Строитель о. Пахомий теперь еще более прежнего привязался сердцем к о. Серафиму и без него не совершал почти ни одной службы. Когда он выезжал по делам монастыря или для служения, один или с другими старцами, то часто брал с собою о. Серафима. Так, в 1789-м году, в первой половине июня месяца, о. Пахомий с казначеем о. Исаией и иеродиаконом о. Серафимом отправились по приглашению в село Леметь, находящееся в 6-ти верстах от нынешнего города Ардатова, Нижегородской губ., на похороны богатого благодетеля своего, помещика Александра Соловцева, и заехали по дороге в Дивеево навестить настоятельницу общины Агафию Семеновну Мельгунову, высокочтимую всеми старицу и также благодетельницу свою. Мать Александра была больна и, получив от Господа извещение о скорой кончине своей, просила отцов-подвижников, ради любви Христовой, особоровать ее. О. Пахомий сперва предлагал отложить елеосвящение до возвращения их из Лемети, но святая старица повторила свою просьбу и сказала, что они ее не застанут уже в живых на обратном пути. Великие старцы с любовью совершили над нею таинство елеосвящения. Затем, прощаясь с ними, мать Александра отдала о. Пахомию последнее, что имела и накопила за года подвижнической жизни в Дивеево. По свидетельству жившей с нею девицы Евдокии Мартыновой своему духовнику, протоиерею о. Василию Садовскому, матушка Агафья Семеновна передала строителю о. Пахомию: мешочек золотом, мешочек серебром и два мешка меди, суммою в 40 тысяч, прося выдавать ее сестрам все потребное в жизни, так как они сами не сумеют распорядиться. Матушка Александра умоляла о. Пахомия поминать ее в Сарове за упокой, не оставлять и не покидать неопытных послушниц ее, а также попещись в свое время об обители, обетованной ей Царицею Небесною. На это старец о. Пахомий ответил: «Матушка! Послужить по силе моей и по твоему завещанию Царице Небесной и попечением о твоих послушницах не отрекаюсь; также и молиться за тебя не только я до смерти моей буду, но и обитель вся наша никогда благодеяний твоих не забудет, а в прочем не даю тебе слово, ибо я стар и слаб, но как же и браться за то, не зная, доживу ли до этого времени. А вот иеродиакон Серафим духовность его тебе известна, и он молод доживет до этого; ему и поручи это великое дело».
Матушка Агафья Семеновна начала просить о. Серафима не оставлять ее обители, как Царица Небесная Сама тогда наставить его на то изволит.
Старцы простились, уехали, а дивная старица Агафья Семеновна скончалась 13-го июня, в день св. мученицы Акилины. О. Пахомий с братией на обратном пути как раз поспел к погребению матушки Александры. Отслужив литургию и отпевание соборно, великие старцы похоронили первоначальницу Дивеевской общины против алтаря Казанской церкви. Весь день 13-го июня шел такой проливной дождь, что ни на ком не осталось сухой нитки, но о. Серафим, по своему целомудрию, не остался даже обедать в женской обители и тотчас после погребения ушел пешком в Саров.
Однажды в Великий Четверток, строитель о. Пахомий, не служивший никогда без о. Серафима, начал Божественную Литургию в 2 часа пополудни вечернею, и после малого выхода и паремий возгласил иеродиакон Серафим: «Господи, спаси благочестивыя и услыши ны!», но, едва обратясь к народу, навел на предстоящих орарем, возглашая: «и во веки веков» как вдруг так изменился видом, что не мог ни сойти с места, ни проговорить слова. Все это заметили и поняли, что с ним Божие посещение. Два иеродиакона взяли его под руки, ввели в алтарь и оставили в стороне, где простоял он часа три, меняясь беспрерывно видом, и после, уже придя в себя, наедине поведал строителю и казначею свое видение: «Только что провозгласил я, убогий: Господи, спаси благочестивыя и услыши ны! и, наведя орарем на народ, окончил: и во веки веков! вдруг меня озарил луч, как бы солнечного света; взглянув на это сияние, увидел я Господа и Бога нашего Иисуса Христа, во образе Сына Человеческого, во славе и неизреченным светом сияющего, окруженного небесными силами, Ангелами, Архангелами, Херувимами и Серафимами, как бы роем пчелиным, и от западных церковных врат грядущего на воздухе; приблизясь в таком виде до амвона и воздвигнув пречистые Свои руки, Господь благословил служащих и предстоящих; по сем, вступив во св. местный образ Свой, что по правую сторону царских врат, преобразился, окружаемый Ангельскими ликами, сиявшими неизреченным светом на всю церковь. Я же, земля и пепел, сретая тогда Господа Иисуса на воздухе, удостоился особенного от Него благословения; сердце мое возрадовалось чисто, просвещенно, в сладости любви ко Господу!»
В 1793 году о. Серафиму исполнилось 34 года, и начальство, видя, что он по своим подвигам стал выше других братий и заслуживает преимущество пред многими, ходатайствовало о возведении его в сан иеромонаха. Так как в этом же году Саровская обитель, по новому расписанию, перешла из Владимирской епархии в Тамбовскую, то о. Серафима вызвали в Тамбов, и 2-го сентября епископ Феофил рукоположил его во иеромонаха. С получением высшей благодати священства о. Серафим стал подвизаться в духовной жизни с вящею ревностью и удвоенною любовью. В течении долгого времени он продолжал непрерывное служение, ежедневно приобщаясь с горячею любовью, верою и благоговением.
Сделавшись иеромонахом, о. Серафим возымел намерение совсем поселиться в пустыне, так как пустынническая жизнь была его призванием и назначением свыше. К тому же, от непрестанного келейного бдения, от постоянного стояния в церкви на ногах с небольшим отдыхом во время ночи, о. Серафим впал в недуг: у него распухли ноги, и на них открылись раны, так что некоторое время он лишился возможности священнодействовать. Болезнь эта была немалым побуждением к избранию пустыннической жизни, хотя для отдыха следовало ему просить у настоятеля о. Пахомия благословения удалиться в больничные келии, а не в пустыню, т. е. от меньших трудов к большим и тягчайшим. Великий старец Пахомий благословил его. Это было последнее благословение, полученное о. Серафимом от мудрого, добродетельного и почтенного старца, в виду болезни его и приближения смерти. О. Серафим, хорошо помня, как во время его болезни ходил за ним о. Пахомий, теперь сам служил ему с самоотвержением. Раз о. Серафим заметил, что к болезни о. Пахомия присоединилась еще какая-то душевная забота и печаль.
О чем, отче святый, так печалишься ты? спросил его о. Серафим.
Я скорблю о сестрах Дивеевской общины, ответил старец Пахомий, кто их будет назирать после меня?
О. Серафим, желая успокоить старца в предсмертные минуты, обещался сам назирать их и поддерживать все так же после смерти его, как было при нем. Это обещание успокоило и обрадовало отходящего ко Господу о. Пахомия. Он поцеловал о. Серафима и затем вскоре опочил мирным сном праведника. О. Серафим горько оплакал потерю старца Пахомия и, с благословения нового настоятеля о. Исаии, также горячо любимого, удалился в пустынную келию (20-го ноября 1794-го года, в день прихода в Саровскую пустынь).
Несмотря на удаление о. Серафима в пустынку, народ стал беспокоить его там. Приходили и женщины.
Великий подвижник, начиная строгую пустынническую жизнь, считал для себя неудобным посещение женского пола, так как это могло соблазнить и монашествующих, и мирян, склонных к осуждению. Но, с другой стороны, лишить женщин назидания, ради которого они приходили к пустыннику, могло быть делом, неугодным Богу. Он стал просить Господа и Пресвятую Богородицу об исполнении его желания, и чтобы Всевышний, если это не противно Его воле, дал ему знамение на то преклонением ветвей вблизи стоявших дерев. В преданиях, записанных в свое время, есть сказание, что Господь Бог действительно дал ему знамение Своего изволения. Наступил праздник Рождества Христова; о. Серафим пришел в монастырь к поздней обедне в храм Живоносного Источника и причастился Св. Христовых Таин. После обеда в своей монастырской келии он вернулся на ночь в пустыню. На следующий день, 26-го декабря, празднуемый по положению (Собор Пресвятой Богородицы), о. Серафим вернулся ночью в обитель. Проходя свой холм, где он опускается вниз долу, отчего гора и названа была о. Серафимом Афонскою, он увидел, что с обеих сторон тропинки огромные сучья вековых сосен склонились и завалили дорожку; вечером ничего этого не было. О. Серафим упал на колени и поблагодарил Бога за данное, по молитве его, знамение. Теперь он знал, что Господу Богу угодно, дабы жены не входили на его гору.
В продолжение всего подвижничества о. Серафим носил постоянно одну и ту же убогую одежду: белый полотняной балахон, кожаные рукавицы, кожаные бахилы вроде чулок, поверх которых надевали лапти, и поношенную камилавку. На балахоне висел крест, тот самый, которым благословила его родная мать, отпуская из дома; а за плечами висела сумка, в которой он носил при себе св. Евангелие. Ношение креста и Евангелия имело, конечно, глубокий смысл. По подражанию древним святым, о. Серафим носил вериги на обоих плечах, и к ним были привешены кресты: одни спереди в 20 ф., другие сзади в 8 ф. каждый, и еще железный пояс. И эту тяжесть старец носил во все время своего пустынножительства. В морозы он накладывал на грудь чулок или тряпку, а в баню никогда не ходил. Видимые его подвиги состояли из молитвословий, чтения книг, телесных трудов, соблюдения правил великого Пахомия и т. д. В холодную пору он топил келию, колол и рубил дрова, но иногда добровольно переносил холод и мороз. Летом он возделывал гряды на своем огороде и удабривал землю, собирал мох с болот. Во время подобной работы он ходил иногда без одежды, перепоясав лишь чресла свои, и насекомые жестоко уязвляли тело его, отчего оно опухало, синело по местам и запекалось кровью. Старец добровольно терпел эти язвы Господа ради, руководствуясь примерами подвижников древнего времени. На грядах, удобренных мхом, о. Серафим сажал семенами лук и другие овощи, которыми он питался летом. Телесный труд порождал в нем благодушное состояние, и о. Серафим работал с пением молитв, тропарей и канонов.