На первом этапе работы ТГУ Л. П. Берия многократно привлекал Ванникова к решению важных вопросов по «Беркуту». Опыт Ванникова при выполнении «Атомного» проекта существенно мог помочь в этой работе. Для испытаний этой системы было принято решение о создании своего собственного зенитно-ракетного полигона в районе села Капустин Яр около ГЦП «Спецуправление 3» с подчинением ТГУ, а не Министерству обороны. Следует отметить, что военные не были заказчиками системы «Беркут». Такое нарушение установленного порядка связано с опасениями увеличения сроков выполнения работы. В режиме строжайшей секретности разрабатывалась и испытывалась система «Беркут». О сути проводимых работ не должны были знать ни офицеры ГЦП, ни высшие руководители Министерства обороны. Военным было поручено создание полигона для испытаний системы «Беркут».