Душевные силы Владыки укрепляли поездки в обители. В 1909 г. он посетил старинный, основанный еще в 1564 г. близ Устюжны при впадении речки Моденки в реку Мологу Николо-Моденский монастырь место своей будущей многолетней ссылки. Тогда ей. Иосиф отслужил в обители Всенощную. Значительно укрепило его духовные и душевные силы посещение в 1911 г. Святой Горы Афон, а затем Ново-Афонского монастыря в Абхазии. Одной из целей поездки на Афон было постижение тонкостей древнего церковного распева, так как епископ являлся знатоком церковного пения. С 27 февраля 1909 г., вплоть до закрытия этой обители в марте 1923 г., Владыка был настоятелем Спасо-Иаковлевского Димитриева монастыря в городе Ростове Великом. 22 мая 1913 г. он встречал там Императора Николая II и Августейшую Семью. 16 декабря того же года монастырь инкогнито посетила ев. Великая Княгиня Елизавета Феодоровна. Епископ Иосиф благословил ее святыней обители Ватопедской иконой Божией Матери и преподнес Княгине икону свт. Димитрия с частицей его гроба, одежды и святых мощей. 4 июня 1916 г. епископ принял в монастыре Великого Князя Николая Михайловича.
За время управления Спасо-Иаковлевским монастырем Владыкой Иосифом были освящены храм Толгской иконы Божией Матери (9 октября 1909 г.), пещерный храм Воскресения Христова (1 апреля 1912 г.), придел Ватопедской иконы Божией Матери (8 июня 1916 г.) и церковь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радосте» (25 ноября 1917 г.). Кроме того, на пожертвования богомольцев был отреставрирован соборный Зачатьевский храм, ив 1914 г. построен странноприимный дом, превращенный через два месяца после начала Первой мировой войны в оборудованный по последнему слову медицинской техники военный госпиталь имени о. Иоанна Кронштадтского на 150 мест. В городе славились хоры монастыря, особенно любили здесь детский хор[44].
И после закрытия обители преосвященный Иосиф до августа 1926 г. являлся председателем созданной братией церковной общины. До сих пор в сердцах старых ростовчан живет память о Владыке: «Епископ Иосиф был известным человеком в Ростове, его буквально боготворили. Когда в 1920 году епископ Иосиф находился в заключении в Ярославле, в городе были собраны тысячи подписей с просьбой о его освобождении. И сегодня его помнят в Ростове, и те, кто знали его, и те, кто только слышали о нем от своих родителей. Бережно хранят горожане, даже те, кто не считает себя верующими, фотографии и подарки владыки»[45].
Начало службы Владыки в Ростове совпало в октябре 1909 г. с 200-летием со дня кончины святителя Димитрия Ростовского, которое стало всероссийским событием. Епископ приложил много усилий по устройству и проведению торжеств. С 18 марта 1910 г. он был уже первым викарием Ярославской епархии, которую с 1907 по декабрь 1913 гг. возглавлял в сане архиепископа будущий ев. Патриарх Московский и всея России Тихон (Беллавин). 14 сентября 1913 г. преосвященный Иосиф передал из Ростова в свой родной край в храм с. Модено Устюженского уезда, имевший придел свт. Димитрия Ростовского, часть мощей, гроба и одежды этого святого. Их принесение сопровождалось празднеством, собравшим тысячи людей со всей округи.
В 1911 г. епископ Иосиф написал переизданную несколько раз книжечку о чуде выздоровления в 1910 г. тяжелобольной десятилетней девочки Лизы Лепешкиной у чудотворной иконы Божией Матери «Умиление» в Ростове. Владыка сам составил и молитву этой иконе[46].
В августе 1914 г. произошло почти одновременное отбытие из Костромы правящего архиерея и викария, и епископ Иосиф с 25 августа по 16 сентября 1914 г. исполнял обязанности временно управляющего Костромской епархией. Несмотря на непродолжительность этого периода, он характеризует Владыку как деятельного и истового архипастыря, немало сделавшего для оказания помощи русским воинам и их семьям в начальный период Первой мировой войны. Так, 29 августа в кафедральном соборе Костромы епископ Иосиф отслужил панихиду «по вождям и воинам, на поле брани живот свой положившим», затем был проведен крестный ход на центральную Сусанинскую площадь, где у Александровской часовни Владыка в сослужении всего городского духовенства совершил молебен «о даровании победы русскому воинству над врагом, а народу над пьянством». 3 сентября резолюцией епископа было предписано «объявить всем благочинным, настоятелям и настоятельницам монастырей и приходским священникам оказывать возможное содействие сборам на нужды Красного Креста за все время войны». О внимании Владыки к нуждам военного времени свидетельствует и то, что он собирал в Костроме настоятелей, причт и старост для обсуждения, «чем духовенство и церкви города могут оказать свою помощь больным и раненым воинам во время настоящей войны»[47].
До революционных потрясений 1917 г. Владыка успел написать и большей частью опубликовать около 80 трудов, в том числе 11 томов своего дневника, 10 статей в Православной Богословской энциклопедии, исторические описания нескольких обителей, многочисленные статьи на нравственно-воспитательные темы в журнале «Божья Нива», работы «Матерь Божия Благодатная Матерь народа русского» (Сергиев Посад, 1902), «История иудейского народа по археологии Иосифа Флавия (Опыт критического разбора и обработка)» (Сергиев Посад, 1903), «От крупиц Евангельских. Беседы инока. Сборник проповедей» (Сергиев Посад, 1904), «Учение Лейбница о происхождении и сущности зла» (Харьков, 1905) и другие.
Еп. Иосиф уделял внимание примирению со старообрядцами. 31 мая 1917 г., вместе с епископом Уфимским Андреем (Ухтомским) и единоверческим протоиереем Симеоном Шлеевым, он присутствовал на Соборе старообрядческой Церкви Белокриницкой иерархии, проходившем на Рогожском кладбище в Москве, подписал «Обращение» к Собору и имел беседы со старообрядческими архиереями. Через несколько месяцев Владыка стал участвовать в работе Всероссийского Поместного Собора 19171918 гг.
Согласно некоторым свидетельствам, Владыка Иосиф был назван Патриархом Тихоном в числе трех тайных чрезвычайных Meстоблюстителей Патриаршего Престола, назначенных в соответствии с постановлением Поместного Собора от 25 января 1918 г. Так, в рассказе свидетельницы о встрече с митр. Иосифом в 1937 г. в тайной церкви в Алма-Ате, приведенном в работах М. Польского и Л. Регельсона, сообщалось: «Он лично говорил, что Патриарх Тихон предложил, немедленно по своем избрании, назначить его своим первым заместителем (еще одно свидетельство об исполнении Патриархом Тихоном постановления Собора от 25 янв. 1918 г. о чрезвычайном Местоблюстительстве! Л.Р.). Почему-то в истории церковного местоблюстительства об этом нигде не упоминается»[48]. Кроме того, возможно, существовал секретный протокол Поместного Собора от 28 января 1918 г. с указанием имен чрезвычайных Местоблюстителей: митрополит Антоний (Храповицкий), архиепископ Кирилл (Смирнов) и епископ Иосиф (Петровых)[49].
Вскоре после вынужденного прекращения работы Собора Патриарх Тихон приехал в Ярославль, где 12 октября 1918 г. служил в Спасо-Ярославском монастыре. На следующий день, 3 октября, Первосвятитель поехал в Ростов Великий и служил там всенощное бдение вместе с епископом Иосифом и рядом других архиереев в Спасо-Иаковлевском монастыре. 4 октября в обители была совершена патриаршая литургия, а затем Первосвятитель отбыл в Москву.
В декабре 1917 г. январе 1918 г. епископ Иосиф временно управлял Рижской епархией. А уже вскоре последовал его первый арест в Ростове в монастыре 7 июля 1919 г. Ярославской губернской ЧК «за попытку срыва вскрытия мощей в Ростовском уезде путем созыва верующих колокольным звоном». 18 июля Владыка был перевезен в Москву во внутреннюю тюрьму ВЧК на Лубянке, где содержался около месяца. В августе 1919 г. он оказался освобожден за недостаточностью улик без вынесения приговора[50]. Мужественное поведение Преосвященного не прошло мимо внимания церковного руководства, и 22 января 1920 г. он был возведен в сан архиепископа и назначен Святейшим Патриархом Тихоном архиепископом Ростовским, викарием Ярославской епархии.
Новый конфликт с представителями советской власти не замедлил себя ждать. 25 апреля 1920 г. во время вечерней службы в Димитриевском соборе они пришли к архиеп. Иосифу и потребовали срочно явиться в Успенский собор на вскрытие мощей Ростовских Чудотворцев (свв. Исаии, Игнатия, Авраамия и Димитрия Ростовского) и при. Евфросинии Полоцкой, согласно только что принятому постановлению Х-го уездного съезда советов. Владыка обратился к молящимся: «Братья и сестры! X съезд советов постановил открыть мощи. Нами уже были поданы ходатайства перед властью об оставлении мощей, но, по-видимому, Господом Богом не приняты наши просьбы, и теперь нам надо подчиниться этому испытанию. Все-таки употребим последнюю нашу меру, попросим съезд советов не трогать наших святынь, и, может, Господь расположит их внять нашей просьбе». Епископ в белых ризах с богомольцами пошел к Успенскому собору, на крыльце которого еще раз обратился к народу и просил передать съезду просьбу верующих, но со стороны властей последовал отказ. После вмешательства милиции народ разошелся.