В Україні ж війна різко змінила ситуацію, подібну до російської, яка існувала тут до 1648 року. Крупної земельної власності майже не залишилося, бо магнати в переважній кількості поляки вимушені були залишити територію Гетьманщини. Вигнані були і багато володарів менших за площею земель польські шляхтичі. На звільнених таким чином землях розвивалося вже господарство селян і козаків, які не збиралися віддавати те, що було завойоване шаблею. Найбільш великими господарствами володіли тепер православні монастирі. Держава, хоча й мала формальний статус володаря усіх українських земель, не могла в особі своїх урядовців занадто швидко перейти до переділу території на користь старшини. Чимале значення для населення України мало і позбавлення кріпацького стану, що прийшло до багатьох місцевих хліборобів. Навіть маючи належні універсали від гетьмана на розпорядження людьми, що мешкали на їх землях, представники козацької старшини побоювалися застосовувати до них позаекономічний примус і вважали за краще вдаватися до вільного найму робітників. Ці розбіжності в земельному та соціальному питанні вже становили перешкоди для повної інтеграції України в Московську державу.
Вкажемо і на протиріччя в цілях, які мали перед собою лідери двох держав. Москва давно вже задекларувала свої претензії не тільки на «давньокиївську» спадщину, але й на роль нової православної імперії замість загиблої Візантії. «Збирання руських земель» почали московські князі ще монгольської епохи і успіхи, що мала їх столиця у справі визволення від татарського іга і подальшої централізації держави дозволяли царському урядові не відмовлятися від цієї ідеї і в XVII столітті. Свою думку з цього приводу мали вожді національної української війни. Вони також зверталися до державницьких традицій Київської Русі. Про що, наприклад, може говорити такий титул Хмельницького, як «Єдиновладець і самодержець руський»? Або його відверте бажання приєднати до трьох основних воєводств Київського, Брацлавського і Чернігівського ще й західноукраїнські і білоруські землі? Але ж якась з держав повинна була перемогти в змаганні за право називатися спадкоємницею Давньої Русі.
Нарешті, дуже різнилися політичні устрої та традиції України і Росії. Государі Московської держави зробили все для того, щоб встановити міцну одноосібну владу абсолютистського типу. Навіть високі чини називали себе холопами царя, іноземці повідомляли, що влада государя над своїми підлеглими переважає владу будь-якого монарха Європи. Чи була в змозі верхівка Московії погодитися на перебування в державі автономної одиниці, до якої прагнули представники козацької старшини? Чи могла поряд з уніфікованою політичною системою Росії існувати хоча б напівдержава, у якій діяли свої судові правила, свій соціальний і політичний устрій? Тим більш такий, який мала Гетьманщина, що виросла на традиціях козацької демократії з виборністю старшини і гетьмана і волею значної кількості населення.
Протиріччя в баченні статусу України між козаками і царем виявилися ще на початку сумісної кампанії проти Речі Посполитої. Накази, що надходили до Чигирина від Олексія Романова, чітко показували його відношення до Хмельницького як до підлеглого. Тривогу викликали у російського уряду і дії полковника Івана Золотаренка, який воював тут в союзі з московітами. Білорусів приваблював державний і соціальний устрій України, багато хто переходив з полків білоруських шляхтичів до українських частин. На місцях на заклик козацького лідера поширювалися антифеодальні виступи селян, що силою здобували собі волю. Дехто з білоруської шляхти вже складали присягу на вірність Богдану Хмельницькому. Але ж це ніяк не влаштовувало кріпацьку Московію. Російське командування неодноразово вимагало від І. Золотаренка прискорити свої суто військові дії, що позбавило б його можливості проводити на визволених від литовців та поляків землях реформи на кшталт України. Але він продовжував виконувати стратегічний план свого керівництва, поширюючи сферу впливу гетьмана. В деяких відозвах його людей до місцевого населення говорилось навіть, що треба визнати владу Війська Запорозького, щоб «не дай Бог, не захотіла Москва своїх звичаїв і свого права», що примусить білорусів «тішитися тими ж статтями і правами, які його царська величність призволив і дав нашій Україні з паном гетьманом». Такі ж само проблеми виникали стосовно західноукраїнських земель, по яких проходили і українські і московські війська. Останні жорстоко поводилися з місцевим населенням, що намагався заборонити Хмельницький. Головне ж було те, що Бутурлін мав наказ Москви приводити до присяги цареві мешканців західних міст, а Хмельницький намагався поставити їх під свою владу. Гострі суперечки між полководцями мали місце під Львовом, який гетьман обстрілювати не хотів, а Бутурлін, навпаки, домагався штурму міста. Тим не менш, Іван Виговський на переговорах зі львівським магістратом говорив: «Доки козацька шабля зайшла, доти також мусить бути й козацьке панування». Слід думати, що така концепція не дуже влаштовувала московських поки ще союзників Війська Запорозького. Потім необхідність виводу військ зі Східної Галичини Хмельницький обґрунтовував небажанням «допустити до фортець московські гарнізони».
Того ж часу виявилися проблеми і з виконанням того пункту Березневих статей, де йшлося про кількість козацького реєстру. В нього передбачалося занесення 60 тисяч чоловік, але царський посланець почув від гетьмана, що складати такий реєстр в умовах війни неможливо. Хмельницький наполягав на тому, що зараз по факту козаками вважає себе значно більша кількість українців.
Ще одним чинником посилення українсько-російської напруги стала проблема Слобожанщини. Туди під час останніх війн на території України потрапило чимало козаків і селян, які або не хотіли перебувати в розорених землях, або не були згідні з політикою гетьмана Хмельницького (не треба думати, що цей видатний лідер впливав на українців лише вмовляннями). Гетьман нарікав московітам, що вони вкривають у себе цих біженців, але це не завадило царському уряду продовжувати заохочувати переселенців, звільняючи їх від податків і закріплюючи їх права на слобожанські землі. Проте, тут недоброзичливість була з обох боків. Москва теж мала повне право бути невдоволеною перебуванням в Україні багатьох втікачів з Росії колишніх кріпаків. Військо Запорозьке не мало традиції видавати таких людей, бо й само було значною мірою складено з селян, що шукали волі.
Ми вже говорили про те, як український уряд не звернув увагу на вимогу Москви узгоджувати з нею зовнішню політику. Джерела свідчать, що ще до Віленського перемиря Чигирин мав відносини, наприклад, зі Швецією. Царські урядовці були проти цих стосунків, але Богдан Хмельницький поясняв, що цей союз необхідний і Росії, і намагався підтримувати дружні відносини з далекою північною державою. Тоді московіти затримали послів, що були відправлені з України до Швеції. Згодом виникла ще одна проблема. В 1655 році гетьманський уряд вів переговори з посланцем від Польщі до речі, родичем Івана Виговського Федором Виговським. Незважаючи на явне порушення Березневих статей, тоді Москва не наважилася відкрито виступити проти цих переговорів. Влітку 1655 року гетьман вів самостійні і таємні переговори з представниками придунайських князівств. Нарешті, вже згадувалося, наскільки різними були позиції Росії і України до можливості продовження бойових дій в Польщі пліч-о-пліч зі шведами. В 1656 році Москва вийшла з війни з Річчю Посполитою, не порадившись з гетьманом. Зі свого боку Хмельницький увійшов в антипольську коаліцію, одна з держав якої (а саме Швеція) перебувала у стані війни з Москвою.
Таким чином, можна говорити про те, що Івану Ви-говському досталася вже непроста спадщина українсько-російських відносин. Маса суперечок мала місце ще при Б. Хмельницькому, а ще більше обіцяло початися завдяки глибинним протиріччям в основах внутрішньої політики, в зовнішньополітичних інтересах, державницьких доктринах України і Московії.
Вже влітку 1657 року складаються дуже гострі відносини стосовно прав, що мали щодо свого населення гетьманський уряд і вся козацька верхівка. Намагаючись реалізувати на практиці свою владу щодо міст і сіл України, представники старшини наштовхнулися на опір міщан і селян. Деякі пересічні українці і рядові козаки побачили можливість уникати податків і обовязків, що на них накладали нові господарі заможні та владні старшини за допомогою московського царя, який охоче приймав такі скарги. Царський уряд почав видавати привілеї та пільги через голову гетьмана. Від деяких податків і зобовязань був звільнений Київ, аналогічні грамоти з Москви одержали Переяслав і Ніжин. Це було пряме втручання в українські справи і не відповідало Березневим статтям. Справжній ан-тигетьманський і антистаршинський осередок формується на Запорожжі. Низове козацтво було дуже незадоволене збагаченням купки вищих чинів і було готове виступити проти них із зброєю в руках.
Дійшло до відкритого конфлікту з Москвою в Білорусії. Вище була описана ситуація, коли звільнені білоруські землі полковник Золотаренко намагався покозачити і привести до присяги гетьману. Тепер там стояли війська іншого козацького полковника І. Нечая. Мету свою він бачив так само в інтеграції цих територій до України. Але росіяни вважали білоруські землі своїм трофеєм. Московське військо, що вже не воювало проти поляків, повернулося проти козаків і почало насильно виганяти їх загони з білоруських повітів.
Обранням Івана Виговського гетьманом замість Юрія Хмельницького Москва була дуже незадоволена. По-перше, там, судячи з всього, хотіли бачити з булавою людину менш впливову і сильну, а по-друге вважали неприпустимим проведення таких виборів без присутності своїх представників. Тому в вересні московський уряд звертається до Виговського не як до гетьмана, а як до генерального писаря, ставлячи під сумнів його легітимність. В тому ж місяці на Лівобережжі зявляється військо воєводи Г. Ромо-дановського, що стає в Переяславі та Пирятині. Мету свого прибуття московіти не оголошували, але доходи з оренд, що раніше йшли з цих місць в розпорядження старшини, тепер йшли на утримання російських військ.