Религиозную ситуацию на оккупированных Германией территориях, в том числе в Юго-Восточной Европе, и историю русской церковной эмиграции можно изучать и по материалам Российского государственного архива социально-политической истории в Москве (РГАСПИ), в частности в фонде Центрального Комитета ВКП(б) КПСС (ф. 17), а также в Центральном государственном архиве Санкт-Петербурга, используя фонд Ленинградского уполномоченного Совета по делам Русской Православной Церкви (ф. 9324).
В Германии прежде всего следует указать Федеральный архив в Берлине (Bundesarchiv Berlin ВА), где наибольшее значение для избранной темы имеет фонд Рейхсминистерства иностранных дел, в котором хранятся дела, содержащие донесения немецких посольств и уполномоченных МИД о религиозной ситуации в европейских странах. В двух подобных делах, в частности, имеются сведения о положении русских обителей на Святой Горе Афон (R 901). Фонд Рейхсминистерства занятых восточных территорий содержит важнейшие акты, разработанные в министерстве и определившие церковную политику гражданской администрации на занятой германскими войсками территории СССР (R 6). В фонде Главного управления имперской безопасности имеется богатейшая информация о положении Русской Православной Церкви на оккупированной территории Восточной Европы и СССР: в трех группах сообщений представителей этого ведомства за 22 июня 1941-21 мая 1943 гг. (R 58).
Фонд Рейхсминистерства церковных дел содержит прежде всего материалы о положении приходов Русской Православной Церкви на территории Германии, однако с информативной целью министерство также получало различные сообщения и докладные записки о религиозной ситуации на оккупированной территории СССР и на Балканах. Таким образом, в этом фонде отложились дела, содержащие богатую информацию о Православных Церквах в Греции (в том числе на Святой Горе Афон), Протекторате Богемия и Моравия, Болгарии, Румынии и Сербии (R 5101). Кроме того, в Федеральном архиве отдельные акты, относящиеся к германской церковной политике в Юго-Восточной Европе, содержатся в фондах Имперской канцелярии (R 43/II), Рейхсминистерства юстиции (R 22), Рейхсминистерства финансов (R 2), Внешнеполитической службы национал-социалистической германской рабочей партии (NS 43) и др.
Очень ценным архивохранилищем является Политический архив Министерства иностранных дел в Бонне (Politisches Archiv des Auswärtigen Amts Bonn АА), где хранятся десятки дел с аналитическими записками, отчетами, письмами, телеграммами немецких дипломатических служб о религиозной ситуации в странах Восточной и Центральной Европы, в том числе в Сербии, Хорватии, Греции, Словакии, Венгрии и т. д. (Inland I-D, 47404742, 47974800 и др.).
Третьим использованным германским архивом был архив Института современной истории в Мюнхене (Institut für Zeitgeschichte München IfZ). В нем также как и в Федеральном архиве Берлина имеется фонд Рейхсминистерства занятых восточных территорий. Он меньше по объему, но содержит много важных документов, отсутствующих в Берлине. Определенную ценность в этом плане представляет большая их подборка, рассказывающая о германской политике по отношению к Русской Церкви. (МА 794, 795, 797). О церковной ситуации в Хорватии и Сербии и других странах Восточной Европы говорится в материалах немецкого военного командования (MA 1039), Главного управления имперской безопасности (МА 447, 558, Еа 231/3) и Внешнеполитической службы «Восток» (МА 128).
Следует отметить, что материалы аналогичных фондов в германских и российских архивах в основной массе не повторяются и взаимно дополняют друг друга. Дело в том, что только часть документации различных ведомств Третьего рейха была вывезена в СССР, другая же часть осталась в Германии. И если довоенный период национал-социалистической политики по отношению к Русской Церкви лучше документирован в российских архивах, то военный, напротив, в германских. Поэтому исследователям необходимо работать и в тех и в других. Трофейные же немецкие акты, вывезенные в США, в настоящее время скопированы, и их можно просмотреть в Федеральном архиве Берлина и Институте современной истории в Мюнхене.
Были использованы документы из четырех сербских архивов: Архива Югославии в Белграде (АрхивJугославиje, Београд), Архива Сербии в Белграде (Архив Србије, Београд) фонд Г/3 Министерства просвещения и религии (Министерство просвете и вера), Архива города Белграда (Архив града Београда) фонд Немецкой службы безопасности (Немачка служба безбедности) и Музея Сербской Православной Церкви в Белграде (Музеј Српске Православие Цркве Београд) фонд Загребской митрополии (Митрополита Загребачска Хрватска Православна Црква).
Были использованы документы из четырех сербских архивов: Архива Югославии в Белграде (АрхивJугославиje, Београд), Архива Сербии в Белграде (Архив Србије, Београд) фонд Г/3 Министерства просвещения и религии (Министерство просвете и вера), Архива города Белграда (Архив града Београда) фонд Немецкой службы безопасности (Немачка служба безбедности) и Музея Сербской Православной Церкви в Белграде (Музеј Српске Православие Цркве Београд) фонд Загребской митрополии (Митрополита Загребачска Хрватска Православна Црква).
Автор смог посмотреть хранящиеся в Хорватском государственном архиве в Загребе (Drzavni arhiv hrvatske u Zagrebu) материалы архивно-следственного дела митрополита Загребского Гермогена (Максимова) и большой группы других священнослужителей и мирян различных конфессий, осужденных по указанию коммунистического руководства Югославии Военным трибуналом при коменданте г. Загреба 29 июня 1945 г. (д. K 167/1945).
Также удалось получить переводы некоторых документов Синода Элладской Православной Церкви за 19411943 гг., хранящихся в Исторической архиве Священного Синода Элладской Церкви в Афинах (Historical Archives of the Holy Synod of the Greek Church HAHS).
По-своему уникальная ситуация существует в Болгарии Болгарская Церковь единственная из Православных Церквей Восточной Европы полностью передала свои документы за годы Второй мировой войны и послевоенный периоды в государственный архив, где они полностью доступны для исследователей. Автором была предпринята поездка в Софию, где он работал прежде всего в Центральном государственном архиве Болгарии (Централен държавен архив ЦДА). Здесь были изучены как фонды занимавшихся церковными делами учреждений и ведомств этой страны, так и документы самой Болгарской Православной Церкви 19301945 гг., прежде всего фонд Священного Синода (ф. 791к). Кроме того, использовались некоторые документы находящегося в Софии Центрального партийного архива (Централен партиен архив ЦПА). Удалось изучить и некоторые материалы в Архиве Рильского монастыря в Болгарии.
Автор работал и в двух архивах, содержащих русские церковные документы, американских университетов. Первый из них Бахметьевский архив русской и восточно-европейской истории и культуры находится в Колумбийском университете г. Нью-Йорка (The Bakhmeteff Archive of Russian and East European History and Culture, New York). В этом архиве использовались главным образом документы фонда известного деятеля Русской Православной Церкви Заграницей протоиерея Владимира Востокова, служившего в годы Второй мировой войны в Югославии. Другой архив принадлежит Стенфордскому университету, расположенному в Селиконовой долине вблизи г. Сан-Франциско (Калифорния). Одна часть архива хранится в Гуверовском институте войны, революции и мира (Hoover Institution on war, revolution and peace Archives, Stanford University): коллекции А. Даллина, Н. Иванова, Б. Николаевского, г. Фишера, а вторая в специальной коллекции университетской библиотеки (Stanford University, Special collections Librarian). Здесь особенный интерес представляет фонд епископа Григория (Граббе).
Вторую группу образуют восемь русских церковных архивов, прежде всего Синодальный архив Русской Православной Церкви Заграницей в г. Нью-Йорке (CA). Из состава его документов для подготовки монографии использовались материалы нескольких десятков дел: переписка председателя Архиерейского Синода митрополита Анастасия и Берлинского епископа Серафима 19381939 гг. (д. 24/42), заявления православного духовенства, желающего выехать в Россию, и письма об отправке церковной литературы и утвари на территорию СССР 19411942 гг. (д. 17/41), документы одно время окормлявшего казачьи части обновленческого архиепископа Николая Автономова (д. 49/44), переписка митрополита Анастасия с различными гражданскими и церковными инстанциями в период оккупации Югославии 19411944 гг. (д. 15/41), документы русских общин в Венгрии 19411942 гг. (д. 18/41), материалы русских приходов в Италии (д. 18/46), дела с протоколами заседаний Архиерейского Синода РПЦЗ за 28 ноября 1940 18 сентября 1946 г. и протоколами Архиерейских Соборов 19211949 гг., личные дела митрополита Анастасия (Грибановского), архиепископа Аверкия (Таушева), епископа Георгия (Граббе) и т. д.
На севере штата Нью-Йорк, в небольшом городке Джорданвилле, находится Архив Свято-Троицкой духовной семинарии Русской Православной Церкви Заграницей. Здесь были использованы личные фонды генерала П.Н. Краснова, церковного писателя В.А. Маевского (собравшего большое количество документов русских обителей на Святой горе Афон), историков В.И. Алексеева, протопресвитера Михаила Польского, журналиста В.К. Абданк-Коссовского, содержащие материалы по истории русской церковной эмиграции в годы Второй мировой войны, а также фонд Русский фашизм.