Заграничным агентурам Департамента полиции, наряду с решением задач политического сыска, в некоторых случаях поручалось также выполнение заданий в области разведки и контрразведки. Зачастую это приводило к конфликту интересов полицейского и военного ведомств. В начале русско-японской войны, чтобы усилить свои позиции, министр внутренних дел предписал Департаменту полиции организовать в структуре Особого отдела «Секретное отделение» (СО), своего рода политическую контрразведку. В короткие сроки СО набрало должный темп работы и стало достаточно эффективным подразделением, отодвинув на вторые роли конкурентов из маломощного Разведочного отделения Генерального штаба. Вот как начальник Разведочного отделения ротмистр В. Н. Лавров описал в своем докладе руководству разговор с заведующим Секретным отделением Департамента полиции И. Ф. Манасевичем-Мануйловым в августе 1904 г.: «Господин Мануйлов объяснил, что ему поручено преобразовать организацию Департамента полиции по разведке шпионства на широких началах, по образцу Парижского разведочного бюро, что они имеют уже свою местную и заграничную агентуру и что для заведования этой организацией назначен особый жандармский обер-офицер, а потому, имея в виду, что при таких условиях объединение обеих организаций все равно неизбежно, г. Мануйлов предложил начальнику Разведочного отделения присоединить частным образом свое отделение к их организации». Лавров отказался пойти на этот шаг. При этом он сослался на несоответствие предложенного с решением военного министра о создании органа военной контрразведки в лице Разведочного отделения, зафиксированным в докладной записке царю от 20 января 1903 г.
Усиление революционного движения в начале ХХ в. заставило руководство Департамента полиции МВД пойти на очередные реформы в деле организации политического сыска в империи. 12 августа 1902 г. министр внутренних дел В. К. Плеве утвердил «Положение о начальниках розыскных отделений», а 21 октября того же года «Свод правил, выработанных в развитие утвержденного положения о начальниках розыскных отделений».
После выхода в свет «Положения» Департамент полиции начинает создавать розыскные (охранные) отделения в тех местностях России, где особенно активно развивалось революционное движение. К середине февраля 1903 г. охранные отделения помимо Санкт-Петербурга, Москвы и Варшавы стали действовать в городах Вильно, Екатеринославле, Казани, Киеве, Одессе, Саратове, Тифлисе, Харькове, Перми, Симферополе, Нижнем Новгороде и Житомире. По мере надобности создавались новые отделения или ликвидировались старые, но в целом просматривалась тенденция к их количественному увеличению. К концу 1907 г. в стране насчитывалось уже 27 охранных отделений.
В период 19061907 гг., исходя из потребностей практической работы, в ряде городов России были развернуты и более мелкие подразделения политического сыска розыскные (охранные) пункты.
В соответствии с «Положением о начальниках розыскных отделений» их руководители выступали полновластными организаторами политического сыска на обслуживаемой территории. Подчиняясь непосредственно Департаменту полиции МВД, начальник охранного отделения организовывал агентурную работу, прибегая в необходимых случаях к помощи местных жандармских управлений для реализации (по терминологии того времени «ликвидации») оперативных дел. Без согласия начальника охранного отделения на территории его района чинам жандармского корпуса запрещалось проводить какие-либо аресты. Такое исключительно независимое положение вызвало в ряде мест определенные трения между начальниками охранных отделений и имеющими старшинство по званию начальниками губернских жандармских управлений.
Общее руководство оперативной деятельностью местных охранных отделений и жандармских управлений осуществлял Особый отдел Департамента полиции МВД.
Революционные события 19051907 гг. послужили причиной появления новых структурных единиц в системе органов политического сыска. 14 декабря 1906 г. министром внутренних дел было утверждено «Положение о районных охранных отделениях». Создание отделений преследовало цель объединить усилия всех местных учреждений политического сыска. Кроме того, предполагалось, что районные охранные отделения в географическом плане будут работать параллельно наиболее крупным революционными организациям Поволжья, Северного Кавказа и других регионов страны. Первоначально было создано восемь районных отделений, сферой деятельности каждого из которых было несколько губерний.
Общее руководство оперативной деятельностью местных охранных отделений и жандармских управлений осуществлял Особый отдел Департамента полиции МВД.
Революционные события 19051907 гг. послужили причиной появления новых структурных единиц в системе органов политического сыска. 14 декабря 1906 г. министром внутренних дел было утверждено «Положение о районных охранных отделениях». Создание отделений преследовало цель объединить усилия всех местных учреждений политического сыска. Кроме того, предполагалось, что районные охранные отделения в географическом плане будут работать параллельно наиболее крупным революционными организациям Поволжья, Северного Кавказа и других регионов страны. Первоначально было создано восемь районных отделений, сферой деятельности каждого из которых было несколько губерний.
В новом «Положении об охранных отделениях», появившемся 9 февраля 1907 г., было подтверждено, что кроме Департамента полиции и начальников районных отделений никто не может вмешиваться в вопросы ведения ими оперативно-розыскной работы.
Повышение эффективности деятельности органов политического сыска за счет проведенных преобразований привело, в сочетании с другими мероприятиями правительства, к значительному спаду революционного и общественного движения в 19071911 гг. В этих условиях Министерство внутренних дел проводит очередную реорганизацию органов политического сыска. В течение 19111913 гг. ликвидируется значительная часть местных охранных отделений, а их штаты переводятся в соответствующие губернские жандармские управления. Охранные отделения остаются только в Санкт-Петербурге, Москве и Харькове.
В феврале 1914 г. по решению товарища (заместителя) министра внутренних дел В. Ф. Джунковского, слабо обоснованному и во многом субъективно мотивированному, началась очередная реформа системы политического розыска. С целью уничтожения «привилегированного» положения головного аппарата политического розыска Особого отдела, он был переименован в 9-е делопроизводство и несколько сокращен его личный состав. «Злой гений» политической полиции (В. Джунковский) смог убедить правительство упразднить большинство районных охранных отделений, якобы с целью повышения уровня централизации управления всей системой розыскных подразделений. Как показали последующие события, эти меры отрицательно сказались на борьбе с антиправительственными элементами в преддверии Первой мировой войны. Руководство МВД, как и военного ведомства полагали, что даже если война неизбежна, то она будет относительно скоротечной и не приведет к резкому обострению обстановки внутри страны. Только в сентябре 1916 г., за несколько месяцев до Февральской революции, Особый отдел восстановили и увеличили его штатную численность до 100 человек. Он стал самым многочисленным из всех структурных подразделений Департамента полиции. Однако, поднять в короткий срок уровень оперативной работы не удалось. Вот, что писал сразу после Февральской революции последний руководитель Особого отдела И. П. Васильев: «Главнейшая роль Особого отдела в последнее время была информационная в отношении местных розыскных органов. Собственной инициативы у отдела почти не было, если не считать обязанности инструктирования розыскных органов в смысле преподания (так в документе. А. З.) чисто технических указаний. В остальном он являлся канцелярией по восполнению (так в документе. А. З.) резолюций и распоряжений начальства...»
К 1917 г. в Российской империи насчитывалось 75 губернских и областных жандармских управлений, 33 жандармско-полицейских управления железных дорог, а также более двух десятков жандармских дивизионов и команд. Общая численность Отдельного корпуса жандармов составляла на конец 1916 г. 14 667 чел.
Информация органов политического сыска о критической ситуации в стране не находила должного отклика в правительстве и придворных кругах. В конце февраля 1917 г. самодержавный режим рухнул, а пришедшее к власти Временное правительство одним из первых своих решений ликвидировало в начале марта Департамент полиции МВД, Отдельный корпус жандармов и подчиненные им органы. Полноценной замены создано не было, что, в свою очередь, явилось одной из предпосылок скорого краха самого Временного правительства в октябре 1917 г.
Начало XX в. оставило заметный след в истории отечественных спецслужб не только активной работой политической полиции, но и тем, что на это время приходится рождение российской контрразведки.
Активная работа иностранных разведывательных служб, и особенно военных атташе, аккредитованных в Санкт-Петербурге, заставила российское Военное министерство выйти в начале 1903 г. с предложением создать при Главном штабе специальное контрразведывательное подразделение, которое занималось бы выявлением и пресечением недозволенной деятельности иностранных дипломатов. 20 января 1903 г. доклад военного министра А. Н. Куропаткина был утвержден императором Николаем II. Первый в истории России контрразведывательный орган получил наименование «Разведочное отделение». Небольшое по численности подразделение Главного штаба Военного министерства вело работу только на территории столицы и в ближайших ее окрестностях. Начальником Разведочного отделения был назначен жандармский ротмистр В. Н. Лавров, руководивший до этого Тифлисским охранным отделением.
Проблема отсутствия специальных органов контрразведки в масштабах всей страны резко обострилась в годы русско-японской войны. В российской армии организацией борьбы с японским шпионажем на театре военных действий занимались по совместительству разведывательные отделения. Участвовали в этой борьбе и некоторые другие российские военные учреждения. Например, весьма активно действовали в этом направлении начальник транспорта маньчжурских армий генерал-майор Ухач-Огорович и его подчиненные. Однако, в целом контрразведывательное обеспечение Действующей армии оставалось на недопустимо низком уровне.