Когда по его молитве начали совершаться чудеса, праведный Иоанн воспринял это не как повод для гордости, а как новый тяжелый крест служения. «Я исповедовал пред Господом свое ничтожество и греховность и просил болящим исцеления. И Господь посылал милость Свою. Из этих случаев я прямо уже усмотрел волю Божию, новое себе послушание от Бога молиться за тех, кто будет этого просить», говорил он. Это послушание легло на плечи праведного Иоанна грузом множества людских болезней толпы жаждущих исцеления лишали его отдыха и сна. В горчичном зерне (Мф. 17, 20) своей крепкой веры Кронштадтский чудотворец не видел ничего особенного, считая, что быть услышанным Господом способен каждый христианин: «На молитве всегда твердо верь и помни, что каждая мысль твоя и каждое слово твое могут быть делом. Все силы и чудеса совершает Дух Святой. Тем же Духом подаются иному силы, другому действия сил. Ты только говори с верою, совершение слова не твоя забота, а Духа Святого».
Слепые прозревали, как только праведный Иоанн промывал им глаза святой водой. Он осенял страждущих крестным знамением и вставали на ноги паралитики, обретали здравый рассудок буйнопомешанные. К нему шли телеграммы с просьбами о помощи, и, когда святой Иоанн становился на молитву, за тысячи километров от него возвращались к жизни умирающие.
Громкая слава его деяний распространялась среди богатых, вельможных, власть имущих. Блестящий молодой юнкер ради «дворянской чести» прострелил себе грудь и был спасен молитвою Кронштадтского праведника. Красавица из придворных кругов княгиня Юсупова умирала от заражения крови и выздоровела после совершённого святым Иоанном молебна: свидетель чуда знаменитый профессор Боткин заплакал и сказал: «Уж это не мы сделали». Кронштадтский пастырь провожал в последний путь императора Александра III Миротворца (18451894): держал руку на голове царя, тем смягчая его предсмертные мучения.
Потрясавшие «культурный» мир свидетельства о его чудесах насчитывались сотнями, оставшиеся неведомыми миру десятками тысяч. Прославленный Кронштадтский пастырь с одинаковой любовью по первому зову спешил и во дворец вельможи, и в лачугу бедняка помочь страдающему человеку. «Будь благопослушен сердцем, словом и делом во всякое время на служение другим», призывал он и сам оставался неизменно верен этому завету. Для себя праведный Иоанн не искал ничего. Через его руки проходили миллионы рублей, жертвуемые облагодетельствованными им богачами, он передавал эти деньги на нужды Церкви или помогал обездоленным. После кончины праведника обнаружилось, что все его земное достояние книги и рукописи.
Очевидцы рассказывают, как протекали земные дни Кронштадтского пастыря: «День свой батюшка начинал чтением канона дневному святому за утреней. Литургию он служил ежедневно. За проскомидией приносили большую корзину с просфорами. Сослужившее духовенство подавало ему просфоры, он быстро вынимал частицы и, поминая, бросал просфоры в пустую корзину, громко молясь: Помяни, Господи, заповедавших мне молиться. Лицо его светилось молитвой. И этого было достаточно для исцеления. Когда приближалось время Пресуществления Святых Даров, он чувствовал приближающегося Христа, голос его дрожал, и его благодатный трепет передавался всем. После Литургии батюшка шел в созданный им приют бедняков Дом Трудолюбия. Оттуда он ехал в Петербург посещать больных. Вернувшись вечером, он разбирал письма и телеграммы до поздней ночи».
Одухотворяемый любовью, вершил святой Иоанн подвиг служения Богу и людям, и горячо полюбил своего пастыря русский народ Божий. Но были и люди, которые бешено ненавидели дышавшего любовью праведника. Эти враги святости, возомнившие себя духовными вождями России, горделиво называли себя интеллигентами.
Сам праведный Иоанн Кронштадтский был интеллигентом в высоком смысле этого слова: человеком тонким, мудрым и многознающим. В своих дневниках он признается, что постоянно вникает в тайны природы и истории, изучает законы ума и речи человеческой, прочел множество книг и не может насытиться знанием. Но из всех наук черпал он указания истины и премудрости Божией. Постигая мироздание, святой Иоанн понимал, что духовную жажду способен утолить только Христос Спаситель Источник «воды вечной жизни» (ср. Ин. 4, 14). Предостерегая от извращений человеческого ума, праведный Иоанн говорил: «При образовании чрезвычайно вредно развивать только рассудок, оставляя без внимания сердце. Сердце жизнь, но жизнь, испорченная грехом. Нужно очистить этот источник жизни, нужно зажечь в нем чистый пламень жизни, так чтобы он горел и не угасал и давал направление всем мыслям, желаниям и стремлениям человека. Общество растлено именно от недостатка воспитания христианского. Пора понять Господа, чего Он от нас хочет: именно, он хочет чистого сердца».
Такое учение вызывало злобу российской образованщины, в слепой гордыне мечтавшей обойтись без Бога. Книги Кронштадтского пастыря переводились на европейские языки: даже надменный Запад признал в них образец христианской философии. Ученейшие врачи свидетельствовали чудеса совершённых им исцелений, преклонялись перед дарованной ему от Господа духовной мощью. А доморощенные образованцы шипели о святом Иоанне: «мужицкий шарлатан». Из кругов интеллигентов-вероотступников истекала темная клевета: Кронштадтского бессребреника называли «ловким корыстолюбцем», доброго пастыря бедняков, нищих и бродяг «тщеславным попом».
Святой Иоанн смиренно переносил поругания, ни словом не обмолвившись в ответ на клевету. В своих проповедях он обличал не заблудших, а отца лжи (Ин. 8, 44) диавола, предостерегая людей от демонского коварства. Так продолжалось до тех пор, пока Кронштадтский пастырь не увидел в образованщине, в возгордившихся недоучках и переучках не своих личных противников, но опаснейших врагов русского народа Божия. Господь дал праведному Иоанну воочию узреть ту пропасть, в которую толкали Россию интеллигенты-безбожники.
В страшном видении предстал Кронштадтскому пастырю Всероссийский молитвенник преподобный Серафим Саровский (17541833) и повел его в нависшее над Отечеством грядущее. В благоденствовавшей, стремительно богатевшей, неблагодарной и политиканствовавшей России никто не подозревал, как близка катастрофа. А праведному Иоанну уже были показаны ужасы большевизма. Перед его глазами революционеры громоздили горы трупов невинных людей, в его ушах стоял стон миллионов насилуемых, терзаемых, убиваемых. Он видел, как чекисты умерщвляли святителей, иереев, иноков и благочестивых мирян, как водворялась в храмах мерзость запустения, как падали колокола, как взрывались стены домов Божиих. Он слышал вопль обезбоженных поколений, лишенных спасительной веры, обреченных аду, тщетно взывающих: «Святые отцы, помолитесь за нас!» Он провидел «великую блудницу» с красной звездой во лбу, заходящуюся в торжествующем крике: «Я свободна!» Праведный Иоанн предузнал судьбы родного народа, и великая скорбь пронзила его любящее сердце.
В последние годы жизни праведного Иоанна Кронштадтского прогремели над Россией его «Новые грозные слова» обличение соблазнителей народа, обнажение язв общества, последний призыв к покаянию, способному смягчить всеправедный гнев Господень. В величии древних пророков предстал святой Иоанн, из чудотворца Кронштадтского соделался он Всероссийским пастырем, пытающимся спасти все заблудшее Отечество.
Именно в это время тело Кронштадтского чудотворца-исцелителя было поражено тяжелой болезнью. Он не обращался к врачам. Не молился о своем выздоровлении только каждый день пил воду из источника преподобного Серафима и тем укреплялся в перенесении телесных страданий. Все эти три года болезни он продолжал служить и проповедовал так пламенно, как никогда прежде. Не о себе думал праведный Иоанн о России была его скорбь, и к ней был обращен его призыв, исполненный любви и боли:
«Не в мирное, а в беспокойное и крамольное время мы живем, во время безначалия и безбожия, время дерзкого попрания законов Божеских и человеческих, время бессмысленного шатания умов, вкусивших несколько земной мудрости и возмечтавших о себе чрез меру, ибо знание кичит, по слову Божию, а любовь назидает. Для всех очевидно, что Царство Русское колеблется, шатается, близко к падению.
Отчего же столь великое, бывшее столь могущественным и славным прежде Царство Русское ныне так расслабело, обессилело, уничтожилось, всколебалось? Оттого, что оно сошло с твердой основы истинной веры и, в большинстве интеллигенции, отпало от Бога, Который один есть непоколебимая вовеки вечные держава.
В какой страшной славе явится Христос во Второе Пришествие Свое! И в каком положении тогда будут нынешние, прежние и будущие наши неверующие, интеллигентами называемые, злонамеренные писатели, сделавшие слово печатное орудием клеветы обмана, соблазна, торговли и издевательства над всякой святыней и над благонамеренными людьми? Пред ними слишком реально будет то, что они отвергали здесь, над чем издевались. Не пройдет мимо слово Господне, что за всякое праздное слово, которое скажут люди, они дадут ответ в День Судный.
Союз с Творцом вероломно нарушен: человек расстроил дивную гармонию своей богоподобной природы, развратив ум, сердце и волю, осквернив совесть, впал в неоплатные долги пред Творцом своим и подверг себя грозному Суду Правды Божией.