу Москвы-реки; терпел голод и питался молитвою. Между тем Иоанн истреблял знатный род Колычевых: прислал к Филиппу отсеченную голову его племянника Ивана Борисовича и велел сказать: «Се твой любимый сродник: не помогли ему твои чары!» Филипп встал, взял голову, благословил и возвратил принесшему. Опасаясь любви граждан Московских ко сверженному Митрополиту – слыша, что они с утра до вечера толпятся вокруг обители Николаевской, смотрят на келию заключенного и рассказывают друг другу о чудесах его святости – Царь велел отвезти страдальца в Тверской монастырь, называемый Отрочим, и немедленно избрал нового Митрополита, Троицкого Архимандрита, именем Кирилла, к досаде Пимена, имевшего надежду заступить место Филиппа.
Освободив себя от Архипастыря строгого, непреклонного и, дав сей важный сан Иноку доброму, но слабодушному, безмолвному, Иоанн мог тем смелее, тем необузданнее свирепствовать; дотоле губил людей: оттоле целые города. Началося с Торжка, где неистовые опричники в день ярмонки завели ссору и драку с жителями: Царь объявил граждан бунтовщиками; велел их мучить, топить в реке. То же сделалось в Коломне и такие же были следствия. К сему городу принадлежали поместья несчастного Федорова: жители любили его и казались Иоанну мятежниками.
Гонец. Худ. В. Шварц
Таким образом, Иоанн не без внутренней досады возвратился в столицу; но к утешению его самолюбия Король Польский сделал то же: (в 1568 году) собрав 60 000 или более воинов, хваляся по следам Ольгерда устремиться к Москве, и, действительно выступив в поле с Двором блестящим, Сигизмунд несколько недель стоял праздно в Минской области, распустил главное войско, и сам уехав в Гродно, послал только отряды в западную Россию. Под Улою Литовцы претерпели великий урон; но имели и некоторые выгоды. Строением новой крепости, названной Копием, управляли Князья Петр Серебряный и Василий Палицкий: Литовцы в нечаянном нападении убили Палицкого; а Князь Серебряный едва ускакал в Полоцк. Близ Велижа пленив знатного чиновника, Петра Головина, они истребили несколько селений в Смоленской области, и каким-то обманом взяли Изборск (в начале 1569 года); но Россияне выгнали их немедленно: громили Польскую Ливонию, сожгли большую часть Витебска. Между тем разменивались пленниками на границе: Иоанн освободил Королевского Воеводу Довойну, Сигизмунд Князя Темкина. Жена Довойны умерла в Москве: Царь согласился отпустить ее тело в Литву, с условием, чтобы Король прислал в Москву тело Князя Петра Шуйского: о чем просили добрые сыновья сего несчастного Воеводы.
Уважив совет Бояр не прерывать мирных сношений с Литвою, Государь освободил Посланника Сигизмундова, семь месяцев страдавшего в темнице; дал ему видеть лицо свое, говорил с ним милостиво; сказал: «Юрий! Ты вручил нам письмо столь грубое, что тебе не надлежало бы остаться живым; но мы не любим крови. Иди с миром к Государю своему, который забыл тебя в несчастии. Мы готовы с ним видеться; готовы прекратить бедствие войны. Кланяйся от нас брату, Королю Сигизмунду Августу». Начались снова переговоры. Гонцы ездили из земли в землю: Сигизмундовы, в речах с Боярами, именовали Иоанна Царем, и на вопрос: что значит сия новость? ответствовали: «Так нам приказано от Вельмож Литовских». Гонцам Московским давались также наставления миролюбивые и следующее, достойное замечания: «Если будет говорить с вами в Литве Князь Андрей Курбский или ему подобный знатный беглец Российский, то скажите им: Ваши гнусные измены не вредят ни славе, ни счастию Царя великого: Бог дает ему победы, а вас казнит стыдом и отчаянием. С простым же беглецом не говорите ни слова: только плюньте ему в глаза и отворотитесь… Когда же спросят у вас: что такое Московская опричнина? скажите: Мы не знаем опричнины: кому велит Государь жить близ себя, тот и живет близко; а кому далеко, тот далеко. Все люди Божии да Государевы».