Альварадо описал солдат кускатлека как имеющих щиты, украшенные красочными экзотическими перьями, похожую на жилет броню из трехдюймового хлопка, которую стрелы не могли пробить, и длинные копья. Обе армии понесли большие потери, раненый Альварадо отступил и потерял много своих людей, особенно среди мексиканских индейцев. Как только его армия перегруппировалась, Альварадо решил направиться к столице Кускатлана и снова столкнулся с вооруженными кускатлеками. Раненый, неспособный сражаться и прячущийся в скалах, Альварадо послал своих испанских людей на лошадях приблизиться к Кускатлеку, чтобы посмотреть, будут ли они бояться лошадей, но они не отступили, вспоминает Альварадо в своих письмах Эрнану Кортесу.
Кускатлекцы снова напали и украли испанское оружие. Альварадо отступил и отправил мексиканских гонцов требовать от воинов кускатлека вернуть украденное оружие и сдаться королю противника. Кускатлек ответил знаменитым ответом: «Если вам нужно ваше оружие, приходите за ним». По прошествии нескольких дней Альварадо, опасаясь засады, отправил на переговоры еще нескольких мексиканских гонцов, но эти гонцы так и не вернулись и, предположительно, были казнены.
Испанским усилиям решительно сопротивлялись Пипиль и их соседи, говорящие на языке майя. Они разгромили испанцев и то, что осталось от их тласкаланских союзников, вынудив их отступить в Гватемалу. После ранения Альварадо оставил войну и назначил своего брата Гонсало де Альварадопродолжить задание. Две последующие экспедиции (первая в 1525 году, а затем меньшая группа в 1528 году) привели Пипиль под испанский контроль, так как пипиль также был ослаблен региональной эпидемией оспы. В 1525 году было завершено завоевание Кускатлана и основан город Сан-Сальвадор. Испанцы столкнулись с большим сопротивлением со стороны пипиля и не смогли достичь восточного Сальвадора, области Ленкас.
В 1526 году испанцы основали гарнизонный город Сан Мигель на севере Манагуары-территории Ленка, который возглавил другой исследователь и конкистадор Луис де Москосо Альварадо, племянник Педро Альварадо. Устная история гласит, что наследная принцесса майя-ленка, Анту Силан Улап I, организовала сопротивление конкистадорам. Королевство ленка было встревожено вторжением де Москосо, и Анту Силан путешествовал от деревни к деревне, объединяя все города ленка в современном Сальвадоре и Гондурасе против испанцев. Благодаря внезапным атакам и превосходящей численности они смогли выбить испанцев из Сан-Мигеля и уничтожить гарнизон.
В течение десяти лет ленкас мешал испанцам построить постоянное поселение. Затем испанцы вернулись с большим количеством солдат, в том числе около 2000 принудительных призывников из коренных общин Гватемалы. Они преследовали лидеров ленка дальше в горы Интибука.
Анту Силан Улап в конце концов передал контроль над сопротивлением Ленка Лемпире (также называемой Эмпирой). Лемпира был примечателен среди лидеров коренных народов тем, что он издевался над испанцами, надевая их одежду после захвата их и используя их оружие, захваченное в бою. Лемпира еще шесть лет командовал тысячами войск ленка в Манагуаре, пока не был убит в бою. Оставшиеся силы ленка отступили в горы. Затем испанцы смогли восстановить свой гарнизонный город Сан-Мигель в 1537 году.
В колониальный период Сан-Сальвадор и Сан-Мигель входили в состав Генерал-капитанства Гватемалы, также известного как Королевство Гватемала. Сальвадорская территория управлялась мэром Сонсонате, а Сан-Сальвадор был основан как интенденция в 1786 году.
В 1811 году сочетание внутренних и внешних факторов побудило центрально-американские элиты попытаться получить независимость от испанской короны. Важнейшими внутренними факторами были стремление местных элит контролировать дела страны без вмешательства испанских властей и давнее стремление креолов к независимости. Основными внешними факторами, побудившими движение за независимость, были успех французской и американской революций в 18 веке и ослабление военной мощи испанской короны в результате наполеоновских войн, в результате чего невозможно эффективно контролировать свои колонии.
В ноябре 1811 года сальвадорский священник Хосе Матиас Дельгадо позвонил в колокола Иглесиа Ла Мерсед в Сан-Сальвадоре, призывая к восстанию и началу Движения за независимость 1811года. Это восстание было подавлено, а многие его лидеры были арестованы и отбыли наказание в тюрьме. В 1814 году началось еще одно восстание, которое также было подавлено.
В ноябре 1811 года сальвадорский священник Хосе Матиас Дельгадо позвонил в колокола Иглесиа Ла Мерсед в Сан-Сальвадоре, призывая к восстанию и началу Движения за независимость 1811года. Это восстание было подавлено, а многие его лидеры были арестованы и отбыли наказание в тюрьме. В 1814 году началось еще одно восстание, которое также было подавлено.
В 1821 году в связи с волнениями в Гватемале испанские власти капитулировали и подписали Акт о независимости Центральной Америки, который освободил все капитанство Гватемалы (включающее нынешние территории Гватемалы, Сальвадора, Гондураса, Никарагуа и Коста-Рики, а также мексиканский штат Чьяпас) от испанского владычества и провозгласил его независимость. В 1821 году Сальвадор объединил Коста-Рику, Гватемалу, Гондурас и Никарагуа в союз, названный Федеративной Республикой Центральной Америки.
В начале 1822 года власти новых независимых провинций Центральной Америки, собравшись в Гватемале, проголосовали за присоединение к вновь созданной Первой Мексиканской империи под руководством Агустина де Итурбиде. Сальвадор сопротивлялся, настаивая на автономии для стран Центральной Америки. Мексиканский военный отряд отправился в Сан-Сальвадор и подавил инакомыслие, но с падением Итурбиде 19 марта 1823 года армия вернулась в Мексику. Вскоре после этого власти провинций отменили голосование за присоединение к Мексике, решив вместо этого сформировать федеральный союз из пяти оставшихся провинций. На этом этапе Чьяпас окончательно присоединился к Мексике. Когда Федеративная Республика Центральной Америки распалась в 1841 году, Сальвадор сохранил свое собственное правительство, пока не присоединился к Гондурасу и Никарагуа в 1896 году, чтобы сформировать Великую Республику Центральной Америки, которая распалась в 1898 году.
После середины 19 века экономика была основана на выращивании кофе. По мере того, как мировой рынок индиго увядал, экономика процветала или страдала, поскольку мировые цены на кофе колебались. Огромные прибыли, которые кофе приносил как экспорт монокультуры, послужили толчком к концентрации земли в руках олигархии всего лишь нескольких семей.
На протяжении последней половины 19-го века череда президентов из рядов сальвадорской олигархии, номинально как консервативных, так и либеральных, в целом соглашалась на продвижение кофе как преобладающей товарной культуры развитие инфраструктуры (железных дорог и портовых сооружений) в первую очередь для поддержки торговли кофе, ликвидация общинного землевладения для содействия дальнейшему производству кофе, принятие законов о борьбе с бродяжничеством для обеспечения того, чтобы перемещенные кампесино и другие сельские жители обеспечивали достаточную рабочую силу для кофейных финков (плантаций), а также подавление недовольство сельских жителей. В 1912 году национальная гвардия была создана как сельская полиция.
В 1898 году генерал Томас Регаладо силой захватил власть, свергнув Рафаэля Антонио Гутьерреса и правя в качестве президента до 1903 года. Вступив в должность, он возродил практику назначения президентами своих преемников. После отбытия срока он оставался активным в армии Сальвадора и был убит 11 июля 1906 года в Эль-Джикаро во время войны против Гватемалы. До 1913 года Сальвадор был политически стабильным, с подводными течениями народного недовольства. Когда в 1913 году был убит президент Мануэль Энрике Араухо, было выдвинуто много гипотез о политическом мотиве его убийства.
За администрацией Араухо последовала династия Мелендес-Хинонес, просуществовавшая с 1913 по 1927 год. Пио Ромеро Боске, бывший министр правительства и доверенный сотрудник династии, сменил президента Хорхе Мелендеса и в 1930 году объявил о свободных выборах, на которых Артуро Араухо пришел к власти 1 марта 1931 года на первых в стране свободных выборах. Его правительство просуществовало всего девять месяцев, прежде чем оно было свергнуто младшими военными офицерами, которые обвинили его Лейбористскую партию в отсутствии политического и правительственного опыта и неэффективном использовании своих правительственных учреждений. Президент Араухо столкнулся с общим народным недовольством, так как народ ожидал экономических реформ и перераспределения земли. С первой недели его правления перед Национальным дворцом проходили демонстрации. Его вице-президентом и военным министром был генерал Мартинес.