Решить проблему неотфактурованных поставок лучше всего заключения договора. В договор следует включить пункт, согласно которому поставщик будет обязан передавать вместе с товаром правильно оформленные первичные документы и счета-фактуры. А также установить штраф за нарушение поставщиком этого положения договора. Кстати, даже если вы не предусмотрите в договоре штрафы, от поставщика все равно можно будет требовать возмещения убытков (ст. 15 ГК РФ).
А они налицо: невозможно было вовремя принять к вычету НДС пришлось переплачивать налог в бюджет, не могли воспользоваться материалами встало производство, не смогли выполнить заказ потеряли ценного клиента.
Пример.
ЗАО «Звезда» приобрело у ООО «Земля» 5 автомобилей для перепродажи. Цена каждого автомобиля согласно договору составила 150 000 руб., НДС 18 % 27 000 руб. Товар был полностью оплачен, но пришел без накладной и счета-фактуры. Был составлен акт приемки-передачи, по которому и были оприходованы автомобили. Представитель организации поставщика имел при себе печать и обладал правом подписывать такие документы.