Широкую известность в церковной среде как в Греции, так и за ее пределами митрополит Серафим получил благодаря многочисленным статьям, книгам, выступлениям и проповедям в защиту чистоты православной веры, священных канонов и святоотеческого наследия. Во многих публикациях владыки юриста по образованию и многолетнего работника церковных судов проявилось его глубокое знание канонического права, умение просто, доступно и аргументированно отстаивать свою позицию. В этой связи его работы, посвященные украинскому вопросу, заслуживают особого внимания.
Константинопольский Патриархат начал решительное вмешательство в дела Украины в апреле 2018 года. Вскоре после визита на Фанар президента Украины П. А. Порошенко и его встречи с патриархом Варфоломеем Священный Синод этой Церкви опубликовал коммюнике, в котором сообщалось, что «Вселенский Патриархат обстоятельно изучил вопрос церковной ситуации на Украине, как изучал его и на предыдущих синодальных заседаниях, принял обращение от украинских церковных и политических лиц, представляющих миллионы православных украинцев, о даровании автокефалии православным верующим Украины и принял решение войти в тесное общение с другими братскими Православными Церквами для оповещения и координации». Важно отметить, что упомянутые в коммюнике так называемые церковные лица в действительности были представителями украинского раскола и не имели отношения к канонической Украинской Православной Церкви, которая также не уполномочивала государственные власти страны на переговоры по теме автокефалии.
В последующие несколько месяцев делегация Константинопольского Патриархата посетила Предстоятелей большинства Поместных Православных Церквей, в том числе Архиепископа Афинского Иеронима, для переговоров по украинскому вопросу. В то же время на Фанар была направлена официальная делегация Украинской Православной Церкви в составе четырех митрополитов, которые сообщили патриарху Варфоломею об обеспокоенности канонической Церкви слухами о возможности одностороннего предоставления автокефалии и скорой легализации украинского раскола. Наконец, 31 августа в Стамбул для встречи с Предстоятелем Константинопольской Церкви специально прибыл Патриарх Московский и всея Руси Кирилл, просивший своего собрата не предпринимать непоправимых действий на Украине.
Однако уже через неделю Константинополь внезапно перешел от декларации неканонических намерений к их реализации. 7 сентября 2018 года Генеральный секретариат Священного Синода Константинопольского Патриархата объявил о назначении двух иерархов этой Церкви «экзархами» Фанара в Киеве в рамках процедуры подготовки к предоставлению автокефалии Украине. В ответ на это Русская Православная Церковь была вынуждена приостановить молитвенное поминовение Патриарха Константинопольского Варфоломея и предупредила о полном прекращении общения с этой Церковью в случае продолжения ею антиканонических действий.
Митрополит Пирейский Серафим одним из первых в греческом церковном мире публично выступил против вмешательства Константинополя в дела Украинской Православной Церкви. В статье «Подлинные масштабы украинского церковного вопроса» он не только показал необоснованность притязаний Фанара на Украину, но и обратил внимание на крайнюю политизацию украинского вопроса. По мнению владыки, за этим вмешательством стоят внешние, враждебные Церкви силы, которые стремятся «использовать Православную Церковь как инструмент для достижения своих геополитических задач и добиться полной церковной независимости и отчуждения Украинской Православной Церкви от Московского Патриархата, в состав которого она входит уже много веков». Конечная их цель «расколоть единство Православной Церкви нешвенный хитон Христов, чтобы таким образом ослабить ее роль в мире».
Несмотря на это Константинополь продолжил наступление на Украину и решился на действия, сделавшие дальнейшее разделение в Православии неизбежным. 11 октября 2018 года Священный Синод Константинопольского Патриархата принял целый ряд неканонических решений по украинскому вопросу. В частности, был «восстановлен» в сане бывший Киевский митрополит Филарет (Денисенко), который почти тридцать лет назад за учинение раскола и другие канонические преступления был извержен из сана Архиерейским Собором Русской Православной Церкви, а позднее и отлучен от Церкви. Низложение Филарета с самого начала неизменно признавалось всеми Поместными Православными Церквами, в том числе Константинопольской Церковью. На том же заседании был «восстановлен» в архиерейском сане лидер другой раскольнической структуры на Украине Макарий Малетич, который на самом деле и не имел канонической хиротонии. Этот человек покинул каноническую Церковь в сане протоиерея и был «рукоположен» во «епископа» уже в расколе.
Деяния Константинопольского Синода, в одностороннем порядке задним числом отменившего судебное решение, вынесенное почти тридцать лет назад собором епископов другой автокефальной Церкви, подняли вопрос о полномочиях первой по диптиху кафедры в Православии. Характерно, что в упомянутом решении Синода от 11 октября действия Фанара обосновывались «каноническими привилегиями Константинопольского Патриарха принимать апелляции от архиереев и других клириков всех автокефальных Церквей». Митрополит Серафим в статье «Существует ли в Православно-Кафолической Церкви юрисдикционная компетенция над всей Церковью, помимо компетенции Вселенского Собора» задается вопросом, «являются ли безапелляционными решения полного Синода под председательством Патриарха, каков Синод Московского Патриархата, и могут ли они быть пересмотрены Синодом иного Патриархата». Приводя в пример целый ряд исторических свидетельств, в том числе каноны Карфагенского Собора, утвержденные Вселенскими Шестым и Седьмым Соборами, Владыка убедительно доказывает, что Древняя Церковь не признавала за Римским епископом права судебной власти над епископами других Церквей, а следовательно, не обладает такой властью и епископ Константинополя, после отпадения Рима занимающий первое место в диптихе.
В связи с продолжением Фанаром антиканонических действий на Украине и вступлением его в общение с отлученными от Церкви раскольниками Священный Синод Русской Православной Церкви 15 октября 2018 года признал невозможным дальнейшее пребывание в евхаристическом общении с Константинопольским Патриархатом. Тем не менее Константинополь был полон решимости довести до конца процесс легализации украинского раскола. 5 января 2019 года Патриарх Константинопольский Варфоломей подписал так называемый томос об автокефалии, а на следующий день во время совместной с украинскими раскольниками литургии в кафедральном храме великомученика Георгия на Фанаре вручил его главе раскольнической структуры. Предстоятелям Поместных Православных Церквей патриарх Варфоломей направил письма с призывом признать новосозданную так называемую Православную церковь Украины. При этом, как сообщали близкие к Фанару СМИ, в Константинополе возлагали особые надежды на якобы скорое признание раскольников со стороны Элладской Церкви.
Через несколько дней после предоставления «томоса об автокефалии», 8 января 2019 года, состоялось заседание Священного Синода Элладской Православной Церкви, который решил направить украинский церковный вопрос на рассмотрение предстоящего Архиерейского Собора, однако в дальнейшем обсуждение украинской темы неоднократно откладывалось. В марте Синод передал «вопрос признания новой автокефальной Церкви Украины со стороны Элладской Церкви» двум синодальным комиссиям по догматическим и номоканоническим вопросам и по межправославным и межхристианским связям, которым было поручено подготовить доклад к предстоящему Архиерейскому Собору. Внеочередной Собор был назначен на 1921 марта, однако в его повестку украинский вопрос не вошел и потому не обсуждался.
Наконец, 2728 августа 2019 года доклады синодальных комиссий по Украине были представлены вниманию членов Синода. В заявлении для прессы отмечалось, что, ознакомившись с докладами комиссий, «Священный Синод признает каноническое право Вселенского Патриарха предоставлять автокефалию, а также привилегию Предстоятеля Элладской Церкви заниматься далее вопросом признания Церкви Украины». Тексты этих докладов официально так и не были опубликованы, однако, по информации греческих СМИ, они предлагали признать раскольническую структуру. В связи с этим митрополит Серафим опубликовал статью «Украинский вопрос. Подлинный канонический взгляд. Констатация фактов. Решение», в которой вновь обратил внимание сторонников признания раскола на многочисленные факты, подтверждающие, что у Константинопольского Патриархата нет канонических прав для вмешательства в дела Украины. Владыка подчеркнул, что создание новой «автокефальной церкви» в этой стране привело в фактическому расколу в Православии, а потому оно никак не может считаться «исцелением» раскола: «В случае с украинской автокефалией совершенно безосновательно утверждать, что единство Церкви достигается через восстановление и вхождение в Церковь нераскаянных, изверженных из сана, анафематствованных, нерукоположенных, отщепенцев и раскольников путем созыва так называемых приходских собраний, когда в тот же самый момент то же самое событие приводит к разрыву церковного общения с двенадцатью с половиной тысячами канонических церковных общин-приходов и сотней канонических митрополитов на Украине и с Патриархатом, состоящим из двухсот семидесяти митрополитов и епископов и более двухсот пятидесяти миллионов верующих».