Когда императору Михаилу VIII Палеологу сообщили об освобождении Константинополя, он не поверил. В столицу император вступил лишь 15 августа, без излишней пышности. Михаил VIII шёл пешком, впереди монарха несли икону Божьей Матери «Путеводительницы».
После известий о крушении Латинской империи, находившейся в плену Ахейский князь, был сломлен и согласился на передачу части своих владений византийцам. Для решения данного вопроса в Пелопоннес был послан знатный ахейский пленник Жоффруа де Брюйер (ум. 1269), барон Каритайны 1230 1269, приходившейся родным племянником князю Гильому II Виллардуэну.
Жоффруа де Брюйер собрал в Никли совет Ахейских баронов. Там в основном присутствовали дамы, жёны и сёстры погибших в Пелагонской битве франкских баронов. Совет принял условия византийцев. Каринтайский барон, с двумя знатными ахейскими дамами: своей племянницей Маргаритой де Нейль, баронессой Пассавы и Аковы и сестрой великого коннетабля Жана Шодрона возвратился в Константинополь.
Весной 1262 году князь Гильом II обрёл свободу. За освобождение он передал византийцам часть Пелопоннеса со своей столицей Мистрой.
Эти территории стали основой византийских владений в Пелопоннесе, получивших наименование Мореи. При византийцах Мистра из небольшой крепости франков за несколько лет превратилась в большой город. Прежде всего, в Мистру было отправлено значительное войско из Константинополя. Вначале со стратигом Макриносом прибыло около двух тысяч греческих солдат и полторы тысячи турецких наёмников. Затем ещё тысяча воинов под командование родного брата императора кесаря Константина Палеолога (ум. 1271), получившего должность командующего византийской армией в Пелопоннесе. Помимо военных значительно увеличилось число мирных горожан. В Мистру, ставшую византийским городом массово хлынули греки из подвластной франкам соседней области Лаконии.
Со временем Мистра становится одним из центров византийской культуры. Особенно после падения Константинополя, Морея и её столица Мистра, не считая затёртого в горах Трапезунда, стала последним осколком древнейшей Византийской цивилизации. Туда, спасаясь от произвола турок, выехали многие представители аристократических фамилий и духовенства, ученые мужи-философы, торговцы и ремесленники, куртизанки. Мистра, на короткое время, стала культурной столицей всего средневекового мира, сосредоточением образованнейших людей, выдающихся мыслителей, поэтов, администраторов, дипломатов. На этом крохотном участке земли, в миниатюре, была сосредоточена вся гениальность философской мысли и производственной мощи Византийской цивилизации.
Измученные многолетним напряжением военного противостояния с грозным соперником турками византийцы, обосновавшись в Мистре, были рады хоть на какое-то время ощутить свободу и насладиться спокойной жизнью. Получив возможность не тратить свои силы на вооружённую борьбу, византийцы, сплотившись вокруг двора Морейского деспота, посвятили себя мирным и любимым занятиям, стремясь с пользой использовать то немногое время, что им отвела судьба.
Именно в Мистре созидал свою философскую теорию, выходец из Константинополя, Георгий Гемист (135/1360 25.06.1352), более известный под псевдонимом Плифон.
Пользуясь безусловным покровительством Палеологов, отказавшихся от духовно-религиозного господства при дворе и развивавших светское начало, Плифон добился утверждения своей философской концепции.
Поклонник античного философа Платона, Плифон стремился возродить на обломках Византии античный эллинизм и прежде всего в религиозной сфере. Конструируя новую универсальную систему религиозных взглядов, Плифон пришёл к отрицанию традиционных религий, христианства и ислама, основанных на единобожии. Призывал к поклонению греко-римским божествам, возрождая широкий пантеон древнегреческих языческих богов.
Отстаивая интересы светских землевладельцев, философ особенно резко относился к монахам. Прежде всего, он осуждал церковно-монастырское землевладение, отказывая в праве духовенству пользоваться какой-либо долей государственного богатства. По выражению философа, монахи, будучи освобождены от всяких общественных обязанностей перед государством и обществом, ведут жизнь бездельников и трутней и поэтому не имеют право пользоваться государственным имуществом. Плифон указывал, что раздача средств духовенству и монастырям приносят большой вред укреплению безопасности государства.
Кроме теоретических изысканий Плифон разработал проекты широких политических реформ, направленных на централизацию управления и ликвидацию церковного землевладения, призванных вывести Грецию из кризиса византийской государственности и вернуть её к исконным, античным началам.
Трезво оценивая возможности клонившейся к упадку Византии в борьбе с турками Плифон, проведший несколько лет в османском плену, отрицая национально-патриотическое начало, был приверженцем союза с латинянами. Осознавая, что помощи от Запада можно достичь, лишь пойдя на значительные уступки, философ выступал за церковную унию. Отрицая само христианское начало, Плифон считал унию лишь простой политической сделкой. Именно Плифон был главным советником императора Иоанна VIII Палеолога (1425 1448) в деле о церковной унии. Философ сопровождал императора во время поездки в Италию и участвовал в работе Ферраро-Флорентийского собора, утвердившего церковную унию.
В Италии Плифон приобрёл много сторонников среди итальянских гуманистов, активно изучавших античную философию и науку. По просьбе многих просвещённых мужей Плифон написал философский трактат с разъяснением идей Платона, набиравших популярность среди итальянских гуманистов. Его популярность в Италии была очень велика. В самой же Византии к идеям Плифона относились более сдержанно, хотя находились и приверженцы.
Именно Мистра стала главным опорным пунктом византийцев, проводивших постоянное наступление на франков, стремившихся отвоевать Пелопоннес и всю Грецию у латинян. Этот процесс получил в исторической науке название «греческой реконкисты».
Вся политическая история византийской Мореи была связана с непрерывными войнами с франками. Поэтому связь византийского анклава на юге Греции со столицей была жизненно необходима, поскольку морейцы постоянно нуждались в военной и материальной помощи.
Положение Мореи, окружённой враждебными франкскими барониями, ещё более осложнялось её отдалённостью от Константинополя. Связь со столицей была не постоянной. Сухопутный путь был невозможен. Единственно доступный морской путь, в условиях растущей турецкой экспансии, становился всё более затруднительным. Решения императора достигали Мистры с большим опозданием, а порой обстановка требовала немедленного принятия решений. Система управления областью, основанная на часто сменяемых наместниках была недейственной, так как императорские ставленники не были в состоянии по-настоящему ознакомиться с местными условиями и положением дел. Поэтому для лучшего управления Мореей императором Андроником II в 1308 году было установлена особая деспотия. Деспотов назначал сам император. Их власть была пожизненной. Сначала титул деспотов Мореи закрепили за собой представители византийского аристократического рода Кантакузенов, но в 1383 году власть перешла к Палеологам.
Первым деспотом Морее из Палеологов стал младший сын императора Иоанна V Феодор Палеолог (1355/1382 24.06.1407, Мистра). С этого времени правителями Мореи становились младшие представители императорской династии.
Морейцы вели постоянные войны с латинянами. В 1278 году у византийцев в Греции появился новый грозный противник в лице короля Неаполя Карла I Анжу (1227 1285). Он в 1278 году стал властелином Ахейского княжество и намеревался осуществить вторжение в Грецию. Однако вовремя начавшиеся переговоры императора Михаила VIII Палеолога с Ватиканом, заявившем в 1274 году на Леонском церковном соборе о соединении церквей, побудили папу Григория X несколько остудить завоевательные пыл Неаполитанского короля. Желая ещё более упрочить своё присутствие в Морее, император планировал брак своего сына Андроника с наследницей Ахейского княжества Изабеллой Виллардуен (умерла 1312), дочерью князя Гильома II.
В начале XIV века, воспользовавшись междоусобицей в Ахейи, наместник Мореи Андроник Асень, потомок Болгарских царей, разгромив латинян в Скорке в 1320 году, захватил несколько франкских крепостей. Многие франкские бароны признали власть Константинополя, принимали православие или продавали свои владения византийцам.
Начало XV века так же было благоприятным для византийцев. Турки 20 июля 1402 года были разбиты в битве у Анкары тюркским завоевателем Тамерланом. Турецкий султан Баязид I попал в плен, где вскоре и умер. Его сыновья начали ожесточённую борьбу за власть. Пришедший к власти, при военной поддержке византийцев, султан Мехмед I подписал с Константинополем мир.