Так была прервана плодотворная педагогическая деятельность Николая Ивановича Пирогова. После этого к педагогической деятельности Н. И. Пирогов больше не возвращался. После отмены крепостного права и начала этапа прогрессивного развития всех сторон общественной жизни, особенно образования, Н. И. Пирогов парадоксально и несправедливо оказался не у дел, не смотря на то, что наступало его историческое время. Как отмечал Н. С. Державин, «Пирогов воспитал в себе лучшие идеалы великой эпохи, эпохи широкого гуманизма и просветительных идей, и внес их в свою педагогическую деятельность. Он хотел поднять современную ему школу до уровня своих высоких идеалов, и, если достичь этого ему и не всегда удавалось, то, конечно, не потому, что в нём не было достаточно энергии, воли, настойчивости и характера, не потому, что идеалы его были слишком далеки от действительных нужд современной школьной жизни. Идеалов жизни Пирогов не мог осуществить в сфере своей школьной работы, потому что в окружающей его жизни эти идеалы были еще только намечены».
Поселившись в своем небольшом имении с. Вишня Подольской губернии (ныне Винницкой области) Николай Иванович продолжил частную врачебную деятельность. Главное содержание этого периода состоит в осмыслении им пройденного пути в «Дневнике старого врача», который он писал буквально до последнего вздоха, своего жизненного, в том числе и педагогического, формулируя на этой основе корпус значимых идей. По выражению Ф. А. Кони: «оставленный Пироговым Дневник старого врача даёт возможность заглянуть в его душу не как общественного деятеля и знаменитого ученого: он даёт возможность услышать голос сердца человека, того человека, которого Пирогов хотел воспитать бы в каждом юноше».
Первая жена Николая Ивановича Е. Д. Березина, представительница древнего дворянского рода, внучка генерала от инфантерии графа Н. А. Татищева, умерла в возрасте 24 лет от осложнений после родов, оставив на руках мужа двух сыновей. Сын Николай, обучался в университетах за границей в Гейдельберге, Берлине и Оксфорде, стал физиком. Занимался коммерческой. деятельностью, а с 80-х годов стал вести собственные научные исследования. Сын Владимир, историк и археолог, профессор Императорского Новороссийского университета на кафедре истории.
Вторая жена Александра фон Бистром баронесса, внучатая племянница мореплавателя И. Ф. Крузенштерна. Николаю Ивановичу в это время было 40 лет, это был его второй брак. Она стала настоящим другом и незаменимой помощницей во всех делах Николая Ивановича. Вскоре после пышного торжества они уже вдвоем делали операции, где молодая жена ему ассистировала. До последнего дня супруги относились друг к другу с нежностью и заботой. Николай Иванович даже сочинил несколько трогательных стихотворений в честь своей Сашеньки. В 1884 году трудами Александры Антоновны была открыта хирургическая лечебница в Киеве.
Николай Иванович в «Дневнике старого врача» обращается к новому поколению со словами: «Все разъясняется, все делается понятно умей только хорошо обращаться с фактом, умей зорко наблюдать, изощрять чувства, научись правильно наблюдать, тогда исчезнут перед тобой чудеса и мистерии природы, и устройство вселенной сделается таким же обыденным фактом, каким сделалось теперь для нас все то, что прежде считалось недоступным и сокровенным. Такое убеждение с каждым днем все более проникает в сознание не только передовых людей, жрецов науки, но и целых масс».
Пирогов Николай Иванович один из величайших отечественных врачей и педагогов и по сие время самый выдающийся авторитет по военно-полевой хирургии. Один из основоположников хирургии как научной медицинской дисциплины. Более 50 работ, написанных Николай Ивановичем (с1856 по 1863) остаются важными и актуальными для современных педагогов, это краткие и содержательные предложения, направленные на образование и воспитание юных граждан России.
Николай Иванович Пирогов имел награды: Орден Святой Анны III степени и орден Святой Анны II степени, орден Святой Анны I степени (1839,1948, 1860); орден Святого Станислава II степени (1845); орден Святого Владимира III степени, орден Святого Станислава I степени, орден Святого Владимира II степени (1851, 1855, 1873); медаль «В память Восточной (Крымской) войны 18531856 годов» (1856); знак «За введенив действие Положений 1861 года» (1863), орденом Белого орла (1877). Кроме того, был награждён германской памятной медалью войны 18701871 годов для некомбатантов (Kriegsdenkmunze für Nichtkampfer 1870/1871) и французским Бронзовым крестом Общества помощи раненым (Croix de la Société Française de Secours aux Blessés Militaires en broénze).
Николай Иванович Пирогов имел награды: Орден Святой Анны III степени и орден Святой Анны II степени, орден Святой Анны I степени (1839,1948, 1860); орден Святого Станислава II степени (1845); орден Святого Владимира III степени, орден Святого Станислава I степени, орден Святого Владимира II степени (1851, 1855, 1873); медаль «В память Восточной (Крымской) войны 18531856 годов» (1856); знак «За введенив действие Положений 1861 года» (1863), орденом Белого орла (1877). Кроме того, был награждён германской памятной медалью войны 18701871 годов для некомбатантов (Kriegsdenkmunze für Nichtkampfer 1870/1871) и французским Бронзовым крестом Общества помощи раненым (Croix de la Société Française de Secours aux Blessés Militaires en broénze).
Также ему были вручены: половинная Демидовская премия и золотая медаль за труд «Хирургическая анатомия артериальных стволов и фасций» (1840); полная Демидовская премия и большая золотая медаль за «Полный курс прикладной анатомии человеческого тела» (1844); полная Демидовская премия и большая золотая медаль за монографию «Патологическая анатомия холеры» (1850); полная Демидовская премия и большая золотая медаль за атлас «Топографическая анатомия разрезов» (1860).
Николай Иванович был полон сил, здоровья, когда его отправили на отдых и продолжал работать своем имении Вишня (Винницкая губерния), где он поселился со всей семьей. Здесь его стараниями была открыта бесплатная клиника, куда съезжались больные со всей необъятной России. Доктор не только принимал пациентов, но и занимался научной работой по военно-полевой хирургии.
Профессор был почётным членом ряда зарубежных университетов, принимал участие в семинарах и конференциях, по приглашению читал лекции в Петербурге, трудился над созданием «Дневника старого врача». Когда началась русско-турецкая война, Александр II сменив гнев на милость, вновь призвал прославленного хирурга присоединиться к участию в кампании. Пирогов выставил условия он будет заниматься организацией военных госпиталей, если ему не будут мешать. Император согласился с этими требованиями. В Болгарии профессор занимался организацией военных госпиталей. За три месяца доктор преодолел 700 км, посетил 20 населенных пунктов. За свои труды Пирогов получил поистине царскую награду. Ему пожаловали орден Белого орла, золотую табакерку с бриллиантами, на которой красовался портрет Александра II.
Но даже собственную смерть он сумел поставить на службу науке. Незадолго до кончины ученый сделал еще одно открытие предложил совершенно новый способ бальзамирования умерших. Знаменитый доктор скончался от злокачественной опухоли, возникшей на слизистой ротовой полости зимой 1881 года в своём имении Вишня. Он умер на руках у любимой жены, жалея только о том, что еще так много не успел сделать.
В километре от имении в церкви-усыпальнице покоится забальзамированное тело выдающегося хирурга. Предварительно было получено разрешение от церковных властей, «учтя заслуги Н. И. Пирогова как примерного христианина и всемирно известного учёного, разрешили не предавать тело земле, а оставить его нетленным, «дабы ученики и продолжатели благородных и богоугодных дел Н. И. Пирогова могли лицезреть его светлый облик».
В 1910 году, педагогической общественностью было широко отмечено столетие со дня рождения Н. И. Пирогова. С проникновенной речью выступил известный общественный деятель С. А. Золотарев: «Чествование Пирогова не может ограничиваться одним только признанием его исторических заслуг. Его мысли нужны нам самим. Исторические имена то ж, что боевые знамена. В благоговейном молчании подходят к ним, когда они хранятся в музеях и пантеонах. Но, чтобы попасть туда, они раньше должны были реять в воздухе, среди бранного шума над местом ожесточенной схватки. Имя Пирогова заслуживает бессмертия и зовет наше учительство не к праздному восторгу, а к организованной борьбе за свободную единую школу, за права личности и учащих, и учащихся, за торжество научной истины и общественной правды».
Интересно мнение одного из моих коллег: «опыт общения с моими близкими, их друзьями и знакомыми, получившими классическое гимназическое и высшее образование в дореволюционной России, всегда заставлял восхищаться меня и моих сверстников их воспитанием и образованностью. Даже такой активный противник всего самодержавного, как В. И. Ленин, считал, что: «в системе образования надо всё сохранить».