Все это и своеобразие мысли Оригена, и его широкая известность легло в основу настоящего преследования богослова в его родном городе и подтолкнуло его к мысли навсегда покинуть его. В Александрии он успевает надиктовать еще несколько томов Комментариев на Бытие и по просьбе Амвросия начинает Комментарии на Евангелие от Иоанна, направленные против толкований на эту книгу гностика Ираклеона. Но весной 232 г. Ориген, взяв с собой экземпляры своих сочинений, отправился через Палестину в Афины, где надеялся найти для себя новую, подходящую по уровню философской подготовки аудиторию. Проездом через Кесарию Палестинскую он получает посвящение во пресвитера от епископа Феоктиста и продолжает путешествие, получая гостеприимство от местных церквей и приглашение проповедовать, в частности, в Кесарии Каппадокийской у епископа Фирмилиана.
Димитрий Александрийский не мог оставить этого без последствий и обратился за поддержкой к Папе Римскому Понтиану, осудив действия Феоктиста и изобразив Оригена как еретичествующего маргинала (в основном цитировался Диалог с Кандидом о том, что диавол должен-де спастись). Понтиан поддержал позицию Димитрия, не доходя, однако, до разрыва общения с Феоктистом и Александром и не упоминая об Оригене. Александр Иерусалимский запросил объяснений от Оригена письмом в Афины, где тот находился в это время. В ответ Ориген пишет большое автобиографическое Письмо, найденное впоследствии Евсевием в епархиальном архиве Иерусалима, из которого мы хорошо знаем его жизнь до этого момента. По поводу Диалога с Кандидом Ориген оправдывался тем, что в его экземпляре говорится лишь о возможности, а не о необходимости спасения диавола.
Димитрий Александрийский не мог оставить этого без последствий и обратился за поддержкой к Папе Римскому Понтиану, осудив действия Феоктиста и изобразив Оригена как еретичествующего маргинала (в основном цитировался Диалог с Кандидом о том, что диавол должен-де спастись). Понтиан поддержал позицию Димитрия, не доходя, однако, до разрыва общения с Феоктистом и Александром и не упоминая об Оригене. Александр Иерусалимский запросил объяснений от Оригена письмом в Афины, где тот находился в это время. В ответ Ориген пишет большое автобиографическое Письмо, найденное впоследствии Евсевием в епархиальном архиве Иерусалима, из которого мы хорошо знаем его жизнь до этого момента. По поводу Диалога с Кандидом Ориген оправдывался тем, что в его экземпляре говорится лишь о возможности, а не о необходимости спасения диавола.
Александр и Феоктист обратились к Папе Понтиану с оправдательным письмом; узнав об этом, Ориген принял решение переселиться в Кесарию Палестинскую, где он и был рукоположен. Это произошло в 233234 гг. одновременно со смертью епископа Александрийского Димитрия. По настоянию Амвросия Ориген, обосновавшись в Кесарии, продолжает начатые в Александрии Комментарии на Евангелие от Иоанна и Комментарии на Бытие. Последние он доводит до истории с Каином и Авелем (Быт. 4, 1115), после чего меняет жанр на Схолии, кратко комментируя лишь отдельные важные или сложные места.
Этим способом он истолковывает все Пятикнижие. Как комментарии, так и схолии не произносились перед слушателями, но диктовались Оригеном скорописцам и были рассчитаны на образованного читателя. В это же время появляется трактат О молитве, говорящий о молитве вообще, а во второй части содержащий первое в истории христианской письмености толкование молитвы Господней.
Наступившее затем гонение императора Максимина Фракийца (235238) затронуло в основном крупные города, такие как Рим, Александрия, Кесария Каппадокийская. Епископ Фирмилиан Кесарийский нашел убежище в Палестине, где беседовал с пресвитером Оригеном о различных богословских вопросах: по его собственному свидетельству, с большой пользой для себя. Ввиду угрозы ареста в Александрии своего мецената Амвросия и его духовника пресвитера Протоктета Ориген направляет им свое Увещание к мученичеству.
После смерти Максимина Фракийца (238) наступает мир для Церкви и расцвет деятельности Оригена. Юридический советник нового губернатора Кесарии, христианин, отдает своего родственника Феодора на обучение философии у Оригена, которое продлилось семь лет. По настоянию Амвросия Ориген продолжает свои экзегетические труды и доводит Комментарии на Иоанна до XXXI тома. По инициативе епископов Феоктиста и Александра он принимает участие в соборах, разбиравших дела епископов и клириков, обвиненных в ереси, высказываясь после епископов с целью опровержения ереси и утверждения правого учения. В частности, он принимает участие в соборе в Аравии, осудившем епископов Берила Бострского и Гераклида, Диспут с которым Оригена представляет собой выдержку из соборных деяний.
В период с 239 по 242 гг. пресвитер Ориген назначается штатным проповедником Кесарийской Церкви. В соответствии с циклом ветхозаветных и новозаветных чтений, длившимся три года [17], им произносятся Гомилии («проповеди», «беседы») почти на все книги Ветхого и Нового Завета третий жанр его экзегетических трудов, записывавшихся скорописцами со слуха и адресованных рядовым верующим.
Трехлетний цикл не был закончен Оригеном по вине недоброжелателей из Кесарийского клира, которые обвиняли его в увлечении аллегоризмом в ущерб историчности Писания, в использовании других иудейских переводов Ветхого Завета, в распространении учения о предсуществовании душ и т. д. Судя по всему, епископ Феоктист раньше времени освободил его от должности проповедника: этим можно объяснить, почему Памфил с Евсевием не нашли в Кесарийской библиотеке тех гомилий, которыми Ориген должен был закончить свой цикл. Несколько гомилий он произносит в Иерусалиме по приглашению епископа Александра. Затем он обращается к Комментариям на апостольские послания (243) и к Комментариям на Пророков (244).
В 245 г. вслед за окончанием обучения и отъездом Феодора, произносящего на прощание свое Слово благодарственное (автор обыкновенно отождествляется со свт. Григорием Неокесарийским, Чудотворцем), Ориген совершает вторичную попытку обосноваться в Афинах. Здесь он оканчивает Комментарии на Иезекииля и составляет вторые, пространные Комментарии на Песнь песней. Не закрепившись в Афинах, Ориген движется дальше, возможно, по направлению к Риму. В Никополе Эпирском он находит пятый перевод Ветхого Завета. Но к лету 245 г. или к весне 246 г. он снова возвращается в Кесарию.
В 245 г. вслед за окончанием обучения и отъездом Феодора, произносящего на прощание свое Слово благодарственное (автор обыкновенно отождествляется со свт. Григорием Неокесарийским, Чудотворцем), Ориген совершает вторичную попытку обосноваться в Афинах. Здесь он оканчивает Комментарии на Иезекииля и составляет вторые, пространные Комментарии на Песнь песней. Не закрепившись в Афинах, Ориген движется дальше, возможно, по направлению к Риму. В Никополе Эпирском он находит пятый перевод Ветхого Завета. Но к лету 245 г. или к весне 246 г. он снова возвращается в Кесарию.
На пути в Палестину в Эфесе у него состоялась встреча с неким александрийцем: снова дискутировался вопрос о спасении диавола. Вернувшись в Египет, этот человек письменно доложил епископу Ираклу о беседе, исказив слова Оригена. Иракл решил выступить с осуждением Оригена в ереси в письме Папе Римскому Фабиану, основным сюжетом которого был инцидент с епископом Аммонием Тмуитским. Ориген счел необходимым принять меры для своей защиты, для чего, невзирая на свой 60-летний возраст, отправился к своему покровителю Амвросию, находившемуся в это время в Никомидии. Перед отправлением в длительное путешествие он успевает найти шестой перевод Ветхого Завета, который завершал Гекзаплы, окончить Комментарии на Песнь песней и взяться за новые Комментарии на Псалмы огромный труд, к сожалению, утраченный, который обнимал собой Пс. 172 и 118. Также Ориген охватил своими комментариями книги Притчей и Экклезиаста, но пропустил Книгу Иова.
Достигнув Никомидии, он по настоянию Амвросия пытается закончить Комментарии на Иоанна: доводит ΧΧXII том до умовения ног (Ин. 13, 315), но далее ограничивается Схолиями на избранные места из оставшихся глав. При моральной поддержке Амвросия он составляет Послание папе Фабиану, защищая свои труды, но одновременно признавая свою неправоту в том, что не повиновался требованию осудившего его епископа Димитрия не выносить на публику деликатные вопросы своего учения. Восхваляя в Послании Амвросия, его поддержку своим трудам и его рвение по их распространению, Ориген вместе с тем указывает, что таким образом были опубликованы некоторые его наброски, не предназначенные для широкой аудитории. Чтобы подкрепить свое Послание каким-нибудь авторитетом, Ориген списывается с епископом Кесарии Каппадокийской Фирмилианом, который с готовностью составляет свое ручательное письмо.
Одновременно с письмом папе Ориген составляет Послание императору Филиппу и императрице Севере, благосклонно относившимся к Церкви и даже слывшим христианами. Амвросий имел к ним доступ, и одного их слова было достаточно, чтобы восстановить уважение к Оригену во всей империи. Неизвестно, дошли ли письма до своих адресатов и была ли какая-то реакция на них с их стороны. В Никомидии же Ориген отвечает Посланием Юлию Африкану на его сомнения в подлинности истории с Сусанной (Дан. 13), в котором он опровергает доводы Африкана, в частности, своими познаниями относительно лакун в еврейском тексте Библии, приобретенными благодаря работе над Гекзаплами, а также ссылками на свое общение с еврейскими знатоками Св. Писания и ветхозаветного Предания (евреи, с которыми он общался, называли даже имена тех судей, которые пали жертвой своей страсти к Сусанне).
Вернувшись из Никомидии, Ориген составляет Комментарии на Евангелия от Матфея и от Луки. Одновременно, по настоянию Амвросия, он пишет большой полемический трактат Против Цельса, опровергающий антихристианские доводы язычника в его «Истинном слове». К одним из последних сочинений Оригена относятся, вероятно, также Заметки на Псалтирь, которые сам Ориген называл «пособием» (γχειρίδιον)[18].
В конце 249 г. к власти приходит Деций. Разразилось новое гонение, в которое все отказавшиеся публично принести жертвы идолам отправлялись в тюрьмы. Среди прочих был арестован и Ориген. За его стойкость и поддержку духа в других заключенных за веру он был отправлен в глубокий карцер, а ноги его были растянуты до четвертого отверстия. Неоднократно он был вызываем на допрос. Но, по свидетельству Евсевия, его тело, изнуренное непрестанной аскезой, стойко переносило мучения[19]. Когда после смерти Деция в 251 г. тюрьмы были открыты, Ориген был еще жив. После этого следы его теряются: скорее всего, он не прожил долго после освобождения.