Вся свита Александра разбежалась в разные стороны и вернулась к нему только наутро « первые же часы после катастрофы царь скакал несколько вёрст лишь с врачом, берейтором, конюшим и двумя лейб-гусарами, а когда при нём остался лейб-гусар, царь, по словам гусара, слез с лошади, сел под деревом и заплакал». Только 22 числа переправившись через реку Мораву наши уставшие части смогли передохнуть. Союзные войска потеряли убитыми 16000 человек и более 20000 было взято в плен. Было заключено постыдное перемирие и 24 ноября Александр уехал в Санкт-Петербург.
В декабрьском письме к своему дяде Михаил Воронцов с грустью писал: «проигранная битва не имеет большого значения, но мир заключённый сразу же после этого, это на мой взгляд, в высшей степени душераздирающее и бесчестное дело. Либо не ввязываться в войну, либо активно её поддерживать. Я не понимаю, как после этого русский может смотреть в глаза французу, не умирая от стыда»25. Миша писал это письмо к своему дяде Александру Романовичу не зная, что тот умер два дня раньше в своём имении «Андреевское», в котором они виделись весной этого года. Друг Воронцова поручик Сергей Никифорович Марин в этом сражении был тяжело ранен. Картечь ему попала в голову, а затем 2 пули в грудь и одна навылет в руку. Миша Воронцов спасал друга и вывозил его в Аустерлиц, где были медики. Только благодаря ему этот знаменитый в то время человек остался жить. Сейчас мало кто о нём знает, а вот музыка-марш гимна исполняется почти на каждом военном параде.
С. Н. Марин. Художник О. А. Кипренский.
После стоянки в Синицком лагере, был дан приказ возвращаться назад в Россию. Михаил Воронцов отпрашивается у своих командиров и получает отпуск для того, чтоб навестить своего больного отца.
Новый 1806 год Михаил Воронцов встретил в Берлине. Отец Семён Романович не имел сведений про смерть своего брата и только 8 января узнал про проигранное сражение русских войск. В это время его сын был уже в Ниенбурге в Нижней Саксонии. В середине января Михаил находился в Бремене, про это можно судить, где он получал письма от отца. Только в конце января Семён Романович узнал, что его брат умер и он просит сына: «я умоляю приехать ко мне и поддержать своего отца и сестру и которым нужно ваше присутствие. У меня нет сил писать больше». Узнав о смерти дядюшки Михаил Семёнович ещё быстрее продолжил свой путь. В феврале он приехал в Лондон, где его встретил отец и сестра Катя. Он там пробыл до конца июля.
В это самое время, когда Михаил находился в Лондоне на Кавказе был предательски убит его бывший начальник князь Павел Дмитриевич Цицианов. Приняв ключи от города Баку, он зашёл во дворец Хуссейн-кули-хана и после того, как последний подал кальян, стоявший позади него приближённый к хану Ибрагим -бек выстрелом из пистолета убил Цицианова, а затем и князя Эристова. Отрезав голову, этот басмач увёз её в Тавриз (Тебриз) и отдал персам. Вслед этому войска хана напали на русский отряд в 200 человек. Тело генерала закопали у ворот крепости.
В Санкт-Петербург Миша Воронцов вернулся в конце сентября, где его ждал Петр Толстой для участия в военно-дипломатических переговорах, с прусскими королем Фридрихом-Вильгельмом III в Грауденце. Он находился при короле, когда прусско-саксонская армия потерпела поражение в битве при Йене и Ауэрштеде. Немцы так же, как и наша армия при Аустерлице потеряли большее количество своих солдат. Они считали свою армию непобедимой, за что и поплатились. Вот как говорил Михаил Воронцов про немцев: «король сам мало знает, что в 20 верстах от него. Шпионов у них совсем нет, а когда что и узнают, то не умеют решиться, что по тому делать надлежит. Всё здесь весьма худо, и я весьма боюсь, что будет ещё хуже. Я писал о сем Будбергу, говоря, что не имею права давать советы при Кулькрейте и других генералах, я никому ни слова говорить не буду, но что если король сам со мной заговорит, то я возьму смелость представить ему, что надо иметь армию, могущую противостоять Французам, что надо стараться армию Бениксона, Буксгевдена и Прусскую здешнюю (15000) как можно скорее соединить. Приезжайте (П.А.Толстому), Бога ради, поскорее с фельдмаршалом (Каменским) и не оставляйте нас здесь под игом запутанных идей короля Прусскаго»26.
В итоге 27 октября Наполеон с триумфом въехал в Берлин. Через месяц сдались почти все крепости Пруссии, включая Штеттин, Шпандау и Эрфурт. Генерал Толстой и майор Воронцов вынуждены были покинуть Пруссию и вернуться к нашим частям находившимся в Польше. Он просил у графа Толстого «пришлите ко мне в ночь казака, который бы меня завтра к вам привёл; здесь проводников найти нельзя».
Наша армия под командованием Михаила Каменского располагалась в городе Пултуске севернее Варшавы. Погода, как и год назад была очень неприятная шел мокрый снег и дороги полностью превратились в сплошное болото. Майор Михаил Воронцов поступил в подчинение генерала графа Леонтия (Левина) Беннигсена. Два дня французы и русские вели обоюдоострые бои и в итоге французы потеряли 7000 человек, а русские 5000 солдат. Все атаки противника были отбиты. Боясь окружения наши войска отступили к Остроленке. В одном из переходов разорвавшийся недалеко снаряд испугал лошадь, и она встала на дыбы. Михаил Семёнович, хоть и был хороший наездник, но упал на землю, где лошадь наступила ему на ногу ниже колена. Он получил перелом кости.
Наступил очередной 1807 год, который Михаил Воронцов встречал в госпитале в Белостоке стоящем на реке Бяла. Ему наложили тугую марлевую повязку, пропитанную яичным белком со спиртом (гипсовая повязка появилась позже) и так нога зажила. За отличие в последних боях он был представлен командующим к награждению и получил 12 января внеочередное звание полковника.
Пробыл Воронцов там почти 2 месяца и не участвовал в кровопролитном сражении у Прейсиш-Эйлау. Французы, немцы и русские, потеряв более 25000 человек с каждой со стороны разошлись, не имея сил дальше вести бой. Очевидец того сражения писал: «никогда прежде такое множество трупов не усевало такое малое пространство. Всё было залито кровью. Выпавший и продолжавший падать снег скрывал тела от удручённого взгляда людей». Хорошо, что так произошло и всевышний спас молодого и даровитого офицера полковника Воронцова. В середине февраля лейб-гвардия Преображенского, Семёновского и Измайловского полков двинулась в сторону Кёнигсберга. По прибытии гвардии в Европу, а точнее в прусский городок Schippenbeil (ныне Сепополь) Михаил Семёнович назначается командиром 1 батальона Преображенского полка. Воронцов занялся обучением солдат «стрельбой в цель», построением в «каре» и взаимодействием с артиллерией. 30 апреля состоялся смотр гвардейских частей на правом берегу реки Алле на котором присутствовал Император Александр, Великий Князь Константин Павлович, Король и Королева Прусские.
В апреле же французы осадили крепость Данциг и начали её бомбардировку из 78 орудий. Генерал-майор Каменский пытался помочь осаждённым войскам по правому берегу Вислы, но французы, подведя резервы откинули наши войска к дельте. 15 мая гарнизон генерала Манштейна сдался, вышел из Данцига и потом в большей части перекинулся к противнику.
Генерал Л. Л. Беннигсен. Художник К. Адмир.
Каменский, посадив свой отряд на суда морем отбыл в Пиллау и оттуда далее ушел в Кёнигсберг. Своё 25-летие полковник Михаил Воронцов встретил со своим батальоном на берегу реки Алле у деревни Лаунау в Восточной Пруссии.
Гвардейским полкам под командой нового командующего генерала от кавалерии Леонтия Леонтьевича Беннигсена приказано было наступать на корпус маршала Нея, стоявшего ближе всего от наших войск у города Гуттштадта при реке Пасарге. Войска князя Багратиона на правом фланге перешли реку Алле и атаковали французов у деревень Гронау и Альткирх выгоняя их из леса. После, когда конница и артиллеристы генерала Фабиана Остен-Сакена начали стрелять по Нею, он быстро отступил, бросая пушки и обоз. Французы остановились у Анкердорфа, наши части ночевали у деревень Глотау и Квец. Рано утром в 3 часа следующего дня Багратион атаковал Нея и тот ушёл за реку Пассаргу потеряв до 1500 человек в том числе генерала Роже. Беннигсен объявил Сакена в том, что французы из-за его опоздания ушили за реку. Между ними ещё раньше был конфликт. Главнокомандующий подал на него рапорт и Император велел отдать его под суд. Будучи уже в Санкт-Петербурге больше всего за него, заступался полковник Михаил Воронцов. Разные свидетели давали такие же разные показания и судьи разошлись во мнениях. Михаил Семёнович подал письменное мнение, с которым согласились другие свидетели «полагаем что генерал Сакен ни в чём по сему делу виноватым не нашёлся и во всём, что доносил на него генерал Беннигсен, совершенно оправдался». Именно здесь проявила себя «кавалер-девица» Надежда Дурова, которая под именем Александра Соколова служа в уланском полку рядовым в звании «товарищ» спасла раненного офицера за что была позже представлена к солдатскому «Егорию» 5 степени.