Александровские гимназии вобрали в себя лучший опыт средних учебных заведений екатерининской эпохи. Здесь изучались необходимая для высшей школы латынь и новые европейские языки французский и немецкий, философия, российская и всеобщая история, география. Из кадетских корпусов в них перешли «изящные науки», к числу которых относилась и литература. Из главных народных училищ математика (алгебра, геометрия, тригонометрия), механика, гидравлика и другие разделы физики, «наиболее в общежитии нужные». В программу гимназий вошли также начала весьма модной в те годы политической экономии, познаниями в которой могли блеснуть не только пушкинский Онегин, но и многие его сверстники, а также статистика всеобщая и Российского государства. Создавались библиотеки, кабинеты учебных и наглядных пособий.
При гимназиях могли открываться специальные классы и курсы: коммерческие, сельскохозяйственные, межевые, лесные и прочие. Здесь же организовывалось приготовление к учительской должности желающих быть учителями в уездных, приходских и других училищах. Известно, например, что в 1804 г. при Смоленской гимназии был открыт коммерческий класс, где в качестве дополнительных предметов изучались коммерческая география, гражданская архитектура, купеческая выкладка, бухгалтерия на российском и немецком языках, сочинение купеческих писем и коммерческие сведения с разделением дел на банкирские, собственные и комиссионерские, английский язык. В том же году при Херсонской гимназии были открыты мореходные классы. В 1807 г. была открыта школа землемеров при Волынской гимназии, готовившая квалифицированных межевщиков и землемеров.
Основной гимназический курс состоял из четырех классов при 30-часовой учебной неделе. Он являлся логическим продолжением учебного курса уездных училищ. Подобно гимназиям уездные училища также выполняли двойную функцию: они готовили своих воспитанников как к продолжению образования на гимназическом уровне, так и к практической жизни. Для этого уездные училища должны были «открыть детям различного состояния необходимые познания. Сообразно состоянию их и промышленности». При двухгодичном курсе обучения в уездных училищах изучались Закон Божий, священная история, книга «О должностях человека и гражданина», грамматика, чистописание, всеобщая и отечественная география и история, арифметика и геометрия, физика и естественная история (биология), рисование, начальные правила технологии, «имеющие отношение к местному положению промышленности».
Начальным звеном отечественной системы образования являлись приходскиеучилища, которые могли учреждаться в губернских и уездных городах и в селениях при каждом церковном приходе. По аналогии с другими звеньями новой системы образования приходские училища предназначались как для подготовки детей к продолжению образования в уездных училищах «если родители пожелают, чтобы дети их продолжали в оных учение», так и для того, «чтобы доставить детям земледельческого и других состояний сведения, им приличные, сделать их в физических и нравственных отношениях лучшими, дать им точные понятия о явлениях природы и истребить в них суеверия и предрассудки, действия коих столь вредны их благополучию, здоровью и состоянию».
В приходских училищах дети обучались чтению, письму, первым действиям арифметики, главным началам Закона Божия и нравоучения, читали с объяснением книгу «Краткое наставление о сельском домоводстве, произведении природы, сложении человеческого тела и вообще о средствах к предохранению здоровья». Обучение в приходских училищах начиналось «от окончания полевых работ» и продолжалось «до начала оных в следующем году».
Из всех элементов новой системы образования приходские училища, ориентированные практически лишь на нужды крестьянского сословия, оказались в самом невыгодном положении. Государство не взяло на свой счет их содержание и не приняло мер к обеспечению их необходимым учительским персоналом. Приходские училища в казенных селениях «вверялись» местному духовенству при содействии почетнейших граждан (то есть местных меценатов). В помещичьих селениях организация приходских училищ «предоставлялась просвещенной и благонамеренной попечительности самих помещиков». Эти обстоятельства лишали приходские училища, являвшиеся фактически фундаментом всей системы общегражданского образования в стране, необходимой устойчивости и надежности.
Ряд разделов «Устава учебных заведений, подведомственных университетам» был посвящен другим типам учебных заведений. Не исключалась возможность существования в стране частных пансионов и «училищ, под особым названием устроенных». Желающий завести у себя пансион наряду с прошением на имя директора местной гимназии, в ведении которого находились все училища и пансионы в губернском городе, а также прочие уездные, приходские и другие училища в губернии, должен был представить необходимые для этого свидетельства и «обстоятельный план, какие науки он в училище своем завести намерен, кто таковы те, кои в оном обучать будут, имеют ли они надлежащие свидетельства о тех занятиях, коим других учить хотят, равно как и о способе учебном».
В числе неукоснительных правил, касавшихся частных учебных заведений, было обязательное изучение русского языка и обучение Закону Божию «не иначе, как по исповеданию той веры, к которой дети принадлежат». «Более всего, отмечалось в Уставе, препоручается содержателям и учителям, дабы они в питомцах и учениках своих старались поселять правила благонравия, подавая им в том пример, и потому быть им при них неотлучно, и удалять от них все, что может быть поводом к соблазну; беседовать с ними о вещах полезных и поучительных; внушать страх божий, заставляя их ходить в церковь в праздничные дни и молиться, вставая и ложась спать, перед начатием и окончанием учения, перед столом и после стола. Стараться также доставлять им невинные увеселения, когда есть к тому добрые случаи, обращая оные им в награждение и отдавая всегда преимущество прилежнейшим и благонравнейшим».
Содержатели пансионов были обязаны также воздерживать своих воспитанников от всякой неги, приучать их к бодрости, умеренности и трудолюбию, укрепляющему тело, заставлять их вставать с постели в 6 часов, а ложиться спать не позднее 10 часов. Пансионы могли учреждаться исключительно для детей одного пола, «чтобы никогда не воспитывались дети обоего пола вместе».
Особый статус в рассматриваемую эпоху приобретают в России университеты. Они становятся организующим центром новой системы образования, средоточием передовой науки, распространителями научного знания в российских столицах и провинции. К началу царствования Александра I в России действовали всего три университета в Москве, Вильне и Дерпте. Поскольку общая структура руководства народным просвещением предполагала создание шести учебных округов под началом университетов, в стране предстояло создать в ближайшее время как минимум еще три университета. Местами для их учреждения были избраны Петербург, Казань и Харьков. Дальнейшее расширение университетской сети предполагалось осуществить за счет открытия университетов в Киеве, Тобольске, Устюге Великом и других российских городах «по мере способов, какие найдены будут к тому удобными».
Высочайше утвержденный в 1804 г. «Устав университетов» фактически вводил в России систему автономных университетов с выборными (на один год) ректором и деканами, с выборным инспектором, с правлением из выборных лиц, к которым присоединялся назначенный попечителем учебного округа «непременный заседатель», наблюдавший за соблюдением порядка и сохранением закона, с советом, в состав которого входили ординарные и заслуженные профессора.
Университетским советам давалось при этом право выбирать профессоров, утверждать составляемые факультетами планы преподавания и расписание экзаменов. Факультеты, состоявшие из профессоров и адъюнктов, экзаменовали претендентов на ученые степени кандидата, магистра и доктора. Попечители учебных округов, на которые делилось образовательное пространство Российской империи, являлись одновременно членами главного правления и ежегодно должны были визитировать вверенные им учебные округа. Все остальное время они должны были находиться в Петербурге, так что фактически во главе учебного округа стоял университет.
Новая для России система образования как бы сливала университеты с организацией средней школы, превращала их в своеобразный рассадник для подготовки педагогического персонала гимназий и других учебных заведений. В этих целях при каждом университете должен был действовать педагогический институт для подготовки учителей и училищный комитет, осуществлявший управление гимназиями, уездными и приходскими училищами.