Однако начавшиеся работы были омрачены бедствием, по своему размаху сравнимо с моровой язвой. В воскресенье 3 августа 1679 г. в Хлынове случился страшный пожар, в результате которого, по словам составителя «Времянника», «церкви святые все, и монастыри оба, и весь посад сгорели без остатку» (1, С. 59). В считанные часы город превратился в пепелище. Однако ни преосвященный Иона, ни хлыновцы не отчаялись и со временем смогли возродить свой город, украсив его дивными каменными храмами.
В 1683 г. был завершён строительством и освящён Свято-Троицкий кафедральный собор; в обители прп. Трифона возведены храм Успения Божией Матери (1689) и Никольская надвратная церковь (1695); в женском монастыре храм Преображения Господня (1695) (1, С. 6065; 14, С. 213; 15, С. 474). При этом святитель Иона распорядился перенести Воскресенскую церковь из Кремля на посад с таким расчетом, чтобы возрожденные «господские» храмы в честь Богоявления, Преображения, Воскресения и Вознесения Господня располагались вокруг каменного Спасского собора, возведенного в 1690 г. на «торгу» главной городской площади. Так, чтобы жители могли видеть их на все четыре стороны. Подобно тому, как праведники в Царстве Небесном, куда бы они не обратили свой взор, везде будут видеть Лик Господа (25, С. 2030).
Всего по благословению преосвященного Ионы были возведены 22 церкви (26). Н. Е. Завойская приводит следующие данные: «Причт церквей Хлынова в 1678 г. составляли 62 священно-церковнослужителя. Штат архиерейского дома включал двух приказных, дьяка, двух стряпчих, 7 подьячих, 14 детей боярских, 7 певчих и 22 служебника. Дворы приказных и домовых людей епископа располагались на посаде. Первыми среди приказных названы родной брат архиерея Роман Алексеев сын Тухаринов и, судя по фамилии, родственник Феоктист Яковлев сын Тухаринов. Вятский архиерейский дом имел подворье в Москве неподалеку от Златоустовского монастыря (угол Мясницкой улицы и Златоустовского переулка)» (14, С. 215). Все это решительно изменило облик и саму жизнь столицы Вятского края, его городов и сел.
Другим важным деянием вятского святителя стало прославление прп. Трифона Вятского, святые мощи которого были обретены, при личном участии владыки Ионы, в ночь на 3 июня 1684 г. при возведении в Трифоновом монастыре нового Успенского храма. О том, с каким смирением и благоговением перед святыней совершилось это событие, свидетельствовал его современник, вятский летописец:
«И июня против 3 числа, в 1 часу ночи, преосвященный Иона архиепископ того монасыря с архимандритом Александром, от собора священники ключарь Михаил да Иоанн Семенов, крестовой церкви священник Трифон Болшей да ризничный Иосиф Маренин, потщащася об обретении преподобного отца Трифона чюдотворца, бывша архимандрита тоя обители. Труждахуся землю копающее своими руками, идее же бе часовня над гробом преподобнаго. И в третьем часу, в три четверти часа, Божиим благоволением, обретоша мощи преподобнаго отца Трифона, Вятцкаго чюдотворца И со псалмопением, со свещами и кандилы, пренесоша святые мощи в уготованную часовню, и по отпетии панихиды преосвященный архиепископ, со благоговейными отцы, в часовне втайне святые мощи свидетелствоваша, хвалу Трисвятому Богу со слезами воздающее: бяху же святые мощи изсохша в нетлении, ризы же его и схима невредимы, и на схиме подпись, яко на новой, преосвященный архиепископ прочитаху» (1, С. 6162).
Мощи прп. Трифона были переложены в новую гробницу, а спустя пять лет, по окончании строительства Успенского собора, перенесены в храм, где, под спудом, пребывают поныне. По благословению святителя Ионы была составлена новая редакция Жития прп. Трифона и написана первая икона «начальника вятского монашества», список с которой владыка Иона благоговейно хранил в своей келье.
Продолжая труды прп. Трифона, преосвященный Иона благословил создание ряда монашеских обителей, в том числе в местах явления чудотворных икон, что способствовало их более широкому почитанию. Причем не только на Вятке, но также за ее пределами. Среди них Шерьинская Богородичная пустынь в Нытвенском районе Пермского края (1675); Верхокуринский Архангельский монастырь, в котором хранился образ Михаила Архангела на камне, обретенный близ села Курино (1676); Обвинский Верх-Язвинский монастырь в Соликамском уезде, где пребывала местночтимая икона Успения Пресвятой Богородицы (1686). В Орлове издавна почитался образ Спаса Нерукотворного («Спас болотный»), найденный в шести верстах от города. В 1693 г. владыка Иона положил начало строительству монастыря в честь этого образа, выбрал под него место и стал первым вкладчиком в новую обитель. Еще один храм в честь Нерукотворного образа Спасителя он благословил построить в Троицкой пустыни в селе Ульянове современной Республики Коми последнем рубеже, которого достиг святитель Стефан Пермский в проповеди Христова Евангелия.
Среди обителей, основанных по благословению преосвященного Ионы: Котельничский Введенский девичий монастырь (1676), Кобрский (Закобрский) Введенский (1678), Пышакская Раифская пустынь (1691/92), Соликамский Преображенский женский (1687). При нем впервые упоминаются Оханная пустынь преп. Зосимы и Савватия Соловецких (1678), Кайгородский Спасский монастырь (1678), Сырьинская (Сырьянская) Сретенская пустынь (1678). При этом в новых монастырях святитель Иона стремился утвердить принципы общежительства, которые к тому времени были утрачены многими обителями.
Труды святителя Ионы по устроению монашеской жизни принесли добрые плоды. Одним из них стало появление целой чреды монахов-подвижников, среди которых архимандрит Александр, более трех десятков лет возглавлявший Трифонов монастырь; келарь того же монастыря Илья (Семакин), участвовавший в создании трех обителей; старец Игнатий, основавший в 1676 году Введенский монастырь на реке Кобре, которого высоко почитали современники. Не последнюю роль в этом оказал личный пример святителя Ионы, его высокий духовный настрой и безупречная жизнь (13, С. 7282; 26).
Сроднившись с Вятским краем, преосвященный Иона принял в свое сердце и его святыни и, особенно, Нерукотворный образ Спасителя, с которым ежегодно хлыновцы обходили свой город крестным ходом. Примечательно, что первый, по времени, из дошедших до нас документов владыки «Соборное изложение о праздновании пятой недели Великого поста от 13 марта 1675 г.», посвящен почитанию чудотворной иконы Хлыновского Спаса Нерукотворного образа Спасителя. Ознакомившись с этой традицией, святитель Иона велел хранить ее «братии нашей, впредь будущим архиереом, со освященным собором, со всеми православными христианы, по вся лета неотложно и непременно, в род и род» (3, С. 34).
Такую же заботу владыка проявлял и по отношению к Великорецкому образу святителя Николая, для которого, по благословению преосвященного Ионы, при Кафедральном соборе был устроен особый придел, а также создана новая редакция «Повести» о чудотворной иконе, которая благодаря своим «хождениям» в Москву получила известность далеко за пределами Вятской земли (27, С. 35).
За свои труды в апреле 1682 г. преосвященный Иона был возведен в сан архиепископа (14, С. 215; 28, С. 37). С. А. Шамин связал возведение Ионы в сан архиепископа с проектом неосуществленной епархиальной реформы 1681 г. царя Федора Алексеевича, согласно которому предполагалось создать на Вятке митрополичью кафедру и подчинить Вятскому архиерею две новых епархии: в Соли Камской и на Кунгуре. Однако Церковный Собор отверг это предложение, решив: «Вятскую епископию учинить архиепископиею» (15, С. 472473). Впрочем существует и другое предположение, будто царь Федор Алексеевич хотел перевести владыку Иону на Суздальскую митрополичью кафедру, однако святитель от этого назначения уклонился (24, С. 166).
Вятский святитель принимал активное участие в общецерковной жизни, имел духовное общение с подвижниками своего времени, в частности в числе 16 архиереев, участвовал в епископской хиротонии свт. Митрофана Воронежского и неизменно пользовался уважением столичных властей. Архиепископ Платон (Любарский) так писал об этом: «Милость государя и Святейшаго Патриарха по жизнь свою носил неизменно; почему часто от них призываем был в Москву как для соборных деяний, так и для согласия в некоторых церковных установлениях; оттуда возвращался всегда снабден царскою и патриаршею милостию, с различною для соборной своей церкви драгою утварью и данными по просьбам его для дому архиерейского, монастырей, церквей грамотами» (24, С. 166).
Между тем в самом Хлынове труды вятского архипастыря нередко натыкались на сопротивление местных воевод и земских старост, пытавшихся незаконно вмешиваться в дела архиерея и захватить часть церковных владений. Дошло до того, что в 1681 г. в Хлынове были убиты подьячий Архиерейского дома Василий Селиванов и келейник владыки Дмитрий Васильев, приехавший с владыкой из Тихвинского монастыря. Преступники были найдены и наказаны, но пять лет спустя, когда в Хлынов был назначен новый воевода стольник А. И. Леонтьев, делу был дан новый ход. Леонтьев по каким-то причинам невзлюбил архиерея, называл его «чернецом», перестал ходить в храм даже на «государски праздники» и, чтобы досадить владыке, обвинил в гибели келейника его племянника Никиту Тугаринова (14, С. 218219). Преосвященному Ионе пришлось искать защиты у царей Иоанна V и Петра I, которые решили этот конфликт в пользу Церкви и урезонили хлыновского воеводу, повелев ему «в духовность ни во что не вступатца». Причем не только на Вятке, но в других землях царский указ от 25 сентября предписывал разослать такие же грамоты в другие города «ево братье иным архиереом» (РГАДА. Ф. 233. Оп. 1. Д. 285. Л. 356 об.-357 об.).