При объединенном министерстве зарождается и крепнет новое охранительно-идеологическое учреждение Ученый комитет, снискавшее себе вскоре печальную известность гонителя свободомыслия. Инструкция, данная правительством Ученому комитету, возлагает на него важную идеологическую миссию: направлять народное воспитание посредством учебных книг к «постоянному и спасительному согласию между верою, ведением и властью». Комитету вменяется в обязанность пересматривать все «стихийные книги» и «отметать» в них все то, что ему покажется «произвольным умствованием, несовместимым с повиновением верховной и духовной власти», как, например, теория естественного права или учение о происхождении верховной власти не от Бога. В естественных науках комитет обязывается устранять все «суетные догадки о происхождении и переворотах земного шара». Даже по отношению к медицинским книгам он должен наблюдать, чтобы в них не вкралось учение, «низвергающее духовный сан человека».
Состав этого «питомника просвещенных борцов против просвещения» вполне соответствовал его назначению. В комитет вошли, например, такие представители дворянской реакции как прусский выходец граф И. С. Лаваль и сын молдавского правителя, чиновник Министерства иностранных дел камер-юнкер А. С. Струдза, названный Пушкиным в одной из эпиграмм «холопом венчанного солдата».
Важным средством борьбы дворянских реакционеров против французской рационалистической философии и «пагубной системы энциклопедического образования» стала практическая реализация в масштабах империи начатого С. С. Уваровым еще в 1811 г. на базе Петербургской гимназии эксперимента по преобразованию гимназического курса на началах классицизма. Подвергая ревизии поставленные Уставом 1804 г. перед гимназическим образованием задачи, С. С. Уваров утверждал, что целью гимназии должна быть исключительно подготовка к университету. Подобная постановка вопроса не только значительно сужала образовательные задачи гимназии, но и вела к усилению сословности в области среднего образования. Перекраивая гимназический курс, С. С. Уваров под предлогом многопредметности предлагал исключить из него политическую экономию, коммерческие науки, финансы, эстетику, философскую грамматику, вдвое сократить курс естественных наук и технологии. Вместо этого в учебный план вводились ранее отсутствовавшие в нем Закон Божий и греческий язык. С 1819 г. по этому принципу начали постепенно перестраиваться все действовавшие в стране гимназии.
В том же 1819 г. была введена плата за обучение. Эта мера коснулась не только гимназий, но и уездных и даже приходских училищ, что значительно затруднило доступ во многие из них для детей податных сословий. Размер платы за обучение определялся «местными обстоятельствами». Формальным поводом к этому явилась нехватка правительственных средств на жалование учителям, что вызывало большую текучесть педагогических кадров.
Смена образовательной парадигмы сопровождалась ревностным гонением не только на французскую, но и на всю европейскую науку, в том числе на философию Канта, Фихте и Шеллинга, в которой усматривалось обоснование «разрушительных начал», вытеснением с преподавательских кафедр и жестоким преследованием гуманистов-просветителей, среди которых, как отмечалось выше, были и некоторые профессора Царскосельского лицея.
В 1816 г. был выдворен за границу «за приверженность философской системе Шеллинга» один из лучших профессоров Харьковского университета И.Б.Шад. Обвинялся в безбожии и терпел гонения профессор И. Т. Буле, учитель А. С. Грибоедова.
Новый импульс гонения на передовую науку и общественную мысль получили в связи с решениями состоявшейся в 1819 г. в Карлсбаде конференции немецких государств, обсудившей меры борьбы с революционным движением и принявшей резолюцию о введении строгой цензуры и чрезвычайных мер по отношению к учебным заведениям. Участвовавший в работе конференции как представитель России Струдза составил записку о современном положении в Германии, в которой отметил особенно негативную роль германских университетов в возбуждении общественного порядка в Европе. Струдза писал, что университетская молодежь, отвергая спасительную власть закона, предается всякого рода крайностям. Профессора медицины думают своим анатомическим ножом проникнуть в святилище души. Профессора-юристы проповедуют право сильного. Для оздоровления университетов автор признавал необходимым уничтожить все привилегии, присвоенные университетам еще в эпоху Средних веков, подчинить студентов городской полиции, ввести твердый учебный план с устранением права студентов делать выбор преподаваемых наук, ликвидировать права университетских советов выбирать профессоров и преподавателей на вакантные должности.
В соответствии с духом и буквой договора о «Священном союзе» российские ревнители монархического просвещения не только активно поддержали карлсбадскую резолюцию, но и незамедлительно приступили к ее практической реализации. Особое усердие при этом было проявлено попечителем Казанского учебного округа М. Л. Магницким и попечителем Петербургского учебного округа Д. П. Руничем.
Личность Магницкого зеркальное отражение противоречий александровской эпохи. Сотрудник М. М. Сперанского в комиссии по составлению законов и в Государственной канцелярии, проведший вместе с ним в опале несколько лет, заняв пост самарского гражданского губернатора, а затем члена Главного правления училищ, он с завидным усердием воспринял новые ультраконсервативные веяния и включился в работу по их практической реализации. Назначенный в 1819 г. ревизором Казанского университета Магницкий по итогам этой ревизии обратился к императору с кощунственным проектом уничтожения этого «рассадника неверия» «в виде публичного его разрушения». Неся явный бред, ретивый обскурант полагал, что «столь решительный акт, без всякого сомнения, заставит все европейские правительства обратить особое их внимание на их систему учебного просвещения, которая, сбросив покрывало философии, стоит уже посреди Европы с поднятым кинжалом».
Совершить столь безумный поступок император, конечно же, не решился. Однако же он не встал и на защиту университета, назначив Магницкого попечителем Казанского учебного округа и директором университета и предоставив ему полную свободу действий по реорганизации учебного заведения. Почти семилетнее правление Магницкого, как показали материалы правительственной проверки 1826 г, привело Казанский университет в полнейшее запустение, нанесло ему непоправимый моральный и материальный ущерб. Искореняя вольнодумство и «основывая преподавание всех наук на благочестии», Магницкий уволил из университета 11 лучших профессоров, оставшиеся же профессора всех факультетов и кафедр, не исключая медицинских, были обязаны проповедовать преимущества Священного Писания над наукой и усердно бороться против «всеразрушающего вольнодумства». Жизнь университетских студентов была подчинена строжайшим правилам монастырской дисциплины и наполнена, согласно рапортам самого Магницкого, «упражнениями в благочестии».
Не менее знаковой фигурой оказался и другой «урядник благочестия», как называл подобных людей Радищев, попечитель Петербургского учебного округа Рунич. Он во всем следовал за Магницким и самозабвенно фабриковал скандальные дела против известных петербургских педагогов и ученых. Так, основанием для обвинения в пропаганде идей, противных «началам христианским и монархическим», профессора К. Ф. Германа послужило то, что в своих записках к лекциям он доказывал вред чрезмерного выпуска ассигнаций, давал положительную оценку представительному правлению, при котором «каждый вольный житель повинуется закону по своему на оный согласию и в полном смысле слова может сказать: я человек». Преподаватель естественного права М. Г. Плисов был уволен по доносу Рунича министру, в котором говорилось: «Хотя в тетрадках Плисова не найдено ничего предосудительного, но это самое и доказывает, что он человек вредный, ибо при устном преподавании мог прибавлять, что ему вздумается».
Петербургские профессора К. И. Арсеньев, Э. В. Раупах и А. И. Галич были обвинены в том, что «философские науки преподают в университете в духе, противном христианству, и в умах студентов вкореняют идеи, разрушительные для общественного порядка и благосостояния».
Государственная карьера идейных борцов с вольнодумством оказалась, к счастью для российского просвещения, непродолжительной. Дорвавшись до власти и денег, и Магницкий, и Рунич запятнали себя финансовыми злоупотреблениями и были с позором отрешены от всех занимаемых должностей. Однако реакция с их уходом не прекратилась. На смену старым «моралистам» приходили новые ревнители благочестия, во многом повторяя «тернистый путь» своих предшественников. Чего стоило, например, последовавшее в 1830 г. решение попечителя Харьковского учебного округа назначить руководителем кафедры философии Харьковского университета частного пристава.
Наряду с высшей школой в период реакции пострадали и низшие звенья системы образования. Разосланное в 1819 г. в учебные заведения страны циркулярное предложение Главного правления училищ о предметах преподавания в гимназиях, уездных и приходских училищах, обращало особое внимание учебной администрации на религиозно-нравственное обучение и воспитание детей и юношества. Именно на основании этого документа была подвергнута запрету столь популярная с екатерининских времен и выдержавшая 11 изданий книга «О должностях человека и гражданина». Ее было приказано изъять из школьных библиотек и продать по 50 копеек за пуд бумажному фабриканту «с тем, чтобы никому оных не раздавать, а употреблять единственно на бумажную мельницу». Место книги «О должностях человека и гражданина» в учебном процессе занял «Сокращенный катехизис» митрополита Филарета.