5/18 августа исполком Совета рабочих депутатов «не желая подвергать население Якутска новым тяготам и опасностям гражданской войны», принял решение передать власть Временному городскому комиссариату, а самому перебраться в Вилюйск с целью сохранения партийных и советских кадров для революционной борьбы, каковых набралось около двухсот человек. Погрузившись на пароход «Соболь», они двинулись к устью Вилюя. Дальнейший план Совдепа состоял в том, чтобы, поднявшись вверх по реке, перебраться на Енисей. Когда на следующий «Иннокентий» пришел в Якутск, советской власти здесь не было: город находился в руках Временного комитета по охране порядка в г. Якутске и его окрестностях в составе 5 членов341, который избрали выпущенные из тюрьмы члены Областного совета и другие антисоветчики342. Порядок в городе охраняли дружины М. Климовских и Б.С. Геллерта, вернувшиеся в Якутск после ухода красных.
Комитет по охране порядка немедленно телеграфировал об установлении своей власти в Олёкминск, побудив Гордеева немедленно выступить на север. Тем временем, 6/19 августа под руководством В.В. Никифорова возобновила работу Областная земская управа, которая немедленно отменила все декреты Совдепа. Вслед за ней к стали функционировать Областное управление, уездная земская управа, городская управа и окружной суд. Уже на следующий день Временный комитет по охране порядка передал свои функции исполкому земского и городского самоуправления Якутской области в составе трёх членов343, сосредоточивших в своих руках всю полноту власти, который издал приказ о мобилизации офицеров и наборе добровольцев для охраны города.
«Иннокентий» нагнал «Соболя» только в устье Алдана. После встречи пароходы двинулись дальше на север, чтобы встретить «Лену», возвращавшуюся из Булуна344. В устье Вилюя красные узнали, что возвращавшийся из Нюрбы «Александр» сел на мель у Вилюйска, и пребывали в полной растерянности. В связи с изменением первоначального плана из-за обмеления реки, мнения членов Совдепа разделились. Часть из них, соединившись с товарищами, выехавшими ранее на «Александре» из Верхневилюйска, решила пробираться через реку Алдан на Амур, в то время как красногвардейский отряд собрался вернуться в Якутск, где, по данным разведки, царило безвластие. Третья группа двинулась к Верхневилюйску, чтобы перебраться на Тунгуску345.
На пятый день пребывания в устье Вилюя346 прибыл сошедший с мели «Александр». С его прибытием состоялось второе совещание, где командиры красных отрядов договорились, что пароходы с баржами пойдут в Якутск. О том, что его участники не владели информацией, можно судить по их дальнейшим планам. Так, Гладунов после захвата Якутска планировал на пароходах вверх по Лене для помощи отряду Рыдзинского, который, по его мнению, задержал белых. На этом основании он забрал все винтовки, имевшихся на борту «Лены».
8/21 августа, в день, когда красная флотилия подошла к Якутску с севера, в Табагу прибыл с юга авангард белых под командованием прапорщика В. Захаренко. Захватив в плен одного из красногвардейцев, он выяснил обстановку в городе и вечером следующего дня захватил пароход «Александр», находившийся на стоянке у осенней пристани. В тот же день основные силы белых вступили в Якутск, который охраняла дружина Б.С. Геллерта и Климовского347. Одновременно с их прибытием в город пробрался М.К. Аммосов, который должен был агитировать пролетарскую молодёжь. Это ему не удалось, поскольку общественное мнение горожан Якутска по отношению к советским властям было весьма негативным, о чём свидетельствует одобрение ими выделение городской думой 5300 рублей на погребение тел погибших во время штурма Якутска красными, а получившие увечья милиционеры и семьи, погибших при защите Якутска, получили от земства денежные пособия.
«Утром 10 23 августа отряд поручика Гордеева разбил у скопческого селения Мархи, вблизи Якутска, красную армию»348. В бою у Мучина креста, отрядам поручика Захаренко и Арбатского противостояли сорок красноармейцев, засевших в кустах. После длительной перестрелки белые пошли в штыки, деморализованный противник бросился в рассыпную, а его командир застрелился349. Отступление красных к пароходам должен был прикрывать отряд Гладунова. Преследуемые поручиком Захаренко с фронта и пересевшими на коней бойцами прапорщика Захаренко с фланга, красноармейцы прорвались на «Иннокентий», который попытался уйти вниз по реке. «Соболь» и «Лена» не даже успели развести пары, когда к ним подошли пароходы, которыми командовал Н.Д. Кузнецов.
«Пароходы белых подошли к стоящим судам и была дана команда: «Красные бандиты на «Лене» и «Соболе», выходите на мостик, кто не выйдет, будет расстрелян! Команды судов вынуждены были подчиниться, так как у них не было оружия. К пароходу «Лена» подошел баркас с офицером Ивановым350, а с ним 15 человек белогвардейцев и стали требовать тридцать винтовок, которые были у нас на пароходе. Поскольку в устье Вилюя все оружие сдали Гладунову, при обыске оружия не обнаружили. После обыска отряд Гордеева бросился вдогонку за бежавшими нашими бойцами, при поимке белогвардейцы расстреляли около сотни351 человек»352. Находившееся на «Соболе» красногвардейцы пересели на баркас и поплыли вниз по Лене вслед бежавшему «Иннокентию» 353
После захвата белыми «Лена» была поставлена на чистку котлов, а «Соболь» был вооружён лёгкими пулеметами354 и отправлен на Вилюй. На его борту находился уполномоченный Корякин и отряд прапорщика В. Захаренко, вооружённый берданами. По пути он остановился в устье Алдана, где белым удалось частично уничтожить и пленить отряд из двадцати красноармейцев во главе с Е.С. Дубинским, бежавших на лодке от Якутска и скрывавшийся в свинцовой плавильне.
«Весть об избавлении города от большевиков быстро распространилась по области и население стало смелее и начало помогать вылавливать большевиков. Начались аресты и ловля разбежавшихся красных, захвативших оружие и награбленные товары. Часть их была взята на Алдане, в устье Вилюя, затем были поимки в Усть-Мае, по Вилюю и наконец знаменитый убийца Дибон355 был убит на свинцовом заводе в устье Алдана, где после нескольких реквизиций, без платежа стоимости красноармейцы поселились. Были пойманы первыми начальник почтовой конторы Ежов и председатель почтово-телеграфного комитета Федоров. Вдохновители «движения» аптекарь торговец Олейников, первый председатель совдепа Ершов и второй Аммосов сдались сами, боясь расправы. К характеристике «идейных» людей следует отметить, что председатель совдепа Аммосов занимался поставкой самогонки»356. Платон Слепцов (Ойунский) с небольшой вооружённой группой скрылся в сторону Чурапчи, но беглецов перехватили на станции Поротовская.
Группа, собравшаяся уходить на Енисей, испугалась трудностей перехода на неделю оставалась в Нюрбе, Будучи изолированной от внешнего мира, она под влиянием слухов и якутского «кэпсе», сообщавшего о полной победе белогвардейцев, частично разложилась. Часть бойцов дезертировала, а остальные решили во главе с Паренсовым вернуться в Вилюйск. По пути к ним присоединилась группа во главе с В.Д. Котенко357, отколовшаяся от основной массы красноармейцев и советских работников358. С их прибытием отряд359 решил спуститься на лодках к Лене и попасть в Булун. В 30 верстах от устья Вилюя они натолкнулись на «Соболя», которого приняли за красный пароход. Будучи обстреляна из пулемётов, большая часть красногвардейцев сдались в плен360. После короткого боя белые без боя заняли Вилюйск361 и, арестовав советских активистов, вернулись в Якутск362.
Почти одновременно с «Соболем» на буксирном пароходе «Полярный» в Булун был отправлен отряд из 28 человек под командованием прапорщика С.И. Арбатского. При помощи освобождённого от ареста Калугина он арестовал местных советских работников и вместе с пушниной доставил их в Якутск. В своём докладе земству Калугин сообщал, что А.Е. Кулаковский «продолжает делать никому ненужные поездки по Колымским и Якутским округам, преступно уклоняясь от своих обязанностей и возложив их на других Я, помимо возложенных на меня обязанностей исполнял и исполняю фактически обязанности Верхоянского окружного комиссара Кулаковского, бежавшего из Булуна при захвате здесь власти большевиками и не возвратившегося по настоящее время, хотя и был уведомлен мною о ликвидации большевизма». Отступившие от Якутска по суше разрозненные группы363 красных и отдельные бойцы были быстро обнаружены и обезврежены. Пробираясь на Лену через Олёкминский уезд многие из них364 были пленены в районе Сунтара казаками подъесаула Н.Н. Габышева, особым отрядом поручика И.С. Захаренко и крестьянами добровольческих дружин, после чего отправлены в Якутск.