В 1146 году киевский стол занял Изяслав Мстиславич, второй сын Мстислава Великого. Он сменил несколько княжений: правил в Курске, Полоцке, Турове, Владимире-Волынском, Переяславле. Занятие Изяславом киевского стола стало поводом для многолетней усобицы Рюриковичей, когда были созданы две враждующие группировки князей. На стороне Изяслава Мстиславича выступили его младший брат Ростислав (в крещении Михаил), князь Смоленска, с 1150 года — старший брат Юрия Долгорукого, бывший киевский князь Вячеслав, и Новгород, традиционный противник Юрия. Изяслав пользовался поддержкой киевского боярства, которое и пригласило его на великокняжеский стол. Ориентировался Изяслав и на союз с западными соседями, прежде всего с Польшей и Венгрией (венгерской королевой была сестра Изяслава Евфросинья). Другую княжескую группировку возглавлял Юрий, союзниками которого выступали Владимирко Володаревич, князь галицкий (младший брат Юрия, рано умерший Роман был женат на сестре Владимирка, а в 1150 году сын Владимирка Ярослав Осмомысл женился на дочери Юрия — Ольге), и сын Олега «Гориславича» Святослав Ольгович (в крещении, как и дед Святослав Ярославич, — Николай), будущий князь черниговский (он был братом обоих предыдущих киевских князей Всеволода II и св. Игоря, а женился в один день с Юрием тоже на дочери половецкого хана только другого, Аепы Гиргенева). Как брат киевских князей он имел все основания быть недовольным Изяславом, поскольку, очевидно, тоже считал его узурпатором (Святослав вполне мог быть потенциальным претендентом на киевский стол). Разумеется, эту группировку поддерживали половцы, а также Византия (вторым браком Юрий был женат на дочери византийского императора Мануила Комнина, а сестра Владимирка галицкого Ирина была в свое время женой сына императора Алексея Комнина — Исаака). В преддверии войны обе стороны вели переговоры с возможными союзниками.
В 1146 году Святослав Ольгович, князь курский и новгород-северский, был изгнан из Северской земли своими двоюродными братьями Давыдовичами, которые после свержения Ольговичей с киевского стола, решили с ним не церемониться. Изгнанник отправился в землю вятичей, где засел в небольшом городке Лобынске. Сюда к нему прибыло посольство Юрия Долгорукого, передавшее князю знаменитые слова: «Приди ко мне, брате, в Москову». Святослав отправился на встречу с Юрием с сыновьями Олегом (это отец Игоря, героя знаменитого «Слова...») и Владимиром. Встреча в Москве состоялась «в пяток на Похвалу святей Богородицы» начавшегося 1147 года, то есть в пятницу пятой недели Великого поста. Этот день приходился на 4 апреля 1147 года, первый день исторического существования города Москвы. Олег, ехавший впереди отца, подарил Юрию «пардуса», то есть шкуру барса. Потом подоспели и Святослав с Владимиром. Юрий устроил «обед силен» и одарил князей «дары многы». Святослав вернулся в Лобынск, а через некоторое время смог возвратить себе и свой удел в Северской земле.
Известие 1147 года является первым летописным упоминанием о Москве, однако оно не свидетельствует о существовании Москвы как города. Напротив, в ряде летописей под 1156 годом говорится о закладке Юрием города Москвы. Исследование этого свидетельства было проведено известным петербургским историком Ю. А. Лимоновым, который пришел к выводу, что Москва была построена Юрием в середине 1153 года, между апрелем и ноябрем. И действительно, в 1147 году могло существовать какое-то небольшое поселение (позднейшие памятники связывают его существование с именем убитого Юрием некоего Степана Ивановича Кучки, на дочери которого, Улите, якобы был женат Андрей Боголюбский; Улите даже приписывалось участие в убийстве мужа). А в 1153 году или около того Юрий поставил «град», то есть укрепил Москву, создал кремль с крепкими крепостными стенами, превратив город в форпост на границе со Смоленской землей (напомним, что там княжил враг Юрия — Ростислав Мстиславич).
С началом киевского княжения Изяслава Мстиславича Юрий прекратил отправлять в Киев суздальскую дань, что явилось важным шагом на пути укрепления политической самостоятельности Ростово-Суздальской Руси. Борьба Юрия с Изяславом началась с похода ростовского князя на новгородские области. В 1147 году Юрий «пришед взя Новый Торг (Торжок) и Мьсту всю взя». Ответный удар был нанесен в следующем, 1148 году. Зимой Изяслав прибыл из Киева в Новгород, где был торжественно встречен горожанами, и во главе большого новгородского войска выступил в поход на Ростовскую землю. Изяслав взял шесть волжских городков, разорил и пожег окрестности Коснятина и Ярославля и с 7000 пленных вернулся в Новгород. Посчитав, вероятно, что это поражение надолго «выбьет Юрия из седла», киевский князь возвратился в свою столицу.
1148-й и первую половину 1149 года Юрий использовал для накопления сил и сбора войска. В это же время он сооружает великолепный храм в Суздале и строит церковь и княжеский дворец в загородной резиденции Кидекше. Тогда же в семье Юрия происходит разлад. Его старший сын Ростислав (в крещении Яков), обидевшись на то, что отец не дал ему удела в Суздальской земле, уехал в Киев, к Изяславу. Конечно же, Изяслав Мстиславич обрадовался, что сын его главного врага теперь является его союзником, и дал ему в удел Городец-Остерский, Бужск и некоторые другие города.
В 1149 году борьба киевского и ростовского князей развернулась с новой силой. Поводом для решительных действий стали события на юге. Киевские бояре донесли Изяславу, что Ростислав Юрьевич собирается захватить Киев. Тогда великий князь отобрал у Ростислава пожалованные ему города и выслал его в Суздаль, к отцу. 24 июня 1149 года Юрий выступил в поход на Киев. У городка Ярышева к нему присоединилось войско Святослава Ольговича (В. Н. Татищев датировал это событие 1 августа), а на реке Супой подоспели и половцы. Узнав о движении противников, Изяслав собрал войско и двинулся им навстречу. Местом решающего боя оказался Переяславль. Войска Юрия и Святослава заняли позицию под городом на берегу реки Трубеж. Долгорукий расположил свои отряды в центре, войска под командованием сыновей Ростислава и Андрея поставил на левый фланг, а войско Cвятослава расположилось на правом фланге. Вначале Юрий обратился к Изяславу с предложением мира, но киевский князь отказался от переговоров. Тогда Юрий и Святослав на заходе солнца 23 августа 1149 года начали битву. Воинство Изяслава не сдержало натиска союзников и дрогнуло. Несмотря на то что Изяславу удалось рассечь войско противника, пройдя между ростовскими и черниговскими отрядами, в результате чего он зашел к ним в тыл, перевес оказался на стороне Юрия. Смятение в отрядах киевского князя и переход переяславцев на сторону Долгорукого привели к поражению Изяслава, который бежал с поля боя в Канев, а оттуда в Киев. Наутро Юрий вошел в Переяславль, где был торжественно встречен горожанами, и пробыл там три дня. Оттуда Юрий направился к Киеву и, не дойдя до города, остановился близ Выдубицкого монастыря, ожидая войска Изяслава. Но горожане отказали своему князю в сборе ополчения, и Изяслав, покинув столицу, бежал во Владимир-Волынский, где княжил его младший брат Святополк (в крещении Иоанн) Мстиславич. В начале сентября 1149 года Юрий без боя вошел в Киев и стал великим князем. Началось первое киевское княжение Юрия Долгорукого. Переяславским князем Юрий поставил своего сына Ростислава, который занимал этот стол вплоть до смерти (6 апреля 1151 года).
Между тем Изяслав, находившийся во Владимире-Волынском, обратился за помощью к Польше и Венгрии. Несколько тысяч польских и венгерских наемников пришли к нему на помощь, и началась подготовка к походу на Киев. Одновременно Изяслав решил «разбить» единство Мономашичей, предложив брату Юрия Вячеславу Владимировичу перейти на его сторону. Вячеслав в то время княжил в Турове. Изяслав даже обещал ему в случае захвата Киева великокняжеский стол. Вероятно, Вячеслав колебался, и, подкрепляя слова делом, Изяслав начал концентрировать свои войска вдоль западной границы Туровского княжества. Угроза войны испугала нерешительного Вячеслава, и он обратился за помощью к Юрию. Вместе с половцами Долгорукий направился к границе Волынского княжества и приблизился к городу Пересопница. Изяслав, в свою очередь, выступил из Владимира к Луцку. В этой ситуации очень важной была позиция Владимирка галицкого, чье княжество непосредственно примыкало к Волыни. Он направил помощь Юрию, и передовые отряды войска киевского князя под водительством все тех же его сыновей Ростислава и Андрея вошли в Пересопницу. Вскоре подошел и сам Юрий. Большое войско, подкрепленное к тому же галичанами, испугало Изяслава. Через поляков и венгров он попытался склонить Юрия к переговорам. Венгерские воеводы и польский князь Болеслав IV Кудрявый обратились с посланием к Мономашичам, где изложили позицию Изяслава. Бывший великий князь соглашался с потерей Киева, но взамен требовал признание его прав на Владимиро-Волынское княжение и возвращение новгородской дани, которая была захвачена Юрием. В ответном послании братья недвусмысленно дали понять, что венгры и поляки не имеют права вмешиваться во внутренние дела Руси, и потребовали ухода иностранных войск и возвращения Изяслава во Владимир. Изяславу ничего не оставалось, как согласиться с требованиями дядьев: наемники были отпущены, сам князь уехал во Владимир. Начались мирные переговоры, в ходе которых Изяслав продолжал настаивать на возвращении ему новгородской дани. Разумеется, ему необходимы были средства для найма войск. И вот тут начались разногласия между Юрием и Вячеславом. Последний, опасаясь за судьбу своего княжества, настаивал на принятии условия Изяслава и быстром заключении мира. Но у Юрия были свои соображения на этот счет. Ему не нужен был мир, он хотел изгнать Изяслава из Руси, чтобы надолго избавиться от своего врага. И конечно, речи не могло быть о том, чтобы вернуть Изяславу новгородскую дань, так необходимую самому Юрию для найма половцев. Кроме того, вполне возможно, Юрий «подобрал» и удачного претендента на волынский стол. Таковым, по мнению Ю. А. Лимонова, являлся внук Святополка II Юрий Ярославич (его отец был когда-то князем Владимира-Волынского). Переговоры о мире были прерваны, и Изяслав вновь призвал иностранных наемников.
Юрий начал военные действия и осадил Луцк. Здесь особенной храбростью отличился сын Юрия — Андрей, едва не погибший в одной из стычек. Конь под ним был ранен, но Андрей, пронзив мечом нападавшего на него какого-то немца, сумел спастись, вынесенный из окружения истекавшем кровью конем. Изяслав двинулся на подмогу горожанам, изнемогавшим от трехнедельной осады, но тут снова вмешался Владимирко галицкий. Он поставил свое войско между Владимиром и Луцком и потребовал от обоих князей заключения мира. Владимирко обратился к Юрию и Вячеславу, последний сам хотел мира и тоже начал уговаривать Юрия. Наконец, в качестве примирителя выступил и Андрей Юрьевич, будущий Боголюбский. Совместными усилиями трех князей сопротивление Юрия было сломлено, и мир был заключен. Юрий оставался киевским князем и возвращал Изяславу новгородскую дань.
Мир оказался хрупким. В 1150 году Изяслав обрел союзника в лице Вячеслава Владимировича. Будучи старшим братом Юрия, Вячеслав, возможно, надеялся, что по праву старшинства Юрий уступит ему киевский стол. Но этого не произошло, и Вячеслав склонился на сторону Изяслава. Мстиславич собрал войско, нанял черных клобуков (оседлые половцы), внезапно совершил быстрый марш-бросок и подошел к Киеву. Юрий, застигнутый врасплох, не смог оказать сопротивление и бежал в Городец-Остерский. В Киев спешно приехал Вячеслав, надеявшийся вновь стать великим князем, но тут подоспел и Изяслав с войском. Заняв город, Изяслав потребовал от дяди, чтобы тот уехал из Киева. Поначалу Вячеслав сопротивлялся, но горожане открыто выступили против него, угрожая расправой (В. Н. Татищев так описал это: «Тогда Вечеслав сидел на сенях, а народ кричали, чтоб Вечеслава взять, иные, чтоб сени подрубить»). Удерживая горожан от убийства, Изяслав уговорил дядю, и тот уехал в Вышгород. Изяслав вновь стал великим киевским князем.
Однако его триумф длился недолго. Юрий, собрав у верного союзника Святослава Ольговича черниговские полки, двинулся отвоевывать Киев. В то же время с запада на Киев направилось войско Владимирка галицкого. Оказавшись меж двух огней, Изяслав поехал к Вячеславу и уговорил его фактически стать своим соправителем. Выступив против Владимирка, киевский князь потерпел поражение. В битве на реке Стугне, не выдержав напора галицких войск, киевляне дрогнули и обратились в бегство. Изяслав тщетно пытался спасти положение, удерживал бегущих, но, видя, что рядом с ним остались лишь поляки и венгры, с горечью сказал: «Одни только чужеземцы теперь остались моими защитниками?!» Изяслав бежал из Киева во Владимир-Волынский, а Вячеслав перебрался в Вышгород. Юрий и Владимирко в конце августа заняли Киев и заключили в Печерском монастыре договор.
Изяслав же обратился к венгерскому королю Гезе II за помощью и получил от него десятитысячный конный отряд. В марте 1151 года Изяслав начал новый поход на Киев. Избежав столкновения с Андреем и Владимирко, он занял Белгород и непосредственно приблизился к столице. Юрий спешно сел в лодку и 6 апреля бежал в Городец, а Изяслав стал великим киевским князем в третий раз. Он снова позвал Вячеслава, и тот 20 апреля приехал в Киев как старейший в роде Мономаха. Но Юрий не сдался — бесконечная война продолжалась.
Закрепившись в Городце и Переяславле, Юрий вновь собрал большое войско, к которому присоединились отряды Святослава Ольговича и значительные силы половцев, и начал новый поход на Киев. Подойдя к Днепру, он попытался перейти на правый берег реки. Но войска были обстреляны лучниками Изяслава, который спрятал гребцов на своих ладьях за высокими бортами и поставил на ладьи по два руля, что увеличивало их маневренность и боеспособность. Юрию пришлось перейти к броду около городка Заруба. Здесь ростовский князь пустил вперед половцев, которые опрокинули отряды Изяслава и таким образом открыли путь основным силам Юрия. Переправившись через Днепр, воинство двинулось к городу Василеву. Изяслав, силы которого намного уступали противнику, обратился к Долгорукому с предложением о мирных переговорах, но получил отказ. Юрий подошел к Киеву, но здесь при переправе через реку Лыбедь потерпел поражение (в сражении погиб воевавший на стороне Юрия сын половецкого хана Боняка). Рассчитывая на помощь Владимирка галицкого, Юрий отступил. Но Изяслав начал преследование, надеясь навязать Юрию сражение до подхода войск Владимирка. Наконец, Изяслав настиг Юрия в районе Василева на реке Рутец. Эта битва поставила точку в попытке Долгорукого отвоевать Киев. Воинство Юрия оказалось зажатым между болотами и речкой Малой Рутец. Первый же удар Изяслава принес ему победу. Начавшаяся в рядах половцев и черниговцев паника решила исход сражения. Киевский князь разбил войска Юрия, хотя сам чуть не погиб в сражении. Изяслав был ранен в руку и ногу, сбит с коня и едва не убит своим же ратником, который на крик раненого Изяслава: «Я же князь!» — отвечал: «Этот мне и нужен!» Разгоряченный дружинник продолжал наносить удары и мечом рассек шлем князя, на котором «блистало златое изображение Святаго Пантелеймона» (Н. М. Карамзин). Только теперь отчаянный «храбрец» увидел, что перед ним его князь. (Этот эпизод удивительно напоминает рассказ из хроники польского автора магистра Винцентия Кадлубка: «Самого Мешко (краковский князь Мешко III Старый (1126 — 1202)) какой-то рядовой воин, ранив, хочет убить, но Мешко, откинув шлем, восклицает:»Я князь!» Узнав его, воин просит за ошибку прощения и, защищая его от нападения других, помогает покинуть поле боя». Речь идёт о сражении в 1195 году. Кстати, вторым браком Мешко был женат на дочери Изяслава – Евдокии.)
Тем не менее победа была полной, и Юрий с сыновьями и остатками дружины бежал в Переяславль, а затем в Городец. Здесь он попытался организовать оборону города, но после многодневной осады покинул юг Руси и ушел в Суздаль.
Разделавшись с Юрием, Изяслав решил избавиться и от другого своего врага — Владимирка. Галицкому князю удалось уничтожить венгерское войско, которое шло на подмогу Изяславу. Воинство вел сын Изяслава — Мстислав. Вступив в пределы Волыни, Мстислав оказался под угрозой нападения Владимирка, но проявил полную беспечность. После очередного пира князь спокойно лег спать, понадеявшись на венгров, которые были абсолютно пьяные. Ночью Владимирко ударил по лагерю Мстислава. Венгры, разумеется, не смогли даже подняться, и Мстиславу с немногими приближенными еле удалось спастись. В 1152 году в союзе с венгерским королем Гезой киевский князь двинул полки на Галич. В битве у реки Сан Владимирко оказался побежденным и бежал в Перемышль.
Юрий не преминул воспользоваться моментом, собрал войско и направился к Чернигову. Как всегда, вместе с ним выступили Святослав Ольгович, половцы, а также союзные рязанские и муромские князья. В Чернигове с 1151 года княжил союзник киевского князя, двоюродный брат Святослава Ольговича Изяслав Давыдович. Осада Чернигова и заступничество венгерского короля заставили Изяслава заключить мир с Владимирко. Киевский князь ушел из Галицкой земли и начал поход против Юрия. Однако ростовский князь не принял боя. Оставив вспомогательный отряд Святославу Ольговичу, Долгорукий вернулся обратно в Суздаль. Таким образом, он отвлек силы Изяслава от Галича и спас своего союзника Владимирко от разгрома.
Неудачи Юрия на юге подтолкнули к решительным действиям его давних врагов булгар. В том же 1152 году булгары внезапно напали на Суздальскую землю и осадили Ярославль. Маленький городок еле сдерживал натиск неприятеля. В Ярославле начался город, люди изнемогали от жажды. Необходимо было срочно дать знать ростовцам, и какому-то юноше удалось ночью выбраться из осажденного города, переплыть реку и прискакать в Ростов (невольно вспоминается здесь рассказ «Повести временных лет» об осаде Киева печенегами в 968 году, когда некий отрок совершил аналогичный подвиг). Ростовцы поспешили на подмогу и разгромили булгар.
Этот набег вызвал усиленное строительство городов в Ростово-Суздальской земле, особенно пограничных. Был построен Звенигород на Москве-реке, укреплена Кидекша, прикрывавшая княжескую резиденцию — Суздаль. В 1152 году строится Юрьев-Польской, переводится на новое место Переяславль-Залесский, основан Городец-Мещерский (будущий Касимов). Как уже отмечалось выше, около 1153 года была сооружена крепость в Москве. В 1154 году Юрий закладывает Дмитров, названный так в честь христианского святого, покровителя только что родившегося сына Юрия — Всеволода, будущего Большое Гнездо. Это строительство позволило укрепить также границы Ростовского княжества и способствовало дальнейшему экономическому развитию этого региона.