Согласно проекту закона, внесённому в Государственную думу 28 июня 2013 года, предлагавшиеся на первом этапе реформирования меры имели характер административно-имущественной реорганизации и не предусматривали существенных изменений, касающихся регулирования научной деятельности государственных академий и подведомственных им организаций. При этом к подготовке этого закона не было привлечено научное сообщество в нарушение действующего законодательства, согласно которому должно проводиться общественное обсуждение вопросов подобного уровня важности.