Участие Компартии в альянсе осуществлялось в реальности на правах младшего и зависимого партнёра по коалиции. Вступив в переговоры с представителями «Единства» в январе 2000 г., КПРФ совершила стратегический просчёт. Внешний «успех» КПРФ в нижней палате парламента стал потерей времени, которое могло быть использовано для повышения авторитета в российском обществе, а не для борьбы внутри Думы, которая отвлекала основные силы Компартии.
Занятие членами фракции КПРФ ряда руководящих должностей действовало на партию расслабляющим образом, путало ориентиры в сложившейся в тот период времени политической обстановке.
Спад влияния (апрель 2002 г. декабрь 2003 г.)
Коммунисты Г. Селезнёв, С. Горячева и Н. Губенко отказались подчиниться партийному решению, после чего были исключены из КПРФ.
В СМИ проводилась кампания по дискредитации КПРФ. Особо следует выделить телепрограммы А.В. Караулова. Происходило снижение авторитета партии.
14 сентября 2002 г. в г. Краснодаре состоялось заседание инициативной группы граждан по референдуму, организованной коммунистами. Его участники сформулировали четыре вопроса для всероссийского плебисцита: запрет купли-продажи земли, кроме приусадебных участков; ограничение размера оплаты коммунальных услуг и электроэнергии 10 % от совокупного дохода семьи; доведение минимальной зарплаты и пенсии до уровня прожиточного минимума; национализация недр, топливно-энергетического комплекса, ВПК, лесов, водоёмов и других стратегических ресурсов132.
18 сентября Дума приняла в первом чтении поправку, внесённую группой центристов и демократов, по фактическому дезавуированию акции КПРФ путём введения временного ограничения для инициирования референдума.
Ширилось противостояние внутри НПСР между сторонниками Г. Зюганова и Г. Семигина. Последний проводил работу по переводу секретарей местных и первичных отделений КПРФ на платную основу.
Распадался «красный пояс» путём перехода избранных при поддержке коммунистов губернаторов на сторону Президента и «Единой России».
В июне КПРФ и «Яблоко» выступили с инициативой вотума недоверия Правительству, которая не получила поддержки большинства коллег по нижней палате парламента.
Думская избирательная кампания 2003 г. стала самой неудачной для партии.
В августе был создан предвыборный блок «Родина» (лидеры партийного списка член фракции КПРФ в Госдуме С.Ю. Глазьев, депутат Госдумы Д.О. Рогозин, член КПРФ, генерал В.И. Варенников), выступавший с родственными коммунистам левыми, антиолигархическими и националистическими лозунгами.
6 сентября коммунисты собрались на первый этап IX съезда, выдвинувший список кандидатов на выборах в Госдуму (лидеры Г. Зюганов, Н. Кондратенко, Н.М. Харитонов) и утвердивший предвыборную программу, в основание которой были положены вопросы запрещённого референдума.
КПРФ оказалась в жёсткой блокаде со стороны СМИ. Подавляющая часть сообщений о деятельности партии носила ярко выраженный негативный характер («операции подавления»)133.
По итогам голосования 4 декабря Компартия набрала всего 12,61 % голосов по пропорциональной системе (40 мандатов) при результате «Единой России» в 37,57 % голосов, а блок «Родина» уверенно прошёл в Думу (9,02 %)134. Лишь 13 представителей Компартии выиграли выборы в округах. Один из них (И.Н. Игошин) перешёл во фракцию «Единая Россия».
КПРФ вела параллельный подсчёт по протоколам участковых избирательных комиссий и заявила о масштабных фальсификациях. По мнению Г. Зюганова, выборы 2003 г. стали «самыми грязными, самыми нечестными, на редкость мерзкими и подлыми в новейшей истории России»135. Частично с этой мыслью согласилась миссия европейских наблюдателей136.
Фиаско 2003 г. одно из центральных событий в истории КПРФ 2000-х гг. Его последствия партией не преодолены до сих пор.
Внутрипартийный кризис (декабрь 2003 г. июль 2004 г.)
Сильнейшее поражение на парламентских выборах привело к обострению внутрипартийной борьбы.
16 декабря 2003 г. Г. Зюганов выступил с открытым письмом «Давайте посоветуемся: что и как нам делать дальше»137. Резкое снижение показателей партии подтолкнуло лидера к признанию ошибок. Правда, он посчитал их коллективными и призывал не перекладывать всю полноту ответственности исключительно на ЦК. На страницах газет «Советская Россия» и «Правда» началась публикация отзывов, пожеланий, предложений членов и сторонников партии.