Стрельба из носовых пушек во всем диапазоне скоростей и высот полета на работу силовой установки теперь влияния не оказывала. По технике пилотирования доработанная машина практически не отличалась от опытной.
Вместе с тем из-за аэродинамических потерь в удлиненных воздушных каналах снизились летные характеристики летающей лодки: максимальная скорость упала с 910 до 886 км/ч, практический потолок сократился с 12 500 до 12 200 м, дальность уменьшилась с 2895 до 2610 км. Это было слишком дорогой ценой, поэтому на серийных машинах ограничились установкой только брызгоотражательных щитков.
Создатели Бе-10 очень большое внимание уделили технологичности своего изделия. При освоении выпуска нового гидросамолета на таганрогском авиазаводе № 86 в технологический процесс внедрили новое уникальное оборудование. Например, гидропрессы для изготовления листов обшивки методом обтяжки с растяжением, электровоздушные агрегаты термообработки, сварочные автоматы и полуавтоматы.
В цехе агрегатной сборки были построены стапели, соответствующие членению лодки на четыре отсека. Были освоены новые технологические процессы, такие, как групповая обработка деталей, гибка трубопроводов с гидронаполнением, химическое фрезерование, ультразвуковая пайка.
Для обеспечения водонепроницаемости лодки впервые сборка велась с применением герметика У-ЗОМС взамен ранее применявшейся тиоколовой ленты. Началось внедрение крупнопанельных элементов из алюминиевого сплава, что существенно снизило массу и позволило добиться большей точности изготавливаемых деталей, применен литейный сплав Ал-8 для силовых узлов (впоследствии сыгравший роковую роль в судьбе машины) и литье из стали марки 35ХГСА.
Многочисленные проблемы, возникавшие при подготовке к серийному строительству Бе-10, а потом и в процессе серийного производства, быстро и без проволочек решались совместными усилиями специалистов завода и ОКБ. Этому способствовали начальники производств обоих предприятий А.И. Шамров и Н.К. Гавранек, начальники сборочных цехов А.Я. Егоров и Н.Д. Прибытков, а потом и И.Я. Акопов.
Для переучивания летчиков был разработан учебный вариант Бе-10 с двойным управлением. Рабочее место инструктора находилось в штурманской кабине. В Таганроге изготовили и отправили в Донузлав четыре ремонтных комплекта для переоборудования серийных самолетов силами ТЭЧ, однако каких-либо сведений о практическом применении этих комплектов пока обнаружить не удалось.
Когда летная биография Бе-10 подходила к концу, одну из списанных машин превратили в лабораторию для исследования воздействия соленой морской воды на конструкцию планера, для чего самолет на длительное время поставили на бочку в Геленджикской бухте. Эта работа позволила выработать рекомендации по защите планера самолета от коррозии, которые были успешно применены при проектировании самолета-амфибии Бе-12.
Интересно, что уже после того, как последние Бе-10 списали, появилась почтовая марка с изображением Бе-10, несущим символику «Аэрофлота». Это до сих пор служит поводом для появления различных версий о существовании гражданского варианта летающей лодки. Однако никто и никогда всерьез не рассматривал Бе-10 как изделие двойного применения, а следовательно, и не пытался создать «аэрофлотов-ский» вариант. Самолет задумывался только в качестве боевой машины.
Летом 1959 г. к переучиванию с поршневых Бе-6 на турбореактивные Бе-10 приступила вторая эскадрилья 977 ОМДРАП (отдельного морского дальнеразведывательного авиационного полка) авиации КЧФ, базировавшегося на озере Донузлав в Крыму. Этот полк так и остался единственной строевой частью, эксплуатировавшей Бе-10, а все выпущенные самолеты вошли в состав двух его эскадрилий.
Освоение Бе-10 в полку проходило довольно сложно, поскольку в пилотировании самолет был более строг, чем его предшественник Бе-6. Ошибок за преждевременное увеличение угла атаки на взлете он не прощал. Посадочная скорость Бе-10 более чем в 1,5 раза превышала соответствующую у Бе-6, поэтому для эксплуатации Бе-10 допускались только летчики высокой квалификации.
Переучивание затруднялось также отсутствием на новой летающей лодке второго управления и места для инструктора. Пришлось осваивать заход на посадку на Бе-6 с убранными закрылками на повышенной скорости, затем на Бе-10 показывались руление, пробежки с различными скоростями и выполнялись вывозные полеты. Обучаемый летчик при этом располагался сзади инструктора, наблюдая за его действиями, сопровождавшимися комментариями по СПУ. Эффективность такой методики была не слишком высока, но постепенно летный состав получил допуски к полетам и приступил к изучению тактических возможностей Бе-10.
В различных комбинациях на самолет можно было подвесить три авиационные реактивные торпеды РАТ-52, или три индукционные гидродинамические мины ИГДМ, или авиационные плавающие мины АПМ, 12 бомб ФАБ-250 или одну ФАБ-3000. Визуально прицеливание производилось с помощью прицела ОПБ-11 км, связанного с автопилотом АП-5-2М. В сложных метеоусловиях в качестве визира использовалась РЛС «Курс-М», которая применялась также для решения навигационных задач при полетах над морем.