В своем дневнике Толль 9 января 1902 г. описал эпизод, случившийся через 6 дней после смерти доктора Вальтера: «ко мне пришли Огрин и Шервинский (старший механик и 2-й машинист Зари). Последний передал мне в подарок, выкованный им зимой охотничий нож с острым стальным клинком и красивой точеной рукояткой из мамонтовой кости. Наконечник и верхняя часть ножен были сделаны из металла, а боковые стороны из шкуры оленьих ног. Я догадался, что он выковал нож для милого доктора и теперь передал его мне на память о моем близком друге».
Вскоре после этого барон решил сам съездить за почтой на материк. Как только Толль достиг цивилизации, если можно так назвать небольшое поселение Айджергайдах, он с жадностью накинулся на прессу. Не первый раз он получал в сжатой форме обзор мировых событий сразу за целый год, так как проводил в высоких широтах Арктики уже пятую зиму. При просмотре газет у него создавалось впечатление, будто он с птичьего полета обозревает суету Вселенной. Спустя несколько дней прибыл старый друг барона Василий Джергели, в праздничной меховой одежде, украшенной всеми регалиями: нагрудной медалью за участие в экспедиции 1886г. и большой медалью 1893г. на шее. Встреча с ним и взаимные приветствия были очень трогательны. Перешагнув через порог, он перекрестился и поблагодарил Бога, что ему довелось снова увидеть отважного исследователя Арктики, глаза у него увлажнились.
Уже в марте прибыл Бруснев, благодаря его приезду и доставке нового продовольствия и чая Толль получил возможность отблагодарить своих гостей за подарки и обеспечить их продуктами на обратный путь. Также Бруснев привез из Булуна сообщение, что пароход «Лена», имеющий осадку 2 м 13 см, прошел по Быковской протоке, не сев на банку. Бухта Тикси является хорошей гаванью, в которой «Лена» могла бы ожидать экспедицию, не подвергаясь опасности. Еще передал барону письмо от Торгерсена, который предлагал свои услуги, если бы тот захотел зайти в эту гавань. Толль поручил Брусневу ожидать «Зарю» у мыса Караульного. Также ему нужно было обследовать побережье и по возможности фарватер, расставить знаки, произвести, кроме того, ботанические, зоологические и другие сборы.
В конце марта Толль двинулся в обратный путь, к месту зимовки «Зари». Вот он, как об этом пишет в своем дневнике: «Джергели провожал меня еще некоторое расстояние, стоя на полозьях нарты. Затем мы обнялись в последний раз и крикнули друг другу: Прости, прости, прости! Я долго еще видел его маленькую ловкую и гибкую фигуру, видел, как он махал своей шапкой, обнажив седую восьмидесятилетнюю голову, этот необычно круглый череп, в котором были скрыты поразительная память, острый ум и верная, детски чистая душа».
Какая любовь и привязанность читается в последних словах! В этом весь Эдуард Толль. Барон и простой охотник, а как они сблизились. И это «прости, прости, прости!»
Толль в лагуну Нерпалах добрался уже 11 апреля 1902 года. Астроном Зееберг по прибытии барона заявил, что готов вместе с ним идти на остров Беннетта, чему Толль был несказанно рад. Решено, что кроме них проводниками пойдут Николай Протодъяконов по прозвищу Омук и Василий Горохов по прозвищу Чичаг.
Время подготовки к экспедиции на остров Беннетта пролетело незаметно. Ранней весной, когда было еще далеко до освобождения «Зари» из ледового плена, было принято решение направить в дальний маршрут экспедиционную партию под начальством зоолога А. А. Бялыницкого-Бирули, они вышли на Новую Сибирь.
Из записей дневника ясно, что Толль рассматривал два варианта развития событий. «Среда 21 мая. Покину Зарю спокойно. Только бы мне достигнуть цели! Если за нами придет Заря, то наша яхта быстро помчится с попутным ветром обратно на юг, после того как на севере будут обретены сокровища науки; если же Заря не придет и мы останемся зимовать, то приложим с Зеебергом все силы к тому, чтобы как можно лучше использовать этот год!».
Из этого следует, что начальник экспедиции был готов к тому, что «Заря» не сможет подойти к острову Беннетта, и в этом случае ему и его спутниками придется зимовать до лета 1903 года.
3 июня 1902 года Толль передал Матисену запечатанное письмо с надписью: «Вскрыть, если экспедиция лишится своего корабля и без меня начнет обратный путь на материк, или в случае моей смерти».
Командиру яхты «Заря» лейтенанту Федору Андреевичу Матисену.
Командиру яхты «Заря» лейтенанту Федору Андреевичу Матисену.
Поручаю Вам весь личный состав Русской Полярной экспедиции, ученый персонал и судовую команду доставить на яхте «Заря» или другим, указанным мною в инструкции от 19 мая путем до сибирского берега и дальше на родину и передаю Вам на тот случай, если Вам не удастся снять меня с острова Беннета, или в случае моей смерти, все права начальника экспедиции. Э. Толль.
5 июня Эдуард Толль, астроном Фридрих Зееберг и двое промышленников Василий Горохов и Николай Дьяконов взяли старт похода по маршруту Котельный Фаддеевский мыс Высокий на Новой Сибири остров Беннетта.
Покинув лагуну Нерпалах, барон Толль объехал на собаках северный берег острова Котельного. Через месяц, 4 июля, отряд достиг мыса Высокого на острове Новая Сибирь, а оттуда направился 13 июля к острову Беннетта. Преодолевая трудности продвижения по битому льду и перетаскивая байдары волоком по плавающим льдинам, Э. В. Толль со своими спутниками прокладывал путь на север
Яхта «Заря» оставалась зажатой льдами в лагуне Нерпалах до 14 июля, когда смогла, наконец, выйти по свободной воде во внешнюю полынью и стать там на якорь. Однако ее сейчас же затерло льдом, в котором она беспомощно дрейфовала. Только 17 августа «Заре» удалось пробиться обратно в Нерпичью губу. Там команда занялась ремонтом машины, а 21 августа судно снова вышло в море. Увы, попытки обогнуть Котельный остров с севера, а также подойти к острову Новая Сибирь окончились неудачей. Не удалось приблизиться и к острову Беннета: «Заря» встретила к юго-востоку от этого острова тяжелые льды. Матисен писал в своем отчете: «Мы стояли, упершись носом в торосистый многолетний мощный лед, все проходы между взломанными полями, границ которых не было видно, были плотно забиты обломками. Мы подошли к границе непроходимого пака. Надо было немедленно выбираться, или мы были бы неминуемо затерты. Стоять на месте у пака, и ждать изменения ветра было немыслимо: мы не имели никаких данных на его перемену и располагали слишком коротким сроком для такой пассивной и томительной деятельности».
После вторичной неудачной попытки подойти к острову Беннетта со стороны острова Котельного капитан «Зари», не надеясь на улучшение в состоянии льдов и имея весьма ограниченный запас угля, решил отказаться от снятия остававшихся на Новой Сибири и на острове Беннетта людей.
4 сентября на «Заре» осталось 9 тонн угля всего на два дня хода. Пытаясь пробиться к острову Беннетта, капитан нарушил инструкцию Э. В. Толля, которая предписывала уводить корабль к устью Лены после того, как на нем останется меньше 15 тонн угля. Положение яхты стало критическим, и Ф. А. Матисен повернул на юг.
Выполняя приказ начальника экспедиции доставить ученый персонал и команду яхты «Заря» на сибирский берег для следования на родину Матисен взял курс к устью реки Лены в бухту Тикси. Искалеченная льдами «Заря» еле достигла устья Лены и подошла к бухте Тикси. Отсутствие угля не позволяло даже провести третью зимовку.
Как жаль, что Матисен не знал, что неподалеку, в устье реки Сого, находится месторождение угля, которое он сам обнаружит в первой советской экспедиции 1920г. Ведь данное обстоятельство дало бы ему возможность бункеровки топливом, и произвести еще бы одну попытку достигнуть о. Беннетта. Но история не терпит сослагательных склонений
Через несколько дней в бухту Тикси вошла «Лена», тот самый вспомогательный пароход, что обогнул когда-то мыс Челюскин вместе с Норденшельдом. Опасаясь ледостава, капитан парохода дал экспедиции на сборы всего три дня. Колчак отправился на «Лене» на поиски более удобной стоянки для «Зари», и нашёл его за маленьким островом, который он назвал именем Бруснева. Туда и отвели «Зарю», где с нее на борт парохода были перегружены все наиболее ценные коллекции и оборудование. Отсутствие угольной базы в устье реки Лены, как и на острове Котельном, лишило Русскую Полярную экспедицию возможности провести третью зимовку, согласно указаниям Э. В. Толля
Советский ученый В. Ю. Визе в своей работе «Моря Советской Арктики» пишет о том, что «это решение стоило жизни Толлю и его спутникам», тем самым фактически обвиняя Матисена. Ему возражает моряк и ученый Н. Н. Зубов: «Такое мнение не совсем обоснованно. Рисковать зимовкой в открытом море среди льдов, притом рисковать после уже проведенных двух зимовок с недостаточным запасом угля и провизии, было нельзя. Да и сам Толль оставил Матисену приказание идти в Тикси после уменьшения запасов угля до пределов, необходимых для возвращения. Никто из современников, знавших обстоятельства дела, Матисена не осуждал».