В тоже время всё чаще посещавшие европейские порты, греческие купцы отмечали почти полное отсутствие гарантий частной собственности для купеческого сословия в Османской империи, оставалось надеяться только на свое вооружение и подготовку команды, что близко подводило их выучку к навыкам морских разбойников. Стоит указать и то, что относившиеся к немусульманскому сословию империи райя, греки находились в более уязвимом и угнетаемом положении, нежели европейские купцы, которым собственное государства оказывали всяческое содействие в осуществлении предпринимательской деятельности, вплоть до вооруженной поддержки.
Экономический рост Греции, в составе османской империи в 18 веке, расширение её связей с христианскими европейскими государствами, одновременно с существующими в Османской империи дискриминационными законами в отношении христианского населения, способствовало созданию предпосылок для национально-освободительного восстания среди греков Пелопоннесского полуострова.
Османам так и не удалось утвердить свою власть над некоторыми горными районами Греции, которые продолжали оказывать сопротивление войскамсултана. Особое место среди этих очагов сопротивления занимала горная область Пелопоннеса Мани9.
В 1760-х годах Российская империя стала проявлять интерес к региону Средиземного моря, как торговый, так и военный, и к положению христианских народов под властью Османской империи. Во второй половине XVIII века южную Греции и острова Эгейского моря посетили несколько российских агентов:молдаванин, владевший турецким языком, Хаджи-Мурат, венецианский грек Иван Петушнин, будущий русский посол в Константинополе Василий Томара, который вёл разведку под прикрытием археологических изысканий, и предки у которого были греки, переселившиеся на берега Борисфена (сейчас Днепр).
В 1763 годуфаворит Екатерины II Григорий Орлов, по своей частной инициативе, отправил в Грецию двух эмиссаров. Греческого купца из Петербурга Мануила Саро и поручика артиллерии Георгия Папазоли, для того чтобы прощупать настроения маниотов и других греков, на случай возможной войны с Османской империей. Что для генерал-адъютанта, только что пришедшего вместе с Екатериной II к власти было более чем странно. Еще только готовилась секуляризационная реформа, приглашались переселенцы из Европы, за неимением собственного населения в достаточном количестве. Возможны были набеги крымчаков и ногайцев, процветала работорговля, а тут заботиться о свободе каких-то греков? Скорее всего, Григорий Орлов10 ссудил денег в рост купцам. Взавершении экспедиции, Орлов потребовал написать отчет о том, что увидел купец и что услышал. Он, во-первых, хотел удовлетворить собственное любопытство, так и предания поездкеМануила Саро, государственной значимости.
Ещё по дороге в Грецию, в Италии Саро и Папазоли познакомились с купцом с острова Кефалиния Иваном Палатино. Показав ему грамоту Екатерины II, на греческом языке, в которой говорилось: «Ея Императорское Величество, ревнуя о благочестии, желает стенящий под игом варварским православный народ избавить, посылает от себя ево, Папазола, чтоб уверил о всевысочайшей к ним милости и покровительстве, а притом изведал бы о желании и состоянии сих народов». Они вместе с Палатино отправились в Морею. Подвергнувшиеся по пути нападению триполитанских корсаров и спасшиеся благодаря Ивану Палатино, который отдал им свои документы, они прибыли в Морею, где развернули активную деятельность. Они посетили Ксеромеро, Химару, Мани, где Мануил Саро, встретился с одним из главных капитанов маниотов Георгием Мавромихалисом и крупнейшим морейским землевладельцем Панайотисом Бенакисом. Везде русские эмиссары собирали информацию о возможности восстания христианских народов против турецкого владычества. Прибыв в мае 1765 года, в столицу Российской империи Мануил Саро составил, отчёт, в заключение которого указал: «По моему усердию, смею представить и о том, чтоб отправить в Средиземное море (Архипелоус тоже) против турок десять российских военных кораблей, и на них нагрузить пушек довольное число. Где, коль скоро бы завидели греки толь великое множество, сообщились с российскими судами греческие немалые суда. Только б удовольствованы были пушками, ибо они теми недостаточны. Об них же можно сказать, что они народ смелой и храброй». Сообщения этнических греков Саро и Папазоли, создавали преувеличенное представление о силе народного сопротивления османам, что обманывало инициатора Архипелагской экспедиции российского флота Алексея Орлова11 о размере поддержки, которое он мог получить в Архипелаге.
В начале 1768 года значительно обострились русско-турецкие отношения. В Санкт-Петербурге началось активное обсуждение возможности привлечения греков к борьбе против турок, чтобы заиметь еще дополнительно союзника, так как османская империя сама готова была перейти в наступление. Противником подобной инициативы оказался руководитель русской внешней политики Никита Панин12. Однако, Екатерина принимает сторону братьев Орловых, так как они имели на нее большее влияние. Весной 1768 года она направляет в Венецию в качестве поверенного в делах России при Венецианской республике и итальянских дворах маркиза Пано Маруцци13, в том числе поручив ему информировать русское правительство о положении дел в подконтрольных Османской империи христианских землях. Как-то вовремя появляется всего за два года в России этот грек, причем создается впечатление, что генералом и графом могла назначить сама Екатерина II, а князем с титулом светлости, только Мария-Терезия, тоже императрица, приверженец просвещённого абсолютизма и инициатор большого количества реформ. Таким образом, не управляет ли Екатерина II, частью Австрийской империи, восточного рейха так сказать? Тогда и посылка кораблей в Морею, а также морские победы на средиземноморье служат интересам и укреплению именно империи Габсбургов, раз они даруют титулы лицам в них участвующим?
Ранней весной 1768 года, под видом лечения, в Италию с тайной миссией отправляется и сам Алексей Орлов, по совместительству председатель вольного экономического общества14. С ним едет брат Федор15 и два офицера, один из которых вскоре оказался в Черногории, где попытался провести набор воинских отрядов, предназначенных поддержать российские операции в Средиземноморье. Следовательно, уже тогда признавался недостаток собственных сил. Оказавшись в Италии в окружении греков, Алексей Орлов писал своему брату Григорию: «Труда же для меня, по-видимому, как мне кажется, очень мало стоить будет привесть этот народ против турчан и чтоб они у меня в послушании были. Они храбры, любят меня и товарищей моих много за единоверие; все повеленное мною хотят делать».
Деятельность русской агентуры не ограничивалась только Пелопоннесом, но и распространялась также и на Черногорию, Албанию и Дунайские княжества, где русские агенты подбивали местное население к восстанию, а значит с точки зрения султана законного правителя занимались экстремистской деятельностью с целью отторгнуть часть земель от его владений.
В начале ноября 1768 года, ещё до подписания манифеста об объявлении войны, Григорий Орлов высказал предложение послать эскадру к берегам Эгейского моря, поднять и поддержать восстание проживавших там православных народов против османов. Существует мнение, что идея впервые была высказана будущим руководителем экспедиции графом Алексеем Орловым, братом Григория, а Григорий лишь поддержал её и донёс до Екатерины, так как ему ничего другого не оставалось делать.
12 ноября 1768 года на заседании Совета, Григорий Орлов уже обстоятельно изложил своё мнение об экспедиции в Средиземное море. Предложение по отправке кораблей на данном заседании и было принято. Алексей Орлов был назначен командующим экспедицией в должности генерала-аншефа, с самыми широкими полномочиями.
Алексей Орлов писал Григорию о задачах подобной экспедиции и войны в целом: «Если уж ехать, то ехать до Константинополя и освободить всех православных и благочестивых от ига тяжкого. И скажу так, как в грамоте государь Пётр I сказал: а их неверных магометан согнать в степи песчаные на прежние их жилища. А тут опять заведется благочестие, и скажем, слава Богу, нашему и всемогущему».
При внесении проекта экспедиции в Совет при императрице Григорий Орлов формулировал своё предложение так: «послать, в виде вояжа, в Средиземное море несколько судов и оттуда сделать диверсию неприятелю». То есть никакой конкретики не о привлекаемых судах, не звучало, видимо рассчитывали действовать по обстоятельствам, видимо организаторы и идеиАрхипелагской экспедиции постоянно колебались относительно её назначения. Если Орловы действительно стремились, прежде всего, к освобождению христианских народов, по доброте душевной или подсказке из Вены, титулы надо отрабатывать, и объединению их под российским протекторатом, то Екатерина II изначально рассматривала посылку флота и подготавливаемые восстания во вражеском тылу скорее как военную диверсию. В своем письме она указывала Ивану Григорьевичу Чернышеву16: «Я турецкую империю подпаливаю с четырех углов».