Ко времени избрания митрополита Дорофея Местоблюстителем Патриаршего престола Османская империя уже потерпела поражение в Первой мировой войне, Стамбул был занят войсками стран Антанты (в основном английскими) и несколько лет фактически снова назывался Константинополем. Его освобождение вызвало у христианского населения надежды на повторное утверждение Православия на берегах Босфора. 21 января 1919 г., находясь под защитой расположенного в городе греко-иритского полка, митрополит Дорофей отменил преподавание турецкого языка в греческих школах города. 16 марта в храмах Константинополя была обнародована прокламация об «Объединении с Грецией», после чего Патриархия и местные греки, в надежде на поддержку английских войск, отказались признавать султанское правительство. В то время в Константинополе проживало около 150 тыс. православных греков (в настоящее время их осталось только 2 тыс.). После того, как греки отвергли участие в ноябрьских выборах, разрыв с турецкими властями оказался полным. Таким образом, Константинопольская Патриархия фактически организовала политический заговор против Османской империи.
Желая получить поддержку всех нетурецких сил в регионе, Патриархия начала активно устанавливать связи с другими конфессиями. Так, в январе 1919 г. в Константинополе была проведена греко-армянская конференция, с целью координирования деятельности этих двух групп населения в городе. 28 марта того же года митрополит Дорофей писал архиепископу Кентерберийскому: «Мы умоляем Вас оказать энергичную поддержку Британскому правительству в его усилиях удалить турок [из Стамбула]. Воскрешение Христианства на Ближнем Востоке и восстановление храма Святой Софии не может быть достигнуто никакими иными средствами, кроме этого совершенного и окончательного изгнания».
Надежды на «установление креста» на куполе главного христианского храма Византийской империисоборе Святой Софии (используемом в качестве мечети) в то время казались близкими к осуществлению. 20 марта 1919 г. в интервью корреспонденту «Вашингтон Пост» глава Элладской Церкви митрополит Мелетий (Метаксакис) «искренне и с энтузиазмом» заявил: «На первую службу в восстановленный храм Св. Софии в Константинополе будут приглашены не только разные представители отдельных православных юрисдикцийГреческой, Русской, Румынской, Сербской, Сирийской, Болгарской и т. д., но также римский епископ [то есть Папа], различные Восточные Церкви и все Протестантские Церкви Христианского мира». В этом году греческому полковому священнику даже удалось отслужить первую литию в соборе Святой Софии после 465-летнего перерыва.
Летом 1919 г. митрополит Кесарийский Николай от имени Вселенской Патриархии принял приглашение организационного комитета Всемирного христианского конгресса в рамках движения «Вера и устройство» участвовать на будущий год в его подготовительной встрече (конференции) в Женеве. При этом Владыка Николай сказал, что Патриархия «протягивает руку помощи трудящимсяна том же поле и в том же винограднике Господнем».
В январе 1920 г. митрополит Дорофей в связи с установлением в то время отношений Патриархата с Евангелическо-Лютеранской Церковью Швеции и визитами в Константинополь представителей Епископальной Церкви США выпустил окружное послание «Церквам Христа, везде сущим», в котором говорилось: «необходимо возродить и укрепить любовь между Церквами, которые являются не чуждыми друг к другу, а родными и близкими во Христе, «сонаследниками и сопричастниками обетования Божия во Христе» Эти дружба и благорасположение друг ко другу могут, по нашему мнению, проявляться следующим образом: 1) путем принятия единого календаря с одновременным празднованием больших христианских праздников всеми Церквами; 2) путем обмена братскими посланиями в большие праздники церковного года, а также и при других важных обстоятельствах; 3) путем более близких отношений находящихся всюду представителей различных Церквей; 4) путем общения богословских школ и представителей богословской науки и путем обмена публикуемыми в каждой Церкви богословскими трудами и церковной периодикой; 5) путем направления студентов одной Церкви в школы другой; 6) путем созыва всехристианских конференций для изучения вопросов, имеющих общий для всех Церквей интерес; 7) путем беспристрастного и исторически обоснованного изучения догматических различий на кафедрах и в публикуемых трудах; 8) путем взаимного уважения к имеющимся в различных Церквах традициям и обычаям; 9) путем взаимного предоставления в пользование молитвенных домов и кладбищ для погребения на чужбине скончавшихся последователей других исповеданий; 10) путем урегулирования между различными исповеданиями вопроса о смешанных браках.».
Местоблюститель Вселенского Патриаршего Престола также предлагал создать Лигу Церквейсодружество всех христианских Церквей для взаимной помощи, сотрудничества и достижения единства. Название предлагаемой организации оказалось заимствовано от созданной после окончания I Мировой войны Лиги Наций, но цели были церковныеблаго Церквей и их единства пред лицом внешнего и враждебного мира. Хотя подобное предложение о создании содружества Церквей для совместной деятельности в сфере моральных и социальных проблем современного христианского мира высказали и православные делегаты на Женевской конференции 1920 г., планируемая организация так и не была создана.
На подготовительную встречу Всемирного христианского конгресса в рамках движения «Вера и устройство», состоявшуюся 1220 августа 1920 г. в Женеве, была направлена Константинопольская делегация во главе с митрополитом Селевкийским Германом (Стринопулос), который 9-12 августа также участвовал в качестве наблюдателя в подготовительной встрече движения «Жизнь и работа». В том же году Вселенский Патриархат впервые направил делегацию на устраиваемую Англиканской Церковью Ламбетскую конференцию в Лондон.
Митрополит Досифей также занимался проблемами беженцев, исламизации православных греков, насилия над ними со стороны турок, призыва греков в турецкую армию. При его поддержке в 1919 г. возник «Священнический союз», призванный способствовать улучшению благосостояния клира и проведению церковных реформ. Печатными органами союза стали журналы «Возрождение (выходил в 19191922) и «Новый пастырь» (19191923). Был организован ряд комиссий: по церковным преобразованиям, календарному вопросу, сближению с другими Церквами и др.
Несмотря на сложную внутреннюю ситуацию, Константинопольская Патриархия уже при митрополите Досифее начала вмешиваться в церковные дела на канонической территории Московского Патриархата. Так, в 19191920 гг. она вела переговоры о признании автокефалии Украинской Православной Церкви. В период правления на значительной части Украины возглавляемой С. Петлюрой Директории ею был взят курс на достижение автокефалии Православной Церкви на Украине и принят «Закон о верховной власти в Украинской автокефальной православной миротворческой Церкви», основные положения которого предусматривали разрыв с Русской Православной Церковью и усиление роли украинского государства в религиозных делах. Сразу же после провозглашения 1 января 1919 г. автокефалии режим С. Петлюры предпринял шаги, направленные на придание международной легитимности данному шагу. В этих целях правительство так называемой Украинской народной республики поставило задачу добиться поддержки принятого декрета со стороны Поместных Православных Церквей и в первую очередь Константинопольского Патриархата. В рамках этой политики правительство решило послать в Константинополь специальную миссию во главе с комиссаром Министерства вероисповедания Олексой Потоцким.
Делегация прибыла на берега Босфора в апреле 1919 г. и на начавшихся в июне того же года переговорах информировала Патриархию о состоянии церковных дел на Украине. По словам О. Потоцкого, переговоры показали, что Местоблюститель Патриаршего престола митрополит Дорофей больше всего опасался, как бы признание Фанаром православной автокефалии на Украине не вызвали репрессий со стороны Российской империи в случае возрождения. Кроме того, в Константинополе в тот период находились некоторые из украинских иерархов Русской Православной Церкви: митрополит Одесский Платон (Рождественский), епископ Чигиринский Никодим (Кротков), митрополит Киевский Антоний (Храповицкий) и архиепископ Волынский Евлогий (Георгиевский) два последних незадолго до этого были подвергнуты аресту петлюровцами в Киеве и фактически изгнаны с Украины.
По свидетельству О. Потоцкого, эти Владыки побывали на аудиенции у митрополита Дорофея и выразили свое разочарование по поводу контактов Фанара с миссией Директории и надежду, что эта ошибка будет исправлена в интересах Православной Церкви. Однако переговоры продолжились, результатом чего стало появление проекта письма Патриархии на имя С. Петлюры, в котором выражалось убеждение, что претензии на признание «автокефалии Украинской Православной Церкви не лишены исторических и канонических оснований». В этом же документе определялись три условия, при которых Константинопольская Патриархия готова была пойти на признание автокефалии: «Святой Синод считал бы, что с его точки зрения не существует препятствий для того, чтобы согласиться с такой определенно обоснованной просьбой, если эта просьба соответствует необходимым каноническим условиям К таковым относятся: во-первых, независимость страны; во-вторых, обращение украинской власти и украинской церкви по этому вопросу в той церкви, к которой она принадлежала; наличие вселенского патриарха, которое необходимо, чтобы принятое в дальнейшем решение носило легитимный характер». По мнению современной украинской историографии, этот промежуточный вариант письма явился уступкой Фанара аргументации со стороны архиереев Русской Православной Церкви.
В ходе продолжавшихся переговоров О. Потоцкому удалось добиться удаления второго пункта из заключительной редакции письма Константинопольской Патриархии. Но и в данном варианте послания от 9 марта 1920 г. сохранилось положение о том, что вакантность Патриаршей кафедры не позволяет Константинополю определиться в вопросе автокефалии Православной Церкви на Украине. Кроме того, судьба режима Петлюры весной 1920 г. была практически предрешена: большая часть Украины находилась под контролем Красной армии, а Западная Украина оказалась занята Польшей, что, несомненно, учитывал Фанар, не желая связывать себя далеко идущими обязательствами перед украинской стороной.
После завершения переговоров в марте 1920 г. О. Потоцкий отбыл из Константинополя, оставив послом при Патриаршем престоле князя И. Токаржевского-Карашевича, принявшего весной 1921 г. от Вселенской Патриархии грамоту, в которой содержалось благословение находившимся к тому времени в эмиграции «главе украинского государства, правительства и Украинской Православной Церкви». Украинская эмигрантская историография расценивала формулировки послания как определенной шаг Патриархии в направлении признания автокефалии Православной Церкви на Украине.
В июле 1920 г. в Константинополь приехал представитель правительства Польши Иодко с целью выяснения вопроса о возможном переходе Польской Православной Церкви из юрисдикции Московского Патриархата в юрисдикцию Константинопольского. Согласно сообщению российского посланника в Константинополе А.А. Нератова начальнику Управления иностранных дел Г.К. Трубецкому, греческие иерархи в принципе были готовы к положительному решению вопроса. В качестве прецедента Вселенская Патриархия хотела использовать пример Галиции, где православные общины с начала XX века теоретически возглавлял Константинопольский Патриарх в лице своего экзархамитрополита Антония (Храповицкого). В своем письме А.А. Нератов также отмечал, что в результате временных поражений турок шовинизм греков резко вырос. Вселенская Патриархия проявляла отчуждение по отношению к турецким властям, а в некоторых константинопольских церквах открыто поминали греческого короля Александра.
Против планируемой акции активно выступило Высшее Церковное Управление на Юго-Востоке России. Пребывавший в Константинополе архиепископ Кишиневский Анастасий (Грибановский) постарался выяснить точку зрения греческих иерархов и заявить им «о незыблемости взаимоотношений между Патриархом Тихоном и польскими архиереями». Владыка Анастасий позднее сообщал, что к его расспросам греки отнеслись сдержанно, хотя и заявили, что «ему нет оснований беспокоиться о каких-либо решениях, неприемлемых для России», тем более что советско-польская война еще не закончилась. В результате вопрос был временно закрыт. При этом митрополит Дорофей благожелательно принял прибывшее с войсками Врангеля в ноябре 1920 г. в Константинополь российское духовенство и фактически санкционировал деятельность Высшего Русского Церковного Управления за границей на территории Вселенского Патриархата.
Согласно Севрскому мирному договору, заключенному в августе 1920 г. между странами Антанты и Османской империей, Константинополь был объявлен вольным городом под международным контролем. В марте 1921 г. делегация Константинопольской Патриархии во главе с митрополитом Дорофеем отправилась в Лондон для участия в международной мирной конференции, на которой обсуждалась судьба Османской империи. Здесь Владыка Дорофей встретился с министром иностранных дел Великобритании лордом Керзоном, королем Георгом V и архиепископом Кентерберийским, но 19 марта внезапно скончался в результате заболевания дыхательных путей, давшего осложнение на сердце, как раз в тот момент, когда должен он был получить почетный титул вице-президента Всемирного Конгресса за дружбу во всем мире через Церкви. с 21 марта Местоблюстителем Константинопольского Патриаршего престола около восьми месяцев был митрополит Кесарийский Николай. Следует отметить, что в августе 1921 г. международный Севрский договор оставил туркам контроль над Константинополем, хотя и защитил права религиозных и национальных меньшинств.
25 ноября / 8 декабря 1921 г. Вселенским Патриархом вопреки большинству архиерейских голосов, полученных митрополитом Амасийским Германосом (Караванзелисом), стал бывший глава Элладской Церкви архиепископ Мелетий (в миру Эммануил Метаксакис) активный сторонник антитурецкого политического курса своего дяди премьер-министра Греции Е. Венизелоса, борец за идеи панэллинизма, энергичный модернист и реформатор Церкви. Он родился 21 сентября 1871 г. в с. Парсас на Крите, в 1889 г. поступил в семинарию Святого Креста в Иерусалиме, в 1892 г. был пострижен в монашество и рукоположен во иеродиакона. После окончания семинарии, в 19001908 гг. о. Мелетий служил секретарем Священного Синода Иерусалимской Церкви, но в 1908 г. Патриарх Дамиан изгнал его со Святой Земли за «деятельность против Святого Гроба». В 1910 г. Владыка Мелетий был хиротонисан во епископа и назначен митрополитом Китийским (на Кипре), в 1916 г. переехал в Грецию и в феврале 1918 г. был избран митрополитом АфинскимПервоиерархом Элладской Церкви, однако пробыл на этом посту недолго. 17 ноября 1920 г. он был низложен «за неканонические деяния», фактически низведен до положения простого монаха и заключен в монастыре св. Дионисия Строфадского на о. Закинфе, откуда в феврале 1921 г. уехал в Америку. Оказавшись в США, изгнанный митрополит активно занялся организацией греческой архиепископии Северной и Южной Америки, которая была провозглашена 15 сентября 1921 г., включив в свой состав около 130 приходов. Всю свою жизнь Владыка Мелетий являлся пламенным борцом за политические идеи панэллинизма, энергичным модернистом и реформатором Церкви.
Митрополит Германос так вспоминал о приходе митрополита Мелетия на Константинопольский престол: «Мое избрание в 1921 г. на Вселенский престол было несомненным. Из 17 голосов 16 было подано за меня. Тогда один из моих мирских друзей предложил мне 10 000 лир, если я откажусь от избрания в пользу Мелетия Метаксакиса. Естественно, я отверг это предложение с негодованием и отвращением. Однако ночью перед выборами меня неожиданно посетила делегация из трех человек, членов «Лиги Национальной Обороны». Они стали горячо убеждать меня снять свою кандидатуру в пользу Мелетия Метаксакиса. Члены делегации сказали, что Мелетий имеет возможность внести 100 000 долларов на нужды патриархии и, состоя в весьма дружеских отношениях с протестантскими епископами в Англии и Америке, может быть полезен в международных делах. Поэтому национальные интересы требуют, чтобы патриархом был избран Мелетий Метаксакис. Таково было и желание Елевферия Венизелоса. Я продумал над этим предложением всю ночь. В патриархии царил экономический хаос. Афинское правительство перестало посылать субсидии, а других доходов не было. Регулярное жалование не выдавали уже в течение девяти месяцев. Благотворительные организации патриархии находились в критическом материальном положении. По этим причинам и ради блага народа я принял это предложение..».