И вот матушка Алипия оказалась в камере, откуда каждую ночь выводили на расстрелы. Как она рассказывала впоследствии, с ней в камере остался священник с сыном, который совершил по узникам панихиду. Но благодаря небесной помощи святого апостола Петра матушка
Алипия неожиданно получила освобождение. Оказавшись на скалистом берегу, ей пришлось двенадцать дней переходить через горы, чтобы выбраться из скалистой местности к какому-нибудь селению. В память об этом сохранились многочисленные шрамы на ее теле.
Нелегкой была жизнь беглеца ни документов, ни средств к существованию, ни жилья, а о прописке не было и речи. Но Господь устраивал ее жизнь незаметной для преследователей. Освобождение она получила приблизительно в 1939 году.
Вскоре грянула Великая Отечественная война. Ссылаясь на рассказы Матушки, она провела некоторое время в концлагере, в котором не изменила свое душевное устроение, помогая страдающим, молясь о них. Благодаря
прозорливости и дарам духовным, ей удавалось устраивать побег многим соузникам. Вскоре Господь устроил побег и ей. Пробираясь сквозь оккупированную территорию и линию фронта, она некоторое время жила в деревне Капитановка по Житомирской дороге недалеко от Киева. Там она остановилась в одной многодетной семье.
Также известен случай, когда матушка Алипия остановилась на ночлег в одном селении. Всю ночь подвижница даже не прилегла на постланную для нее постель, а простояла на коленях до утра в молитве, верная неизменному правилу никогда не спать ночью и не давать телу отдыха.
Рассказывала Матушка также о своем путешествии к мощам святителя Феодосия Черниговского, мощи
которого были возвращены в Свято-Троицкий собор Чернигова во время войны. Шла Матушка пешком, не останавливаясь в селениях, а ночуя в лесах и полях. После поклонения мощам особо почитаемого ею святителя, Матушка попросилась на ночлег в дом церковного старосты. Он ответил отказом, но она, понуждаемая Духом Святым, пошла за ним, зная, что Господь послал ее в этот дом не случайно.
По дороге старосту встретила плачущая жена. В отчаянии она сообщила старосте, что от угара на печи умерла их дочь. Отец, а за ним и матушка Алипия, побежали в дом. Удрученные родители теперь уже не препятствовали, чтобы странница вошла. Она незаметно достала флягу со святой водой, которую она назвала иносказательно «живая», окропила девочку и влила ей в рот воды. Девочка ожила, а старица незаметно скрылась.
Еще одно событие произошло в Белоруссии после войны. На рынке одного города матушка Алипия встретила толпу людей, которые окружили плачущую семью. Они привезли продать в голодное время домашнее животное свинью. Это была их единственная возможность выжить. Но животное было таким слабым, что казалось, вот-вот околеет. В тот момент, когда свинья начала синеть, сквозь толпу пробралась матушка Алипия, которая живо откликнулась на несчастие людей. Втайне молясь Богу, она достала обычный деготь и дала животному. Свинья тут же ожила, а люди хватились где же их спасительница? Но она уже скрылась в толпе. Когда ее все-таки догнали и стали расспрашивать о лекарстве, она сказала, что они обознались.
Во время войны открывается Киево-Печерская Лавра, куда и приходит матушка Алипия в поисках духовного пристанища для ищущей Господа души. Сюда в то время стекался народ из разных уголков страны, в основном из России. Священство Лавры отличалось высокой духовностью, это были священники, прошедшие испытания в лагерях и ссылках. Здесь в то время жили великие прозорливые старцы, умудренные в духовной жизни: преподобный Кукша Одесский (Величко), проповеди которого доводилось слушать матушке Алипии, также высокодуховным человеком, опытным наставником и руководителем был наместник Лавры архимандрит Кронид (Сакун), который стал духовным отцом Агафии и совершил над ней постриг в монашество с именем Алипия (в честь преподобного Алипия Печерского). После смерти архимандрита Кронида в 1954 году Матушка духовно окормлялась у другого светильника схимонаха Дамиана (Корнейчука). Это был великий прозорливый старец, бывший келейник преподобного Ионы, особо близкий к святому.
Матушка всегда трудилась при храме на послушаниях, мыла, убирала, всегда была на службе. Известно, что в это время она подвизалась в дупле старой липы недалеко от колодца преподобного Феодосия Печерского. Подвиг этот она держала в тайне. Архимандрит Кронид благословил ее, и, совершая его по ночам, Матушка днем продолжала труды в храме. При этом она всегда была аккуратно и чисто одета и ничем не отличалась от прочих трудников. Дерево, в тесноте которого молилась матушка Алипия, не сохранилось до наших дней.
Устроиться в монастыре было очень трудно, потому что богоборческая власть не давала прописки. Прибывших женщин часто отправляли в другие женские монастыри, которые могли принять желающих. Матушка Алипия никуда не просилась, и оставалась при Лавре. Одевалась она как все, в монашеской одежде не ходила. В то время был очень распространен тайный постриг, потому что монастыри были закрыты, в открытые устроиться было нелегко, а если и удавалось, то надзор властей все равно был. Многим приходилось оставаться в миру. Находясь в Лавре в окружении таких великих старцев, матушка Алипия всем сердцем впитывала их пример и наставления. Так преподобный Кукша учил постриженных ничего не делать напоказ, ничего не делать открыто, молиться непрестанно и тайно, учил все терпеть и смиряться, одеваться, ничем не отличаясь от мирских людей. Это была школа, уроки которой матушка Алипия сохранила до конца жизни. Путь к святости тернистый, и только те, кто пройдет его в глубоком смирении, получат покой от Господа и прославление.
Она никогда ничего не делала напоказ, никогда не превозносилась, не показывала своих духовных даров, скрывала добродетели, сама стремилась к поношениям, покорно терпела клевету. Все держала в тайне и пребывала в молчании.
После смерти ахримандрита Кронида духовное окормление матушка Алипия обретает у другого лаврского старца схимонаха Дамиана, который обладал многими духовными дарами. Он благословил ей другое послушание, которое матушка Алипия некоторое время исполняла жить в коридоре помещения, в котором находились келии лаврских старцев. Это была школа смирения, терпения, бдения и молитвы, пройдя которую, матушка Алипия духовно окрепла в невидимой брани с духами злобы поднебесной.
После закрытия Киево-Печерской Лавры для старицы вновь начались годы скитаний, которые она проводила в еще более строгих подвигах. Ее принимали, но блаженная не искала удобной жизни, а останавливалась в подвалах с крысами, в холоде и в голоде. Человеку, который прошел годы испытаний и небывалых подвигов, эти новые испытания принесли еще большее укрепление в добровольном несении монашеского креста.
Приобученная к постоянному духовному деланию и тяжелому труду, матушка Алипия много работала: на поденной работе, строительных работах. При этом, оставалась верна правилу никогда не спала, молясь непрестанной горячей молитвой к Богу. Ее многотрудное тело никогда не знало покоя ни днем, ни ночью. Ни в сравнительно молодые годы, ни в старости она не спала на ложе.
После закрытия Лавры в 1961 году, матушка Алипия стала прихожанкой храма Вознесения на Демиевке. Этот район в советские времена назывался Сталинка. Действующих храмов и монастырей в Киеве было совсем немного, и храм Вознесения был широко известен в Киеве. Многие монашествующие были прихожанами этого храма. Матушка Алипия выделялась из числа прихожан: и тем дерзновением, с которым она обращалась к Богу, и своим духовным обликом. Конечно же, не могла скрыться и ее необычайная прозорливость.
Уже тогда Матушка избрала другой тяжелейший подвиг юродство во Христе. Это самый трудный подвиг, так как человек приносит в жертву Богу все свое существо, свой разум, вызывая этим самым насмешки и унижение со стороны окружающих. Поступки юродивого, кажущиеся вызывающими или нелепыми, в самом деле имеют глубокий смысл, который откроется позже. Прозорливыми очами юродивый зрит духовные тайны, облекая их в символы и знаки.
Прихожане Вознесенской церкви всегда видели матушку Алипию во время богослужения, место ее было у иконы святых апостолов Петра и Павла. После службы она часто молилась по нескольку часов в храме у икон, или на коленях перед солеей, или за алтарем во дворе храма.
Матушка не допускала неблагоговейного отношения к храму со стороны прихожан и певчих. Если кто-либо разговаривал на службе, она молча подходила, смотрела в глаза, показывая этим, чтобы разговоры прекратились. Если ей не внимали, она могла легко стукнуть об пол палкой.
Когда настоятелем храма Вознесения был назначен протоиерей Николай Фадеев, очень почитавший матушку Алипию и считавший ее великой рабой Божией, блаженная старица встретила его с хлебом. Батюшка благоговейно поцеловал его, но Матушка догнала его со словами: «Подожди», взяла снова хлеб и разломала его пополам. Батюшка понял, что в храме Вознесения он долго не прослужит. Так и вышло через три месяца его перевели во Владимирский собор. Но и там батюшка не забывал старицу и посылал к ней за советом духовных чад.